require(tidyverse); packageVersion("tidyverse")
## Loading required package: tidyverse
## ── Attaching packages ─────────────────────────────────────── tidyverse 1.3.1 ──
## ✓ ggplot2 3.3.5 ✓ purrr 0.3.4
## ✓ tibble 3.1.6 ✓ dplyr 1.0.7
## ✓ tidyr 1.1.4 ✓ stringr 1.4.0
## ✓ readr 2.0.1 ✓ forcats 0.5.1
## ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
## x dplyr::filter() masks stats::filter()
## x dplyr::lag() masks stats::lag()
require(phyloseq); packageVersion("phyloseq")
## Loading required package: phyloseq
options(getClass.msg=FALSE) # https://github.com/epurdom/clusterExperiment/issues/66
PolyFermS:
"~/Documents/GitHub/NRP72-FBT/data/processed/16S/ps_silva_dada2_human_chicken_meta.RDS" %>%
readRDS() %>%
subset_samples(Model == "Chicken" & Experiment == "Continuous" & Enrichment == "NotEnriched" & is.na(Paul) & Treatment %in% c("UNTREATED", "CTX", "VAN") & !Reactor %in% c("CR", "IR2")) %>%
# subset_samples(tabled < 20000 & tabled > 1000) %>%
filter_taxa(function(x) sum(x > 0) > 0, TRUE) -> ps_poly
ps_poly %>%
sample_data() %>%
data.frame() %>%
select(-I7_Index_ID, -index, -I5_Index_ID, -index2, -metagenomic_sample_name,-raw_metagenomic_pairs,-Reactor_Treatment_Dose ,-Treatment_Dose,-Model, -Date, -HV292.1_Copy_Number_permL, -Enrichment, -CCUG59168_Copy_Number_permL,-CTX_Copy_Number_permL, -VAN_Copy_Number_permL, -Reactor_Treatment, -Sample_description) %>%
mutate(Treatment = recode(Treatment,
`UNTREATED` = "Control",
`CTX` = "Antibiotic_A",
`VAN` = "Antibiotic_B"),
Antibiotic = recode(Antibiotic,
`UNTREATED` = "Control",
`CTX` = "Antibiotic_A",
`VAN` = "Antibiotic_B")) -> sample_data(ps_poly)
ps_poly %>%
sample_data() %>%
data.frame()
## sample input filtered denoisedF denoisedR merged tabled
## IR1-16-S307 IR1-16-S307 16273 16228 16215 16126 15817 15817
## IR1-17-S279 IR1-17-S279 30887 30807 30773 30662 29870 29870
## IR1-18-S287 IR1-18-S287 35051 34926 34793 34693 33078 33078
## IR1-2-S96 IR1-2-S96 30159 30092 29944 29869 28243 28243
## IR1-24-S295 IR1-24-S295 14265 14243 14204 14153 13732 13732
## IR1-26-S119 IR1-26-S119 23432 23326 23307 23183 22620 22620
## IR1-3-S320 IR1-3-S320 8883 8865 8849 8809 8524 8524
## IR1-36-S159 IR1-36-S159 13340 13281 13264 13212 12937 12937
## IR1-37-S343 IR1-37-S343 21794 21690 21647 21601 21252 21252
## IR1-38-S337 IR1-38-S337 23007 22866 22847 22795 22423 22423
## IR1-39-S351 IR1-39-S351 8706 8655 8649 8623 8534 8534
## IR1-4-S223 IR1-4-S223 15037 15007 14984 14952 14505 14505
## IR1-43-S256 IR1-43-S256 17519 17412 17400 17329 16917 16917
## IR1-44-S264 IR1-44-S264 28866 28705 28687 28583 28096 28096
## IR1-45-S128 IR1-45-S128 11987 11921 11899 11862 11554 11554
## IR1-48-S339 IR1-48-S339 16625 16570 16550 16481 16111 16111
## IR1-54-S130 IR1-54-S130 26102 25956 25919 25869 25383 25383
## IR1-57-S356 IR1-57-S356 15767 15716 15688 15602 15202 15202
## IR1-6-S250 IR1-6-S250 29718 29662 29625 29553 28757 28757
## IR1-63-S155 IR1-63-S155 20842 20719 20690 20617 20157 20157
## IR1-69-S198 IR1-69-S198 132 131 128 91 72 72
## IR1-77-S202 IR1-77-S202 10448 10407 10391 10370 10153 10153
## IR1-8-S260 IR1-8-S260 25849 25766 25742 25634 25036 25036
## TR2-1-S273 TR2-1-S273 32834 32778 32729 32626 31606 31606
## TR2-13-S231 TR2-13-S231 22002 21915 21880 21840 21513 21513
## TR2-14-S232 TR2-14-S232 21133 21084 21028 20983 20461 20461
## TR2-15-S288 TR2-15-S288 31566 31486 31385 31307 30381 30381
## TR2-16-S184 TR2-16-S184 36760 36629 36533 36439 35449 35449
## TR2-17-S248 TR2-17-S248 31490 31404 31369 31205 30516 30516
## TR2-18-S326 TR2-18-S326 16339 16307 16275 16201 15845 15845
## TR2-19-S318 TR2-19-S318 10065 10054 10040 10015 9814 9814
## TR2-20-S271 TR2-20-S271 31072 31018 30982 30901 30167 30167
## TR2-21-S228 TR2-21-S228 15593 15567 15543 15456 14959 14959
## TR2-22-S364 TR2-22-S364 18760 18715 18688 18581 18015 18015
## TR2-25-S133 TR2-25-S133 10044 10028 10010 9980 9694 9694
## TR2-28-S286 TR2-28-S286 33858 33802 33626 33571 31718 31718
## TR2-3-S297 TR2-3-S297 16116 16088 16059 16017 15428 15428
## TR2-31-S182 TR2-31-S182 26488 26432 26391 26250 25319 25319
## TR2-34-S302 TR2-34-S302 114 113 108 100 84 84
## TR2-37-S330 TR2-37-S330 16482 16456 16434 16356 15811 15811
## TR2-40-S259 TR2-40-S259 21185 21122 21105 21025 20547 20547
## TR2-46-S239 TR2-46-S239 25929 25888 25862 25757 25098 25098
## TR2-52-S230 TR2-52-S230 14560 14526 14512 14459 14058 14058
## TR2-58-S172 TR2-58-S172 24670 24606 24565 24436 23412 23412
## TR2-64-S216 TR2-64-S216 21707 21663 21627 21526 20850 20850
## TR4-1-S193 TR4-1-S193 55187 54986 54963 54881 54034 54034
## TR4-13-S142 TR4-13-S142 19207 19074 19048 18973 18531 18531
## TR4-14-S226 TR4-14-S226 20906 20783 20752 20695 20340 20340
## TR4-15-S218 TR4-15-S218 21839 21709 21687 21638 21317 21317
## TR4-16-S276 TR4-16-S276 17118 17032 17006 16951 16595 16595
## TR4-17-S114 TR4-17-S114 28993 28752 28709 28624 28097 28097
## TR4-18-S200 TR4-18-S200 104 102 99 81 53 53
## TR4-19-S270 TR4-19-S270 28080 27827 27811 27758 27315 27315
## TR4-20-S269 TR4-20-S269 20518 20360 20353 20315 20002 20002
## TR4-21-S254 TR4-21-S254 21868 21735 21727 21684 21405 21405
## TR4-22-S344 TR4-22-S344 16291 16251 16227 16158 15906 15906
## TR4-25-S333 TR4-25-S333 14939 14883 14871 14817 14608 14608
## TR4-28-S183 TR4-28-S183 13668 13587 13562 13510 13345 13345
## TR4-3-S309 TR4-3-S309 22955 22915 22888 22810 22206 22206
## TR4-31-S278 TR4-31-S278 30109 29927 29902 29815 29549 29549
## TR4-34-S342 TR4-34-S342 13943 13880 13863 13793 13647 13647
## TR4-37-S188 TR4-37-S188 24208 24010 23977 23844 23524 23524
## TR4-40-S242 TR4-40-S242 33403 33159 33099 33044 32725 32725
## TR4-46-S215 TR4-46-S215 25294 25090 25053 24965 24729 24729
## TR4-52-S95 TR4-52-S95 35250 35030 34978 34883 34505 34505
## TR4-58-S112 TR4-58-S112 12291 12236 12219 12176 12075 12075
## TR4-64-S220 TR4-64-S220 15761 15686 15672 15607 15483 15483
## filtered_pc denoisedF_pc denoisedR_pc merged_pc filtered_merged_pc
## IR1-16-S307 0.997 0.999 0.994 0.975 0.975
## IR1-17-S279 0.997 0.999 0.995 0.971 0.970
## IR1-18-S287 0.996 0.996 0.993 0.951 0.947
## IR1-2-S96 0.998 0.995 0.993 0.943 0.939
## IR1-24-S295 0.998 0.997 0.994 0.967 0.964
## IR1-26-S119 0.995 0.999 0.994 0.971 0.970
## IR1-3-S320 0.998 0.998 0.994 0.963 0.962
## IR1-36-S159 0.996 0.999 0.995 0.975 0.974
## IR1-37-S343 0.995 0.998 0.996 0.982 0.980
## IR1-38-S337 0.994 0.999 0.997 0.981 0.981
## IR1-39-S351 0.994 0.999 0.996 0.987 0.986
## IR1-4-S223 0.998 0.998 0.996 0.968 0.967
## IR1-43-S256 0.994 0.999 0.995 0.972 0.972
## IR1-44-S264 0.994 0.999 0.996 0.979 0.979
## IR1-45-S128 0.994 0.998 0.995 0.971 0.969
## IR1-48-S339 0.997 0.999 0.995 0.973 0.972
## IR1-54-S130 0.994 0.999 0.997 0.979 0.978
## IR1-57-S356 0.997 0.998 0.993 0.969 0.967
## IR1-6-S250 0.998 0.999 0.996 0.971 0.969
## IR1-63-S155 0.994 0.999 0.995 0.974 0.973
## IR1-69-S198 0.992 0.977 0.695 0.562 0.550
## IR1-77-S202 0.996 0.998 0.996 0.977 0.976
## IR1-8-S260 0.997 0.999 0.995 0.973 0.972
## TR2-1-S273 0.998 0.999 0.995 0.966 0.964
## TR2-13-S231 0.996 0.998 0.997 0.983 0.982
## TR2-14-S232 0.998 0.997 0.995 0.973 0.970
## TR2-15-S288 0.997 0.997 0.994 0.968 0.965
## TR2-16-S184 0.996 0.997 0.995 0.970 0.968
## TR2-17-S248 0.997 0.999 0.994 0.973 0.972
## TR2-18-S326 0.998 0.998 0.993 0.974 0.972
## TR2-19-S318 0.999 0.999 0.996 0.977 0.976
## TR2-20-S271 0.998 0.999 0.996 0.974 0.973
## TR2-21-S228 0.998 0.998 0.993 0.962 0.961
## TR2-22-S364 0.998 0.999 0.993 0.964 0.963
## TR2-25-S133 0.998 0.998 0.995 0.968 0.967
## TR2-28-S286 0.998 0.995 0.993 0.943 0.938
## TR2-3-S297 0.998 0.998 0.996 0.961 0.959
## TR2-31-S182 0.998 0.998 0.993 0.959 0.958
## TR2-34-S302 0.991 0.956 0.885 0.778 0.743
## TR2-37-S330 0.998 0.999 0.994 0.962 0.961
## TR2-40-S259 0.997 0.999 0.995 0.974 0.973
## TR2-46-S239 0.998 0.999 0.995 0.970 0.969
## TR2-52-S230 0.998 0.999 0.995 0.969 0.968
## TR2-58-S172 0.997 0.998 0.993 0.953 0.951
## TR2-64-S216 0.998 0.998 0.994 0.964 0.962
## TR4-1-S193 0.996 1.000 0.998 0.983 0.983
## TR4-13-S142 0.993 0.999 0.995 0.973 0.972
## TR4-14-S226 0.994 0.999 0.996 0.980 0.979
## TR4-15-S218 0.994 0.999 0.997 0.983 0.982
## TR4-16-S276 0.995 0.998 0.995 0.976 0.974
## TR4-17-S114 0.992 0.999 0.996 0.979 0.977
## TR4-18-S200 0.981 0.971 0.794 0.535 0.520
## TR4-19-S270 0.991 0.999 0.998 0.982 0.982
## TR4-20-S269 0.992 1.000 0.998 0.983 0.982
## TR4-21-S254 0.994 1.000 0.998 0.985 0.985
## TR4-22-S344 0.998 0.999 0.994 0.980 0.979
## TR4-25-S333 0.996 0.999 0.996 0.982 0.982
## TR4-28-S183 0.994 0.998 0.994 0.984 0.982
## TR4-3-S309 0.998 0.999 0.995 0.970 0.969
## TR4-31-S278 0.994 0.999 0.996 0.988 0.987
## TR4-34-S342 0.995 0.999 0.994 0.984 0.983
## TR4-37-S188 0.992 0.999 0.993 0.981 0.980
## TR4-40-S242 0.993 0.998 0.997 0.989 0.987
## TR4-46-S215 0.992 0.999 0.995 0.987 0.986
## TR4-52-S95 0.994 0.999 0.996 0.986 0.985
## TR4-58-S112 0.996 0.999 0.995 0.988 0.987
## TR4-64-S220 0.995 0.999 0.995 0.988 0.987
## input_merged_pc tabled_joined chimera_out length_filtered tabled_pc
## IR1-16-S307 0.972 15817 15593 15593 1
## IR1-17-S279 0.967 29870 29056 29056 1
## IR1-18-S287 0.944 33078 29765 29765 1
## IR1-2-S96 0.936 28243 25344 25344 1
## IR1-24-S295 0.963 13732 13307 13307 1
## IR1-26-S119 0.965 22620 22248 22246 1
## IR1-3-S320 0.960 8524 8417 8417 1
## IR1-36-S159 0.970 12937 12724 12724 1
## IR1-37-S343 0.975 21252 20777 20772 1
## IR1-38-S337 0.975 22423 21618 21614 1
## IR1-39-S351 0.980 8534 8340 8339 1
## IR1-4-S223 0.965 14505 14293 14293 1
## IR1-43-S256 0.966 16917 16642 16642 1
## IR1-44-S264 0.973 28096 27507 27507 1
## IR1-45-S128 0.964 11554 11363 11363 1
## IR1-48-S339 0.969 16111 15811 15811 1
## IR1-54-S130 0.972 25383 24758 24758 1
## IR1-57-S356 0.964 15202 14958 14958 1
## IR1-6-S250 0.968 28757 28202 28202 1
## IR1-63-S155 0.967 20157 19681 19679 1
## IR1-69-S198 0.545 72 72 72 1
## IR1-77-S202 0.972 10153 10002 10000 1
## IR1-8-S260 0.969 25036 24358 24358 1
## TR2-1-S273 0.963 31606 30573 30573 1
## TR2-13-S231 0.978 21513 21064 21063 1
## TR2-14-S232 0.968 20461 19700 19700 1
## TR2-15-S288 0.962 30381 28832 28832 1
## TR2-16-S184 0.964 35449 34188 34185 1
## TR2-17-S248 0.969 30516 30071 30071 1
## TR2-18-S326 0.970 15845 15515 15515 1
## TR2-19-S318 0.975 9814 9662 9662 1
## TR2-20-S271 0.971 30167 29595 29595 1
## TR2-21-S228 0.959 14959 14630 14630 1
## TR2-22-S364 0.960 18015 17620 17620 1
## TR2-25-S133 0.965 9694 9527 9527 1
## TR2-28-S286 0.937 31718 28751 28751 1
## TR2-3-S297 0.957 15428 15094 15094 1
## TR2-31-S182 0.956 25319 24528 24528 1
## TR2-34-S302 0.737 84 84 84 1
## TR2-37-S330 0.959 15811 15473 15473 1
## TR2-40-S259 0.970 20547 20312 20312 1
## TR2-46-S239 0.968 25098 24475 24475 1
## TR2-52-S230 0.966 14058 13833 13833 1
## TR2-58-S172 0.949 23412 22828 22828 1
## TR2-64-S216 0.961 20850 20344 20344 1
## TR4-1-S193 0.979 54034 51873 51857 1
## TR4-13-S142 0.965 18531 18061 18061 1
## TR4-14-S226 0.973 20340 20007 20007 1
## TR4-15-S218 0.976 21317 20936 20936 1
## TR4-16-S276 0.969 16595 16308 16308 1
## TR4-17-S114 0.969 28097 27386 27381 1
## TR4-18-S200 0.510 53 52 52 1
## TR4-19-S270 0.973 27315 26523 26523 1
## TR4-20-S269 0.975 20002 19498 19494 1
## TR4-21-S254 0.979 21405 20811 20805 1
## TR4-22-S344 0.976 15906 15392 15392 1
## TR4-25-S333 0.978 14608 14213 14213 1
## TR4-28-S183 0.976 13345 12958 12958 1
## TR4-3-S309 0.967 22206 21693 21693 1
## TR4-31-S278 0.981 29549 28468 28465 1
## TR4-34-S342 0.979 13647 13296 13296 1
## TR4-37-S188 0.972 23524 22202 22197 1
## TR4-40-S242 0.980 32725 31714 31714 1
## TR4-46-S215 0.978 24729 23673 23673 1
## TR4-52-S95 0.979 34505 32412 32400 1
## TR4-58-S112 0.982 12075 11655 11655 1
## TR4-64-S220 0.982 15483 15160 15160 1
## chimera_out_pc length_filtered_pc Description2 Experiment Reactor
## IR1-16-S307 0.99 1 <NA> Continuous IR
## IR1-17-S279 0.97 1 <NA> Continuous IR
## IR1-18-S287 0.90 1 <NA> Continuous IR
## IR1-2-S96 0.90 1 <NA> Continuous IR
## IR1-24-S295 0.97 1 <NA> Continuous IR
## IR1-26-S119 0.98 1 <NA> Continuous IR
## IR1-3-S320 0.99 1 <NA> Continuous IR
## IR1-36-S159 0.98 1 <NA> Continuous IR
## IR1-37-S343 0.98 1 <NA> Continuous IR
## IR1-38-S337 0.96 1 <NA> Continuous IR
## IR1-39-S351 0.98 1 <NA> Continuous IR
## IR1-4-S223 0.99 1 <NA> Continuous IR
## IR1-43-S256 0.98 1 <NA> Continuous IR
## IR1-44-S264 0.98 1 <NA> Continuous IR
## IR1-45-S128 0.98 1 <NA> Continuous IR
## IR1-48-S339 0.98 1 <NA> Continuous IR
## IR1-54-S130 0.98 1 <NA> Continuous IR
## IR1-57-S356 0.98 1 <NA> Continuous IR
## IR1-6-S250 0.98 1 <NA> Continuous IR
## IR1-63-S155 0.98 1 <NA> Continuous IR
## IR1-69-S198 1.00 1 <NA> Continuous IR
## IR1-77-S202 0.99 1 <NA> Continuous IR
## IR1-8-S260 0.97 1 <NA> Continuous IR
## TR2-1-S273 0.97 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-13-S231 0.98 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-14-S232 0.96 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-15-S288 0.95 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-16-S184 0.96 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-17-S248 0.99 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-18-S326 0.98 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-19-S318 0.98 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-20-S271 0.98 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-21-S228 0.98 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-22-S364 0.98 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-25-S133 0.98 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-28-S286 0.91 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-3-S297 0.98 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-31-S182 0.97 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-34-S302 1.00 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-37-S330 0.98 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-40-S259 0.99 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-46-S239 0.98 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-52-S230 0.98 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-58-S172 0.98 1 <NA> Continuous TR2
## TR2-64-S216 0.98 1 <NA> Continuous TR2
## TR4-1-S193 0.96 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-13-S142 0.97 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-14-S226 0.98 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-15-S218 0.98 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-16-S276 0.98 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-17-S114 0.97 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-18-S200 0.98 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-19-S270 0.97 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-20-S269 0.97 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-21-S254 0.97 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-22-S344 0.97 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-25-S333 0.97 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-28-S183 0.97 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-3-S309 0.98 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-31-S278 0.96 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-34-S342 0.97 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-37-S188 0.94 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-40-S242 0.97 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-46-S215 0.96 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-52-S95 0.94 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-58-S112 0.97 1 <NA> Continuous TR4
## TR4-64-S220 0.98 1 <NA> Continuous TR4
## Treatment Day_of_Connection Day_of_Treatment Day_from_Inoculum
## IR1-16-S307 Control -7 -23 16
## IR1-17-S279 Control -6 -22 17
## IR1-18-S287 Control -4 -20 19
## IR1-2-S96 Control -21 -37 2
## IR1-24-S295 Control 1 -15 24
## IR1-26-S119 Control 3 -13 26
## IR1-3-S320 Control -20 -36 3
## IR1-36-S159 Control 13 -3 36
## IR1-37-S343 Control 14 -2 37
## IR1-38-S337 Control 15 -1 38
## IR1-39-S351 Control 16 0 39
## IR1-4-S223 Control -19 -35 4
## IR1-43-S256 Control 20 4 43
## IR1-44-S264 Control 21 5 44
## IR1-45-S128 Control 22 6 45
## IR1-48-S339 Control 25 9 48
## IR1-54-S130 Control 31 19 54
## IR1-57-S356 Control 34 18 57
## IR1-6-S250 Control -17 -33 6
## IR1-63-S155 Control 40 24 63
## IR1-69-S198 Control 46 30 69
## IR1-77-S202 Control 54 38 77
## IR1-8-S260 Control -15 -31 8
## TR2-1-S273 Antibiotic_A 1 -15 24
## TR2-13-S231 Antibiotic_A 13 -3 36
## TR2-14-S232 Antibiotic_A 14 -2 37
## TR2-15-S288 Antibiotic_A 15 -1 38
## TR2-16-S184 Antibiotic_A 16 0 39
## TR2-17-S248 Antibiotic_A 17 1 40
## TR2-18-S326 Antibiotic_A 18 2 41
## TR2-19-S318 Antibiotic_A 19 3 42
## TR2-20-S271 Antibiotic_A 20 4 43
## TR2-21-S228 Antibiotic_A 21 5 44
## TR2-22-S364 Antibiotic_A 22 6 45
## TR2-25-S133 Antibiotic_A 25 9 48
## TR2-28-S286 Antibiotic_A 28 12 51
## TR2-3-S297 Antibiotic_A 3 -13 26
## TR2-31-S182 Antibiotic_A 31 15 54
## TR2-34-S302 Antibiotic_A 34 18 57
## TR2-37-S330 Antibiotic_A 37 21 60
## TR2-40-S259 Antibiotic_A 40 24 63
## TR2-46-S239 Antibiotic_A 46 30 69
## TR2-52-S230 Antibiotic_A 52 36 75
## TR2-58-S172 Antibiotic_A 58 42 81
## TR2-64-S216 Antibiotic_A 64 48 87
## TR4-1-S193 Antibiotic_B 1 -15 24
## TR4-13-S142 Antibiotic_B 13 -3 36
## TR4-14-S226 Antibiotic_B 14 -2 37
## TR4-15-S218 Antibiotic_B 15 -1 38
## TR4-16-S276 Antibiotic_B 16 0 39
## TR4-17-S114 Antibiotic_B 17 1 40
## TR4-18-S200 Antibiotic_B 18 2 41
## TR4-19-S270 Antibiotic_B 19 3 42
## TR4-20-S269 Antibiotic_B 20 4 43
## TR4-21-S254 Antibiotic_B 21 5 44
## TR4-22-S344 Antibiotic_B 22 6 45
## TR4-25-S333 Antibiotic_B 25 9 48
## TR4-28-S183 Antibiotic_B 28 12 51
## TR4-3-S309 Antibiotic_B 3 -13 26
## TR4-31-S278 Antibiotic_B 31 15 54
## TR4-34-S342 Antibiotic_B 34 18 57
## TR4-37-S188 Antibiotic_B 37 21 60
## TR4-40-S242 Antibiotic_B 40 24 63
## TR4-46-S215 Antibiotic_B 46 30 69
## TR4-52-S95 Antibiotic_B 52 36 75
## TR4-58-S112 Antibiotic_B 58 42 81
## TR4-64-S220 Antibiotic_B 64 48 87
## Phase Treatment2 Paul GeneCopyNumberperML Antibiotic_mg.mL
## IR1-16-S307 Stab UNTREATED <NA> 3.26e+10 NA
## IR1-17-S279 Stab UNTREATED <NA> 3.20e+10 NA
## IR1-18-S287 Stab UNTREATED <NA> 2.79e+10 NA
## IR1-2-S96 Stab UNTREATED <NA> 2.60e+10 NA
## IR1-24-S295 Stab UNTREATED <NA> 2.49e+10 NA
## IR1-26-S119 Stab UNTREATED <NA> 2.82e+10 NA
## IR1-3-S320 Stab UNTREATED <NA> 4.42e+10 NA
## IR1-36-S159 Stab UNTREATED <NA> 3.15e+10 NA
## IR1-37-S343 Stab UNTREATED <NA> 5.33e+10 NA
## IR1-38-S337 Stab UNTREATED <NA> 6.54e+10 NA
## IR1-39-S351 Treat UNTREATED <NA> 6.42e+10 NA
## IR1-4-S223 Stab UNTREATED <NA> 4.44e+10 NA
## IR1-43-S256 Treat UNTREATED <NA> 5.42e+10 NA
## IR1-44-S264 Treat UNTREATED <NA> 4.10e+10 NA
## IR1-45-S128 Treat UNTREATED <NA> 3.32e+10 NA
## IR1-48-S339 Treat UNTREATED <NA> 2.95e+10 NA
## IR1-54-S130 Treat UNTREATED <NA> 2.27e+10 NA
## IR1-57-S356 Treat UNTREATED <NA> 2.04e+10 NA
## IR1-6-S250 Stab UNTREATED <NA> 4.10e+10 NA
## IR1-63-S155 Treat UNTREATED <NA> 2.56e+10 NA
## IR1-69-S198 Treat UNTREATED <NA> 3.99e+10 NA
## IR1-77-S202 Treat UNTREATED <NA> 3.14e+10 NA
## IR1-8-S260 Stab UNTREATED <NA> 5.58e+10 NA
## TR2-1-S273 Stab AB <NA> 3.49e+10 20
## TR2-13-S231 Stab AB <NA> 5.27e+10 20
## TR2-14-S232 Stab AB <NA> 5.78e+10 20
## TR2-15-S288 Stab AB <NA> 6.23e+10 20
## TR2-16-S184 Treat AB <NA> 4.77e+10 20
## TR2-17-S248 Treat AB <NA> 2.71e+10 20
## TR2-18-S326 Treat AB <NA> 3.22e+10 20
## TR2-19-S318 Treat AB <NA> 4.20e+10 20
## TR2-20-S271 Treat AB <NA> 2.27e+10 20
## TR2-21-S228 Treat AB <NA> 2.89e+10 20
## TR2-22-S364 Treat AB <NA> 3.98e+10 20
## TR2-25-S133 Treat AB <NA> 3.16e+10 20
## TR2-28-S286 Treat AB <NA> 3.16e+10 20
## TR2-3-S297 Stab AB <NA> 4.23e+10 20
## TR2-31-S182 Treat AB <NA> 2.61e+10 20
## TR2-34-S302 Treat AB <NA> 2.79e+10 20
## TR2-37-S330 Treat AB <NA> 2.08e+10 20
## TR2-40-S259 Treat AB <NA> 2.77e+10 20
## TR2-46-S239 Treat AB <NA> 5.05e+10 20
## TR2-52-S230 Treat AB <NA> 3.52e+10 20
## TR2-58-S172 Treat AB <NA> 2.54e+10 20
## TR2-64-S216 Treat AB <NA> 2.79e+10 20
## TR4-1-S193 Stab AB <NA> 3.40e+10 90
## TR4-13-S142 Stab AB <NA> 5.63e+10 90
## TR4-14-S226 Stab AB <NA> 5.00e+10 90
## TR4-15-S218 Stab AB <NA> 6.68e+10 90
## TR4-16-S276 Treat AB <NA> 3.96e+10 90
## TR4-17-S114 Treat AB <NA> 3.74e+10 90
## TR4-18-S200 Treat AB <NA> 6.03e+10 90
## TR4-19-S270 Treat AB <NA> 5.61e+10 90
## TR4-20-S269 Treat AB <NA> 4.27e+10 90
## TR4-21-S254 Treat AB <NA> 5.82e+10 90
## TR4-22-S344 Treat AB <NA> 7.52e+10 90
## TR4-25-S333 Treat AB <NA> 4.16e+10 90
## TR4-28-S183 Treat AB <NA> 4.30e+10 90
## TR4-3-S309 Stab AB <NA> 3.98e+10 90
## TR4-31-S278 Treat AB <NA> 4.38e+10 90
## TR4-34-S342 Treat AB <NA> 4.68e+10 90
## TR4-37-S188 Treat AB <NA> 5.12e+10 90
## TR4-40-S242 Treat AB <NA> 5.57e+10 90
## TR4-46-S215 Treat AB <NA> 6.31e+10 90
## TR4-52-S95 Treat AB <NA> 4.94e+10 90
## TR4-58-S112 Treat AB <NA> 7.74e+10 90
## TR4-64-S220 Treat AB <NA> 6.94e+10 90
## Fermentation Antibiotic Lactose_mM Glucose_mM Galactose_mM
## IR1-16-S307 NA <NA> 0.111 0.000 0.000
## IR1-17-S279 NA <NA> 0.108 0.000 0.000
## IR1-18-S287 NA <NA> 0.112 0.000 0.000
## IR1-2-S96 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-24-S295 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-26-S119 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-3-S320 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-36-S159 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-37-S343 NA <NA> 0.000 NA 0.000
## IR1-38-S337 NA <NA> 0.000 0.000 1.608
## IR1-39-S351 NA <NA> 0.000 0.000 1.765
## IR1-4-S223 NA <NA> 0.000 0.736 0.000
## IR1-43-S256 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-44-S264 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-45-S128 NA <NA> NA NA NA
## IR1-48-S339 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-54-S130 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-57-S356 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-6-S250 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-63-S155 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-69-S198 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-77-S202 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## IR1-8-S260 NA <NA> 0.000 0.000 0.000
## TR2-1-S273 NA Antibiotic_A NA NA NA
## TR2-13-S231 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-14-S232 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-15-S288 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-16-S184 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-17-S248 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-18-S326 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-19-S318 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-20-S271 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-21-S228 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-22-S364 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-25-S133 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-28-S286 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-3-S297 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-31-S182 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 1.008
## TR2-34-S302 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-37-S330 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-40-S259 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-46-S239 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-52-S230 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-58-S172 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR2-64-S216 NA Antibiotic_A 0.000 0.000 0.000
## TR4-1-S193 NA Antibiotic_B NA NA NA
## TR4-13-S142 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 0.000
## TR4-14-S226 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 0.000
## TR4-15-S218 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 0.000
## TR4-16-S276 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 0.000
## TR4-17-S114 NA Antibiotic_B 0.000 1.401 1.045
## TR4-18-S200 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 1.532
## TR4-19-S270 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 1.380
## TR4-20-S269 NA Antibiotic_B 0.000 0.446 1.237
## TR4-21-S254 NA Antibiotic_B 0.598 0.000 1.033
## TR4-22-S344 NA Antibiotic_B 0.471 0.383 0.000
## TR4-25-S333 NA Antibiotic_B 0.318 0.000 0.000
## TR4-28-S183 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 0.000
## TR4-3-S309 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 0.000
## TR4-31-S278 NA Antibiotic_B NA NA NA
## TR4-34-S342 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 0.000
## TR4-37-S188 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 0.000
## TR4-40-S242 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 0.000
## TR4-46-S215 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 0.000
## TR4-52-S95 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 0.000
## TR4-58-S112 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 0.000
## TR4-64-S220 NA Antibiotic_B 0.000 0.000 0.000
## Succinat_mM Lactat_mM Formiat_mM Acetat_mM Propionat_mM
## IR1-16-S307 8.403 0.000 3.022 59.445 14.806
## IR1-17-S279 6.582 0.000 2.551 63.570 12.533
## IR1-18-S287 6.977 0.000 3.131 61.230 12.129
## IR1-2-S96 11.188 0.000 2.195 54.634 4.767
## IR1-24-S295 6.862 0.000 3.239 65.522 15.644
## IR1-26-S119 4.957 0.000 0.000 70.004 16.081
## IR1-3-S320 12.546 0.000 0.000 65.405 10.260
