Zilcher a reçu les premières leçons de piano de son père, le compositeur et professeur de piano Paul Zilcher (1855-1943), qui était connu en tant que compositeur et enseignant de piano et de musique de chambre. Le fils a étudié à partir de 1897 au Conservatoire Hoch à Francfort le piano avec James Kwast, le contrepoint, la forme musicale avec Iwan Knorr et la composition avec Bernhard Scholz(en). À la fin de ses études, il a reçu le prix Mozart dans sa ville natale. En 1901, il s'est rendu à Berlin, où il a rapidement fait sa carrière principalement comme un accompagnateur pour chanteurs et instrumentistes. En outre, les tournées de concerts l'ont fait internationalement connaître aux États-Unis et en Europe. En 1905, il est retourné en tant que professeur de piano au Conservatoire Hoch. En 1908, il a été nommé par Felix Mottl professeur de piano et, en 1916, professeur de composition à l'Académie de musique de Munich. À Munich, il a travaillé en étroite collaboration avec le chef du Studio Theater de Munich, Otto Falkenberg (1873-1947), pour lequel il a écrit la musique de scène. En 1920, il devient directeur du Conservatoire d'État de Bavière (fondé en 1922) à Wurtzbourg.
Le catalogue des compositions de Zilcher comprend des œuvres orchestrales et chorales, deux opéras, de la musique de chambre et des lieder, études, études de piano, et de nombreuses œuvres pour accordéon.
Sinfonietta en mi majeur pour orchestre à cordes, op. 1 (1900)
Suite in sol majeur, op. 4 (1903)
Symphonie no 1 en la majeur, op. 17 (1906)
Symphonie no 2 en fa mineur, op. 23 (1908–1909)
An mein deutsches Land, ouverture pour orchestre et chœur ad libitum, op. 48
Tanz-Fantasie, op. 71 (1933)
Musica buffa, 10 intermezzi pour 12 instruments (percussions) ou petite orchestre, op. 73a (1935), tirés de la musique de scène pour Komödie der Irrungen (La Comédie des erreurs de Shakespeare)
Rameau-Suite pour petit orchestre, op. 76 (1934) ; réduction pour trio avec piano publiée la même année
Heinkel-Marsch, op. 83 (1936)
Symphonie no 4 en fa dièse mineur, op. 84
Symphonie no 5 ("...und dennoch!...") en ut mineur, op. 112 (1947)