Il a d'abord étudié le violon au conservatoire de Neuchâtel puis le chant à Fribourg, où il travailla avec Juliette Bise. En 1972, il a remporté le concours de chant de Bratislava.
Il est connu pour ses interprétations de Charpentier et Bach. Il a fait de nombreux enregistrements, en particulier de musique sacrée[1]. Depuis 1994 il intervient comme chef de chœur ou chef d'orchestre.
Marc-Antoine Charpentier : Te deum H.146, Beatus vir H.224, "Tenebrae Facta Sunt" H.129, Chœur symphonique et Orchestre de la Fondation Gulbenkian de Lisbonne, dir. Michel Corboz. LP Erato 1977 report CD 1980
Marc-Antoine Charpentier : Le Jugement dernier H.401, Beatus vir H.224, Alain Zaepffel, contre-ténor, Chœur symphonique et Orchestre de la Fondation Gulbenkian de Lisbonne, dir. Michel Corboz. LP Erato 1974 report CD Erato ( H.224 remplacé par H.193) 1980
Marc-Antoine Charpentier : Messe pour les Trépassés H 2, Prose des morts H.12, Élèvation H.234, Motet pour les Trépassés à 8 H.311, Miserere des Jésuites H.193, Chœur symphonique et Orchestre de la Fondation Gulbenkian de Lisbonne, dir Michel Corboz. 2 LP Erato 1973 report CD Erato (sans H 193)
Marc-Antoine Charpentier, David et Jonathas H.490, Paul Esswood, David, Colette Alliot-Lugaz, Jonathas, Philippe Huttenlocher, Saül, Roger Soyer, Achis, Antoine David, Joabel, René Jacobs, La Pythonisse, Pari Marinov, L'Ombre de Samuel, Maitrise de L'Opéra de Lyon, Enfants de la Cigale,de Lyon, et du lycée musical, English Bach Festival Baroque Orchestra, dir. Michel Corboz. 2 CD Erato 1981.