## IR1-36-S159 1.818 0.000 0.000 80.582 13.261
## IR1-37-S343 2.801 7.732 0.000 50.595 10.602
## IR1-38-S337 3.233 10.316 3.202 45.582 9.269
## IR1-39-S351 4.742 11.710 3.238 40.536 7.296
## IR1-4-S223 13.888 0.000 0.000 74.813 12.634
## IR1-43-S256 0.696 0.000 0.000 84.344 18.354
## IR1-44-S264 2.068 0.000 0.000 76.906 16.969
## IR1-45-S128 NA NA NA NA NA
## IR1-48-S339 0.674 0.000 0.000 69.611 10.977
## IR1-54-S130 0.646 0.000 0.000 65.814 11.962
## IR1-57-S356 0.330 0.000 0.000 67.957 10.292
## IR1-6-S250 14.292 0.000 0.000 83.221 12.127
## IR1-63-S155 0.356 0.000 0.000 71.316 12.482
## IR1-69-S198 0.000 0.000 0.000 78.578 12.904
## IR1-77-S202 0.000 4.346 0.000 74.352 13.977
## IR1-8-S260 11.229 0.000 0.000 77.668 12.081
## TR2-1-S273 NA NA NA NA NA
## TR2-13-S231 1.990 0.000 0.000 93.560 14.283
## TR2-14-S232 1.687 0.000 0.000 90.856 13.870
## TR2-15-S288 0.792 0.000 0.000 98.070 13.180
## TR2-16-S184 0.752 0.000 0.000 99.902 12.294
## TR2-17-S248 1.116 0.000 0.000 95.235 12.018
## TR2-18-S326 2.193 0.000 0.000 96.527 9.384
## TR2-19-S318 2.973 0.000 0.000 90.991 7.423
## TR2-20-S271 3.025 0.000 0.000 75.634 7.726
## TR2-21-S228 3.420 0.000 0.000 84.906 5.716
## TR2-22-S364 2.853 0.000 0.000 84.486 4.727
## TR2-25-S133 3.076 0.000 0.000 82.344 5.823
## TR2-28-S286 0.877 0.000 0.000 88.906 4.666
## TR2-3-S297 6.593 0.000 2.587 63.021 18.800
## TR2-31-S182 2.177 0.000 0.000 91.660 8.217
## TR2-34-S302 4.281 0.000 0.000 94.764 5.288
## TR2-37-S330 3.602 0.000 0.000 103.752 4.216
## TR2-40-S259 5.119 0.000 0.000 102.943 8.903
## TR2-46-S239 3.776 0.000 0.000 110.663 12.096
## TR2-52-S230 0.000 0.000 0.000 91.397 12.261
## TR2-58-S172 0.327 0.000 1.249 68.746 13.115
## TR2-64-S216 0.511 0.000 2.219 57.910 13.311
## TR4-1-S193 NA NA NA NA NA
## TR4-13-S142 0.623 0.000 0.000 89.036 13.196
## TR4-14-S226 0.748 0.000 0.000 94.132 13.831
## TR4-15-S218 0.621 0.000 0.000 101.441 14.850
## TR4-16-S276 0.742 0.000 0.000 95.815 13.114
## TR4-17-S114 4.792 0.000 0.000 79.243 17.005
## TR4-18-S200 8.744 0.000 0.000 57.244 21.131
## TR4-19-S270 11.605 0.000 0.000 48.991 21.902
## TR4-20-S269 10.699 0.000 10.349 46.502 23.092
## TR4-21-S254 10.796 0.000 9.618 47.637 24.239
## TR4-22-S344 10.667 0.000 0.000 44.945 22.242
## TR4-25-S333 8.354 0.000 0.000 39.160 17.485
## TR4-28-S183 7.903 0.000 0.000 37.823 14.292
## TR4-3-S309 4.884 0.000 0.000 74.419 16.121
## TR4-31-S278 NA NA NA NA NA
## TR4-34-S342 5.187 0.000 0.000 44.793 15.056
## TR4-37-S188 6.401 0.000 0.000 44.769 16.874
## TR4-40-S242 7.825 7.755 0.000 42.346 15.733
## TR4-46-S215 7.444 8.524 0.000 46.362 19.358
## TR4-52-S95 7.698 0.000 0.000 40.062 23.478
## TR4-58-S112 6.615 0.000 0.000 30.977 15.826
## TR4-64-S220 0.418 3.808 0.000 41.394 17.022
## Isobutyrat_mM Butyrat_mM Isovalerat_mM Valerat_mM Total_SCFA_mM
## IR1-16-S307 6.315 35.967 7.097 6.126 141.181
## IR1-17-S279 6.502 42.810 6.828 5.438 146.814
## IR1-18-S287 6.518 41.377 7.063 5.312 143.737
## IR1-2-S96 1.011 32.783 0.986 5.139 112.703
## IR1-24-S295 6.740 43.375 7.831 5.631 154.844
## IR1-26-S119 7.425 42.255 7.986 7.521 156.229
## IR1-3-S320 5.111 39.518 7.536 6.546 146.922
## IR1-36-S159 6.892 41.525 6.992 8.255 159.325
## IR1-37-S343 4.273 20.076 3.437 2.288 101.804
## IR1-38-S337 4.210 14.028 2.306 1.122 94.876
## IR1-39-S351 0.000 9.521 1.415 0.477 80.700
## IR1-4-S223 6.540 37.590 8.385 7.366 161.216
## IR1-43-S256 7.196 27.685 4.619 0.000 142.894
## IR1-44-S264 6.771 27.800 4.159 1.947 136.620
## IR1-45-S128 NA NA NA NA NA
## IR1-48-S339 9.553 47.429 4.358 6.721 149.323
## IR1-54-S130 9.046 41.833 5.919 6.912 142.132
## IR1-57-S356 5.339 39.561 4.819 6.555 134.853
## IR1-6-S250 6.863 34.543 7.530 6.715 165.291
## IR1-63-S155 6.156 39.345 5.694 6.666 142.015
## IR1-69-S198 6.546 40.828 5.852 8.191 152.899
## IR1-77-S202 10.539 40.389 3.007 7.588 154.198
## IR1-8-S260 6.830 31.547 7.009 4.427 150.791
## TR2-1-S273 NA NA NA NA NA
## TR2-13-S231 7.367 41.719 6.875 6.376 172.170
## TR2-14-S232 7.782 43.157 6.980 7.847 172.179
## TR2-15-S288 8.776 44.333 6.422 7.313 178.886
## TR2-16-S184 7.596 44.129 5.802 6.606 177.081
## TR2-17-S248 7.794 47.890 6.038 3.410 173.501
## TR2-18-S326 6.547 47.253 3.761 1.469 167.134
## TR2-19-S318 0.000 44.651 2.036 0.036 148.110
## TR2-20-S271 0.000 48.862 3.874 0.570 139.691
## TR2-21-S228 0.000 41.240 1.044 0.000 136.326
## TR2-22-S364 0.000 43.389 1.149 0.000 136.604
## TR2-25-S133 0.000 40.410 1.342 0.000 132.995
## TR2-28-S286 0.000 44.515 1.109 0.000 140.073
## TR2-3-S297 6.150 45.191 7.968 3.384 153.694
## TR2-31-S182 5.115 45.407 4.247 0.000 156.823
## TR2-34-S302 0.000 39.231 1.511 0.000 145.075
## TR2-37-S330 1.411 39.604 1.355 0.000 153.940
## TR2-40-S259 0.000 35.693 4.456 0.000 157.114
## TR2-46-S239 5.428 44.934 6.609 0.000 183.506
## TR2-52-S230 8.766 43.145 5.232 0.000 160.801
## TR2-58-S172 10.398 52.683 7.211 0.338 154.067
## TR2-64-S216 7.440 35.756 6.925 0.233 124.305
## TR4-1-S193 NA NA NA NA NA
## TR4-13-S142 7.595 36.478 6.940 8.164 162.032
## TR4-14-S226 8.933 34.897 6.840 8.443 167.824
## TR4-15-S218 7.813 33.872 6.542 8.752 173.891
## TR4-16-S276 8.162 37.582 6.557 8.358 170.330
## TR4-17-S114 8.207 28.479 6.182 4.307 148.215
## TR4-18-S200 5.169 14.109 5.840 1.585 113.822
## TR4-19-S270 4.715 6.737 5.970 0.436 100.356
## TR4-20-S269 4.802 3.750 5.741 0.000 104.935
## TR4-21-S254 0.000 1.522 5.250 0.000 99.062
## TR4-22-S344 6.994 2.367 5.154 0.000 92.369
## TR4-25-S333 5.935 2.601 5.816 0.000 79.351
## TR4-28-S183 5.811 2.036 4.958 0.000 72.823
## TR4-3-S309 6.230 45.385 8.218 3.351 158.608
## TR4-31-S278 NA NA NA NA NA
## TR4-34-S342 4.904 0.634 4.836 0.000 75.410
## TR4-37-S188 4.021 0.450 6.832 0.000 79.347
## TR4-40-S242 4.230 0.000 6.867 0.000 77.001
## TR4-46-S215 4.941 0.287 7.161 0.000 85.553
## TR4-52-S95 12.070 0.000 3.823 0.000 87.131
## TR4-58-S112 0.000 0.994 5.581 0.000 59.993
## TR4-64-S220 5.820 2.230 4.591 0.000 71.475
ps_poly %>%
filter_taxa(function(x) sum(x > 0) > 0, TRUE) %>%
saveRDS("~/Documents/GitHub/DivComAnalyses/data-raw/ps_PolyFermS.RDS")
Invivo:
"~/Documents/GitHub/mIMT/data/physeq_silva132_clean_phangorn_tree_NAin.RDS" %>%
readRDS() %>%
subset_samples(sample_type %in% c("Feces","Cecum")) %>%
subset_samples(!treatment %in% c("InoculumFermenter_slurry","InoculumFermenter", "Caecal_inoculum_F6")) %>%
subset_samples(!is.na(treatment)) %>%
subset_samples(!is.na(day)) %>%
subset_samples(remove != "x") %>% #sample_data() %>% data.frame()
subset_samples(tabled > 500) %>%
filter_taxa(function(x) sum(x > 0) > 0, TRUE) -> physeq
sample_data(physeq)$treatment = factor(sample_data(physeq)$treatment,
levels = c("H2O", "H2O_co",
"Eubiotic",
"Normobiotic",
"Dysbiotic",
"DSS", "DSS_co",
"Predni"))
sample_data(physeq)$sample_type = factor(sample_data(physeq)$sample_type,
levels = c("Feces",
"Cecum"))
sample_data(physeq)$day = factor(sample_data(physeq)$day,
levels = c("Day_-1",
"Day_6",
"Day_12",
"Day_14"))
sample_data(physeq)$treatment_grouped <- factor(ifelse(sample_data(physeq)$treatment == "DSS_co", "DSS",
ifelse(sample_data(physeq)$treatment == "H2O_co", "H2O",
as.vector(sample_data(physeq)$treatment))),
levels = c("H2O",
"Eubiotic",
"Normobiotic",
"Dysbiotic",
"DSS",
"Predni"))
sample_data(physeq)$treatment_invivo <- factor(ifelse(sample_data(physeq)$treatment_grouped %in% c("H2O") | sample_data(physeq)$day %in% c("Day_-1"),
"none",
as.vector(sample_data(physeq)$treatment_grouped)),
levels = c("none",
"Eubiotic",
"Normobiotic",
"Dysbiotic",
"DSS",
"Predni"))
sample_data(physeq)$day_num <- as.numeric(parse_number(as.character(sample_data(physeq)$day)))
tax_table(physeq) <- tax_table(physeq)[,-8]
physeq %>%
sample_data() %>%
data.frame()
## sample_file input filtered filtered_pc denoisedF denoisedR
## MSQ4_AG_012 MSQ4_AG_012 93567 93211 1.00 92469 92315
## MSQ4_AG_013 MSQ4_AG_013 40818 40666 1.00 40327 40227
## MSQ4_AG_014 MSQ4_AG_014 53457 53157 0.99 52395 52446
## MSQ4_AG_015 MSQ4_AG_015 55794 55469 0.99 54765 54579
## MSQ4_AG_016 MSQ4_AG_016 40971 40388 0.99 39465 39648
## MSQ4_AG_017 MSQ4_AG_017 52401 52106 0.99 51510 51336
## MSQ4_AG_018 MSQ4_AG_018 49906 49796 1.00 49291 49546
## MSQ4_AG_019 MSQ4_AG_019 50731 50522 1.00 50000 49963
## MSQ4_AG_020 MSQ4_AG_020 69677 69339 1.00 68796 68640
## MSQ4_AG_021 MSQ4_AG_021 34990 34902 1.00 34611 34636
## MSQ4_AG_022 MSQ4_AG_022 55591 55355 1.00 54835 54735
## MSQ4_AG_023 MSQ4_AG_023 53398 53114 0.99 52558 52451
## MSQ4_AG_024 MSQ4_AG_024 46684 46414 0.99 45811 45946
## MSQ4_AG_025 MSQ4_AG_025 58371 57920 0.99 57113 57230
## MSQ4_AG_027 MSQ4_AG_027 59798 59534 1.00 58847 58892
## MSQ4_AG_028 MSQ4_AG_028 44799 44424 0.99 43891 43482
## MSQ4_AG_029 MSQ4_AG_029 39558 39318 0.99 38996 38835
## MSQ4_AG_030 MSQ4_AG_030 75323 75034 1.00 73911 74263
## MSQ4_AG_031 MSQ4_AG_031 57329 56983 0.99 56039 55936
## MSQ4_AG_033 MSQ4_AG_033 72638 71967 0.99 71090 71253
## MSQ4_AG_034 MSQ4_AG_034 53259 53048 1.00 52446 52420
## MSQ4_AG_035 MSQ4_AG_035 65565 65270 1.00 64634 64650
## MSQ4_AG_036 MSQ4_AG_036 77111 76640 0.99 75958 75085
## MSQ4_AG_037 MSQ4_AG_037 36922 36800 1.00 36357 36452
## MSQ4_AG_038 MSQ4_AG_038 53327 53112 1.00 52379 52522
## MSQ4_AG_039 MSQ4_AG_039 48920 48737 1.00 47846 48215
## MSQ4_AG_040 MSQ4_AG_040 38760 38291 0.99 37527 37748
## MSQ4_AG_041 MSQ4_AG_041 45415 44890 0.99 44161 44437
## MSQ4_AG_042 MSQ4_AG_042 52962 52710 1.00 52121 52200
## MSQ4_AG_043 MSQ4_AG_043 52039 51598 0.99 50997 51089
## MSQ4_AG_044 MSQ4_AG_044 52547 52402 1.00 51864 52036
## MSQ4_AG_045 MSQ4_AG_045 38678 38540 1.00 38170 38178
## MSQ4_AG_046 MSQ4_AG_046 50942 50761 1.00 49987 50055
## MSQ4_AG_047 MSQ4_AG_047 51012 50547 0.99 49780 49609
## MSQ4_AG_049 MSQ4_AG_049 60539 59726 0.99 58269 58706
## MSQ4_AG_050 MSQ4_AG_050 52454 52136 0.99 51273 50886
## MSQ4_AG_051 MSQ4_AG_051 58408 58062 0.99 56836 57236
## MSQ4_AG_052 MSQ4_AG_052 63806 63282 0.99 62447 62392
## MSQ4_AG_053 MSQ4_AG_053 45783 45404 0.99 44683 44819
## MSQ4_AG_054 MSQ4_AG_054 62902 62235 0.99 60999 61371
## MSQ4_AG_055 MSQ4_AG_055 62301 61916 0.99 60471 61055
## MSQ4_AG_056 MSQ4_AG_056 35572 34288 0.96 32717 33719
## MSQ4_AG_057 MSQ4_AG_057 63920 63563 0.99 62662 62913
## MSQ4_AG_058 MSQ4_AG_058 60572 60229 0.99 59580 59050
## MSQ4_AG_059 MSQ4_AG_059 61027 60756 1.00 60154 60162
## MSQ4_AG_062 MSQ4_AG_062 91051 90544 0.99 89611 88397
## MSQ4_AG_064 MSQ4_AG_064 49059 48696 0.99 47885 47755
## MSQ4_AG_065 MSQ4_AG_065 50683 50339 0.99 49570 49552
## MSQ4_AG_072 MSQ4_AG_072 27975 27845 1.00 27527 27312
## MSQ4_AG_076 MSQ4_AG_076 62101 61803 1.00 61320 60640
## MSQ4_AG_077 MSQ4_AG_077 48039 47769 0.99 47404 45592
## MSQ4_AG_080 MSQ4_AG_080 42443 41953 0.99 41150 41277
## MSQ4_AG_083 MSQ4_AG_083 55840 55409 0.99 55006 54267
## MSQ4_AG_084 MSQ4_AG_084 64132 63673 0.99 63328 62957
## MSQ4_AG_085 MSQ4_AG_085 48367 48121 0.99 47654 47338
## MSQ4_AG_086 MSQ4_AG_086 69480 69020 0.99 68163 67904
## MSQ4_AG_087 MSQ4_AG_087 50207 49895 0.99 49057 49414
## MSQ4_AG_088 MSQ4_AG_088 40287 39949 0.99 39410 39736
## MSQ4_AG_089 MSQ4_AG_089 59156 58962 1.00 58378 58546
## MSQ4_AG_091 MSQ4_AG_091 59808 59573 1.00 59038 59223
## MSQ4_AG_092 MSQ4_AG_092 66878 66665 1.00 66329 66184
## MSQ4_AG_093 MSQ4_AG_093 49707 49503 1.00 49236 49074
## MSQ4_AG_095 MSQ4_AG_095 53637 53374 1.00 52612 52473
## MSQ4_AG_096 MSQ4_AG_096 58366 58124 1.00 57558 57557
## MSQ4_AG_101 MSQ4_AG_101 44687 44476 1.00 43991 43442
## MSQ4_AG_103 MSQ4_AG_103 43368 43164 1.00 42566 42450
## MSQ4_AG_104 MSQ4_AG_104 42000 41770 0.99 41368 41071
## MSQ4_AG_105 MSQ4_AG_105 44824 44673 1.00 44195 43993
## MSQ4_AG_106 MSQ4_AG_106 27532 27427 1.00 27140 26935
## MSQ4_AG_107 MSQ4_AG_107 42230 42049 1.00 41694 41013
## MSQ4_AG_108 MSQ4_AG_108 39332 39034 0.99 38634 38446
## MSQ4_AG_109 MSQ4_AG_109 42091 41872 0.99 41455 41088
## MSQ4_AG_111 MSQ4_AG_111 40620 40433 1.00 40081 39347
## MSQ4_AG_112 MSQ4_AG_112 53189 53039 1.00 52770 52559
## MSQ4_AG_113 MSQ4_AG_113 47890 47651 1.00 47206 46771
## MSQ4_AG_117 MSQ4_AG_117 47191 46890 0.99 46426 45967
## MSQ4_AG_119 MSQ4_AG_119 40226 40027 1.00 39649 38938
## MSQ4_AG_121 MSQ4_AG_121 55552 55098 0.99 54488 54043
## MSQ4_AG_125 MSQ4_AG_125 39530 39256 0.99 38814 38782
## MSQ4_AG_127 MSQ4_AG_127 40641 40473 1.00 39890 39801
## MSQ4_AG_128 MSQ4_AG_128 62334 62031 1.00 61579 60901
## MSQ4_AG_129 MSQ4_AG_129 51425 51231 1.00 50801 50419
## MSQ4_AG_130 MSQ4_AG_130 44513 44300 1.00 43931 43765
## MSQ4_AG_131 MSQ4_AG_131 46907 46588 0.99 46174 45791
## MSQ4_AG_132 MSQ4_AG_132 62755 62478 1.00 61813 61613
## MSQ4_AG_133 MSQ4_AG_133 52811 52750 1.00 52608 52582
## MSQ4_AG_135 MSQ4_AG_135 48184 47986 1.00 47510 47650
## MSQ4_AG_136 MSQ4_AG_136 50255 50062 1.00 49589 49481
## MSQ4_AG_141 MSQ4_AG_141 42603 42338 0.99 41868 41462
## MSQ4_AG_143 MSQ4_AG_143 51996 51719 0.99 51228 51116
## MSQ4_AG_144 MSQ4_AG_144 56545 56149 0.99 55566 55094
## MSQ4_AG_145 MSQ4_AG_145 62003 61573 0.99 60862 59759
## MSQ4_AG_148 MSQ4_AG_148 106414 105300 0.99 103679 103442
## MSQ4_AG_149 MSQ4_AG_149 65720 65374 0.99 64492 64683
## MSQ4_AG_151 MSQ4_AG_151 51698 51461 1.00 50592 50846
## MSQ4_AG_152 MSQ4_AG_152 60137 59777 0.99 59149 58604
## MSQ4_AG_153 MSQ4_AG_153 74050 73761 1.00 73032 72948
## MSQ4_AG_154 MSQ4_AG_154 59604 59382 1.00 58712 58688
## MSQ4_AG_155 MSQ4_AG_155 51161 50935 1.00 50293 50069
## MSQ4_AG_156 MSQ4_AG_156 51215 50963 1.00 50328 50259
## MSQ4_AG_157 MSQ4_AG_157 52562 52278 0.99 51669 51628
## MSQ4_AG_159 MSQ4_AG_159 50577 50372 1.00 49820 49927
## MSQ4_AG_160 MSQ4_AG_160 52036 51881 1.00 51277 51128
## MSQ4_AG_161 MSQ4_AG_161 53262 53066 1.00 52382 52295
## MSQ4_AG_162 MSQ4_AG_162 26849 26741 1.00 26537 26404
## MSQ4_AG_163 MSQ4_AG_163 41089 40983 1.00 40544 40527
## MSQ4_AG_164 MSQ4_AG_164 58504 58260 1.00 57600 57629
## MSQ4_AG_165 MSQ4_AG_165 44066 43788 0.99 43433 43258
## MSQ4_AG_167 MSQ4_AG_167 40666 40526 1.00 40127 39915
## MSQ4_AG_168 MSQ4_AG_168 59813 59641 1.00 58927 59222
## MSQ4_AG_169 MSQ4_AG_169 52568 52350 1.00 51774 51678
## MSQ4_AG_170 MSQ4_AG_170 53081 52864 1.00 52362 52188
## MSQ4_AG_171 MSQ4_AG_171 54893 54774 1.00 54406 54406
## MSQ4_AG_172 MSQ4_AG_172 50625 50407 1.00 49826 49943
## MSQ4_AG_173 MSQ4_AG_173 53181 53027 1.00 52527 52632
## MSQ4_AG_175 MSQ4_AG_175 64177 63956 1.00 63311 63418
## MSQ4_AG_176 MSQ4_AG_176 52979 52633 0.99 52230 51930
## MSQ4_AG_177 MSQ4_AG_177 45011 44786 1.00 44214 44211
## MSQ4_AG_178 MSQ4_AG_178 39193 39021 1.00 38638 38559
## MSQ4_AG_179 MSQ4_AG_179 40775 40559 0.99 40207 39971
## MSQ4_AG_180 MSQ4_AG_180 42071 41887 1.00 41491 41500
## MSQ4_AG_181 MSQ4_AG_181 41096 40910 1.00 40546 40383
## MSQ4_AG_183 MSQ4_AG_183 40995 40747 0.99 40340 40184
## MSQ4_AG_184 MSQ4_AG_184 49569 49326 1.00 48760 48775
## MSQ4_AG_185 MSQ4_AG_185 48720 48497 1.00 47958 47940
## MSQ4_AG_186 MSQ4_AG_186 47408 47208 1.00 46771 46814
## MSQ4_AG_187 MSQ4_AG_187 37512 37373 1.00 36828 36760
## MSQ4_AG_188 MSQ4_AG_188 39871 39566 0.99 39104 39056
## MSQ4_AG_189 MSQ4_AG_189 56051 55723 0.99 55092 54971
## MSQ4_AG_191 MSQ4_AG_191 59032 58519 0.99 57455 57796
## MSQ4_AG_192 MSQ4_AG_192 46930 46753 1.00 46431 46398
## MSQ4_AG_193 MSQ4_AG_193 47507 47344 1.00 47037 46987
## MSQ4_AG_194 MSQ4_AG_194 44699 44583 1.00 44407 43977
## MSQ4_AG_195 MSQ4_AG_195 36586 36476 1.00 36219 35877
## MSQ4_AG_196 MSQ4_AG_196 49680 49517 1.00 48899 48992
## MSQ4_AG_197 MSQ4_AG_197 47543 47387 1.00 46954 46657
## MSQ4_AG_198 MSQ4_AG_198 30643 30370 0.99 29836 29872
## MSQ4_AG_201 MSQ4_AG_201 19609 19552 1.00 19236 19200
## MSQ4_AG_205 MSQ4_AG_205 27564 27484 1.00 27258 26995
## MSQ4_AG_207 MSQ4_AG_207 47445 47295 1.00 46990 46765
## MSQ4_AG_208 MSQ4_AG_208 49116 48952 1.00 48541 47988
## MSQ4_AG_209 MSQ4_AG_209 47970 47813 1.00 47480 47030
## MSQ4_AG_210 MSQ4_AG_210 45889 45777 1.00 45534 44948
## MSQ4_AG_211 MSQ4_AG_211 33390 33293 1.00 33088 32775
## MSQ4_AG_212 MSQ4_AG_212 42506 42302 1.00 41894 41578
## MSQ4_AG_213 MSQ4_AG_213 43843 43695 1.00 43432 43074
## MSQ4_AG_215 MSQ4_AG_215 52663 52152 0.99 51365 51380
## MSQ4_AG_216 MSQ4_AG_216 52964 52700 1.00 52068 51765
## MSQ4_AG_217 MSQ4_AG_217 47025 46566 0.99 45983 45793
## MSQ4_AG_218 MSQ4_AG_218 52979 52616 0.99 52121 51964
## MSQ4_AG_219 MSQ4_AG_219 41468 41166 0.99 40867 40569
## MSQ4_AG_220 MSQ4_AG_220 47053 46684 0.99 46120 45758
## MSQ4_AG_221 MSQ4_AG_221 48342 48045 0.99 47517 47407
## MSQ4_AG_223 MSQ4_AG_223 177273 176785 1.00 175909 174882
## MSQ4_AG_224 MSQ4_AG_224 60808 60684 1.00 60500 59901
## MSQ4_AG_225 MSQ4_AG_225 64724 64610 1.00 64343 63794
## MSQ4_AG_226 MSQ4_AG_226 65137 64950 1.00 64514 63983
## MSQ4_AG_227 MSQ4_AG_227 50035 49843 1.00 49494 48920
## MSQ4_AG_228 MSQ4_AG_228 47963 47800 1.00 47350 45595
## MSQ4_AG_229 MSQ4_AG_229 51531 51332 1.00 50606 49813
## MSQ4_AG_230 MSQ4_AG_230 47801 47402 0.99 46400 46698
## MSQ4_AG_231 MSQ4_AG_231 47930 47639 0.99 46940 46405
## MSQ4_AG_232 MSQ4_AG_232 53100 52944 1.00 52583 50509
## MSQ4_AG_233 MSQ4_AG_233 48950 48765 1.00 48039 48032
## MSQ4_AG_234 MSQ4_AG_234 53305 53203 1.00 52987 52680
## MSQ4_AG_235 MSQ4_AG_235 48004 47871 1.00 47560 47289
## MSQ4_AG_236 MSQ4_AG_236 46252 46162 1.00 45865 45532
## MSQ4_AG_237 MSQ4_AG_237 44539 44342 1.00 43781 43300
## MSQ4_AG_238 MSQ4_AG_238 36634 36350 0.99 35763 35886
## MSQ4_AG_239 MSQ4_AG_239 53216 52984 1.00 52413 51931
## MSQ4_AG_240 MSQ4_AG_240 56233 56075 1.00 55664 54836
## MSQ4_AG_241 MSQ4_AG_241 51504 51054 0.99 50318 50427
## MSQ4_AG_242 MSQ4_AG_242 60385 60073 0.99 59436 59290
## MSQ4_AG_243 MSQ4_AG_243 37948 37674 0.99 37386 36989
## MSQ4_AG_244 MSQ4_AG_244 54935 54453 0.99 53704 53820
## MSQ4_AG_245 MSQ4_AG_245 46503 46037 0.99 45414 45295
## MSQ4_AG_247 MSQ4_AG_247 54664 54237 0.99 53518 53836
## MSQ4_AG_248 MSQ4_AG_248 55742 55304 0.99 54723 54741
## MSQ4_AG_249 MSQ4_AG_249 49424 49146 0.99 48539 48653
## MSQ6_AG_250 MSQ6_AG_250 44852 44233 0.99 42985 43681
## MSQ6_AG_251 MSQ6_AG_251 72545 72048 0.99 70726 70818
## MSQ6_AG_252 MSQ6_AG_252 76560 76051 0.99 74773 75012
## MSQ6_AG_253 MSQ6_AG_253 62479 62192 1.00 61528 61201
## MSQ6_AG_254 MSQ6_AG_254 78944 78670 1.00 77717 77643
## MSQ6_AG_255 MSQ6_AG_255 72930 72622 1.00 71294 71600
## MSQ6_AG_256 MSQ6_AG_256 194545 193572 0.99 191373 191090
## MSQ6_AG_257 MSQ6_AG_257 62034 61405 0.99 60035 60599
## MSQ6_AG_258 MSQ6_AG_258 77255 76602 0.99 75092 75664
## MSQ6_AG_259 MSQ6_AG_259 58784 58444 0.99 57469 57504
## MSQ6_AG_260 MSQ6_AG_260 65923 65701 1.00 64821 65102
## MSQ6_AG_261 MSQ6_AG_261 51065 50870 1.00 50385 50108
## MSQ6_AG_262 MSQ6_AG_262 123400 123134 1.00 122255 122251
## MSQ6_AG_263 MSQ6_AG_263 60612 60294 0.99 59542 59544
## MSQ6_AG_264 MSQ6_AG_264 66974 66745 1.00 65951 65893
## MSQ6_AG_265 MSQ6_AG_265 59225 58828 0.99 57814 57973
## MSQ6_AG_266 MSQ6_AG_266 51960 51647 0.99 51109 50886
## MSQ6_AG_267 MSQ6_AG_267 46397 46164 0.99 45606 45440
## MSQ6_AG_268 MSQ6_AG_268 58147 57935 1.00 57246 57057
## MSQ6_AG_269 MSQ6_AG_269 39694 39532 1.00 39238 38563
## MSQ6_AG_270 MSQ6_AG_270 68256 68022 1.00 67550 67121
## MSQ6_AG_271 MSQ6_AG_271 58802 58539 1.00 57821 57447
## MSQ6_AG_272 MSQ6_AG_272 60650 60490 1.00 59736 59509
## MSQ6_AG_273 MSQ6_AG_273 57328 57044 1.00 56355 56014
## MSQ6_AG_274 MSQ6_AG_274 29429 29027 0.99 28156 28747
## MSQ6_AG_275 MSQ6_AG_275 66291 65873 0.99 64667 65136
## MSQ6_AG_276 MSQ6_AG_276 72439 71975 0.99 70689 71241
## MSQ6_AG_277 MSQ6_AG_277 54210 53967 1.00 53350 53370
## MSQ6_AG_278 MSQ6_AG_278 53699 53269 0.99 52615 51918
## MSQ6_AG_279 MSQ6_AG_279 57656 57347 0.99 56419 56677
## MSQ6_AG_281 MSQ6_AG_281 74977 74354 0.99 72774 73647
## MSQ6_AG_282 MSQ6_AG_282 46134 45771 0.99 44977 45491
## MSQ6_AG_283 MSQ6_AG_283 43200 42935 0.99 41926 42309
## MSQ6_AG_284 MSQ6_AG_284 61771 61392 0.99 60360 60789
## MSQ6_AG_285 MSQ6_AG_285 52064 51842 1.00 51293 51367
## MSQ6_AG_286 MSQ6_AG_286 60985 60720 1.00 60048 60142
## MSQ6_AG_287 MSQ6_AG_287 58725 58433 1.00 57619 57826
## MSQ6_AG_288 MSQ6_AG_288 53218 52990 1.00 52344 52408
## MSQ6_AG_290 MSQ6_AG_290 35191 34713 0.99 33684 34288
## MSQ6_AG_291 MSQ6_AG_291 59786 59402 0.99 58312 58638
## MSQ6_AG_292 MSQ6_AG_292 71389 70960 0.99 69815 70122
## MSQ6_AG_293 MSQ6_AG_293 48071 47899 1.00 47393 47356
## MSQ6_AG_294 MSQ6_AG_294 60459 60267 1.00 59414 59486
## MSQ6_AG_295 MSQ6_AG_295 56699 56368 0.99 55608 55822
## MSQ6_AG_296 MSQ6_AG_296 52415 52164 1.00 51488 51508
## MSQ6_AG_298 MSQ6_AG_298 40629 40017 0.98 37962 39383
## MSQ6_AG_299 MSQ6_AG_299 67522 67104 0.99 65052 65909
## MSQ6_AG_300 MSQ6_AG_300 62759 62323 0.99 60618 61516
## MSQ6_AG_301 MSQ6_AG_301 51923 51673 1.00 50793 51026
## MSQ6_AG_302 MSQ6_AG_302 67574 67308 1.00 66518 66567
## MSQ6_AG_303 MSQ6_AG_303 69843 69434 0.99 68180 68564
## MSQ6_AG_304 MSQ6_AG_304 53162 52908 1.00 52171 52277
## MSQ6_AG_305 MSQ6_AG_305 89399 88860 0.99 86777 87744
## MSQ6_AG_306 MSQ6_AG_306 47024 46664 0.99 46031 46150
## MSQ6_AG_307 MSQ6_AG_307 52772 52491 0.99 51730 51714
## MSQ6_AG_308 MSQ6_AG_308 57920 57707 1.00 56978 56801
## MSQ6_AG_309 MSQ6_AG_309 45769 45629 1.00 45263 44921
## MSQ6_AG_310 MSQ6_AG_310 69581 69393 1.00 68667 68504
## MSQ6_AG_311 MSQ6_AG_311 51654 51454 1.00 50897 50887
## MSQ6_AG_312 MSQ6_AG_312 47303 47147 1.00 46707 46496
## MSQ6_AG_313 MSQ6_AG_313 59525 59286 1.00 58468 58529
## MSQ6_AG_314 MSQ6_AG_314 57849 57633 1.00 56844 56925
## MSQ6_AG_315 MSQ6_AG_315 66535 66300 1.00 65118 65442
## MSQ6_AG_316 MSQ6_AG_316 55528 55304 1.00 54594 54837
## MSQ6_AG_317 MSQ6_AG_317 44257 44149 1.00 43724 43645
## MSQ6_AG_318 MSQ6_AG_318 68220 68041 1.00 67418 67189
## MSQ6_AG_319 MSQ6_AG_319 67213 66994 1.00 66022 66146
## MSQ6_AG_320 MSQ6_AG_320 48994 48845 1.00 48411 48353
## MSQ6_AG_321 MSQ6_AG_321 64601 64287 1.00 63461 63862
## MSQ6_AG_322 MSQ6_AG_322 44888 44417 0.99 43397 43920
## MSQ6_AG_323 MSQ6_AG_323 52688 52405 0.99 51420 51728
## MSQ6_AG_324 MSQ6_AG_324 51980 51723 1.00 50831 50935
## MSQ6_AG_325 MSQ6_AG_325 47748 47556 1.00 47112 47032
## MSQ6_AG_326 MSQ6_AG_326 56918 56719 1.00 56238 56162
## MSQ6_AG_327 MSQ6_AG_327 47849 47609 0.99 46979 47105
## MSQ6_AG_328 MSQ6_AG_328 50582 50398 1.00 49925 49862
## MSQ6_AG_329 MSQ6_AG_329 45576 45320 0.99 44563 44714
## MSQ6_AG_330 MSQ6_AG_330 37551 37094 0.99 36164 36676
## MSQ6_AG_331 MSQ6_AG_331 49047 48750 0.99 47852 48161
## MSQ6_AG_332 MSQ6_AG_332 55629 55307 0.99 54626 54653
## MSQ6_AG_333 MSQ6_AG_333 39112 38954 1.00 38658 38534
## MSQ6_AG_334 MSQ6_AG_334 56158 55984 1.00 54978 55559
## MSQ6_AG_335 MSQ6_AG_335 56174 55990 1.00 54558 55582
## MSQ6_AG_336 MSQ6_AG_336 49080 48860 1.00 48261 48353
## MSQ6_AG_337 MSQ6_AG_337 51145 50825 0.99 50082 50314
## MSQ6_AG_339 MSQ6_AG_339 61065 60799 1.00 59746 59875
## MSQ6_AG_340 MSQ6_AG_340 49604 49210 0.99 48411 48539
## MSQ6_AG_341 MSQ6_AG_341 39676 39568 1.00 39079 39070
## MSQ6_AG_342 MSQ6_AG_342 67509 67341 1.00 66594 66566
## MSQ6_AG_343 MSQ6_AG_343 54562 54327 1.00 53556 53619
## MSQ6_AG_344 MSQ6_AG_344 51990 51826 1.00 51343 51218
## MSQ6_AG_346 MSQ6_AG_346 56389 56103 0.99 55311 55282
## MSQ6_AG_347 MSQ6_AG_347 52602 52284 0.99 51592 51797
## MSQ6_AG_348 MSQ6_AG_348 55353 55045 0.99 54304 54490
## MSQ6_AG_349 MSQ6_AG_349 47228 47005 1.00 46369 46415
## MSQ6_AG_350 MSQ6_AG_350 51051 50825 1.00 50302 50300
## MSQ6_AG_351 MSQ6_AG_351 50339 50129 1.00 49527 49544
## MSQ6_AG_352 MSQ6_AG_352 53955 53733 1.00 53035 53076
## MSQ6_AG_353 MSQ6_AG_353 50561 50357 1.00 49892 49982
## MSQ6_AG_354 MSQ6_AG_354 55667 55424 1.00 54749 54623
## MSQ6_AG_355 MSQ6_AG_355 53070 52783 0.99 52078 52396
## MSQ6_AG_356 MSQ6_AG_356 43764 43485 0.99 42777 43048
## MSQ6_AG_357 MSQ6_AG_357 55187 55049 1.00 54210 54461
## MSQ6_AG_358 MSQ6_AG_358 44766 44572 1.00 44063 44115
## MSQ6_AG_359 MSQ6_AG_359 60328 60157 1.00 59271 59648
## MSQ6_AG_360 MSQ6_AG_360 58904 58708 1.00 57928 58006
## MSQ6_AG_361 MSQ6_AG_361 45882 45736 1.00 45025 45187
## MSQ6_AG_362 MSQ6_AG_362 53177 53015 1.00 52485 52159
## MSQ6_AG_363 MSQ6_AG_363 37840 37693 1.00 37346 37332
## MSQ6_AG_364 MSQ6_AG_364 48434 48212 1.00 47614 47571
## MSQ6_AG_365 MSQ6_AG_365 42542 42414 1.00 41967 41923
## MSQ6_AG_366 MSQ6_AG_366 50708 50526 1.00 49983 49970
## MSQ6_AG_367 MSQ6_AG_367 47290 47145 1.00 46609 46610
## MSQ6_AG_368 MSQ6_AG_368 53558 53404 1.00 52768 52805
## MSQ6_AG_369 MSQ6_AG_369 48304 48191 1.00 47767 47812
## MSQ6_AG_370 MSQ6_AG_370 50167 49953 1.00 49405 49431
## MSQ6_AG_371 MSQ6_AG_371 48460 48252 1.00 47766 47811
## MSQ6_AG_372 MSQ6_AG_372 51618 51384 1.00 50750 50912
## MSQ6_AG_373 MSQ6_AG_373 38695 38576 1.00 38190 38209
## MSQ6_AG_374 MSQ6_AG_374 31639 31476 0.99 31038 31086
## MSQ6_AG_375 MSQ6_AG_375 57314 57167 1.00 56524 56611
## MSQ6_AG_376 MSQ6_AG_376 26796 26719 1.00 26323 26354
## MSQ6_AG_377 MSQ6_AG_377 42867 42762 1.00 42236 42312
## MSQ6_AG_378 MSQ6_AG_378 49591 49374 1.00 48708 48943
## MSQ6_AG_379 MSQ6_AG_379 49706 49595 1.00 49100 49181
## MSQ6_AG_380 MSQ6_AG_380 82068 81706 1.00 80665 80976
## MSQ6_AG_381 MSQ6_AG_381 52750 52500 1.00 51830 51938
## MSQ6_AG_382 MSQ6_AG_382 73446 73177 1.00 72467 72411
## MSQ6_AG_383 MSQ6_AG_383 69764 69491 1.00 68538 68691
## MSQ6_AG_384 MSQ6_AG_384 61764 61575 1.00 60824 61048
## MSQ6_AG_385 MSQ6_AG_385 52313 52053 1.00 51372 51569
## MSQ6_AG_386 MSQ6_AG_386 51593 51313 0.99 50391 50675
## MSQ6_AG_387 MSQ6_AG_387 46806 46542 0.99 45968 45972
## MSQ6_AG_388 MSQ6_AG_388 47413 47194 1.00 46546 46856
## MSQ6_AG_389 MSQ6_AG_389 58351 58132 1.00 57602 57622
## MSQ6_AG_390 