Morales a étudié la musique à Mexico, et plusieurs de ses opéras, écrits en italien, ont été créés dans cette ville. Il a vécu en Europe de 1865 à 1868, et son succès à Florence avec son opéra Ildegonda en 1866 a fait de lui une star dans son pays natal. Il a composé, dirigé, et enseigné la musique à Mexico jusqu'à sa mort. Ses œuvres comprennent dix opéras, deux cantates, et des compositions orchestrales et chorales.