À cette époque Philippe Manoury commence à collaborer avec Miller Puckette, qui travaille également à l'IRCAM. De cette collaboration va naître notamment le cycle Sonus ex-machina, et la pièce Pluton, créé grâce au logiciel Max/MSP (permettant le suivi de partition) que développe alors Miller Puckette.
À dix-neuf ans, ses œuvres sont déjà jouées dans les principaux concerts et festivals de musique contemporaine. De 1978 à 1981, il vit au Brésil et y donne des conférences dans les universités. En 1988, sa pièce Jupiter lui vaut le prix SACEM de la meilleure création contemporaine.
Philippe Manoury est professeur à l'université de Californie à San Diego (UCSD), de 2004 à 2012. Il y enseigne la composition et l'analyse musicale. À cette occasion, il expose dans un entretien accordé à l'hebdomadaire Le Nouvel Observateur les raisons, essentiellement économiques, de son départ pour cette université[1]. Il émet cependant des réserves sur les motivations de ses étudiants qui semblent plus tournées vers l'enseignement que vers la composition, et sur le fonctionnement des universités américaines qui sont comme un réseau « de monastères du Moyen Âge[2] ». De retour en France, il est professeur de composition au conservatoire de Strasbourg[3] depuis . En 2015, il fonde sa propre académie de composition à l'intérieur du Festival Musica à Strasbourg.
Les œuvres de Philippe Manoury abordent tous les genres, musique vocale, musique de chambre, musique soliste, musique d'ensemble, musique électronique, musique pour grand orchestre et opéra. Il travaille actuellement sur 2 grands projets :
La Trilogie Köln : cycle de 3 pièces pour très grand orchestre spatialisé destiné à la salle de la Philharmonie de Cologne (Allemagne) dont la création a couvert la période 2016-2019.
Kein Licht : œuvre théâtrale et musicale d'après un texte d'Elfriede Jelinek, dans une mise en scène de Nicolas Stemann, dont la création a eu lieu le à la Ruhrtriennale, et dans plusieurs grandes villes européennes (Paris, Strasbourg, Berlin, Zagreb, Luxembourg…) à l'automne 2017.
Il occupe la chaire de Création artistique du Collège de France pour la saison 2016/2017 et tient sa leçon inaugurale, « L’invention de la musique », le . La même année, sur la demande d'Irvine Arditti, il décide de compléter le Livre pour quatuor à cordes de Pierre Boulez dont le quatrième mouvement était resté inachevé. L'œuvre est doublement créée, avec l'aide de Jean-Louis Leleu, le à la Pierre Boulez Saal à Berlin par le Quatuor Arditti et à la Philharmonie de Paris par le quatuor Diotima[4].
La Note et le Son : écrits et entretiens, 1981-1998, avec un avant-propos de Danielle Cohen-Lévinas, coll. « Musique et musicologie : Les dialogues », L'Harmattan, Paris, 1998 (ISBN273846985X).
Va-et-vient : entretiens avec Daniela Langer, éditions Musica Falsa, coll. « Paroles », Paris, 2001 (ISBN2951238630)
La Musique du temps réel : entretiens avec Omer Corlaix et Jean-Guillaume Lebrun, éditions Musica Falsa, coll. « Paroles », Paris, 2012 (ISBN978-2-915794-56-4).