MSQ6_AG_390 49873 49732 1.00 49191 49165
## MSQ6_AG_391 MSQ6_AG_391 63671 63377 1.00 62446 62681
## MSQ6_AG_392 MSQ6_AG_392 49621 49461 1.00 48860 48944
## MSQ6_AG_393 MSQ6_AG_393 47737 47555 1.00 46967 47167
## MSQ6_AG_394 MSQ6_AG_394 61545 61253 1.00 60335 60622
## MSQ6_AG_395 MSQ6_AG_395 53852 53565 0.99 52540 52987
## MSQ6_AG_396 MSQ6_AG_396 64646 64247 0.99 62697 63499
## MSQ6_AG_397 MSQ6_AG_397 48808 48531 0.99 47378 47926
## MSQ6_AG_398 MSQ6_AG_398 47495 47338 1.00 46585 46894
## MSQ6_AG_399 MSQ6_AG_399 87699 87250 0.99 85880 86340
## MSQ6_AG_400 MSQ6_AG_400 70706 70344 0.99 69322 69690
## MSQ6_AG_401 MSQ6_AG_401 60339 60115 1.00 59249 59615
## MSQ6_AG_402 MSQ6_AG_402 50344 50164 1.00 49628 49626
## MSQ6_AG_403 MSQ6_AG_403 44766 44611 1.00 44134 44028
## MSQ6_AG_404 MSQ6_AG_404 45825 45664 1.00 45100 45135
## MSQ6_AG_405 MSQ6_AG_405 49626 49487 1.00 49013 48998
## MSQ6_AG_406 MSQ6_AG_406 57734 57513 1.00 56976 56778
## MSQ6_AG_407 MSQ6_AG_407 85707 85403 1.00 84570 84511
## MSQ6_AG_408 MSQ6_AG_408 72745 72486 1.00 71799 71659
## MSQ6_AG_409 MSQ6_AG_409 50870 50700 1.00 50186 50147
## MSQ6_AG_410 MSQ6_AG_410 44125 43923 1.00 43307 43366
## MSQ6_AG_411 MSQ6_AG_411 37214 37112 1.00 36637 36662
## MSQ6_AG_412 MSQ6_AG_412 57349 57150 1.00 56372 56668
## MSQ6_AG_413 MSQ6_AG_413 44970 44835 1.00 44400 44409
## MSQ6_AG_414 MSQ6_AG_414 43763 43641 1.00 43149 43180
## MSQ6_AG_415 MSQ6_AG_415 60177 60012 1.00 59247 59381
## MSQ6_AG_416 MSQ6_AG_416 51357 51261 1.00 50857 50884
## MSQ6_AG_417 MSQ6_AG_417 41218 41094 1.00 40645 40533
## MSQ6_AG_418 MSQ6_AG_418 53032 52842 1.00 52108 52151
## MSQ6_AG_419 MSQ6_AG_419 45673 45546 1.00 45060 45092
## MSQ6_AG_420 MSQ6_AG_420 46538 46392 1.00 45733 45945
## MSQ6_AG_421 MSQ6_AG_421 47359 47215 1.00 46592 46627
## MSQ6_AG_422 MSQ6_AG_422 56935 56791 1.00 56147 56148
## MSQ6_AG_423 MSQ6_AG_423 51078 50931 1.00 50170 50260
## MSQ6_AG_424 MSQ6_AG_424 43618 43500 1.00 42926 42941
## MSQ6_AG_425 MSQ6_AG_425 47220 47071 1.00 46403 46542
## MSQ6_AG_426 MSQ6_AG_426 54315 54183 1.00 53607 53647
## MSQ6_AG_427 MSQ6_AG_427 54083 53914 1.00 53211 53282
## MSQ6_AG_428 MSQ6_AG_428 59050 58793 1.00 57902 58192
## MSQ6_AG_429 MSQ6_AG_429 58474 58254 1.00 57537 57642
## MSQ6_AG_430 MSQ6_AG_430 51572 51402 1.00 50774 50701
## MSQ6_AG_431 MSQ6_AG_431 59620 59481 1.00 58897 59038
## MSQ6_AG_432 MSQ6_AG_432 60644 60467 1.00 59646 59775
## MSQ6_AG_433 MSQ6_AG_433 54252 54048 1.00 53232 53335
## MSQ6_AG_434 MSQ6_AG_434 47447 47237 1.00 46574 46630
## MSQ6_AG_490 MSQ6_AG_490 66744 66455 1.00 65323 65479
## MSQ6_AG_491 MSQ6_AG_491 65688 65409 1.00 64553 64591
## MSQ6_AG_492 MSQ6_AG_492 42282 42132 1.00 41655 41507
## MSQ6_AG_493 MSQ6_AG_493 70679 70422 1.00 69786 69632
## MSQ6_AG_494 MSQ6_AG_494 64149 63878 1.00 62852 63031
## MSQ6_AG_495 MSQ6_AG_495 66106 65772 0.99 65139 65014
## MSQ6_AG_496 MSQ6_AG_496 67344 67025 1.00 65804 66358
## MSQ6_AG_497 MSQ6_AG_497 47094 46707 0.99 45473 46244
## MSQ6_AG_498 MSQ6_AG_498 67572 67267 1.00 65981 66428
## MSQ6_AG_499 MSQ6_AG_499 67255 66994 1.00 65937 66416
## MSQ6_AG_500 MSQ6_AG_500 57626 57445 1.00 56882 56862
## MSQ6_AG_501 MSQ6_AG_501 69800 69629 1.00 69042 68944
## MSQ6_AG_502 MSQ6_AG_502 66731 66475 1.00 65494 65868
## MSQ6_AG_503 MSQ6_AG_503 45499 45355 1.00 44891 45065
## MSQ6_AG_504 MSQ6_AG_504 79099 78602 0.99 77137 77843
## MSQ6_AG_505 MSQ6_AG_505 19457 19274 0.99 18571 18901
## MSQ6_AG_506 MSQ6_AG_506 24362 24239 0.99 23778 23869
## MSQ6_AG_509 MSQ6_AG_509 19742 19663 1.00 19494 19373
## MSQ6_AG_511 MSQ6_AG_511 27149 27010 0.99 26817 26739
## MSQ6_AG_512 MSQ6_AG_512 29768 29635 1.00 29111 29208
## MSQ6_AG_514 MSQ6_AG_514 76385 75928 0.99 74202 74970
## MSQ6_AG_515 MSQ6_AG_515 80169 79812 1.00 78438 79046
## MSQ6_AG_516 MSQ6_AG_516 59685 59446 1.00 58799 58725
## MSQ6_AG_517 MSQ6_AG_517 69793 69596 1.00 68933 69150
## MSQ6_AG_518 MSQ6_AG_518 73792 73415 0.99 72195 72677
## MSQ6_AG_519 MSQ6_AG_519 64707 64401 1.00 63506 63635
## MSQ6_AG_520 MSQ6_AG_520 69869 69411 0.99 67836 68545
## MSQ6_AG_521 MSQ6_AG_521 22876 22575 0.99 21552 22319
## MSQ6_AG_522 MSQ6_AG_522 70853 70436 0.99 69010 69691
## MSQ6_AG_523 MSQ6_AG_523 66286 66030 1.00 64938 65385
## MSQ6_AG_524 MSQ6_AG_524 63794 63539 1.00 62844 62818
## MSQ6_AG_525 MSQ6_AG_525 76951 76627 1.00 76016 76028
## MSQ6_AG_526 MSQ6_AG_526 61480 61249 1.00 60023 60475
## MSQ6_AG_527 MSQ6_AG_527 65287 65039 1.00 64261 64598
## MSQ6_AG_528 MSQ6_AG_528 62397 61982 0.99 60877 61304
## MSQ6_AG_529 MSQ6_AG_529 40902 40453 0.99 39440 40103
## MSQ6_AG_530 MSQ6_AG_530 67854 67566 1.00 66284 66723
## denoisedF_pc denoisedR_pc merged merged_pc tabled chimera_out
## MSQ4_AG_012 0.99 0.99 84118 0.91 84118 63132
## MSQ4_AG_013 0.99 0.99 35885 0.89 35885 28004
## MSQ4_AG_014 0.99 0.99 47579 0.91 47579 34919
## MSQ4_AG_015 0.99 0.98 50581 0.92 50581 36310
## MSQ4_AG_016 0.98 0.98 34271 0.87 34271 25798
## MSQ4_AG_017 0.99 0.99 44660 0.87 44660 31556
## MSQ4_AG_018 0.99 0.99 45468 0.92 45468 39875
## MSQ4_AG_019 0.99 0.99 44110 0.88 44110 33557
## MSQ4_AG_020 0.99 0.99 62578 0.91 62578 43716
## MSQ4_AG_021 0.99 0.99 29195 0.84 29195 23176
## MSQ4_AG_022 0.99 0.99 50063 0.91 50063 41438
## MSQ4_AG_023 0.99 0.99 48417 0.92 48417 40845
## MSQ4_AG_024 0.99 0.99 40356 0.88 40356 28168
## MSQ4_AG_025 0.99 0.99 51495 0.90 51495 38257
## MSQ4_AG_027 0.99 0.99 53208 0.90 53208 36624
## MSQ4_AG_028 0.99 0.98 37204 0.85 37204 26811
## MSQ4_AG_029 0.99 0.99 34583 0.89 34583 24267
## MSQ4_AG_030 0.99 0.99 62905 0.85 62905 47010
## MSQ4_AG_031 0.98 0.98 48893 0.87 48893 38050
## MSQ4_AG_033 0.99 0.99 64489 0.91 64489 44462
## MSQ4_AG_034 0.99 0.99 46671 0.89 46671 33723
## MSQ4_AG_035 0.99 0.99 59596 0.92 59596 48208
## MSQ4_AG_036 0.99 0.98 67973 0.89 67973 47982
## MSQ4_AG_037 0.99 0.99 29945 0.82 29945 21250
## MSQ4_AG_038 0.99 0.99 46475 0.89 46475 34480
## MSQ4_AG_039 0.98 0.99 40530 0.85 40530 28166
## MSQ4_AG_040 0.98 0.99 31959 0.85 31959 23637
## MSQ4_AG_041 0.98 0.99 39614 0.90 39614 28883
## MSQ4_AG_042 0.99 0.99 47012 0.90 47012 36332
## MSQ4_AG_043 0.99 0.99 46794 0.92 46794 36253
## MSQ4_AG_044 0.99 0.99 45721 0.88 45721 33676
## MSQ4_AG_045 0.99 0.99 33004 0.86 33004 22118
## MSQ4_AG_046 0.98 0.99 41812 0.84 41812 29882
## MSQ4_AG_047 0.98 0.98 45976 0.92 45976 35244
## MSQ4_AG_049 0.98 0.98 52957 0.91 52957 37365
## MSQ4_AG_050 0.98 0.98 44788 0.87 44788 33113
## MSQ4_AG_051 0.98 0.99 48832 0.86 48832 33451
## MSQ4_AG_052 0.99 0.99 56975 0.91 56975 43344
## MSQ4_AG_053 0.98 0.99 38222 0.86 38222 26692
## MSQ4_AG_054 0.98 0.99 53631 0.88 53631 35882
## MSQ4_AG_055 0.98 0.99 50266 0.83 50266 34369
## MSQ4_AG_056 0.95 0.98 27651 0.85 27651 18872
## MSQ4_AG_057 0.99 0.99 59495 0.95 59495 53231
## MSQ4_AG_058 0.99 0.98 55812 0.94 55812 46387
## MSQ4_AG_059 0.99 0.99 57344 0.95 57344 52456
## MSQ4_AG_062 0.99 0.98 85117 0.95 85117 78943
## MSQ4_AG_064 0.98 0.98 44827 0.94 44827 42321
## MSQ4_AG_065 0.98 0.98 47461 0.96 47461 43474
## MSQ4_AG_072 0.99 0.98 26150 0.95 26150 24746
## MSQ4_AG_076 0.99 0.98 58443 0.95 58443 55585
## MSQ4_AG_077 0.99 0.95 42985 0.91 42985 37756
## MSQ4_AG_080 0.98 0.98 38686 0.94 38686 36761
## MSQ4_AG_083 0.99 0.98 50942 0.93 50942 39045
## MSQ4_AG_084 0.99 0.99 59641 0.94 59641 45763
## MSQ4_AG_085 0.99 0.98 42947 0.90 42947 31589
## MSQ4_AG_086 0.99 0.98 61486 0.90 61486 47584
## MSQ4_AG_087 0.98 0.99 46439 0.95 46439 40651
## MSQ4_AG_088 0.99 0.99 36949 0.94 36949 32150
## MSQ4_AG_089 0.99 0.99 54586 0.94 54586 45583
## MSQ4_AG_091 0.99 0.99 57767 0.98 57767 57555
## MSQ4_AG_092 0.99 0.99 63673 0.96 63673 50090
## MSQ4_AG_093 0.99 0.99 46470 0.94 46470 35237
## MSQ4_AG_095 0.99 0.98 47906 0.91 47906 37534
## MSQ4_AG_096 0.99 0.99 53595 0.93 53595 34866
## MSQ4_AG_101 0.99 0.98 39584 0.90 39584 32686
## MSQ4_AG_103 0.99 0.98 38895 0.91 38895 30485
## MSQ4_AG_104 0.99 0.98 38210 0.92 38210 28858
## MSQ4_AG_105 0.99 0.98 40867 0.92 40867 30798
## MSQ4_AG_106 0.99 0.98 24486 0.90 24486 18531
## MSQ4_AG_107 0.99 0.98 37138 0.89 37138 26957
## MSQ4_AG_108 0.99 0.98 35180 0.91 35180 27091
## MSQ4_AG_109 0.99 0.98 37843 0.91 37843 29029
## MSQ4_AG_111 0.99 0.97 36671 0.91 36671 26044
## MSQ4_AG_112 0.99 0.99 50090 0.95 50090 45944
## MSQ4_AG_113 0.99 0.98 43348 0.92 43348 36643
## MSQ4_AG_117 0.99 0.98 41168 0.89 41168 30639
## MSQ4_AG_119 0.99 0.97 35402 0.89 35402 27533
## MSQ4_AG_121 0.99 0.98 49842 0.91 49842 35845
## MSQ4_AG_125 0.99 0.99 36344 0.94 36344 29264
## MSQ4_AG_127 0.99 0.98 35583 0.89 35583 27454
## MSQ4_AG_128 0.99 0.98 57515 0.93 57515 45962
## MSQ4_AG_129 0.99 0.98 47481 0.93 47481 34436
## MSQ4_AG_130 0.99 0.99 39997 0.91 39997 30300
## MSQ4_AG_131 0.99 0.98 42324 0.92 42324 28664
## MSQ4_AG_132 0.99 0.99 56666 0.92 56666 44270
## MSQ4_AG_133 1.00 1.00 51772 0.98 51772 47432
## MSQ4_AG_135 0.99 0.99 44957 0.95 44957 39379
## MSQ4_AG_136 0.99 0.99 45705 0.92 45705 34867
## MSQ4_AG_141 0.99 0.98 36976 0.88 36976 28476
## MSQ4_AG_143 0.99 0.99 46303 0.90 46303 35175
## MSQ4_AG_144 0.99 0.98 51711 0.93 51711 35801
## MSQ4_AG_145 0.99 0.97 54728 0.90 54728 36833
## MSQ4_AG_148 0.98 0.98 94505 0.91 94505 68895
## MSQ4_AG_149 0.99 0.99 56970 0.88 56970 41931
## MSQ4_AG_151 0.98 0.99 43113 0.85 43113 31350
## MSQ4_AG_152 0.99 0.98 53292 0.90 53292 39031
## MSQ4_AG_153 0.99 0.99 66121 0.91 66121 49753
## MSQ4_AG_154 0.99 0.99 51921 0.88 51921 38218
## MSQ4_AG_155 0.99 0.98 45499 0.90 45499 30522
## MSQ4_AG_156 0.99 0.99 44992 0.89 44992 33495
## MSQ4_AG_157 0.99 0.99 45726 0.88 45726 34703
## MSQ4_AG_159 0.99 0.99 44664 0.90 44664 34623
## MSQ4_AG_160 0.99 0.99 46331 0.90 46331 34466
## MSQ4_AG_161 0.99 0.99 47183 0.90 47183 36003
## MSQ4_AG_162 0.99 0.99 24387 0.92 24387 18381
## MSQ4_AG_163 0.99 0.99 35645 0.88 35645 26906
## MSQ4_AG_164 0.99 0.99 52609 0.91 52609 40076
## MSQ4_AG_165 0.99 0.99 40818 0.94 40818 31663
## MSQ4_AG_167 0.99 0.98 36059 0.90 36059 27235
## MSQ4_AG_168 0.99 0.99 53278 0.90 53278 38492
## MSQ4_AG_169 0.99 0.99 46600 0.90 46600 35599
## MSQ4_AG_170 0.99 0.99 46960 0.90 46960 34791
## MSQ4_AG_171 0.99 0.99 49114 0.90 49114 34171
## MSQ4_AG_172 0.99 0.99 44662 0.90 44662 33548
## MSQ4_AG_173 0.99 0.99 47078 0.90 47078 33771
## MSQ4_AG_175 0.99 0.99 56264 0.89 56264 37348
## MSQ4_AG_176 0.99 0.99 48469 0.93 48469 38771
## MSQ4_AG_177 0.99 0.99 39913 0.90 39913 29662
## MSQ4_AG_178 0.99 0.99 35333 0.91 35333 24028
## MSQ4_AG_179 0.99 0.99 36750 0.91 36750 27466
## MSQ4_AG_180 0.99 0.99 39455 0.95 39455 31624
## MSQ4_AG_181 0.99 0.99 36247 0.89 36247 28373
## MSQ4_AG_183 0.99 0.99 36842 0.91 36842 28511
## MSQ4_AG_184 0.99 0.99 42946 0.88 42946 30442
## MSQ4_AG_185 0.99 0.99 42227 0.88 42227 31339
## MSQ4_AG_186 0.99 0.99 42245 0.90 42245 31727
## MSQ4_AG_187 0.99 0.98 31145 0.85 31145 23085
## MSQ4_AG_188 0.99 0.99 34331 0.88 34331 25966
## MSQ4_AG_189 0.99 0.99 48798 0.89 48798 34955
## MSQ4_AG_191 0.98 0.99 51412 0.89 51412 38217
## MSQ4_AG_192 0.99 0.99 43926 0.95 43926 37249
## MSQ4_AG_193 0.99 0.99 44846 0.95 44846 39378
## MSQ4_AG_194 1.00 0.99 41202 0.93 41202 32588
## MSQ4_AG_195 0.99 0.98 33188 0.92 33188 24980
## MSQ4_AG_196 0.99 0.99 44186 0.90 44186 32211
## MSQ4_AG_197 0.99 0.98 42794 0.91 42794 31808
## MSQ4_AG_198 0.98 0.98 27589 0.92 27589 21792
## MSQ4_AG_201 0.98 0.98 17017 0.88 17017 12911
## MSQ4_AG_205 0.99 0.98 25057 0.92 25057 22030
## MSQ4_AG_207 0.99 0.99 44325 0.94 44325 35316
## MSQ4_AG_208 0.99 0.98 43661 0.90 43661 31211
## MSQ4_AG_209 0.99 0.98 42926 0.90 42926 31033
## MSQ4_AG_210 0.99 0.98 41208 0.90 41208 32410
## MSQ4_AG_211 0.99 0.98 30328 0.92 30328 22976
## MSQ4_AG_212 0.99 0.98 37441 0.89 37441 28577
## MSQ4_AG_213 0.99 0.99 40164 0.92 40164 30989
## MSQ4_AG_215 0.98 0.99 45323 0.88 45323 29770
## MSQ4_AG_216 0.99 0.98 45890 0.88 45890 31999
## MSQ4_AG_217 0.99 0.98 41446 0.90 41446 25845
## MSQ4_AG_218 0.99 0.99 46997 0.90 46997 29813
## MSQ4_AG_219 0.99 0.99 37261 0.91 37261 29063
## MSQ4_AG_220 0.99 0.98 41383 0.90 41383 27283
## MSQ4_AG_221 0.99 0.99 42561 0.90 42561 28554
## MSQ4_AG_223 1.00 0.99 165714 0.94 165714 121734
## MSQ4_AG_224 1.00 0.99 56715 0.94 56715 43308
## MSQ4_AG_225 1.00 0.99 60923 0.95 60923 44919
## MSQ4_AG_226 0.99 0.99 58760 0.91 58760 42654
## MSQ4_AG_227 0.99 0.98 44646 0.90 44646 30151
## MSQ4_AG_228 0.99 0.95 35223 0.74 35223 26182
## MSQ4_AG_229 0.99 0.97 43573 0.86 43573 34084
## MSQ4_AG_230 0.98 0.99 41460 0.89 41460 27509
## MSQ4_AG_231 0.99 0.97 40212 0.86 40212 29257
## MSQ4_AG_232 0.99 0.95 45053 0.86 45053 39903
## MSQ4_AG_233 0.99 0.98 43450 0.90 43450 31217
## MSQ4_AG_234 1.00 0.99 50677 0.96 50677 36152
## MSQ4_AG_235 0.99 0.99 44432 0.93 44432 34859
## MSQ4_AG_236 0.99 0.99 43005 0.94 43005 35312
## MSQ4_AG_237 0.99 0.98 37957 0.87 37957 27057
## MSQ4_AG_238 0.98 0.99 32481 0.91 32481 25671
## MSQ4_AG_239 0.99 0.98 47954 0.91 47954 38863
## MSQ4_AG_240 0.99 0.98 49795 0.89 49795 37376
## MSQ4_AG_241 0.99 0.99 44402 0.88 44402 28959
## MSQ4_AG_242 0.99 0.99 53955 0.91 53955 36918
## MSQ4_AG_243 0.99 0.98 33123 0.89 33123 22034
## MSQ4_AG_244 0.99 0.99 48755 0.91 48755 35309
## MSQ4_AG_245 0.99 0.98 40621 0.89 40621 25726
## MSQ4_AG_247 0.99 0.99 49391 0.92 49391 39348
## MSQ4_AG_248 0.99 0.99 50107 0.92 50107 33598
## MSQ4_AG_249 0.99 0.99 44587 0.92 44587 33624
## MSQ6_AG_250 0.97 0.99 37694 0.88 37694 26929
## MSQ6_AG_251 0.98 0.98 63881 0.90 63881 44125
## MSQ6_AG_252 0.98 0.99 67904 0.91 67904 49814
## MSQ6_AG_253 0.99 0.98 54905 0.89 54905 42532
## MSQ6_AG_254 0.99 0.99 68254 0.88 68254 49859
## MSQ6_AG_255 0.98 0.99 60502 0.85 60502 44187
## MSQ6_AG_256 0.99 0.99 173270 0.91 173270 124781
## MSQ6_AG_257 0.98 0.99 53780 0.90 53780 39110
## MSQ6_AG_258 0.98 0.99 65965 0.88 65965 47209
## MSQ6_AG_259 0.98 0.98 52534 0.91 52534 39238
## MSQ6_AG_260 0.99 0.99 59729 0.92 59729 49569
## MSQ6_AG_261 0.99 0.99 45226 0.90 45226 32999
## MSQ6_AG_262 0.99 0.99 113946 0.93 113946 89836
## MSQ6_AG_263 0.99 0.99 53809 0.90 53809 37806
## MSQ6_AG_264 0.99 0.99 58534 0.89 58534 44726
## MSQ6_AG_265 0.98 0.99 52635 0.91 52635 37761
## MSQ6_AG_266 0.99 0.99 45695 0.89 45695 32968
## MSQ6_AG_267 0.99 0.98 40905 0.90 40905 29158
## MSQ6_AG_268 0.99 0.98 50818 0.89 50818 37290
## MSQ6_AG_269 0.99 0.98 33943 0.87 33943 24804
## MSQ6_AG_270 0.99 0.99 61876 0.92 61876 45108
## MSQ6_AG_271 0.99 0.98 52382 0.91 52382 35201
## MSQ6_AG_272 0.99 0.98 51500 0.86 51500 37456
## MSQ6_AG_273 0.99 0.98 50104 0.89 50104 33862
## MSQ6_AG_274 0.97 0.99 24422 0.87 24422 18014
## MSQ6_AG_275 0.98 0.99 59830 0.93 59830 43190
## MSQ6_AG_276 0.98 0.99 65709 0.93 65709 45910
## MSQ6_AG_277 0.99 0.99 49868 0.93 49868 36000
## MSQ6_AG_278 0.99 0.97 47465 0.90 47465 34478
## MSQ6_AG_279 0.98 0.99 51758 0.92 51758 36188
## MSQ6_AG_281 0.98 0.99 68075 0.94 68075 50265
## MSQ6_AG_282 0.98 0.99 42248 0.94 42248 36121
## MSQ6_AG_283 0.98 0.99 37345 0.89 37345 27664
## MSQ6_AG_284 0.98 0.99 55612 0.92 55612 39123
## MSQ6_AG_285 0.99 0.99 47517 0.93 47517 34414
## MSQ6_AG_286 0.99 0.99 55956 0.93 55956 41213
## MSQ6_AG_287 0.99 0.99 53508 0.93 53508 39884
## MSQ6_AG_288 0.99 0.99 48415 0.92 48415 35603
## MSQ6_AG_290 0.97 0.99 29649 0.88 29649 22393
## MSQ6_AG_291 0.98 0.99 53165 0.91 53165 37401
## MSQ6_AG_292 0.98 0.99 63752 0.91 63752 44075
## MSQ6_AG_293 0.99 0.99 42784 0.90 42784 33102
## MSQ6_AG_294 0.99 0.99 53184 0.90 53184 39177
## MSQ6_AG_295 0.99 0.99 51337 0.92 51337 36374
## MSQ6_AG_296 0.99 0.99 47000 0.91 47000 33074
## MSQ6_AG_298 0.95 0.98 33276 0.88 33276 25918
## MSQ6_AG_299 0.97 0.98 58828 0.90 58828 44286
## MSQ6_AG_300 0.97 0.99 55474 0.92 55474 41040
## MSQ6_AG_301 0.98 0.99 47109 0.93 47109 33787
## MSQ6_AG_302 0.99 0.99 62749 0.94 62749 49311
## MSQ6_AG_303 0.98 0.99 63342 0.93 63342 47625
## MSQ6_AG_304 0.99 0.99 48976 0.94 48976 38035
## MSQ6_AG_305 0.98 0.99 80614 0.93 80614 59937
## MSQ6_AG_306 0.99 0.99 42485 0.92 42485 30890
## MSQ6_AG_307 0.99 0.99 47698 0.92 47698 36986
## MSQ6_AG_308 0.99 0.98 52627 0.92 52627 40691
## MSQ6_AG_309 0.99 0.98 41374 0.91 41374 31897
## MSQ6_AG_310 0.99 0.99 64030 0.93 64030 47728
## MSQ6_AG_311 0.99 0.99 47420 0.93 47420 37306
## MSQ6_AG_312 0.99 0.99 43385 0.93 43385 32803
## MSQ6_AG_313 0.99 0.99 53678 0.92 53678 39652
## MSQ6_AG_314 0.99 0.99 52397 0.92 52397 39270
## MSQ6_AG_315 0.98 0.99 60172 0.92 60172 46336
## MSQ6_AG_316 0.99 0.99 52252 0.96 52252 45015
## MSQ6_AG_317 0.99 0.99 40660 0.93 40660 30947
## MSQ6_AG_318 0.99 0.99 62738 0.93 62738 46795
## MSQ6_AG_319 0.99 0.99 60641 0.92 60641 43420
## MSQ6_AG_320 0.99 0.99 45847 0.95 45847 36090
## MSQ6_AG_321 0.99 0.99 61290 0.97 61290 49278
## MSQ6_AG_322 0.98 0.99 39771 0.92 39771 30670
## MSQ6_AG_323 0.98 0.99 47306 0.92 47306 36889
## MSQ6_AG_324 0.98 0.98 48682 0.96 48682 40654
## MSQ6_AG_325 0.99 0.99 44695 0.95 44695 35242
## MSQ6_AG_326 0.99 0.99 53216 0.95 53216 44122
## MSQ6_AG_327 0.99 0.99 44790 0.95 44790 35011
## MSQ6_AG_328 0.99 0.99 47799 0.96 47799 36199
## MSQ6_AG_329 0.98 0.99 41344 0.93 41344 32872
## MSQ6_AG_330 0.97 0.99 32859 0.91 32859 25123
## MSQ6_AG_331 0.98 0.99 44429 0.93 44429 34215
## MSQ6_AG_332 0.99 0.99 50825 0.93 50825 39342
## MSQ6_AG_333 0.99 0.99 36206 0.94 36206 27584
## MSQ6_AG_334 0.98 0.99 51798 0.94 51798 36753
## MSQ6_AG_335 0.97 0.99 50705 0.93 50705 34090
## MSQ6_AG_336 0.99 0.99 43798 0.91 43798 32369
## MSQ6_AG_337 0.99 0.99 46319 0.92 46319 33486
## MSQ6_AG_339 0.98 0.98 51026 0.85 51026 37026
## MSQ6_AG_340 0.98 0.99 43102 0.89 43102 30284
## MSQ6_AG_341 0.99 0.99 33431 0.86 33431 24770
## MSQ6_AG_342 0.99 0.99 58799 0.88 58799 41706
## MSQ6_AG_343 0.99 0.99 47333 0.88 47333 34794
## MSQ6_AG_344 0.99 0.99 48093 0.94 48093 38160
## MSQ6_AG_346 0.99 0.99 50234 0.91 50234 37273
## MSQ6_AG_347 0.99 0.99 48036 0.93 48036 35747
## MSQ6_AG_348 0.99 0.99 50207 0.92 50207 36364
## MSQ6_AG_349 0.99 0.99 43142 0.93 43142 32689
## MSQ6_AG_350 0.99 0.99 46711 0.93 46711 35016
## MSQ6_AG_351 0.99 0.99 45769 0.92 45769 33891
## MSQ6_AG_352 0.99 0.99 48984 0.92 48984 35926
## MSQ6_AG_353 0.99 0.99 47055 0.94 47055 33868
## MSQ6_AG_354 0.99 0.99 50335 0.92 50335 38224
## MSQ6_AG_355 0.99 0.99 49621 0.95 49621 41368
## MSQ6_AG_356 0.98 0.99 39705 0.93 39705 29213
## MSQ6_AG_357 0.98 0.99 49886 0.92 49886 37943
## MSQ6_AG_358 0.99 0.99 41415 0.94 41415 33353
## MSQ6_AG_359 0.99 0.99 55103 0.93 55103 41571
## MSQ6_AG_360 0.99 0.99 53360 0.92 53360 39599
## MSQ6_AG_361 0.98 0.99 41682 0.93 41682 32148
## MSQ6_AG_362 0.99 0.98 46406 0.88 46406 35602
## MSQ6_AG_363 0.99 0.99 35087 0.94 35087 27164
## MSQ6_AG_364 0.99 0.99 43897 0.92 43897 35941
## MSQ6_AG_365 0.99 0.99 39240 0.94 39240 30861
## MSQ6_AG_366 0.99 0.99 46612 0.93 46612 37278
## MSQ6_AG_367 0.99 0.99 43131 0.93 43131 34694
## MSQ6_AG_368 0.99 0.99 49652 0.94 49652 37761
## MSQ6_AG_369 0.99 0.99 46123 0.97 46123 38432
## MSQ6_AG_370 0.99 0.99 46317 0.94 46317 35563
## MSQ6_AG_371 0.99 0.99 45118 0.94 45118 35425
## MSQ6_AG_372 0.99 0.99 47667 0.94 47667 37388
## MSQ6_AG_373 0.99 0.99 36114 0.95 36114 30253
## MSQ6_AG_374 0.99 0.99 28431 0.92 28431 22578
## MSQ6_AG_375 0.99 0.99 52379 0.93 52379 41121
## MSQ6_AG_376 0.99 0.99 23818 0.90 23818 18120
## MSQ6_AG_377 0.99 0.99 38771 0.92 38771 30174
## MSQ6_AG_378 0.99 0.99 45983 0.94 45983 34059
## MSQ6_AG_379 0.99 0.99 46988 0.96 46988 36536
## MSQ6_AG_380 0.99 0.99 75663 0.94 75663 54422
## MSQ6_AG_381 0.99 0.99 48047 0.93 48047 33745
## MSQ6_AG_382 0.99 0.99 67645 0.93 67645 47662
## MSQ6_AG_383 0.99 0.99 63239 0.92 63239 45958
## MSQ6_AG_384 0.99 0.99 56477 0.93 56477 45184
## MSQ6_AG_385 0.99 0.99 48051 0.94 48051 34946
## MSQ6_AG_386 0.98 0.99 46169 0.92 46169 32861
## MSQ6_AG_387 0.99 0.99 41514 0.90 41514 29841
## MSQ6_AG_388 0.99 0.99 43339 0.93 43339 32762
## MSQ6_AG_389 0.99 0.99 54221 0.94 54221 42292
## MSQ6_AG_390 0.99 0.99 45346 0.92 45346 34330
## MSQ6_AG_391 0.99 0.99 58233 0.93 58233 45537
## MSQ6_AG_392 0.99 0.99 45370 0.93 45370 34869
## MSQ6_AG_393 0.99 0.99 44005 0.94 44005 34710
## MSQ6_AG_394 0.99 0.99 55545 0.92 55545 42780
## MSQ6_AG_395 0.98 0.99 48288 0.92 48288 35991
## MSQ6_AG_396 0.98 0.99 58092 0.93 58092 45382
## MSQ6_AG_397 0.98 0.99 43474 0.92 43474 34890
## MSQ6_AG_398 0.98 0.99 42330 0.91 42330 32099
## MSQ6_AG_399 0.98 0.99 79718 0.93 79718 60535
## MSQ6_AG_400 0.99 0.99 64651 0.93 64651 49432
## MSQ6_AG_401 0.99 0.99 55019 0.93 55019 41237
## MSQ6_AG_402 0.99 0.99 46033 0.93 46033 35908
## MSQ6_AG_403 0.99 0.99 39557 0.90 39557 29153
## MSQ6_AG_404 0.99 0.99 41748 0.93 41748 31418
## MSQ6_AG_405 0.99 0.99 45464 0.93 45464 35131
## MSQ6_AG_406 0.99 0.99 52407 0.92 52407 41200
## MSQ6_AG_407 0.99 0.99 78971 0.93 78971 61652
## MSQ6_AG_408 0.99 0.99 66877 0.93 66877 51398
## MSQ6_AG_409 0.99 0.99 46648 0.93 46648 36318
## MSQ6_AG_410 0.99 0.99 40215 0.93 40215 31866
## MSQ6_AG_411 0.99 0.99 33332 0.91 33332 24987
## MSQ6_AG_412 0.99 0.99 52580 0.93 52580 40913
## MSQ6_AG_413 0.99 0.99 41307 0.93 41307 33713
## MSQ6_AG_414 0.99 0.99 40248 0.93 40248 31111
## MSQ6_AG_415 0.99 0.99 55199 0.93 55199 42346
## MSQ6_AG_416 0.99 0.99 48857 0.96 48857 37759
## MSQ6_AG_417 0.99 0.99 37492 0.92 37492 28740
## MSQ6_AG_418 0.99 0.99 47285 0.91 47285 36412
## MSQ6_AG_419 0.99 0.99 40991 0.91 40991 30021
## MSQ6_AG_420 0.99 0.99 42065 0.92 42065 32891
## MSQ6_AG_421 0.99 0.99 41828 0.90 41828 32405
## MSQ6_AG_422 0.99 0.99 51354 0.91 51354 40869
## MSQ6_AG_423 0.99 0.99 45144 0.90 45144 33271
## MSQ6_AG_424 0.99 0.99 38971 0.91 38971 29615
## MSQ6_AG_425 0.99 0.99 42221 0.91 42221 31675
## MSQ6_AG_426 0.99 0.99 50675 0.95 50675 37581
## MSQ6_AG_427 0.99 0.99 48190 0.91 48190 36710
## MSQ6_AG_428 0.98 0.99 52379 0.90 52379 39430
## MSQ6_AG_429 0.99 0.99 51657 0.90 51657 40730
## MSQ6_AG_430 0.99 0.99 44920 0.88 44920 34324
## MSQ6_AG_431 0.99 0.99 55504 0.94 55504 47958
## MSQ6_AG_432 0.99 0.99 53588 0.90 53588 42098
## MSQ6_AG_433 0.98 0.99 47239 0.89 47239 36215
## MSQ6_AG_434 0.99 0.99 40830 0.88 40830 30546
## MSQ6_AG_490 0.98 0.99 60561 0.93 60561 52584
## MSQ6_AG_491 0.99 0.99 60150 0.93 60150 50751
## MSQ6_AG_492 0.99 0.99 38560 0.93 38560 33283
## MSQ6_AG_493 0.99 0.99 66477 0.95 66477 58699
## MSQ6_AG_494 0.98 0.99 60377 0.96 60377 58881
## MSQ6_AG_495 0.99 0.99 61479 0.94 61479 50758
## MSQ6_AG_496 0.98 0.99 63124 0.96 63124 60863
## MSQ6_AG_497 0.97 0.99 42723 0.94 42723 36375
## MSQ6_AG_498 0.98 0.99 61694 0.94 61694 50918
## MSQ6_AG_499 0.98 0.99 63155 0.96 63155 58042
## MSQ6_AG_500 0.99 0.99 54043 0.95 54043 46975
## MSQ6_AG_501 0.99 0.99 65940 0.96 65940 57531
## MSQ6_AG_502 0.99 0.99 62165 0.95 62165 53894
## MSQ6_AG_503 0.99 0.99 44053 0.98 44053 43444
## MSQ6_AG_504 0.98 0.99 73581 0.95 73581 63433
## MSQ6_AG_505 0.96 0.98 17045 0.92 17045 14674
## MSQ6_AG_506 0.98 0.98 22226 0.93 22226 19782
## MSQ6_AG_509 0.99 0.99 18377 0.94 18377 15767
## MSQ6_AG_511 0.99 0.99 25587 0.95 25587 22168
## MSQ6_AG_512 0.98 0.99 26676 0.92 26676 22917
## MSQ6_AG_514 0.98 0.99 69097 0.93 69097 56620
## MSQ6_AG_515 0.98 0.99 75085 0.96 75085 68258
## MSQ6_AG_516 0.99 0.99 55577 0.95 55577 50277
## MSQ6_AG_517 0.99 0.99 67008 0.97 67008 63618
## MSQ6_AG_518 0.98 0.99 68679 0.95 68679 60000
## MSQ6_AG_519 0.99 0.99 59847 0.94 59847 49010
## MSQ6_AG_520 0.98 0.99 63359 0.93 63359 53096
## MSQ6_AG_521 0.95 0.99 19263 0.89 19263 15459
## MSQ6_AG_522 0.98 0.99 65289 0.95 65289 57063
## MSQ6_AG_523 0.98 0.99 58034 0.89 58034 43164
## MSQ6_AG_524 0.99 0.99 57373 0.91 57373 43837
## MSQ6_AG_525 0.99 0.99 72195 0.95 72195 56134
## MSQ6_AG_526 0.98 0.99 52673 0.88 52673 37386
## MSQ6_AG_527 0.99 0.99 60887 0.95 60887 48463
## MSQ6_AG_528 0.98 0.99 55620 0.91 55620 43056
## MSQ6_AG_529 0.97 0.99 35722 0.91 35722 27699
## MSQ6_AG_530 0.98 0.99 57328 0.86 57328 43663
## length_filtered tabled_pc chimera_out_pc length_filtered_pc Sample
## MSQ4_AG_012 63132 1 0.75 1 S_012
## MSQ4_AG_013 28004 1 0.78 1 S_013
## MSQ4_AG_014 34919 1 0.73 1 S_014
## MSQ4_AG_015 36310 1 0.72 1 S_015
## MSQ4_AG_016 25798 1 0.75 1 S_016
## MSQ4_AG_017 31556 1 0.71 1 S_017
## MSQ4_AG_018 39875 1 0.88 1 S_018
## MSQ4_AG_019 33557 1 0.76 1 S_019
## MSQ4_AG_020 43716 1 0.70 1 S_020
## MSQ4_AG_021 23176 1 0.79 1 S_021
## MSQ4_AG_022 41438 1 0.83 1 S_022
## MSQ4_AG_023 40845 1 0.84 1 S_023
## MSQ4_AG_024 28168 1 0.70 1 S_024
## MSQ4_AG_025 38257 1 0.74 1 S_025
## MSQ4_AG_027 36624 1 0.69 1 S_027
## MSQ4_AG_028 26811 1 0.72 1 S_028
## MSQ4_AG_029 24267 1 0.70 1 S_029
## MSQ4_AG_030 47010 1 0.75 1 S_030
## MSQ4_AG_031 38050 1 0.78 1 S_031
## MSQ4_AG_033 44462 1 0.69 1 S_033
## MSQ4_AG_034 33723 1 0.72 1 S_034
## MSQ4_AG_035 48208 1 0.81 1 S_035
## MSQ4_AG_036 47982 1 0.71 1 S_036
## MSQ4_AG_037 21250 1 0.71 1 S_037
## MSQ4_AG_038 34480 1 0.74 1 S_038
## MSQ4_AG_039 28166 1 0.69 1 S_039
## MSQ4_AG_040 23637 1 0.74 1 S_040
## MSQ4_AG_041 28883 1 0.73 1 S_041
## MSQ4_AG_042 36332 1 0.77 1 S_042
## MSQ4_AG_043 36253 1 0.77 1 S_043
## MSQ4_AG_044 33676 1 0.74 1 S_044
## MSQ4_AG_045 22118 1 0.67 1 S_045
## MSQ4_AG_046 29882 1 0.71 1 S_046
## MSQ4_AG_047 35244 1 0.77 1 S_047
## MSQ4_AG_049 37365 1 0.71 1 S_049
## MSQ4_AG_050 33113 1 0.74 1 S_050
## MSQ4_AG_051 33451 1 0.69 1 S_051
## MSQ4_AG_052 43344 1 0.76 1 S_052
## MSQ4_AG_053 26692 1 0.70 1 S_053
## MSQ4_AG_054 35882 1 0.67 1 S_054
## MSQ4_AG_055 34369 1 0.68 1 S_055
## MSQ4_AG_056 18872 1 0.68 1 S_056
## MSQ4_AG_057 53231 1 0.89 1 S_057
## MSQ4_AG_058 46387 1 0.83 1 S_058
## MSQ4_AG_059 52456 1 