Jean Guillou et Krystyna Szostek-Radkowa(pl) lors de la première parisienne de Judith, symphonie pour mezzo-soprano et orchestre, op. 21, en février 1971.
Après 52 ans de service bénévole, seulement interrompu entre 1977 et 1989 pour les travaux de construction du nouvel orgue, il a été nommé par la paroisse « Organiste titulaire émérite » le [5]. Il aura souvent joué les dimanches à Saint-Eustache, jusqu'à la Semaine sainte de 2015 (il est alors âgé de 85 ans).
Sa carrière de concertiste virtuose le conduit à donner des récitals d'orgue et aussi de piano dans le monde entier. C’est ainsi qu’il est l'interprète, entre autres, des sonates pour piano de Julius Reubke, de Franz Liszt ainsi que ses propres œuvres. Il a aussi inauguré le piano-pédalier « Borgato » en 2002, ayant donné lieu à l'édition d'un CD chez Universal-Philips.
Comme compositeur, il faut signaler en particulier, parmi sa centaine d'œuvres, celles pour orgue, telles que la Toccata (op. 9 de 1962), La Chapelle des abîmes (op. 26 de 1973), les Scènes d’enfant (op. 28 de 1974), Hypérion ou la Rhétorique du feu (op. 45 de 1988) et Regard (op. 77 de 2011). Il a écrit également de la musique de chambre, des œuvres pour orchestre, dont la monumentale Judith-Symphonie, ainsi que pour instruments solistes (trompette, marimba, flûte, violon, flûte de Pan, clarinette…) et orgue parmi lesquelles Alice au Pays de l'Orgue, les 10 Colloques, ses 8 Concertos pour Orgue et Orchestre parmi lesquels le Concerto 2000 et aussi la Révolte des Orgues pour 8 Orgues positifs, un grand orgue, des percussions et un chef, composition qui, après de multiples représentations dans des églises en Europe depuis sa création en 2007, a été jouée dans les philharmonies de Munich, de Cologne et de Berlin en 2011 et 2012, dans le grand auditorium de Tenerife en 2015 et à l'Philharmonie de l'Elbe à Hambourg en 2018. La grande partie de son œuvre musicale est publiée par Schott Music. Sa discographie consiste en plus de 100 volumes, publiés pour l'essentiel par Universal-Philips-Decca, Festivo, Dorian et Augure.
En 2012 ses œuvres littéraires sont publiées sous le titre La Musique et le Geste (Éditions Beauchesne, Paris) et en 2014 ses poèmes sont publiés dans le recueil Le Visiteur (éd. Ch. Chomant, Rouen) qui sera suivi en 2018, chez le même éditeur, d'une nouvelle édition bilingue français-italien avec le titre Il Visitatore. En 2018 il signe la préface de son dernier ouvrage, Esprit de Suite, publié en par Beauchesne. Organologue, il est l’auteur du livre L’orgue, souvenir et avenir, ouvrage qui, en 2010, en est à sa quatrième édition depuis 1978 et a été traduit en allemand et en italien (2011). Son propos vise en particulier à promouvoir la construction d’orgues plus poétiques et d’une expression riche et diversifiée.
Il est à l’origine de la conception de nombreux orgues tels que ceux de Notre-Dame des Neiges à l'Alpe d'Huez (Kleuker, 1978), de Notre-Dame des Grâces au Chant d'Oiseau à Bruxelles (Kleuker, 1981), de la Tonhalle à Zurich (Kleuker-Steimayer, 1984) qui sera réinstallé dans la cathédrale de Capodistria (Koper) en Slovénie en 2020, du Conservatoire de Naples (Tamburini/Zanin, 1987-2007), de l’Auditorio de Tenerife à Santa Cruz (Blancafort, 2004), de S. Antonio dei Portoghesi à Rome (Mascioni, 2008) et de la cathédrale de Léon (Klais, 2013). Il est le concepteur d'un orgue, dit à « structure variable », consistant en une console qui commande 15 buffets mobiles qu'il est possible de transporter et de placer en quelques heures dans n'importe quel espace laïc ou religieux. C'est à sa demande et avec ses conseils qu'a été installée à Saint Eustache, une console annexe permettant à l’organiste de jouer dans la nef au milieu du public[8].
Il a tenu des classes de maître (master classes) à travers le monde jusqu'en 2018 et il a donné chaque année, de 1970 à 2005, des cours d’interprétation et d’improvisation à l'International Meister Kursus de Zurich.
Parmi ses élèves figure Silvio Celeghin.
Récipiendaire de nombreux prix, en il a été nommé chevalier de la Légion d'honneur, distinction qu'il a refusée[9],[10]. Le maire de l'Alpe d'Huez, Jean-Yves Noyrey, lui a remis la médaille de la ville le , à l'occasion de l'inauguration de la rénovation de son fameux orgue en forme de main, qu'il avait conçu et inauguré en 1978, manifestation organisée par l'association Notre-Dame des Neiges de l'Alpe d'Huez.
Le , il a été nommé professeur honoris causa de la Hochschule für Musik de la Sarre.
Revers de la médaille de Jean Guillou par la Monnaie de Paris, 1976
En hommage à Jean Guillou, la Monnaie de Paris a réalisé en 1976 une médaille à son effigie.
Au droit, on retrouve son nom « JEAN GUILLOU » accompagné de son visage de profil tourné à gauche, les yeux fermés. Au revers, un homme nu debout, portant ses mains à sa bouche pour lancer un cri et entouré des inscriptions « LATENCES • MUSIQUE - CRI • INDICIBLES ». Le motif a été réalisé en 1974 par le graveur Félix Schivo dont le monogramme « FS » est visible entre les jambes au revers. La tranche est lisse et porte les inscriptions « 1976 » et plus loin, le poinçon en forme de corne d'abondance (cornucopia) de la Monnaie de Paris suivi de « BRONZE ». La médaille est en bronze massif avec un poids de 340 grammes, un diamètre de 73 mm et une orientation à 12 heures.
Guillou, Jean. Il Visitatore, version francese-italiano. Poesie. Christophe Chomant Éditeur, Rouen, 2018 (ISBN978-2-84962-410-4)
Guillou, Jean. Esprit de suite. Pour une lecture avisée et pratique des œuvres du répertoire organistique, Paris, Beauchesne, 2019 (ISBN978-2-7010-2288-8)
Brun, Frédéric. L'inspiration littéraire dans l'œuvre de Jean Guillou in Revue Etudes Franco-Anciennes - n° 164 12/2017 - Paris ( (ISSN2110-1086))
↑« à l'heure où la musique dite savante ou classique voit sa place diminuée par toutes les instances officielles [...] découvrant avec stupeur son nom parmi la promotion du 14 juillet de la Légion d'honneur », le musicien, nommé chevalier, « a pris la décision de refuser cette distinction qu'il n'a jamais sollicitée » (Libération du 19 juillet 2010 citant AUGURE, porte-parole de Jean Guillou).
