Les principales influences de Jules Mouquet sont les compositeurs impressionnistes et les romantiques tardifs, caractéristique d'un goût prononcé pour l'Antiquité et la Grèce[6]. Ceci se retrouve en particulier dans les titres de ses œuvres orchestrales comme la Marche antique ou les poèmes symphoniquesDiane et Endymion et Persée et Andromède (qui sont des envois de Rome), dans ses pièces de musique de chambre avec une Danse grecque pour flûte et piano ou harpe et un Divertissement grec pour flûte et harpe ou piano, ou encore dans ses compositions pour piano telles que les Études antiques.
Son œuvre la plus connue est probablement sa Sonate op. 15, La Flûte de Pan, composée en 1904[8] pour flûte et piano (qui existe également dans une version pour flûte et orchestre), toujours au répertoire des flûtistes d'aujourd'hui[2], et qui s'articule en trois mouvements évocateurs : Pan et les bergers, Pan et les oiseaux, Pan et les nymphes. Il en existe de nombreux enregistrements[9]. On compte aussi parmi sa production de musique de chambre une Suite en 3 mouvements pour septuor à vent (flûte traversière, hautbois, deux clarinettes, cor et deux bassons) et plusieurs pièces de concours pour clarinette et piano, flûte et piano, hautbois et piano, basson et piano, ou encore cornet à pistons et piano.
On lui doit en outre Le Jugement dernier, un poème symphonique et vocal qui est également un envoi de Rome, dont la première exécution publique date de 1902[10]. L’œuvre est écrite pour soli, chœur et orchestre. Parmi différents motifs musicaux, elle utilise ceux des deux premiers vers de la proseDies iræ.
↑Constant Pierre, Le Conservatoire national de musique et de déclamation : documents historiques et administratifs / recueillis ou reconstitués, Paris, Imprimerie nationale, (lire en ligne), p. 818