0.91 1 S_059
## MSQ4_AG_062 78943 1 0.93 1 S_060
## MSQ4_AG_064 42321 1 0.94 1 S_061
## MSQ4_AG_065 43474 1 0.92 1 S_062
## MSQ4_AG_072 24746 1 0.95 1 S_063
## MSQ4_AG_076 55585 1 0.95 1 S_064
## MSQ4_AG_077 37756 1 0.88 1 S_065
## MSQ4_AG_080 36761 1 0.95 1 S_066
## MSQ4_AG_083 39045 1 0.77 1 S_067
## MSQ4_AG_084 45763 1 0.77 1 S_068
## MSQ4_AG_085 31589 1 0.74 1 S_069
## MSQ4_AG_086 47584 1 0.77 1 S_070
## MSQ4_AG_087 40651 1 0.88 1 S_071
## MSQ4_AG_088 32150 1 0.87 1 S_072
## MSQ4_AG_089 45583 1 0.84 1 S_073
## MSQ4_AG_091 57555 1 1.00 1 S_074
## MSQ4_AG_092 50090 1 0.79 1 S_075
## MSQ4_AG_093 35237 1 0.76 1 S_076
## MSQ4_AG_095 37534 1 0.78 1 S_077
## MSQ4_AG_096 34866 1 0.65 1 S_078
## MSQ4_AG_101 32686 1 0.83 1 S_080
## MSQ4_AG_103 30485 1 0.78 1 S_082
## MSQ4_AG_104 28858 1 0.76 1 S_083
## MSQ4_AG_105 30798 1 0.75 1 S_084
## MSQ4_AG_106 18531 1 0.76 1 S_085
## MSQ4_AG_107 26957 1 0.73 1 S_086
## MSQ4_AG_108 27091 1 0.77 1 S_087
## MSQ4_AG_109 29029 1 0.77 1 S_088
## MSQ4_AG_111 26044 1 0.71 1 S_089
## MSQ4_AG_112 45944 1 0.92 1 S_090
## MSQ4_AG_113 36643 1 0.85 1 S_091
## MSQ4_AG_117 30639 1 0.74 1 S_093
## MSQ4_AG_119 27533 1 0.78 1 S_095
## MSQ4_AG_121 35845 1 0.72 1 S_096
## MSQ4_AG_125 29264 1 0.81 1 S_098
## MSQ4_AG_127 27454 1 0.77 1 S_100
## MSQ4_AG_128 45962 1 0.80 1 S_101
## MSQ4_AG_129 34436 1 0.73 1 S_102
## MSQ4_AG_130 30300 1 0.76 1 S_103
## MSQ4_AG_131 28664 1 0.68 1 S_104
## MSQ4_AG_132 44270 1 0.78 1 S_105
## MSQ4_AG_133 47432 1 0.92 1 S_106
## MSQ4_AG_135 39379 1 0.88 1 S_108
## MSQ4_AG_136 34867 1 0.76 1 S_109
## MSQ4_AG_141 28476 1 0.77 1 S_111
## MSQ4_AG_143 35175 1 0.76 1 S_113
## MSQ4_AG_144 35801 1 0.69 1 S_114
## MSQ4_AG_145 36833 1 0.67 1 S_115
## MSQ4_AG_148 68895 1 0.73 1 S_117
## MSQ4_AG_149 41929 1 0.74 1 S_118
## MSQ4_AG_151 31350 1 0.73 1 S_120
## MSQ4_AG_152 39031 1 0.73 1 S_121
## MSQ4_AG_153 49753 1 0.75 1 S_122
## MSQ4_AG_154 38218 1 0.74 1 S_123
## MSQ4_AG_155 30522 1 0.67 1 S_124
## MSQ4_AG_156 33495 1 0.74 1 S_125
## MSQ4_AG_157 34703 1 0.76 1 S_126
## MSQ4_AG_159 34623 1 0.78 1 S_128
## MSQ4_AG_160 34466 1 0.74 1 S_129
## MSQ4_AG_161 36003 1 0.76 1 S_130
## MSQ4_AG_162 18381 1 0.75 1 S_131
## MSQ4_AG_163 26906 1 0.75 1 S_132
## MSQ4_AG_164 40076 1 0.76 1 S_133
## MSQ4_AG_165 31663 1 0.78 1 S_134
## MSQ4_AG_167 27235 1 0.76 1 S_135
## MSQ4_AG_168 38492 1 0.72 1 S_136
## MSQ4_AG_169 35599 1 0.76 1 S_137
## MSQ4_AG_170 34791 1 0.74 1 S_138
## MSQ4_AG_171 34171 1 0.70 1 S_139
## MSQ4_AG_172 33548 1 0.75 1 S_140
## MSQ4_AG_173 33771 1 0.72 1 S_141
## MSQ4_AG_175 37348 1 0.66 1 S_142
## MSQ4_AG_176 38771 1 0.80 1 S_143
## MSQ4_AG_177 29662 1 0.74 1 S_144
## MSQ4_AG_178 24028 1 0.68 1 S_145
## MSQ4_AG_179 27466 1 0.75 1 S_146
## MSQ4_AG_180 31624 1 0.80 1 S_147
## MSQ4_AG_181 28373 1 0.78 1 S_148
## MSQ4_AG_183 28511 1 0.77 1 S_150
## MSQ4_AG_184 30442 1 0.71 1 S_151
## MSQ4_AG_185 31339 1 0.74 1 S_152
## MSQ4_AG_186 31727 1 0.75 1 S_153
## MSQ4_AG_187 23085 1 0.74 1 S_154
## MSQ4_AG_188 25966 1 0.76 1 S_155
## MSQ4_AG_189 34953 1 0.72 1 S_156
## MSQ4_AG_191 38217 1 0.74 1 S_158
## MSQ4_AG_192 37249 1 0.85 1 S_159
## MSQ4_AG_193 39378 1 0.88 1 S_160
## MSQ4_AG_194 32588 1 0.79 1 S_161
## MSQ4_AG_195 24980 1 0.75 1 S_162
## MSQ4_AG_196 32211 1 0.73 1 S_163
## MSQ4_AG_197 31808 1 0.74 1 S_164
## MSQ4_AG_198 21792 1 0.79 1 S_165
## MSQ4_AG_201 12911 1 0.76 1 S_168
## MSQ4_AG_205 22030 1 0.88 1 S_172
## MSQ4_AG_207 35316 1 0.80 1 S_174
## MSQ4_AG_208 31211 1 0.71 1 S_175
## MSQ4_AG_209 31033 1 0.72 1 S_176
## MSQ4_AG_210 32410 1 0.79 1 S_177
## MSQ4_AG_211 22976 1 0.76 1 S_178
## MSQ4_AG_212 28577 1 0.76 1 S_179
## MSQ4_AG_213 30989 1 0.77 1 S_180
## MSQ4_AG_215 29770 1 0.66 1 S_182
## MSQ4_AG_216 31999 1 0.70 1 S_183
## MSQ4_AG_217 25845 1 0.62 1 S_184
## MSQ4_AG_218 29813 1 0.63 1 S_185
## MSQ4_AG_219 29063 1 0.78 1 S_186
## MSQ4_AG_220 27283 1 0.66 1 S_187
## MSQ4_AG_221 28554 1 0.67 1 S_188
## MSQ4_AG_223 121734 1 0.73 1 S_190
## MSQ4_AG_224 43308 1 0.76 1 S_191
## MSQ4_AG_225 44919 1 0.74 1 S_192
## MSQ4_AG_226 42654 1 0.73 1 S_193
## MSQ4_AG_227 30151 1 0.68 1 S_194
## MSQ4_AG_228 26182 1 0.74 1 S_195
## MSQ4_AG_229 34084 1 0.78 1 S_196
## MSQ4_AG_230 27509 1 0.66 1 S_197
## MSQ4_AG_231 29257 1 0.73 1 S_198
## MSQ4_AG_232 39903 1 0.89 1 S_199
## MSQ4_AG_233 31217 1 0.72 1 S_200
## MSQ4_AG_234 36152 1 0.71 1 S_201
## MSQ4_AG_235 34859 1 0.78 1 S_202
## MSQ4_AG_236 35312 1 0.82 1 S_203
## MSQ4_AG_237 27057 1 0.71 1 S_204
## MSQ4_AG_238 25671 1 0.79 1 S_205
## MSQ4_AG_239 38863 1 0.81 1 S_206
## MSQ4_AG_240 37376 1 0.75 1 S_207
## MSQ4_AG_241 28959 1 0.65 1 S_208
## MSQ4_AG_242 36918 1 0.68 1 S_209
## MSQ4_AG_243 22034 1 0.67 1 S_210
## MSQ4_AG_244 35309 1 0.72 1 S_211
## MSQ4_AG_245 25726 1 0.63 1 S_212
## MSQ4_AG_247 39348 1 0.80 1 S_214
## MSQ4_AG_248 33598 1 0.67 1 S_215
## MSQ4_AG_249 33624 1 0.75 1 S_216
## MSQ6_AG_250 26929 1 0.71 1 S_219
## MSQ6_AG_251 44125 1 0.69 1 S_220
## MSQ6_AG_252 49814 1 0.73 1 S_221
## MSQ6_AG_253 42532 1 0.77 1 S_222
## MSQ6_AG_254 49859 1 0.73 1 S_223
## MSQ6_AG_255 44187 1 0.73 1 S_224
## MSQ6_AG_256 124781 1 0.72 1 S_225
## MSQ6_AG_257 39110 1 0.73 1 S_226
## MSQ6_AG_258 47209 1 0.72 1 S_227
## MSQ6_AG_259 39238 1 0.75 1 S_228
## MSQ6_AG_260 49569 1 0.83 1 S_229
## MSQ6_AG_261 32999 1 0.73 1 S_230
## MSQ6_AG_262 89836 1 0.79 1 S_231
## MSQ6_AG_263 37806 1 0.70 1 S_232
## MSQ6_AG_264 44726 1 0.76 1 S_233
## MSQ6_AG_265 37761 1 0.72 1 S_234
## MSQ6_AG_266 32968 1 0.72 1 S_235
## MSQ6_AG_267 29158 1 0.71 1 S_236
## MSQ6_AG_268 37290 1 0.73 1 S_237
## MSQ6_AG_269 24804 1 0.73 1 S_238
## MSQ6_AG_270 45108 1 0.73 1 S_239
## MSQ6_AG_271 35201 1 0.67 1 S_240
## MSQ6_AG_272 37456 1 0.73 1 S_241
## MSQ6_AG_273 33862 1 0.68 1 S_242
## MSQ6_AG_274 18014 1 0.74 1 S_243
## MSQ6_AG_275 43190 1 0.72 1 S_244
## MSQ6_AG_276 45910 1 0.70 1 S_245
## MSQ6_AG_277 36000 1 0.72 1 S_246
## MSQ6_AG_278 34478 1 0.73 1 S_247
## MSQ6_AG_279 36188 1 0.70 1 S_248
## MSQ6_AG_281 50265 1 0.74 1 S_250
## MSQ6_AG_282 36121 1 0.85 1 S_251
## MSQ6_AG_283 27664 1 0.74 1 S_252
## MSQ6_AG_284 39123 1 0.70 1 S_253
## MSQ6_AG_285 34414 1 0.72 1 S_254
## MSQ6_AG_286 41213 1 0.74 1 S_255
## MSQ6_AG_287 39884 1 0.75 1 S_256
## MSQ6_AG_288 35603 1 0.74 1 S_257
## MSQ6_AG_290 22393 1 0.76 1 S_259
## MSQ6_AG_291 37401 1 0.70 1 S_260
## MSQ6_AG_292 44075 1 0.69 1 S_261
## MSQ6_AG_293 33102 1 0.77 1 S_262
## MSQ6_AG_294 39177 1 0.74 1 S_263
## MSQ6_AG_295 36371 1 0.71 1 S_264
## MSQ6_AG_296 33074 1 0.70 1 S_265
## MSQ6_AG_298 25918 1 0.78 1 S_267
## MSQ6_AG_299 44286 1 0.75 1 S_268
## MSQ6_AG_300 41040 1 0.74 1 S_269
## MSQ6_AG_301 33787 1 0.72 1 S_270
## MSQ6_AG_302 49311 1 0.79 1 S_271
## MSQ6_AG_303 47625 1 0.75 1 S_272
## MSQ6_AG_304 38035 1 0.78 1 S_273
## MSQ6_AG_305 59937 1 0.74 1 S_274
## MSQ6_AG_306 30890 1 0.73 1 S_275
## MSQ6_AG_307 36986 1 0.78 1 S_276
## MSQ6_AG_308 40691 1 0.77 1 S_277
## MSQ6_AG_309 31897 1 0.77 1 S_278
## MSQ6_AG_310 47728 1 0.75 1 S_279
## MSQ6_AG_311 37306 1 0.79 1 S_280
## MSQ6_AG_312 32803 1 0.76 1 S_281
## MSQ6_AG_313 39652 1 0.74 1 S_282
## MSQ6_AG_314 39270 1 0.75 1 S_283
## MSQ6_AG_315 46336 1 0.77 1 S_284
## MSQ6_AG_316 45015 1 0.86 1 S_285
## MSQ6_AG_317 30947 1 0.76 1 S_286
## MSQ6_AG_318 46795 1 0.75 1 S_287
## MSQ6_AG_319 43420 1 0.72 1 S_288
## MSQ6_AG_320 36090 1 0.79 1 S_289
## MSQ6_AG_321 49278 1 0.80 1 S_290
## MSQ6_AG_322 30670 1 0.77 1 S_291
## MSQ6_AG_323 36889 1 0.78 1 S_292
## MSQ6_AG_324 40654 1 0.84 1 S_293
## MSQ6_AG_325 35242 1 0.79 1 S_294
## MSQ6_AG_326 44122 1 0.83 1 S_295
## MSQ6_AG_327 35011 1 0.78 1 S_296
## MSQ6_AG_328 36199 1 0.76 1 S_297
## MSQ6_AG_329 32872 1 0.80 1 S_298
## MSQ6_AG_330 25123 1 0.76 1 S_299
## MSQ6_AG_331 34215 1 0.77 1 S_300
## MSQ6_AG_332 39342 1 0.77 1 S_301
## MSQ6_AG_333 27584 1 0.76 1 S_302
## MSQ6_AG_334 36753 1 0.71 1 S_303
## MSQ6_AG_335 34090 1 0.67 1 S_304
## MSQ6_AG_336 32369 1 0.74 1 S_305
## MSQ6_AG_337 33486 1 0.72 1 S_306
## MSQ6_AG_339 37026 1 0.73 1 S_308
## MSQ6_AG_340 30284 1 0.70 1 S_309
## MSQ6_AG_341 24770 1 0.74 1 S_310
## MSQ6_AG_342 41706 1 0.71 1 S_311
## MSQ6_AG_343 34794 1 0.74 1 S_312
## MSQ6_AG_344 38160 1 0.79 1 S_313
## MSQ6_AG_346 37273 1 0.74 1 S_315
## MSQ6_AG_347 35747 1 0.74 1 S_316
## MSQ6_AG_348 36364 1 0.72 1 S_317
## MSQ6_AG_349 32689 1 0.76 1 S_318
## MSQ6_AG_350 35016 1 0.75 1 S_319
## MSQ6_AG_351 33891 1 0.74 1 S_320
## MSQ6_AG_352 35926 1 0.73 1 S_321
## MSQ6_AG_353 33868 1 0.72 1 S_322
## MSQ6_AG_354 38224 1 0.76 1 S_323
## MSQ6_AG_355 41368 1 0.83 1 S_324
## MSQ6_AG_356 29213 1 0.74 1 S_325
## MSQ6_AG_357 37943 1 0.76 1 S_326
## MSQ6_AG_358 33353 1 0.81 1 S_327
## MSQ6_AG_359 41571 1 0.75 1 S_328
## MSQ6_AG_360 39599 1 0.74 1 S_329
## MSQ6_AG_361 32148 1 0.77 1 S_330
## MSQ6_AG_362 35602 1 0.77 1 S_331
## MSQ6_AG_363 27164 1 0.77 1 S_332
## MSQ6_AG_364 35941 1 0.82 1 S_333
## MSQ6_AG_365 30861 1 0.79 1 S_334
## MSQ6_AG_366 37278 1 0.80 1 S_335
## MSQ6_AG_367 34694 1 0.80 1 S_336
## MSQ6_AG_368 37761 1 0.76 1 S_337
## MSQ6_AG_369 38432 1 0.83 1 S_338
## MSQ6_AG_370 35563 1 0.77 1 S_339
## MSQ6_AG_371 35425 1 0.79 1 S_340
## MSQ6_AG_372 37388 1 0.78 1 S_341
## MSQ6_AG_373 30253 1 0.84 1 S_342
## MSQ6_AG_374 22578 1 0.79 1 S_343
## MSQ6_AG_375 41121 1 0.79 1 S_344
## MSQ6_AG_376 18120 1 0.76 1 S_345
## MSQ6_AG_377 30174 1 0.78 1 S_346
## MSQ6_AG_378 34059 1 0.74 1 S_347
## MSQ6_AG_379 36536 1 0.78 1 S_348
## MSQ6_AG_380 54422 1 0.72 1 S_349
## MSQ6_AG_381 33745 1 0.70 1 S_350
## MSQ6_AG_382 47662 1 0.70 1 S_351
## MSQ6_AG_383 45958 1 0.73 1 S_352
## MSQ6_AG_384 45184 1 0.80 1 S_353
## MSQ6_AG_385 34946 1 0.73 1 S_354
## MSQ6_AG_386 32861 1 0.71 1 S_355
## MSQ6_AG_387 29841 1 0.72 1 S_356
## MSQ6_AG_388 32762 1 0.76 1 S_357
## MSQ6_AG_389 42292 1 0.78 1 S_358
## MSQ6_AG_390 34330 1 0.76 1 S_359
## MSQ6_AG_391 45537 1 0.78 1 S_360
## MSQ6_AG_392 34869 1 0.77 1 S_361
## MSQ6_AG_393 34710 1 0.79 1 S_362
## MSQ6_AG_394 42780 1 0.77 1 S_363
## MSQ6_AG_395 35991 1 0.75 1 S_364
## MSQ6_AG_396 45382 1 0.78 1 S_365
## MSQ6_AG_397 34890 1 0.80 1 S_366
## MSQ6_AG_398 32099 1 0.76 1 S_367
## MSQ6_AG_399 60535 1 0.76 1 S_368
## MSQ6_AG_400 49432 1 0.76 1 S_369
## MSQ6_AG_401 41237 1 0.75 1 S_370
## MSQ6_AG_402 35908 1 0.78 1 S_371
## MSQ6_AG_403 29153 1 0.74 1 S_372
## MSQ6_AG_404 31418 1 0.75 1 S_373
## MSQ6_AG_405 35131 1 0.77 1 S_374
## MSQ6_AG_406 41200 1 0.79 1 S_375
## MSQ6_AG_407 61652 1 0.78 1 S_376
## MSQ6_AG_408 51398 1 0.77 1 S_377
## MSQ6_AG_409 36318 1 0.78 1 S_378
## MSQ6_AG_410 31866 1 0.79 1 S_379
## MSQ6_AG_411 24987 1 0.75 1 S_380
## MSQ6_AG_412 40913 1 0.78 1 S_381
## MSQ6_AG_413 33713 1 0.82 1 S_382
## MSQ6_AG_414 31111 1 0.77 1 S_383
## MSQ6_AG_415 42346 1 0.77 1 S_384
## MSQ6_AG_416 37759 1 0.77 1 S_385
## MSQ6_AG_417 28740 1 0.77 1 S_386
## MSQ6_AG_418 36412 1 0.77 1 S_387
## MSQ6_AG_419 30021 1 0.73 1 S_388
## MSQ6_AG_420 32891 1 0.78 1 S_389
## MSQ6_AG_421 32405 1 0.77 1 S_390
## MSQ6_AG_422 40869 1 0.80 1 S_391
## MSQ6_AG_423 33271 1 0.74 1 S_392
## MSQ6_AG_424 29615 1 0.76 1 S_393
## MSQ6_AG_425 31675 1 0.75 1 S_394
## MSQ6_AG_426 37581 1 0.74 1 S_395
## MSQ6_AG_427 36710 1 0.76 1 S_396
## MSQ6_AG_428 39430 1 0.75 1 S_397
## MSQ6_AG_429 40730 1 0.79 1 S_398
## MSQ6_AG_430 34324 1 0.76 1 S_399
## MSQ6_AG_431 47958 1 0.86 1 S_400
## MSQ6_AG_432 42098 1 0.79 1 S_401
## MSQ6_AG_433 36215 1 0.77 1 S_402
## MSQ6_AG_434 30546 1 0.75 1 S_403
## MSQ6_AG_490 52584 1 0.87 1 S_438
## MSQ6_AG_491 50751 1 0.84 1 S_439
## MSQ6_AG_492 33283 1 0.86 1 S_440
## MSQ6_AG_493 58699 1 0.88 1 S_441
## MSQ6_AG_494 58881 1 0.98 1 S_442
## MSQ6_AG_495 50758 1 0.83 1 S_443
## MSQ6_AG_496 60863 1 0.96 1 S_444
## MSQ6_AG_497 36375 1 0.85 1 S_445
## MSQ6_AG_498 50918 1 0.83 1 S_446
## MSQ6_AG_499 58042 1 0.92 1 S_447
## MSQ6_AG_500 46975 1 0.87 1 S_448
## MSQ6_AG_501 57531 1 0.87 1 S_449
## MSQ6_AG_502 53894 1 0.87 1 S_450
## MSQ6_AG_503 43444 1 0.99 1 S_451
## MSQ6_AG_504 63433 1 0.86 1 S_452
## MSQ6_AG_505 14674 1 0.86 1 S_453
## MSQ6_AG_506 19782 1 0.89 1 S_454
## MSQ6_AG_509 15767 1 0.86 1 S_457
## MSQ6_AG_511 22168 1 0.87 1 S_459
## MSQ6_AG_512 22917 1 0.86 1 S_460
## MSQ6_AG_514 56620 1 0.82 1 S_462
## MSQ6_AG_515 68258 1 0.91 1 S_463
## MSQ6_AG_516 50277 1 0.90 1 S_464
## MSQ6_AG_517 63618 1 0.95 1 S_465
## MSQ6_AG_518 60000 1 0.87 1 S_466
## MSQ6_AG_519 49010 1 0.82 1 S_467
## MSQ6_AG_520 53096 1 0.84 1 S_468
## MSQ6_AG_521 15459 1 0.80 1 S_469
## MSQ6_AG_522 57063 1 0.87 1 S_470
## MSQ6_AG_523 43164 1 0.74 1 S_471
## MSQ6_AG_524 43837 1 0.76 1 S_472
## MSQ6_AG_525 56134 1 0.78 1 S_473
## MSQ6_AG_526 37384 1 0.71 1 S_474
## MSQ6_AG_527 48463 1 0.80 1 S_475
## MSQ6_AG_528 43056 1 0.77 1 S_476
## MSQ6_AG_529 27699 1 0.78 1 S_477
## MSQ6_AG_530 43663 1 0.76 1 S_478
## reads remove responsible_seq owner region_1 run experiment
## MSQ4_AG_012 48960 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_013 20385 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_014 23342 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_015 23590 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_016 18212 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_017 22353 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_018 31561 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_019 25224 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_020 28421 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_021 16768 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_022 27781 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_023 26325 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_024 22660 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_025 25542 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_027 31281 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_028 13506 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_029 13524 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_030 41478 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_031 27761 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_033 29209 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_034 22710 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_035 37399 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_036 29296 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_037 18759 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_038 29865 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_039 28061 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_040 16779 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_041 18461 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_042 28067 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_043 24041 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_044 32155 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_045 18910 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_046 26743 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_047 21306 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_049 22418 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_050 27441 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_051 30582 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_052 31698 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_053 17888 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_054 26929 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_055 29620 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_056 10306 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_057 38560 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_058 31142 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_059 38293 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_062 46431 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_064 27225 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_065 26286 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_072 16896 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_076 34565 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_077 20024 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_080 20935 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_083 13463 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_084 16582 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_085 21248 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_086 29225 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_087 30111 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_088 25506 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_089 37671 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_091 42171 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_092 42724 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_093 26838 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_095 29438 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_096 30533 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_101 19850 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_103 21225 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_104 16463 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_105 22684 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_106 14078 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_107 18019 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_108 12907 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_109 18343 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_111 16565 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_112 29007 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_113 18743 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_117 17886 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_119 16730 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_121 16882 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_125 17420 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_127 22454 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_128 26337 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_129 30142 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_130 18481 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_131 18582 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_132 34709 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_133 41146 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_135 28965 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_136 27319 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_141 15448 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_143 20556 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_144 18792 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_145 21277 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_148 38364 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_149 32066 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_151 29288 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_152 22915 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_153 37904 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_154 30432 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_155 24624 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_156 26484 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_157 23585 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_159 26585 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_160 29184 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_161 27148 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_162 12458 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_163 24549 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_164 29877 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_165 17916 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_167 21697 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_168 36177 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_169 27337 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_170 26173 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_171 34590 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_172 29459 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_173 32652 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_175 37357 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_176 14564 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_177 23021 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_178 17451 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_179 17820 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_180 27594 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_181 18430 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_183 14229 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_184 20532 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_185 23171 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_186 22289 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_187 18409 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_188 21405 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_189 27654 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_191 27438 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_192 28350 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_193 31426 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_194 27764 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_195 18918 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_196 29009 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_197 27959 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_198 15314 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_201 11671 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_205 17452 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_207 28609 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_208 23553 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_209 24203 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_210 26296 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_211 17438 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_212 22574 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_213 26739 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_215 18875 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_216 23681 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_217 18749 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_218 18912 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_219 12735 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_220 18751 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_221 18213 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_223 105501 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_224 37502 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_225 40844 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_226 38679 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_227 21736 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_228 19344 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_229 25190 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_230 22205 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_231 22528 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_232 26132 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_233 26777 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_234 32832 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_235 26317 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_236 29962 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_237 21919 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_238 19521 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_239 28966 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_240 31434 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_241 17971 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_242 27908 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_243 11430 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_244 22644 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_245 13051 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_247 27635 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_248 19923 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ4_AG_249 26099 s Annelies AG V4 MSQ4 mIMT_1
## MSQ6_AG_250 18616 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_251 27311 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_252 28127 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_253 23855 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_254 40793 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_255 37037 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_256 84206 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_257 24313 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_258 30945 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_259 17347 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_260 41233 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_261 17757 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_262 76765 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_263 24326 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_264 30767 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_265 23093 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_266 18061 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_267 17456 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_268 25508 