Fils d'un facteur d’orgues, Giovanni Battista Pescetti fut l’élève d'Antonio Lotti. Il débute au théâtre avec l’opéra Nerone detronato, représenté à Venise en 1725. Il se lie d'amitié avec Baldassare Galuppi avec qui il collabora à quelques reprises.
Deux ans plus tard, il remplace Porpora au Théâtre de la Noblesse à Londres, et se retrouve à la direction du King’s Theatre en 1738. L’année suivante, il publie un livre de Sonate per gravicembalo (1739).
Fuyant l’animosité des Londoniens contre les catholiques italiens, Pescetti retourne en Italie vers 1747. Il se consacre à la composition d’opéras et se fait particulièrement apprécier par ses œuvres comiques. Son dernier opéra, Zenobia, fut représenté à Padoue en 1761.
En 1762, Pescetti est nommé second organiste de St-Marc de Venise où il décède 4 ans plus tard.