Il est surtout connu par sa production pour le virginal : il est l'un des nombreux virginalistes et madrigalistes anglais qui illustrèrent la musique anglaise pendant les règnes d'Élisabeth Ire d'Angleterre et des premiers rois Stuart.
Son père Thomas était professeur, et son cousin Nicholas, facteur de virginals lui apprit la musique.
Il fait ses études au Christ Church College de l'université d'Oxford, obtient son diplôme en 1592 et fait ensuite carrière à Londres. On connaît peu de détails sur sa vie. Cinquante-et-une de ses cinquante-trois compositions pour le virginal ou le clavecin apparaissent uniquement dans le Fitzwilliam virginal book.
Il a également composé des madrigaux (Canzonets, 1598), des motets, des psaumes : des pièces souvent d'une grande originalité.
Son fils, Richard Farnaby, est également connu comme compositeur.
Edmund Rubbra a composé une suite orchestrale basée sur des pièces pour virginal de Giles Farnaby (Improvisations on Virginal Pieces by Giles Farnbay, Op. 50)