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_269 11644 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_270 23015 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_271 21122 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_272 25009 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_273 18619 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_274 13480 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_275 25204 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_276 31518 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_277 23000 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_278 15369 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_279 24112 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_281 26861 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_282 31371 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_283 19402 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_284 26676 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_285 23704 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_286 29094 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_287 27534 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_288 22057 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_290 15048 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_291 25086 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_292 30359 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_293 22352 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_294 34683 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_295 22771 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_296 26224 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_298 19363 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_299 33058 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_300 30595 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_301 25220 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_302 39359 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_303 34494 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_304 29387 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_305 48529 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_306 20899 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_307 26411 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_308 33269 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_309 24903 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_310 42828 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_311 24629 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_312 28530 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_313 32978 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_314 33285 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_315 38605 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_316 35003 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_317 25237 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_318 43348 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_319 40817 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_320 30025 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_321 28521 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_322 19187 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_323 25485 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_324 32392 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_325 16445 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_326 31454 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_327 18757 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_328 19185 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_329 23689 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_330 18327 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_331 23353 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_332 27068 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_333 16367 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_334 34241 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_335 32389 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_336 23822 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_337 20350 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_339 31462 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_340 14098 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_341 20222 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_342 32489 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_343 21782 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_344 24703 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_346 29733 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_347 25822 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_348 25042 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_349 22374 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_350 21462 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_351 24471 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_352 25050 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_353 16390 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_354 26938 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_355 24248 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_356 17733 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_357 34400 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_358 23792 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_359 38358 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_360 32322 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_361 27549 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_362 26252 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_363 19361 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_364 24551 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_365 27389 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_366 29567 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_367 26725 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_368 31468 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_369 32157 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_370 23974 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_371 22451 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_372 26245 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_373 23351 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_374 16927 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_375 36013 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_376 16695 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_377 25765 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_378 24392 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_379 35828 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_380 42252 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_381 22422 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_382 35537 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_383 40142 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_384 39030 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_385 26885 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_386 23918 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_387 17693 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_388 23570 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_389 28400 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_390 31764 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_391 36005 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_392 30819 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_393 22694 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_394 29687 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_395 30662 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_396 35373 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_397 26152 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_398 29306 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_399 44910 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_400 33218 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_401 36986 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_402 26873 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_403 25001 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_404 26432 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_405 27462 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_406 30513 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_407 44225 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_408 35772 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_409 26830 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_410 24015 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_411 23950 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_412 34170 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_413 26234 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_414 25249 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_415 36547 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_416 32805 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_417 23332 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_418 27881 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_419 24558 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_420 29044 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_421 26611 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_422 35091 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_423 31460 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_424 24200 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_425 25743 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_426 37239 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_427 31120 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_428 31620 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_429 33578 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_430 28910 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_431 42838 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_432 36424 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_433 30466 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_434 21689 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_490 42522 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_491 39448 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_492 25183 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_493 41289 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_494 45501 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_495 32594 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_496 47040 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_497 28263 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_498 39328 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_499 48814 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_500 34845 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_501 53167 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_502 46455 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_503 36462 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_504 50834 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_505 11269 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_506 15473 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_509 11622 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_511 15183 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_512 17188 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_514 47195 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_515 56791 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_516 37290 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_517 54378 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_518 46183 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_519 40486 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_520 44884 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_521 12799 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_522 47385 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_523 38843 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_524 30577 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_525 33737 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_526 36823 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_527 31171 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_528 32578 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_529 17380 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## MSQ6_AG_530 37773 s Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2
## Fermentation facility day sample_type reactor day_IR
## MSQ4_AG_012 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_013 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_014 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_015 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_016 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_017 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_018 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_019 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_020 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_021 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_022 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_023 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_024 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_025 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_027 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_028 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_029 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_030 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_031 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_033 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_034 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_035 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_036 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_037 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_038 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_039 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_040 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_041 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_042 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_043 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_044 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_045 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_046 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_047 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_049 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_050 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_051 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_052 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_053 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_054 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_055 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_056 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_057 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_058 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_059 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_062 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_064 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_065 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_072 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_076 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_077 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_080 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_083 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_084 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_085 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_086 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_087 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_088 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_089 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_091 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_092 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_093 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_095 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_096 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_101 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_103 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_104 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_105 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_106 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_107 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_108 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_109 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_111 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_112 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_113 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_117 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_119 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_121 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_125 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_127 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_128 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_129 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_130 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_131 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_132 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_133 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_135 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_136 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_141 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_143 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_144 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_145 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_148 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_149 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_151 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_152 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_153 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_154 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_155 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_156 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_157 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_159 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_160 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_161 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_162 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_163 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_164 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_165 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_167 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_168 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_169 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_170 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_171 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_172 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_173 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_175 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_176 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_177 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_178 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_179 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_180 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_181 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_183 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_184 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_185 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_186 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_187 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_188 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_189 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_191 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_192 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_193 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_194 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_195 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_196 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_197 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_198 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_201 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_205 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_207 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_208 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_209 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_210 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_211 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_212 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_213 <NA> Borsig Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ4_AG_215 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_216 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_217 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_218 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_219 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_220 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_221 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_223 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_224 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_225 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_226 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_227 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_228 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_229 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_230 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_231 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_232 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_233 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_234 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_235 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_236 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_237 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_238 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_239 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_240 <NA> Borsig Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_241 <NA> Borsig Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_242 <NA> Borsig Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_243 <NA> Borsig Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_244 <NA> Borsig Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_245 <NA> Borsig Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_247 <NA> Borsig Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_248 <NA> Borsig Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ4_AG_249 <NA> Borsig Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_250 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_251 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_252 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_253 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_254 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_255 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_256 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_257 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_258 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_259 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_260 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_261 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_262 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_263 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_264 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_265 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_266 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_267 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_268 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_269 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_270 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_271 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_272 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_273 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_274 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_275 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_276 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_277 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_278 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_279 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_281 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_282 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_283 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_284 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_285 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_286 