Fils[1] du professeur de médecine Alexandre Minkowski et de la traductrice Anne Wade (d'origine américaine et fille de la violoniste Edith Wade), Marc Minkowski commence sa carrière comme bassoniste, à la fois dans des orchestres modernes et dans des formations baroques comme Les Arts Florissants, le Clemencic Consort de Vienne ou La Chapelle Royale. Il commence très tôt sa carrière de chef d'orchestre en autodidacte, puis étudie avec Charles Bruck, à la Pierre Monteux Memorial School de Hancock, près de Boston, aux États-Unis (Maine).
En 1982, à l'âge de dix-neuf ans, il fonde les Musiciens du Louvre, qui deviendront en 1996 les Musiciens du Louvre Grenoble. Sa rencontre avec Michel Garcin, le fondateur d'Erato, sera décisive car elle lance sa carrière en lui ouvrant la voie du disque et par là même, la reconnaissance nationale et bientôt internationale. Son ensemble s’illustre d'abord dans le répertoire baroque, orchestral et lyrique, puis classique, romantique et moderne jusqu'à Igor Stravinsky.
Appréciant depuis une dizaine d'années l'île de Ré, en , avec le soutien logistique de la maison de la culture La Maline sur l'île et de la scène nationaleLa Coursive à La Rochelle[2], il lance son propre festival après avoir consacré en 2010 un concert au profit de sinistrés de la tempête Xynthia[1].
En , il devient directeur artistique de la Semaine Mozart, festival administré depuis 1956 par la Stiftung Mozarteum (la Fondation Mozarteum de Salzbourg). À cette occasion, il dirige, entre autres, Lucio Silla de Mozart ainsi que la création mondiale de Swansong (2014) d'Arvo Pärt[3]. Le 31 janvier 2017 reçoit la Médaille d'or Mozart de Salzbourg.
À partir de , il réalise deux mandats comme directeur général de l'Opéra national de Bordeaux (ONBA)[4]. À la suite de quoi il annonce son intention de « créer à Bordeaux et dans la région Nouvelle-Aquitaine un festival unique dédié à des expériences musicales nouvelles ».
Dido and Æneas , de Purcell : Plusieurs productions en scène comme au concert, dont le 6 septembre 1995, au Royal Albert Hall dans le cadre des Proms 59, avec une retransmission à la BBC . Avec Brett Polegato (Aeneas), Linda Maguire (Dido), Jacques François Loiseleur des Longchamps (Sorceress), Benjamin Butterfield (Sailor), Shari Saunders (Belinda), Meredith Hall (First Witch), Laura Pudwell (Spirit), Orchestre : Les Musiciens du Louvre, direction : Marc Minkowski[5].
Giulio Cesare in Egitto (Opéra d'Amsterdam avec David Daniels, Nathalie Stutzmann, Marijana Mijanovic, Christine Schäfer, Danielle de Niese, Joyce DiDonato, Magdalena Kozena ; Opéra de Paris avec David Daniels, Danielle de Niese, Anne Sofie von Otter, Bejun Mehta ; Opéra de Zurich avec Franco Fagioli, Cecilia Bartoli, Anna Bonitatibus)
Plusieurs pages orchestrales, les 6 Sonates en symphonie de Mondonville, Une symphonieimaginaire de Rameau, Les Éléments de Rebel et pour la première fois au disque, la version intégrale du Concerto pour violoncelle d’Offenbach avec Jérôme Pernoo.
Installés à Grenoble à partir de 1996, les Musiciens du Louvre sont associés à la MC2: Grenoble.
Rapidement, la carrière à l’opéra de Marc Minkowski se développe. Mozart y tient une place de choix :
un cycle Offenbach avec Laurent Pelly à Paris, Lyon, Genève et Lausanne,
Pelléas et Mélisande de Debussy à Leipzig en version scénique, en concert pour le centenaire de l’œuvre à l’Opéra-Comique (2002) et pour la première fois sur scène en Russie (Moscou, juin 2007 dans une mise en scène d'Olivier Py).
