Après des études classiques et musicales d'une grande rigueur, probablement « avec le maître de chapelle de la cathédrale de Séville, Pedro Fernandez de Castilleja »[1] et « peut-être Peñalosa », ce qui le rapproche de cette génération de compositeurs et de l'écriture des maîtres de la fin du XVe siècle[2], il est organiste au service de la famille Borgia à partir de 1522. Il est en poste comme maître de chapelle, à partir de l'été 1526, à la Cathédrale d'Ávila, puis à Plasence vers septembre 1527[2] jusqu'en octobre 1531. Peu de renseignements nous sont parvenus sur lui entre 1532 et 1534, sinon qu'il aurait séjourné à Naples.
Il se rend à Rome en 1534 et, l'année suivante, est embauché comme baryton dans le chœur de la Chapelle Sixtine du Vatican. Il réside pendant dix ans dans la Ville aux sept collines, durant le pontificat du pape Paul III, « période relativement longue pendant laquelle il fera imprimer ses œuvres et jouira d'une faveur considérable auprès de ses mécènes et de ses collègues de la Chapelle Sixtine »[2]. Néanmoins nostalgique de sa patrie, il obtient à deux reprises, en 1540 et 1545, la permission de séjourner pendant 10 mois en Espagne et, à l'expiration du deuxième séjour, il ne rentre pas en Italie.
Nommé maître de chapelle à la cathédrale de Tolède en 1545, il assume cette charge jusqu'au printemps de 1547 et a alors Francisco Guerrero comme élève. Il entre ensuite au service du duc d'Arcos, début « d'une période féconde pour le compositeur »[2].
Il occupe à la fin de 1551 un poste identique à la Cathédrale de l'Incarnation à Malaga. En septembre 1553, il est en lice pour obtenir de nouveau le poste de maître de chapelle à la cathédrale de Tolède, mais il meurt subitement avant le 7 octobre, à l'âge de 53 ans.
« La renommée de Morales est attestée par les nombreuses œuvres qui figurent dans des recueils collectifs de l'époque, éditées en Italie, en France, en Allemagne et aux Pays-Bas »[1].
À peu d'exception près, Morales a uniquement consacré son art à la musique sacrée. « Ses 25 messes — l'une des plus abondantes productions du temps - sont construites soit sur un cantus firmus d'un ténor liturgique, soit sur la paraphrase de thèmes liturgiques ou profanes employés dans les motets des compositeurs franco-flamands, dont la célèbre chanson Mille Regretz de Josquin des Prés »[3] ou « celui de L'Homme armé (à deux reprises) »[1]. « Son genre de prédilection, le motet — il en écrivit environ 70 — recourt fréquemment à l'ostinato »[3]. Le contrepoint « est toujours soumis au texte liturgique et son langage conserve un caractère très espagnol, en particulier dans les motets pleins d'expression »[1], notamment Lamantabatur Jacob et Jubilate Deo omnis terra.
Missarum Liber secundus (Rome, 1544) [Second livre de messes]
Missa Benedicta est regina cælorum, ou Missa Valenciana, à 4 voix
Missa De Beata Virgine, à 5 voix
Missa Gaude Barbara, à 4 voix
Missa L’homme armé, à 4 voix
Missa Pro defunctis, à 5 voix
Missa Quem dicunt homines, à 5 voix
Missa Tu es vas electionis, à 4 voix
Autres messes :
Missa Ave Maria
Missa de Beata Virgine à 5 voix
Missa Caça
Missa Cortilla
Missa Desilde al cavallero, à 4 voix
Missa Super ut ré mi fa sol la, à 4 voix
Missa Tristezas me matan, à 5 voix
Messes des morts (Requiem)
Officium defunctorum, à 4 voix (vers 1526–1528)
Officium defunctorum (Office des défunts) (1554, qui fut reprise pour les « Celebrado en México en noviembre 1559 para commemorar la muerte de Carlos V » (Charles Quint, mort en 1558)
Lamentations pour le Samedi saint, copiées dans un manuscrit du Vatican en 1543, publiées à Venise en 1564, par Gardane, sous le titre : Lamentationi di Morales (attribution douteuse)
Officium defunctorum - Missa pro Defunctis, La Capella Reial de Catalunya, Hespèrion XX, Jordi Savall (1993, Astrée/Naïve ES 9926 — réédition dans le coffret de 3 CD Maestros del Siglo de Oro, AliaVox, 2009)
Mass for the Feast of St. Isidore of Seville (Missa mille regretz), Gabrieli Consort & Players, dir. Paul McCreesh (1996, Archiv 474 228-2 (1996)
Requiem - Music for Philip II, Gabrieli Consort & Players, dir. Paul McCreesh (1998, Archiv 457 597-2)
Parce Mihi Domine, dans le CD Officium, Jan Garbarek, The Hilliard Ensemble (1999, ECM 1525)
Canticum Canticorum - Spanish Polyphonic Settings from Song to Songs - Missa Vulnerasti cor meum, Orchestra of the Renaissance, Richard Cheetham, Michael Noone (2000, Glossa)
Requiem - Lamentabur Jacob, Musica Ficta, dir. Raul Mallavibarrena (2000, Enchiriadis ; rééd. Cantus, 2014)
Assumption Mass - Missa Bebedicta est Regina Cælorum, Orchestra of the Renaissance, Richard Cheetham, Michael Noone (2001, Glossa)
Françoise Ferrand (dir.), Guide de la musique de la renaissance, Paris, Fayard, coll. « Les indispensables de la musique », , 1235 p. (ISBN2-213-60638-2, OCLC779690643, notice BnF noFRBNF42553838), p. 1163–1164
Marc Honegger, « Morales, Cristóbal de », dans Dictionnaire de la musique : Les hommes et leurs œuvres, Éditions Bordas, coll. « Science de la Musique », , XV-597 p., Tome II (L-Z) (ISBN2-04-010721-5, OCLC79735642), p. 753–754.
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