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_287 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_288 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_290 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_291 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_292 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_293 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_294 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_295 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_296 <NA> Scharl Day_-1 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_298 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_299 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_300 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_301 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_302 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_303 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_304 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_305 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_306 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_307 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_308 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_309 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_310 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_311 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_312 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_313 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_314 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_315 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_316 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_317 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_318 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_319 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_320 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_321 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_322 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_323 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_324 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_325 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_326 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_327 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_328 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_329 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_330 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_331 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_332 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_333 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_334 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_335 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_336 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_337 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_339 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_340 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_341 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_342 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_343 <NA> Scharl Day_12 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_344 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_346 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_347 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_348 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_349 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_350 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_351 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_352 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_353 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_354 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_355 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_356 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_357 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_358 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_359 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_360 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_361 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_362 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_363 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_364 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_365 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_366 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_367 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_368 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_369 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_370 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_371 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_372 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_373 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_374 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_375 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_376 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_377 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_378 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_379 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_380 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_381 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_382 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_383 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_384 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_385 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_386 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_387 <NA> Scharl Day_14 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_388 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_389 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_390 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_391 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_392 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_393 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_394 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_395 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_396 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_397 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_398 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_399 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_400 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_401 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_402 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_403 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_404 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_405 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_406 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_407 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_408 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_409 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_410 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_411 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_412 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_413 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_414 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_415 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_416 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_417 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_418 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_419 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_420 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_421 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_422 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_423 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_424 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_425 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_426 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_427 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_428 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_429 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_430 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_431 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_432 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_433 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_434 <NA> Scharl Day_14 Cecum <NA> NA
## MSQ6_AG_490 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_491 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_492 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_493 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_494 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_495 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_496 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_497 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_498 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_499 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_500 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_501 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_502 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_503 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_504 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_505 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_506 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_509 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_511 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_512 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_514 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_515 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_516 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_517 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_518 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_519 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_520 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_521 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_522 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_523 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_524 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_525 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_526 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_527 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_528 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_529 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## MSQ6_AG_530 <NA> Scharl Day_6 Feces <NA> NA
## day_fermentation treatment_period sample_label treatment_exvivo
## MSQ4_AG_012 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_013 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_014 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_015 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_016 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_017 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_018 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_019 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_020 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_021 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_022 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_023 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_024 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_025 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_027 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_028 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_029 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_030 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_031 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_033 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_034 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_035 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_036 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_037 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_038 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_039 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_040 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_041 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_042 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_043 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_044 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_045 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_046 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_047 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_049 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_050 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_051 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_052 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_053 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_054 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_055 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_056 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_057 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_058 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_059 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_062 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_064 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_065 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_072 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_076 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_077 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_080 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_083 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_084 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_085 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_086 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_087 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_088 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_089 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_091 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_092 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_093 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_095 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_096 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_101 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_103 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_104 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_105 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_106 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_107 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_108 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_109 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_111 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_112 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_113 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_117 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_119 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_121 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_125 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_127 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_128 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_129 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_130 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_131 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_132 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_133 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_135 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_136 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_141 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_143 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_144 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_145 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_148 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_149 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_151 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_152 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_153 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_154 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_155 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_156 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_157 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_159 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_160 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_161 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_162 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_163 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_164 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_165 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_167 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_168 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_169 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_170 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_171 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_172 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_173 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_175 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_176 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_177 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_178 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_179 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_180 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_181 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_183 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_184 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_185 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_186 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_187 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_188 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_189 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_191 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_192 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_193 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_194 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_195 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_196 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_197 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_198 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_201 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_205 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_207 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_208 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_209 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_210 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_211 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_212 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_213 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_215 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_216 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_217 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_218 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_219 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_220 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_221 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_223 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_224 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_225 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_226 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_227 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_228 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_229 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_230 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_231 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_232 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_233 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_234 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_235 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_236 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_237 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_238 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_239 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_240 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_241 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_242 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_243 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_244 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_245 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_247 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_248 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ4_AG_249 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_250 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_251 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_252 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_253 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_254 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_255 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_256 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_257 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_258 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_259 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_260 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_261 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_262 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_263 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_264 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_265 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_266 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_267 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_268 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_269 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_270 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_271 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_272 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_273 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_274 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_275 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_276 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_277 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_278 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_279 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_281 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_282 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_283 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_284 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_285 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_286 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_287 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_288 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_290 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_291 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_292 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_293 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_294 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_295 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_296 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_298 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_299 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_300 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_301 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_302 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_303 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_304 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_305 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_306 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_307 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_308 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_309 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_310 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_311 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_312 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_313 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_314 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_315 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_316 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_317 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_318 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_319 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_320 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_321 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_322 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_323 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_324 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_325 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_326 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_327 