Les Huguenots de Meyerbeer dans une édition spécialement préparée pour le spectacle mis en scène par Olivier Py créé au Théâtre de La Monnaie de Bruxelles en 2011.
1988 : Prix XVIIe siècle pour l'enregistrement de Lully-Molière, les comédies ballets par les Musiciens du Louvre aux éditions Erato
Entre autres prix, il reçoit en 2008 le prestigieux Masque d'Or de Moscou au titre du meilleur chef pour les représentations de Pelléas et Mélisande données au théâtre Stanislavsky dans une production d'Olivier Py (également Masque d'Or du meilleur spectacle lyrique).
Boieldieu, La Dame blanche, avec Sylvie Brunet, Mireille Delunsch, Annick Massis, Laurent Naouri, Jean-Paul Fouchécourt, Rockwell Blake, Chœur de Radio France Ensemble Orchestral de Paris, Marc Minkowski, EMI
Gluck, Iphigénie en Tauride, Avec Mireille Delunsch, Simon Keenlyside, Yann Beuron, Laurent Naouri, Alexia Cousin, Les Musiciens du Louvre, Marc Minkowski, Deutsche Grammophon
Gluck, Armide, Avec Mireille Delunsch, Charles Workman, Laurent Naouri, Ewa Podles, Françoise Masset, Nicole Heaston, Brett Polegato, Vincent Le Texier, Magdalena Kozená, Valérie Gabail, Les Musiciens du Louvre, Marc Minkowski, Deutsche Grammophon
Haendel, La Resurrezione HWV 47, Linda Maguire, Laurent Naouri, Jennifer Smith, Annick Massis, John Mark Ainsley, Les Musiciens du Louvre, Marc Minkowski, Deutsche Grammophon
Lully, Acis et Galatée ; avec Véronique Gens, Jean-Paul Fouchécourt, Howard Crook, Françoise Masset, Mireille Delunsch, Thierry Félix, Les Musiciens du Louvre, Marc Minkowski, Deutsche Grammophon.
Lully, Phaëton ; avec Howard Crook, Rachel Yakar, Jennifer Smith, Véronique Gens, Gérard Theruel, Jean-Paul Fouchécourt, Philippe Huttenlocher, Virginie Pochon, Jérôme Varnier, Florence Couderc, Les Musiciens du Louvre, Marc Minkowski, Erato
Offenbach, Récital Von Otter : Anne Sofie von Otter chante Offenbach, les Musiciens du Louvre, Direction Marc Minkovski, Deutsche Grammophon
Offenbach, Orphée aux enfers, avec Jennifer Smith, Natalie Dessay, Jean-Paul Fouchécourt, Yann Beuron, Steven Cole, Veronique Gens, Ewa Podles, Patricia Petibon , Laurent Naouri, Chœur et Orchestre de l'Opéra de Lyon, Marc Minkowski EMI
Offenbach, La Belle Hélène, Avec Felicity Lott, Yann Beuron, Michel Sénéchal, François Le Roux, Marie-Ange Todorovitch, Eric Huchet, Hjördis Thébault, Stéphanie d'Oustrac, Magali Léger Les Musiciens du Louvre, Minkowski, Virgin Classics.
Rameau, Hippolyte et Aricie, avec Jean-Paul Fouchécourt, Véronique Gens, Bernarda Fink, Russell Smythe, Thérèse Feighan, Annick Massis, Laurent Naouri, Florence Katz, Luc Coadou, M. Hall, Monique Simon, Jean-Louis Georgel, K. Okada, S. Van Dyck, Jean-Louis Meunier, Jacques-François Loiseleur des Longchamps, Jérôme Varnier, l'Ensemble vocal Sagittarius et Les Musiciens du Louvre sous la direction de Marc Minkowski (Deutsch Grammophon Archiv 4458532, ℗ 1994)