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_328 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_329 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_330 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_331 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_332 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_333 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_334 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_335 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_336 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_337 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_339 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_340 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_341 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_342 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_343 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_344 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_346 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_347 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_348 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_349 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_350 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_351 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_352 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_353 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_354 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_355 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_356 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_357 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_358 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_359 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_360 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_361 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_362 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_363 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_364 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_365 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_366 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_367 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_368 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_369 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_370 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_371 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_372 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_373 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_374 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_375 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_376 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_377 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_378 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_379 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_380 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_381 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_382 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_383 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_384 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_385 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_386 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_387 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_388 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_389 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_390 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_391 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_392 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_393 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_394 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_395 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_396 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_397 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_398 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_399 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_400 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_401 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_402 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_403 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_404 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_405 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_406 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_407 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_408 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_409 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_410 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_411 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_412 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_413 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_414 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_415 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_416 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_417 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_418 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_419 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_420 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_421 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_422 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_423 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_424 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_425 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_426 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_427 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_428 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_429 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_430 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_431 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_432 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_433 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_434 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_490 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_491 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_492 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_493 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_494 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_495 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_496 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_497 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_498 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_499 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_500 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_501 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_502 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_503 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_504 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_505 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_506 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_509 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_511 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_512 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_514 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_515 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_516 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_517 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_518 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_519 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_520 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_521 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_522 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_523 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_524 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_525 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_526 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_527 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_528 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_529 <NA> <NA> <NA> <NA>
## MSQ6_AG_530 <NA> <NA> <NA> <NA>
## treatment mouse_label BW BW_percent BW_delta DAI
## MSQ4_AG_012 H2O m_6 20.84 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_013 H2O m_19 23.99 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_014 H2O m_31 25.35 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_015 H2O m_33 27.54 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_016 H2O m_34 27.19 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_017 H2O_co m_10 21.24 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_018 H2O_co m_26 23.14 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_019 H2O_co m_27 23.09 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_020 H2O_co m_29 22.59 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_021 H2O_co m_30 22.00 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_022 DSS m_4 20.38 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_023 DSS m_16 22.00 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_024 DSS m_17 22.99 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_025 DSS m_18 23.56 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_027 DSS_co m_11 23.96 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_028 DSS_co m_21 20.22 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_029 DSS_co m_22 22.47 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_030 DSS_co m_23 23.47 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_031 DSS_co m_32 22.97 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_033 Eubiotic m_2 22.45 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_034 Eubiotic m_3 22.25 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_035 Eubiotic m_5 22.43 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_036 Eubiotic m_35 22.59 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_037 Dysbiotic m_7 21.13 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_038 Dysbiotic m_8 23.39 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_039 Dysbiotic m_9 22.84 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_040 Dysbiotic m_24 22.45 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_041 Dysbiotic m_28 24.25 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_042 Normobiotic m_12 22.84 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_043 Normobiotic m_13 22.04 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_044 Normobiotic m_14 22.40 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_045 Normobiotic m_15 22.25 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_046 Normobiotic m_25 21.84 0.000000000 0.00 NA
## MSQ4_AG_047 H2O m_6 21.37 1.340000000 -0.25 NA
## MSQ4_AG_049 H2O m_31 25.18 -0.710000000 -0.01 NA
## MSQ4_AG_050 H2O m_33 28.01 2.140000000 0.12 NA
## MSQ4_AG_051 H2O m_34 26.81 -1.770000000 -0.10 NA
## MSQ4_AG_052 H2O_co m_10 21.57 -0.240000000 -0.38 NA
## MSQ4_AG_053 H2O_co m_26 22.52 -2.330000000 0.08 NA
## MSQ4_AG_054 H2O_co m_27 23.44 2.210000000 0.16 NA
## MSQ4_AG_055 H2O_co m_29 22.37 0.220000000 0.27 NA
## MSQ4_AG_056 H2O_co m_30 22.00 1.950000000 0.43 NA
## MSQ4_AG_057 DSS m_4 20.35 -1.910000000 -0.36 NA
## MSQ4_AG_058 DSS m_16 22.00 -2.910000000 -0.64 NA
## MSQ4_AG_059 DSS m_17 22.97 2.480000000 0.59 NA
## MSQ4_AG_062 DSS_co m_11 23.30 -4.300000000 -0.34 NA
## MSQ4_AG_064 DSS_co m_22 22.71 1.070000000 0.79 NA
## MSQ4_AG_065 DSS_co m_23 23.55 -5.330000000 0.68 NA
## MSQ4_AG_072 Dysbiotic m_7 21.68 0.990000000 0.16 NA
## MSQ4_AG_076 Dysbiotic m_28 24.98 -0.820000000 0.07 NA
## MSQ4_AG_077 Normobiotic m_12 21.96 -8.450000000 -0.36 NA
## MSQ4_AG_080 Normobiotic m_15 22.03 -0.130000000 -0.51 NA
## MSQ4_AG_083 H2O m_19 23.87 1.420000000 -0.76 NA
## MSQ4_AG_084 H2O m_31 25.11 -0.080000000 -0.35 NA
## MSQ4_AG_085 H2O m_33 27.10 -1.960000000 -0.43 NA
## MSQ4_AG_086 H2O m_34 27.02 -2.800000000 -0.58 NA
## MSQ4_AG_087 H2O_co m_10 21.96 1.460000000 0.90 NA
## MSQ4_AG_088 H2O_co m_26 22.74 -0.430000000 -0.47 NA
## MSQ4_AG_089 H2O_co m_27 23.36 -0.910000000 0.04 NA
## MSQ4_AG_091 H2O_co m_30 22.24 0.270000000 0.44 NA
## MSQ4_AG_092 DSS m_16 19.21 -9.450000000 -0.44 NA
## MSQ4_AG_093 DSS m_17 19.57 -12.790000000 -0.42 NA
## MSQ4_AG_095 DSS m_20 17.87 -22.910000000 -0.31 NA
## MSQ4_AG_096 DSS_co m_11 22.55 -2.250000000 0.79 NA
## MSQ4_AG_101 Eubiotic m_1 22.36 -0.810000000 0.42 NA
## MSQ4_AG_103 Eubiotic m_3 22.44 0.220000000 0.10 NA
## MSQ4_AG_104 Eubiotic m_5 22.18 2.450000000 0.09 NA
## MSQ4_AG_105 Eubiotic m_35 23.18 2.260000000 0.38 NA
## MSQ4_AG_106 Dysbiotic m_7 19.44 -10.030000000 0.17 NA
## MSQ4_AG_107 Dysbiotic m_8 19.72 -16.420000000 0.22 NA
## MSQ4_AG_108 Dysbiotic m_9 21.01 -8.490000000 0.33 NA
## MSQ4_AG_109 Dysbiotic m_24 20.10 -8.460000000 -0.58 NA
## MSQ4_AG_111 Normobiotic m_12 20.06 -10.810000000 0.31 NA
## MSQ4_AG_112 Normobiotic m_13 21.39 -2.590000000 1.27 NA
## MSQ4_AG_113 Normobiotic m_14 20.84 -7.900000000 1.51 NA
## MSQ4_AG_117 H2O m_19 24.87 3.670000000 0.32 NA
## MSQ4_AG_119 H2O m_33 27.12 -1.530000000 -0.73 NA
## MSQ4_AG_121 H2O_co m_10 22.27 4.850000000 0.58 NA
## MSQ4_AG_125 H2O_co m_30 22.80 3.640000000 0.12 NA
## MSQ4_AG_127 DSS m_17 21.20 -7.790000000 0.98 NA
## MSQ4_AG_128 DSS m_18 20.31 -13.790000000 0.18 NA
## MSQ4_AG_129 DSS m_20 20.02 -14.440000000 0.35 NA
## MSQ4_AG_130 DSS_co m_11 24.01 0.210000000 -0.07 NA
## MSQ4_AG_131 DSS_co m_21 21.05 4.100000000 -0.44 NA
## MSQ4_AG_132 DSS_co m_22 22.43 -0.180000000 -0.13 NA
## MSQ4_AG_133 DSS_co m_23 22.16 -5.580000000 -0.55 NA
## MSQ4_AG_135 Eubiotic m_1 22.58 1.990000000 -0.86 NA
## MSQ4_AG_136 Eubiotic m_2 22.76 1.380000000 -0.01 NA
## MSQ4_AG_141 Dysbiotic m_8 20.76 -11.240000000 0.66 NA
## MSQ4_AG_143 Dysbiotic m_24 20.45 -8.910000000 -0.46 NA
## MSQ4_AG_144 Dysbiotic m_28 22.73 -6.270000000 0.62 NA
## MSQ4_AG_145 Normobiotic m_12 20.49 -10.290000000 0.38 NA
## MSQ4_AG_148 Normobiotic m_15 22.15 -0.450000000 0.27 NA
## MSQ4_AG_149 Normobiotic m_25 21.93 0.410000000 -0.44 NA
## MSQ4_AG_151 H2O m_19 24.87 3.670000000 0.32 NA
## MSQ4_AG_152 H2O m_31 25.42 0.280000000 -0.51 NA
## MSQ4_AG_153 H2O m_33 27.12 -1.530000000 -0.73 NA
## MSQ4_AG_154 H2O m_34 27.15 -0.150000000 0.21 NA
## MSQ4_AG_155 H2O_co m_10 22.27 4.850000000 0.58 NA
## MSQ4_AG_156 H2O_co m_26 23.10 -0.170000000 -0.08 NA
## MSQ4_AG_157 H2O_co m_27 23.31 0.950000000 0.13 NA
## MSQ4_AG_159 H2O_co m_30 22.80 3.640000000 0.12 NA
## MSQ4_AG_160 DSS m_16 20.65 -6.140000000 0.58 NA
## MSQ4_AG_161 DSS m_17 21.20 -7.790000000 0.98 NA
## MSQ4_AG_162 DSS m_18 20.31 -13.790000000 0.18 NA
## MSQ4_AG_163 DSS m_20 20.02 -14.440000000 0.35 NA
## MSQ4_AG_164 DSS_co m_11 24.01 0.210000000 -0.07 NA
## MSQ4_AG_165 DSS_co m_21 21.05 4.100000000 -0.44 NA
## MSQ4_AG_167 DSS_co m_23 22.16 -5.580000000 -0.55 NA
## MSQ4_AG_168 DSS_co m_32 22.26 -3.090000000 0.40 NA
## MSQ4_AG_169 Eubiotic m_1 22.58 1.990000000 -0.86 NA
## MSQ4_AG_170 Eubiotic m_2 22.76 1.380000000 -0.01 NA
## MSQ4_AG_171 Eubiotic m_3 22.11 -0.630000000 -0.43 NA
## MSQ4_AG_172 Eubiotic m_5 23.31 3.920000000 0.53 NA
## MSQ4_AG_173 Eubiotic m_35 22.82 1.020000000 0.10 NA
## MSQ4_AG_175 Dysbiotic m_7 20.30 -3.930000000 -0.22 NA
## MSQ4_AG_176 Dysbiotic m_8 20.76 -11.240000000 0.66 NA
## MSQ4_AG_177 Dysbiotic m_9 21.85 -4.330000000 0.15 NA
## MSQ4_AG_178 Dysbiotic m_24 20.45 -8.910000000 -0.46 NA
## MSQ4_AG_179 Dysbiotic m_28 22.73 -6.270000000 0.62 NA
## MSQ4_AG_180 Normobiotic m_13 21.82 -1.000000000 -0.16 NA
## MSQ4_AG_181 Normobiotic m_14 20.80 -7.140000000 -0.06 NA
## MSQ4_AG_183 Normobiotic m_25 21.93 0.410000000 -0.44 NA
## MSQ4_AG_184 H2O m_L26 16.70 -6.703910615 NA NA
## MSQ4_AG_185 H2O m_L27 16.50 -6.779661017 NA NA
## MSQ4_AG_186 H2O m_L28 15.60 -4.878048780 NA NA
## MSQ4_AG_187 H2O m_L29 16.30 -9.444444444 NA NA
## MSQ4_AG_188 H2O m_L30 12.90 -3.731343284 NA NA
## MSQ4_AG_189 H2O_co m_L1 19.30 4.891304348 NA NA
## MSQ4_AG_191 H2O_co m_L3 17.80 2.298850575 NA NA
## MSQ4_AG_192 H2O_co m_L4 19.10 3.804347826 NA NA
## MSQ4_AG_193 H2O_co m_L5 18.70 2.185792350 NA NA
## MSQ4_AG_194 DSS m_L31 16.80 -4.000000000 NA NA
## MSQ4_AG_195 DSS m_L32 18.10 -1.630434783 NA NA
## MSQ4_AG_196 DSS m_L33 16.60 -2.352941176 NA NA
## MSQ4_AG_197 DSS m_L34 17.10 -3.932584270 NA NA
## MSQ4_AG_198 DSS m_L35 16.40 -2.380952381 NA NA
## MSQ4_AG_201 DSS_co m_L9 17.40 1.754385965 NA NA
## MSQ4_AG_205 Eubiotic m_L24 18.50 -3.141361257 NA NA
## MSQ4_AG_207 Dysbiotic m_L18 17.60 1.149425287 NA NA
## MSQ4_AG_208 Dysbiotic m_L19 17.50 0.000000000 NA NA
## MSQ4_AG_209 Dysbiotic m_L20 16.80 -1.754385965 NA NA
## MSQ4_AG_210 Normobiotic m_L11 18.60 -3.125000000 NA NA
## MSQ4_AG_211 Normobiotic m_L12 17.10 1.785714286 NA NA
## MSQ4_AG_212 Normobiotic m_L13 19.10 -1.546391753 NA NA
## MSQ4_AG_213 Normobiotic m_L15 17.90 -4.787234043 NA NA
## MSQ4_AG_215 H2O m_L29 16.30 -9.444444444 NA NA
## MSQ4_AG_216 H2O m_L30 12.90 -3.731343284 NA NA
## MSQ4_AG_217 H2O_co m_L1 19.30 4.891304348 NA NA
## MSQ4_AG_218 H2O_co m_L2 19.60 0.512820513 NA NA
## MSQ4_AG_219 H2O_co m_L3 17.80 2.298850575 NA NA
## MSQ4_AG_220 H2O_co m_L4 19.10 3.804347826 NA NA
## MSQ4_AG_221 H2O_co m_L5 18.70 2.185792350 NA NA
## MSQ4_AG_223 DSS m_L32 18.10 -1.630434783 NA NA
## MSQ4_AG_224 DSS m_L34 17.10 -3.932584270 NA NA
## MSQ4_AG_225 DSS m_L35 16.40 -2.380952381 NA NA
## MSQ4_AG_226 DSS_co m_L7 17.10 -3.932584270 NA NA
## MSQ4_AG_227 DSS_co m_L9 17.40 1.754385965 NA NA
## MSQ4_AG_228 DSS_co m_L10 17.50 -2.234636872 NA NA
## MSQ4_AG_229 Eubiotic m_L21 17.90 -1.104972376 NA NA
## MSQ4_AG_230 Eubiotic m_L22 16.70 0.602409639 NA NA
## MSQ4_AG_231 Eubiotic m_L24 18.50 -3.141361257 NA NA
## MSQ4_AG_232 Eubiotic m_L25 17.30 -3.888888889 NA NA
## MSQ4_AG_233 Dysbiotic m_L16 17.10 -4.469273743 NA NA
## MSQ4_AG_234 Dysbiotic m_L17 16.30 -4.117647059 NA NA
## MSQ4_AG_235 Dysbiotic m_L18 17.60 1.149425287 NA NA
## MSQ4_AG_236 Dysbiotic m_L19 17.50 0.000000000 NA NA
## MSQ4_AG_237 Normobiotic m_L11 18.60 -3.125000000 NA NA
## MSQ4_AG_238 Normobiotic m_L12 17.10 1.785714286 NA NA
## MSQ4_AG_239 Normobiotic m_L13 19.10 -1.546391753 NA NA
## MSQ4_AG_240 Normobiotic m_L15 17.90 -4.787234043 NA NA
## MSQ4_AG_241 H2O m_L26 17.90 0.000000000 NA NA
## MSQ4_AG_242 H2O m_L27 17.70 0.000000000 NA NA
## MSQ4_AG_243 H2O_co m_L1 18.40 0.000000000 NA NA
## MSQ4_AG_244 DSS m_L31 17.50 0.000000000 NA NA
## MSQ4_AG_245 DSS_co m_L6 17.80 0.000000000 NA NA
## MSQ4_AG_247 Dysbiotic m_L16 17.90 0.000000000 NA NA
## MSQ4_AG_248 Normobiotic m_L11 19.20 0.000000000 NA NA
## MSQ4_AG_249 Normobiotic m_L14 17.90 0.000000000 NA NA
## MSQ6_AG_250 Eubiotic m_8 20.55 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_251 Eubiotic m_19 21.32 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_252 Eubiotic m_34 20.11 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_253 Eubiotic m_26 21.90 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_254 Eubiotic m_39 20.94 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_255 Eubiotic m_46 21.12 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_256 Eubiotic m_48 20.35 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_257 Eubiotic m_56 20.51 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_258 Dysbiotic m_29 20.95 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_259 Dysbiotic m_13 20.35 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_260 Dysbiotic m_18 21.55 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_261 Dysbiotic m_27 23.18 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_262 Dysbiotic m_32 20.78 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_263 Dysbiotic m_49 20.90 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_264 Dysbiotic m_54 19.70 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_265 Dysbiotic m_35 20.53 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_266 Normobiotic m_5 22.47 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_267 Normobiotic m_6 21.42 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_268 Normobiotic m_12 20.86 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_269 Normobiotic m_17 21.93 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_270 Normobiotic m_20 21.67 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_271 Normobiotic m_30 21.31 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_272 Normobiotic m_38 21.63 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_273 Normobiotic m_42 21.15 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_274 Predni m_1 20.69 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_275 Predni m_9 21.80 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_276 Predni m_15 22.12 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_277 Predni m_16 20.93 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_278 Predni m_31 22.23 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_279 Predni m_33 21.07 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_281 Predni m_47 21.04 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_282 DSS m_7 20.98 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_283 DSS m_10 20.48 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_284 DSS m_11 20.47 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_285 DSS m_24 22.91 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_286 DSS m_28 21.30 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_287 DSS m_36 22.47 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_288 DSS m_51 21.92 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_290 H2O m_2 21.09 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_291 H2O m_21 21.31 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_292 H2O m_22 20.45 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_293 H2O m_25 22.00 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_294 H2O m_37 20.38 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_295 H2O m_44 21.60 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_296 H2O m_52 21.75 0.000000000 0.00 0
## MSQ6_AG_298 Eubiotic m_8 18.24 0.112408759 0.20 1
## MSQ6_AG_299 Eubiotic m_19 18.64 0.125703565 0.64 1
## MSQ6_AG_300 Eubiotic m_34 19.75 0.017901542 0.90 0
## MSQ6_AG_301 Eubiotic m_26 22.45 -0.025114155 -0.15 1
## MSQ6_AG_302 Eubiotic m_39 20.86 0.003820439 1.81 0
## MSQ6_AG_303 Eubiotic m_46 20.12 0.047348485 0.70 0
## MSQ6_AG_304 Eubiotic m_48 19.75 0.029484029 0.71 0
## MSQ6_AG_305 Dysbiotic m_29 17.62 0.158949881 0.26 3
## MSQ6_AG_306 Dysbiotic m_13 17.60 0.135135135 0.05 3
## MSQ6_AG_307 Dysbiotic m_18 17.57 0.184686775 0.39 3
## MSQ6_AG_308 Dysbiotic m_27 20.47 0.116911130 -0.46 1
## MSQ6_AG_309 Dysbiotic m_32 17.32 0.166506256 0.24 3
## MSQ6_AG_310 Dysbiotic m_49 17.95 0.141148325 0.18 3
## MSQ6_AG_311 Dysbiotic m_54 17.25 0.124365482 0.20 3
## MSQ6_AG_312 Dysbiotic m_35 18.45 0.101315149 -0.10 3
## MSQ6_AG_313 Normobiotic m_5 18.68 0.168669337 0.62 2
## MSQ6_AG_314 Normobiotic m_6 18.90 0.117647059 0.52 2
## MSQ6_AG_315 Normobiotic m_12 19.36 0.071907958 0.76 1
## MSQ6_AG_316 Normobiotic m_17 20.69 0.056543548 1.14 1
## MSQ6_AG_317 Normobiotic m_20 18.89 0.128287956 0.86 3
## MSQ6_AG_318 Normobiotic m_30 18.00 0.155326138 0.15 3
## MSQ6_AG_319 Normobiotic m_38 19.59 0.094313454 1.08 1
## MSQ6_AG_320 Normobiotic m_42 19.72 0.067612293 0.29 2
## MSQ6_AG_321 Predni m_1 17.51 0.153697438 1.05 4
## MSQ6_AG_322 Predni m_9 20.32 0.067889908 1.20 1
## MSQ6_AG_323 Predni m_15 20.37 0.079113924 0.96 2
## MSQ6_AG_324 Predni m_16 17.39 0.169135213 0.93 3
## MSQ6_AG_325 Predni m_31 19.27 0.133153396 0.20 3
## MSQ6_AG_326 Predni m_33 16.81 0.202183199 0.41 4
## MSQ6_AG_327 Predni m_40 18.14 0.180298238 1.06 4
## MSQ6_AG_328 Predni m_47 18.48 0.121673004 1.15 2
## MSQ6_AG_329 DSS m_7 18.25 0.130123928 0.30 3
## MSQ6_AG_330 DSS m_10 17.35 0.152832031 0.25 3
## MSQ6_AG_331 DSS m_11 16.85 0.176844162 -0.01 4
## MSQ6_AG_332 DSS m_24 20.01 0.126582278 -0.35 2
## MSQ6_AG_333 DSS m_28 18.12 0.149295775 -0.05 3
## MSQ6_AG_334 DSS m_36 17.07 0.240320427 -0.19 4
## MSQ6_AG_335 DSS m_51 16.07 0.266879562 0.20 4
## MSQ6_AG_336 H2O m_2 20.70 -0.018492176 -0.02 0
## MSQ6_AG_337 H2O m_21 21.54 0.010793055 0.74 0
## MSQ6_AG_339 H2O m_25 21.86 -0.006363636 -1.88 0
## MSQ6_AG_340 H2O m_37 21.16 0.038272816 -0.22 0
## MSQ6_AG_341 H2O m_44 22.97 0.063425926 0.12 0
## MSQ6_AG_342 H2O m_52 22.07 0.014712644 0.67 0
## MSQ6_AG_343 H2O m_53 21.47 -0.029823769 -0.87 0
## MSQ6_AG_344 Eubiotic m_19 21.13 0.008911820 1.32 0
## MSQ6_AG_346 Eubiotic m_34 21.03 -0.045748384 0.84 0
## MSQ6_AG_347 Eubiotic m_26 21.34 0.025570776 -0.85 0
## MSQ6_AG_348 Eubiotic m_39 22.88 -0.092645654 2.42 0
## MSQ6_AG_349 Eubiotic m_46 21.81 -0.032670455 0.59 0
## MSQ6_AG_350 Eubiotic m_48 21.31 -0.047174447 0.49 0
## MSQ6_AG_351 Dysbiotic m_29 18.02 0.139856802 0.17 2
## MSQ6_AG_352 Dysbiotic m_13 18.23 0.104176904 0.38 2
## MSQ6_AG_353 Dysbiotic m_18 18.01 0.164269142 0.45 3
## MSQ6_AG_354 Dysbiotic m_27 20.95 0.096203624 0.94 0
## MSQ6_AG_355 Dysbiotic m_32 17.85 0.141000962 0.50 2
## MSQ6_AG_356 Dysbiotic m_49 18.35 0.122009569 0.23 2
## MSQ6_AG_357 Dysbiotic m_54 18.52 0.059898477 0.52 0
## MSQ6_AG_358 Dysbiotic m_35 18.95 0.076960546 0.41 0
## MSQ6_AG_359 Normobiotic m_5 20.02 0.109034268 0.34 2
## MSQ6_AG_360 Normobiotic m_6 19.65 0.082633053 0.65 1
## MSQ6_AG_361 Normobiotic m_12 20.53 0.015819751 1.00 0
## MSQ6_AG_362 Normobiotic m_17 21.02 0.041495668 0.33 0
## MSQ6_AG_363 Normobiotic m_20 19.93 0.080295339 0.40 0
## MSQ6_AG_364 Normobiotic m_42 20.23 0.043498818 0.43 1
## MSQ6_AG_365 Predni m_1 18.41 0.110198163 -0.15 2
## MSQ6_AG_366 Predni m_9 21.20 0.027522936 -0.17 1
## MSQ6_AG_367 Predni m_15 21.76 0.016274864 0.47 0
## MSQ6_AG_368 Predni m_31 20.50 0.077822762 0.43 1
## MSQ6_AG_369 Predni m_33 17.85 0.152823920 1.33 4
## MSQ6_AG_370 Predni m_40 20.70 0.064618165 1.08 1
## MSQ6_AG_371 Predni m_47 20.20 0.039923954 0.97 0
## MSQ6_AG_372 DSS m_7 18.21 0.132030505 0.07 2
## MSQ6_AG_373 DSS m_10 17.58 0.141601563 -0.07 3
## MSQ6_AG_374 DSS m_11 17.65 0.137762579 0.09 2
## MSQ6_AG_375 DSS m_24 20.23 0.116979485 -0.40 3
## MSQ6_AG_376 DSS m_28 18.96 0.109859155 0.42 3
## MSQ6_AG_377 DSS m_36 18.02 0.198041834 0.80 3
## MSQ6_AG_378 DSS m_51 16.96 0.226277372 0.72 4
## MSQ6_AG_379 DSS m_55 18.02 0.121404193 0.06 2
## MSQ6_AG_380 H2O m_2 21.28 0.009009009 0.58 0
## MSQ6_AG_381 H2O m_21 21.72 0.019239794 0.18 0
## MSQ6_AG_382 H2O m_22 21.70 0.061124694 0.54 0
## MSQ6_AG_383 H2O m_25 21.79 -0.009545455 -0.07 0
## MSQ6_AG_384 H2O m_37 21.72 0.065750736 0.56 0
## MSQ6_AG_385 H2O m_44 23.77 0.100462963 0.80 0
## MSQ6_AG_386 H2O m_52 21.75 0.000000000 -0.26 0
## MSQ6_AG_387 H2O m_53 22.26 0.005874379 0.79 0
## MSQ6_AG_388 Eubiotic m_8 20.21 0.016545012 0.63 0
## MSQ6_AG_389 Eubiotic m_19 21.13 0.008911820 1.32 0
## MSQ6_AG_390 Eubiotic m_34 21.03 -0.045748384 0.84 0
## MSQ6_AG_391 Eubiotic m_26 21.34 0.025570776 -0.85 0
## MSQ6_AG_392 Eubiotic m_39 22.88 -0.092645654 2.42 0
## MSQ6_AG_393 Eubiotic m_46 21.81 -0.032670455 0.59 0
## MSQ6_AG_394 Eubiotic m_48 21.31 -0.047174447 0.49 0
## MSQ6_AG_395 Dysbiotic m_29 18.02 0.139856802 0.17 2
## MSQ6_AG_396 Dysbiotic m_13 18.23 0.104176904 0.38 2
## MSQ6_AG_397 Dysbiotic m_18 18.01 0.164269142 0.45 3
## MSQ6_AG_398 Dysbiotic m_27 20.95 0.096203624 0.94 0
## MSQ6_AG_399 Dysbiotic m_32 17.85 0.141000962 0.50 2
## MSQ6_AG_400 Dysbiotic m_49 18.35 0.122009569 0.23 0
## MSQ6_AG_401 Dysbiotic m_54 18.52 0.059898477 0.52 2
## MSQ6_AG_402 Dysbiotic m_35 18.95 0.076960546 0.41 0
## MSQ6_AG_403 Normobiotic m_5 20.02 0.109034268 0.34 1
## MSQ6_AG_404 Normobiotic m_6 19.65 0.082633053 0.65 0
## MSQ6_AG_405 Normobiotic m_12 20.53 0.015819751 1.00 0
## MSQ6_AG_406 Normobiotic m_17 21.02 0.041495668 0.33 0
## MSQ6_AG_407 Normobiotic m_20 19.93 0.080295339 0.40 0
## MSQ6_AG_408 Normobiotic m_30 19.35 0.091975598 0.46 1
## MSQ6_AG_409 Normobiotic m_38 20.56 0.049468331 0.43 1
## MSQ6_AG_410 Normobiotic m_42 20.23 0.043498818 0.43 1
## MSQ6_AG_411 Predni m_1 18.41 0.110198163 -0.15 2
## MSQ6_AG_412 Predni m_9 21.20 0.027522936 -0.17 1
## MSQ6_AG_413 Predni m_15 21.76 0.016274864 0.47 0
## MSQ6_AG_414 Predni m_16 18.03 0.138557095 0.42 3
## MSQ6_AG_415 Predni m_31 20.50 0.077822762 0.43 1
## MSQ6_AG_416 Predni m_33 17.85 0.152823920 1.33 4
## MSQ6_AG_417 Predni m_40 20.70 0.064618165 1.08 1
## MSQ6_AG_418 Predni m_47 20.20 0.039923954 0.97 0
## MSQ6_AG_419 DSS m_7 18.21 0.132030505 0.07 2
## MSQ6_AG_420 DSS m_10 17.58 0.141601563 -0.07 3
## MSQ6_AG_421 DSS m_11 17.65 0.137762579 0.09 2
## MSQ6_AG_422 DSS m_24 20.23 0.116979485 -0.40 3
## MSQ6_AG_423 DSS m_28 18.96 0.109859155 0.42 3
## MSQ6_AG_424 DSS m_36 18.02 0.198041834 0.80 3
## MSQ6_AG_425 DSS m_51 16.96 0.226277372 0.72 4
## MSQ6_AG_426 DSS m_55 18.02 0.121404193 0.06 2
## MSQ6_AG_427 H2O m_2 21.28 0.009009009 0.58 0
## MSQ6_AG_428 H2O m_21 21.72 0.019239794 0.18 0
## MSQ6_AG_429 H2O m_22 21.70 0.061124694 0.54 0
## MSQ6_AG_430 H2O m_25 21.79 -0.009545455 -0.07 0
## MSQ6_AG_431 H2O m_37 21.72 0.065750736 0.56 0
## MSQ6_AG_432 H2O m_44 23.77 0.100462963 0.80 0
## MSQ6_AG_433 H2O m_52 21.75 0.000000000 -0.26 0
## MSQ6_AG_434 H2O m_53 22.26 0.005874379 0.79 0
## MSQ6_AG_490 Eubiotic m_19 20.48 0.039399625 -0.93 1
## MSQ6_AG_491 Eubiotic m_26 20.35 0.070776256 -1.61 2
## MSQ6_AG_492 Eubiotic m_46 20.77 0.016571970 -0.49 1
## MSQ6_AG_493 Eubiotic m_48 19.90 0.022113022 -0.43 1
## MSQ6_AG_494 Eubiotic m_56 19.50 0.049244271 -1.12 1
## MSQ6_AG_495 Dysbiotic m_29 21.32 -0.017661098 0.39 2
## MSQ6_AG_496 Dysbiotic m_13 20.59 -0.011793612 -0.79 1
## MSQ6_AG_497 Dysbiotic m_18 21.06 0.022737819 -1.04 1
## MSQ6_AG_498 Dysbiotic m_27 22.95 0.009922347 -0.21 0
## MSQ6_AG_499 Dysbiotic m_32 20.91 -0.006256015 -0.15 1
## MSQ6_AG_500 Dysbiotic m_49 20.41 0.023444976 -1.00 2
## MSQ6_AG_501 Dysbiotic m_54 19.93 -0.011675127 -0.86 1
## MSQ6_AG_502 Dysbiotic m_35 20.81 -0.013638578 -0.60 1
## MSQ6_AG_503 Normobiotic m_5 20.76 0.076101469 -1.09 1
## MSQ6_AG_504 Normobiotic m_6 21.88 -0.021475257 0.19 1
## MSQ6_AG_505 Normobiotic m_12 20.48 0.018216683 -0.37 1
## MSQ6_AG_506 Normobiotic m_17 22.09 -0.007295942 -0.31 0
## MSQ6_AG_509 Normobiotic m_38 21.92 -0.013407305 -0.46 0
## MSQ6_AG_511 Predni m_15 22.13 -0.000452000 0.58 1
## MSQ6_AG_512 Predni m_16 20.07 0.041089345 -0.36 1
## MSQ6_AG_514 Predni m_33 19.75 0.062648315 -0.91 2
## MSQ6_AG_515 Predni m_40 21.20 0.042024401 -0.78 2
## MSQ6_AG_516 Predni m_47 20.80 0.011406844 -0.09 1
## MSQ6_AG_517 DSS m_7 20.98 0.000000000 -0.93 1
## MSQ6_AG_518 DSS m_10 20.42 0.002929687 -0.69 1
## MSQ6_AG_519 DSS m_11 19.93 0.026380068 -0.87 1
## MSQ6_AG_520 DSS m_24 23.81 -0.039284155 0.46 0
## MSQ6_AG_521 DSS m_28 20.73 0.026760563 -0.70 1
## MSQ6_AG_522 DSS m_36 21.79 0.030262572 -0.33 2
## MSQ6_AG_523 H2O m_2 20.65 -0.020862968 -0.34 0
## MSQ6_AG_524 H2O m_21 21.20 -0.005161896 0.25 0
## MSQ6_AG_525 H2O m_22 20.90 0.022004890 -1.05 0
## MSQ6_AG_526 H2O m_25 21.68 -0.014545455 0.38 0
## MSQ6_AG_527 H2O m_37 21.68 0.063788027 0.43 0
## MSQ6_AG_528 H2O m_44 22.45 0.039351852 0.52 0
## MSQ6_AG_529 H2O m_52 20.76 -0.045517241 -0.19 0
## MSQ6_AG_530 H2O m_53 21.74 -0.017623136 0.18 0
## colon_lenght spleen_weight histo_colo_infilt histo_colo_damage
## MSQ4_AG_012 5.5 0.1510 0.5 0.50
## MSQ4_AG_013 5.4 0.0860 0.0 0.00
## MSQ4_AG_014 5.7 0.1300 0.0 0.00
## MSQ4_AG_015 5.8 0.1160 0.0 0.00
## MSQ4_AG_016 6.3 0.1330 0.5 0.50
## MSQ4_AG_017 5.6 0.1210 0.0 0.00
## MSQ4_AG_018 5.7 0.1600 0.0 0.00
## MSQ4_AG_019 5.4 0.1380 0.5 0.50
## MSQ4_AG_020 6.1 0.1270 0.0 0.00
## MSQ4_AG_021 6.0 0.1240 0.0 0.00
## MSQ4_AG_022 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_023 5.3 0.1420 4.0 4.00
## MSQ4_AG_024 5.7 0.1800 4.0 3.50
## MSQ4_AG_025 5.7 0.1820 3.5 3.50
## MSQ4_AG_027 6.4 0.1200 1.5 2.00
## MSQ4_AG_028 7.4 0.0920 1.5 2.00
## MSQ4_AG_029 7.3 0.1150 1.5 1.50
## MSQ4_AG_030 6.8 0.1280 1.0 1.50
## MSQ4_AG_031 7.2 0.0890 1.0 1.00
## MSQ4_AG_033 8.2 0.0950 3.0 3.00
## MSQ4_AG_034 8.3 0.0940 0.0 0.00
## MSQ4_AG_035 9.1 0.0980 2.5 2.00
## MSQ4_AG_036 7.8 0.1020 1.5 1.00
## MSQ4_AG_037 8.2 0.0840 4.0 3.50
## MSQ4_AG_038 7.9 0.0760 4.0 4.00
## MSQ4_AG_039 8.2 0.0910 3.5 3.00
## MSQ4_AG_040 7.8 0.0820 3.0 3.00
## MSQ4_AG_041 7.9 0.0860 4.0 4.00
## MSQ4_AG_042 6.9 0.0910 4.0 3.75
## MSQ4_AG_043 5.8 0.1010 0.0 0.50
## MSQ4_AG_044 5.9 0.1070 4.0 3.50
## MSQ4_AG_045 6.2 0.0980 1.0 1.00
## MSQ4_AG_046 6.8 0.1120 3.0 3.00
## MSQ4_AG_047 5.5 0.1510 0.5 0.50
## MSQ4_AG_049 5.7 0.1300 0.0 0.00
## MSQ4_AG_050 5.8 0.1160 0.0 0.00
## MSQ4_AG_051 6.3 0.1330 0.5 0.50
## MSQ4_AG_052 5.6 0.1210 0.0 0.00
## MSQ4_AG_053 5.7 0.1600 0.0 0.00
## MSQ4_AG_054 5.4 0.1380 0.5 0.50
## MSQ4_AG_055 6.1 0.1270 0.0 0.00
## MSQ4_AG_056 6.0 0.1240 0.0 0.00
## MSQ4_AG_057 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_058 5.3 0.1420 4.0 4.00
## MSQ4_AG_059 5.7 0.1800 4.0 3.50
## MSQ4_AG_062 6.4 0.1200 1.5 2.00
## MSQ4_AG_064 7.3 0.1150 1.5 1.50
## MSQ4_AG_065 6.8 0.1280 1.0 1.50
## MSQ4_AG_072 8.2 0.0840 4.0 3.50
## MSQ4_AG_076 7.9 0.0860 4.0 4.00
## MSQ4_AG_077 6.9 0.0910 4.0 3.75
## MSQ4_AG_080 6.2 0.1010 1.0 1.00
## MSQ4_AG_083 5.4 0.0860 0.0 0.00
## MSQ4_AG_084 5.7 0.1300 0.0 0.00
## MSQ4_AG_085 5.8 0.1160 0.0 0.00
## MSQ4_AG_086 6.3 0.1330 0.5 0.50
## MSQ4_AG_087 5.6 0.1210 0.0 0.00
## MSQ4_AG_088 5.7 0.1600 0.0 0.00
## MSQ4_AG_089 5.4 0.1380 0.5 0.50
## MSQ4_AG_091 6.0 0.1240 0.0 0.00
## MSQ4_AG_092 5.3 0.1420 4.0 4.00
## MSQ4_AG_093 5.7 0.1800 4.0 3.50
## MSQ4_AG_095 5.9 0.1790 3.0 3.50
## MSQ4_AG_096 6.4 0.1200 1.5 2.00
## MSQ4_AG_101 7.5 0.0850 1.5 2.50
## MSQ4_AG_103 8.3 0.0940 0.0 0.00
## MSQ4_AG_104 9.1 0.0980 2.5 2.00
## MSQ4_AG_105 7.8 0.1020 1.5 1.00
## MSQ4_AG_106 8.2 0.0840 4.0 3.50
## MSQ4_AG_107 7.9 0.0760 4.0 4.00
## MSQ4_AG_108 8.2 0.0910 3.5 3.00
## MSQ4_AG_109 7.8 0.0820 3.0 3.00
## MSQ4_AG_111 6.9 0.0910 4.0 3.75
## MSQ4_AG_112 5.8 0.1010 0.0 0.50
## MSQ4_AG_113 5.9 0.1070 4.0 3.50
## MSQ4_AG_117 5.4 0.0860 0.0 0.00
## MSQ4_AG_119 5.8 0.1160 0.0 0.00
## MSQ4_AG_121 5.6 0.1210 0.0 0.00
## MSQ4_AG_125 6.0 0.1240 0.0 0.00
## MSQ4_AG_127 5.7 0.1800 4.0 3.50
## MSQ4_AG_128 5.7 0.1820 3.5 3.50
## MSQ4_AG_129 5.9 0.1790 3.0 3.50
## MSQ4_AG_130 6.4 0.1200 1.5 2.00
## MSQ4_AG_131 7.4 0.0920 1.5 2.00
## MSQ4_AG_132 7.3 0.1150 1.5 1.50
## MSQ4_AG_133 6.8 0.1280 1.0 1.50
## MSQ4_AG_135 7.5 0.0850 1.5 2.50
## MSQ4_AG_136 8.2 0.0950 3.0 3.00
## MSQ4_AG_141 7.9 0.0760 4.0 4.00
## MSQ4_AG_143 7.8 0.0820 3.0 3.00
## MSQ4_AG_144 7.9 0.0860 4.0 4.00
## MSQ4_AG_145 6.9 0.0910 4.0 3.75
## MSQ4_AG_148 6.2 0.0980 1.0 1.00
## MSQ4_AG_149 6.8 0.1120 3.0 3.00
## MSQ4_AG_151 5.4 0.0860 0.0 0.00
## MSQ4_AG_152 5.7 0.1300 0.0 0.00
## MSQ4_AG_153 5.8 0.1160 0.0 0.00
## MSQ4_AG_154 6.3 0.1330 0.5 0.50
## MSQ4_AG_155 5.6 0.1210 0.0 0.00
## MSQ4_AG_156 5.7 0.1600 0.0 0.00
## MSQ4_AG_157 5.4 0.1380 0.5 0.50
## MSQ4_AG_159 6.0 0.1240 0.0 0.00
## MSQ4_AG_160 5.3 0.1420 4.0 4.00
## MSQ4_AG_161 5.7 0.1800 4.0 3.50
## MSQ4_AG_162 5.7 0.1820 3.5 3.50
## MSQ4_AG_163 5.9 0.1790 3.0 3.50
## MSQ4_AG_164 6.4 0.1200 1.5 2.00
## MSQ4_AG_165 7.4 0.0920 1.5 2.00
## MSQ4_AG_167 6.8 0.1280 1.0 1.50
## MSQ4_AG_168 7.2 0.0890 1.0 1.00
## MSQ4_AG_169 7.5 0.0850 1.5 2.50
## MSQ4_AG_170 8.2 0.0950 3.0 3.00
## MSQ4_AG_171 8.3 0.0940 0.0 0.00
## MSQ4_AG_172 9.1 0.0980 2.5 2.00
## MSQ4_AG_173 7.8 0.1020 1.5 1.00
## MSQ4_AG_175 8.2 0.0840 4.0 3.50
## MSQ4_AG_176 7.9 0.0760 4.0 4.00
## MSQ4_AG_177 8.2 0.0910 3.5 3.00
## MSQ4_AG_178 7.8 0.0820 3.0 3.00
## MSQ4_AG_179 7.9 0.0860 4.0 4.00
## MSQ4_AG_180 5.8 0.1010 0.0 0.50
## MSQ4_AG_181 5.9 0.1070 4.0 3.50
## MSQ4_AG_183 6.8 0.1120 3.0 3.00
## MSQ4_AG_184 7.1 0.1077 NA NA
## MSQ4_AG_185 6.9 0.1338 NA NA
## MSQ4_AG_186 7.6 0.1016 NA NA
## MSQ4_AG_187 7.4 0.1139 NA NA
## MSQ4_AG_188 6.5 0.0546 NA NA
## MSQ4_AG_189 8.3 0.0981 NA NA
## MSQ4_AG_191 7.7 0.0995 NA NA
## MSQ4_AG_192 8.1 0.1078 NA NA
## MSQ4_AG_193 8.2 0.1182 NA NA
## MSQ4_AG_194 6.3 0.1602 NA NA
## MSQ4_AG_195 7.1 0.1604 NA NA
## MSQ4_AG_196 6.7 0.1625 NA NA
## MSQ4_AG_197 6.2 0.1768 NA NA
## MSQ4_AG_198 6.1 0.2168 NA NA
## MSQ4_AG_201 5.3 0.1668 NA NA
## MSQ4_AG_205 5.1 0.2205 NA NA
## MSQ4_AG_207 4.1 0.1776 NA NA
## MSQ4_AG_208 4.9 0.1749 NA NA
## MSQ4_AG_209 5.5 0.1484 NA NA
## MSQ4_AG_210 5.2 0.1921 NA NA
## MSQ4_AG_211 5.4 0.1508 NA NA
## MSQ4_AG_212 5.4 0.1889 NA NA
## MSQ4_AG_213 5.1 0.1965 NA NA
## MSQ4_AG_215 7.4 0.1139 NA NA
## MSQ4_AG_216 6.5 0.0546 NA NA
## MSQ4_AG_217 8.3 0.0981 NA NA
## MSQ4_AG_218 7.4 0.1028 NA NA
## MSQ4_AG_219 7.7 0.0995 NA NA
## MSQ4_AG_220 8.1 0.1078 NA NA
## MSQ4_AG_221 8.2 0.1182 NA NA
## MSQ4_AG_223 7.1 0.1604 NA NA
## MSQ4_AG_224 6.2 0.1768 NA NA
## MSQ4_AG_225 6.1 0.2168 NA NA
## MSQ4_AG_226 6.0 0.1664 NA NA
## MSQ4_AG_227 5.3 0.1668 NA NA
## MSQ4_AG_228 6.1 0.1536 NA NA
## MSQ4_AG_229 5.8 0.2200 NA NA
## MSQ4_AG_230 5.6 0.1830 NA NA
## MSQ4_AG_231 5.1 0.2205 NA NA
## MSQ4_AG_232 5.4 0.1862 NA NA
## MSQ4_AG_233 4.9 0.1429 NA NA
## MSQ4_AG_234 5.5 0.1506 NA NA
## MSQ4_AG_235 4.1 0.1776 NA NA
## MSQ4_AG_236 4.9 0.1749 NA NA
## MSQ4_AG_237 5.2 0.1921 NA NA
## MSQ4_AG_238 5.4 0.1508 NA NA
## MSQ4_AG_239 5.4 0.1889 NA NA
## MSQ4_AG_240 5.1 0.1965 NA NA
## MSQ4_AG_241 7.1 0.1077 NA NA
## MSQ4_AG_242 6.9 0.1338 NA NA
## MSQ4_AG_243 8.3 0.0981 NA NA
## MSQ4_AG_244 6.3 0.1602 NA NA
## MSQ4_AG_245 5.0 0.0382 NA NA
## MSQ4_AG_247 4.9 0.1429 NA NA
## MSQ4_AG_248 5.2 0.1921 NA NA
## MSQ4_AG_249 5.0 0.0493 NA NA
## MSQ6_AG_250 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_251 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_252 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_253 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_254 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_255 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_256 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_257 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_258 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_259 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_260 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_261 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_262 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_263 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_264 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_265 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_266 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_267 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_268 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_269 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_270 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_271 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_272 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_273 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_274 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_275 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_276 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_277 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_278 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_279 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_281 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_282 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_283 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_284 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_285 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_286 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_287 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_288 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_290 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_291 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_292 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_293 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_294 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_295 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_296 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_298 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_299 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_300 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_301 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_302 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_303 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_304 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_305 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_306 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_307 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_308 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_309 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_310 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_311 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_312 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_313 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_314 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_315 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_316 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_317 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_318 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_319 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_320 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_321 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_322 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_323 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_324 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_325 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_326 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_327 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_328 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_329 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_330 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_331 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_332 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_333 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_334 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_335 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_336 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_337 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_339 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_340 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_341 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_342 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_343 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_344 5.2 0.1050 1.0 1.50
## MSQ6_AG_346 5.4 0.0860 2.5 2.00
## MSQ6_AG_347 6.0 0.0950 2.5 2.00
## MSQ6_AG_348 5.2 0.1010 1.0 1.00
## MSQ6_AG_349 6.1 0.1280 1.5 1.00
## MSQ6_AG_350 5.8 0.1010 2.0 2.00
## MSQ6_AG_351 4.0 0.1540 3.0 3.50
## MSQ6_AG_352 4.2 0.1620 4.0 4.00
## MSQ6_AG_353 4.5 0.1440 3.0 2.50
## MSQ6_AG_354 4.2 0.1280 3.5 3.00
## MSQ6_AG_355 4.6 0.1520 2.5 2.50
## MSQ6_AG_356 4.9 0.1290 3.0 4.00
## MSQ6_AG_357 5.1 0.1360 3.0 3.00
## MSQ6_AG_358 4.3 0.1480 1.5 2.00
## MSQ6_AG_359 4.9 0.1670 3.0 2.50
## MSQ6_AG_360 5.3 0.1180 2.5 3.00
## MSQ6_AG_361 5.8 0.1150 2.0 2.50
## MSQ6_AG_362 4.9 0.1240 3.0 3.00
## MSQ6_AG_363 5.2 0.1400 2.5 3.00
## MSQ6_AG_364 5.1 0.1140 1.0 2.00
## MSQ6_AG_365 5.4 0.1030 2.5 3.00
## MSQ6_AG_366 5.2 0.1430 4.0 4.00
## MSQ6_AG_367 4.9 0.0960 3.0 3.50
## MSQ6_AG_368 4.5 0.0960 2.5 3.00
## MSQ6_AG_369 5.1 0.0860 2.0 2.50
## MSQ6_AG_370 4.8 0.1300 1.5 2.00
## MSQ6_AG_371 4.7 0.1200 3.0 4.00
## MSQ6_AG_372 4.2 0.1470 4.0 4.00
## MSQ6_AG_373 4.7 0.1230 3.5 3.50
## MSQ6_AG_374 4.3 0.1250 3.0 4.00
## MSQ6_AG_375 4.6 0.1420 2.5 3.00
## MSQ6_AG_376 4.4 0.1100 4.0 4.00
## MSQ6_AG_377 4.9 0.1830 3.5 4.00
## MSQ6_AG_378 4.3 0.1650 3.5 4.00
## MSQ6_AG_379 4.2 0.1450 4.0 3.00
## MSQ6_AG_380 7.8 0.0650 0.5 0.00
## MSQ6_AG_381 6.2 0.0930 0.0 0.00
## MSQ6_AG_382 6.9 0.0740 1.0 0.50
## MSQ6_AG_383 7.1 0.0710 0.0 0.00
## MSQ6_AG_384 6.8 0.0670 0.0 0.00
## MSQ6_AG_385 6.7 0.0820 0.0 0.00
## MSQ6_AG_386 6.5 0.0650 0.0 0.00
## MSQ6_AG_387 6.9 0.0650 0.0 0.50
## MSQ6_AG_388 5.7 0.1240 1.5 2.00
## MSQ6_AG_389 5.2 0.1050 1.0 1.50
## MSQ6_AG_390 5.4 0.0860 2.5 2.00
## MSQ6_AG_391 6.0 0.0950 2.5 2.00
## MSQ6_AG_392 5.2 0.1010 1.0 1.00
## MSQ6_AG_393 6.1 0.1280 1.5 1.00
## MSQ6_AG_394 5.8 0.1010 2.0 2.00
## MSQ6_AG_395 4.0 0.1540 3.0 3.50
## MSQ6_AG_396 4.2 0.1620 4.0 4.00
## MSQ6_AG_397 4.5 0.1440 3.0 2.50
## MSQ6_AG_398 4.2 0.1280 3.5 3.00
## MSQ6_AG_399 4.6 0.1520 2.5 2.50
## MSQ6_AG_400 4.9 0.1290 3.0 4.00
## MSQ6_AG_401 5.1 0.1360 3.0 3.00
## MSQ6_AG_402 4.3 0.1480 1.5 2.00
## MSQ6_AG_403 4.9 0.1670 3.0 2.50
## MSQ6_AG_404 5.3 0.1180 2.5 3.00
## MSQ6_AG_405 5.8 0.1150 2.0 2.50
## MSQ6_AG_406 4.9 0.1240 3.0 3.00
## MSQ6_AG_407 5.2 0.1400 2.5 3.00
## MSQ6_AG_408 5.5 0.1320 3.0 4.00
## MSQ6_AG_409 5.7 0.1780 1.5 2.50
## MSQ6_AG_410 5.1 0.1140 1.0 2.00
## MSQ6_AG_411 5.4 0.1030 2.5 3.00
## MSQ6_AG_412 5.2 0.1430 4.0 4.00
## MSQ6_AG_413 4.9 0.0960 3.0 3.50
## MSQ6_AG_414 4.8 0.0820 1.5 1.00
## MSQ6_AG_415 4.5 0.0960 2.5 3.00
## MSQ6_AG_416 5.1 0.0860 2.0 2.50
## MSQ6_AG_417 4.8 0.1300 1.5 2.00
## MSQ6_AG_418 4.7 0.1200 3.0 4.00
## MSQ6_AG_419 4.2 0.1470 4.0 4.00
## MSQ6_AG_420 4.7 0.1230 3.5 3.50
## MSQ6_AG_421 4.3 0.1250 3.0 4.00
## MSQ6_AG_422 4.6 0.1420 2.5 3.00
## MSQ6_AG_423 4.4 0.1100 4.0 4.00
## MSQ6_AG_424 4.9 0.1830 3.5 4.00
## MSQ6_AG_425 4.3 0.1650 3.5 4.00
## MSQ6_AG_426 4.2 0.1450 4.0 3.00
## MSQ6_AG_427 7.8 0.0650 0.5 0.00
## MSQ6_AG_428 6.2 0.0930 0.0 0.00
## MSQ6_AG_429 6.9 0.0740 1.0 0.50
## MSQ6_AG_430 7.1 0.0710 0.0 0.00
## MSQ6_AG_431 6.8 0.0670 0.0 0.00
## MSQ6_AG_432 6.7 0.0820 0.0 0.00
## MSQ6_AG_433 6.5 0.0650 0.0 0.00
## MSQ6_AG_434 6.9 0.0650 0.0 0.50
## MSQ6_AG_490 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_491 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_492 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_493 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_494 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_495 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_496 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_497 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_498 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_499 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_500 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_501 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_502 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_503 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_504 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_505 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_506 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_509 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_511 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_512 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_514 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_515 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_516 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_517 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_518 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_519 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_520 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_521 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_522 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_523 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_524 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_525 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_526 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_527 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_528 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_529 NA NA NA NA
## MSQ6_AG_530 NA NA NA NA
## histo_colo_total infiltr_CD3 infiltr_Gr1 CM_SCFA CM_BSCFA
## MSQ4_AG_012 1.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_013 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_014 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_015 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_016 1.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_017 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_018 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_019 1.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_020 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_021 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_022 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_023 8.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_024 7.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_025 7.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_027 3.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_028 3.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_029 3.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_030 2.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_031 2.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_033 6.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_034 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_035 4.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_036 2.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_037 7.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_038 8.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_039 6.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_040 6.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_041 8.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_042 7.75 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_043 0.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_044 7.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_045 2.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_046 6.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_047 1.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_049 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_050 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_051 1.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_052 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_053 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_054 1.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_055 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_056 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_057 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_058 8.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_059 7.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_062 3.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_064 3.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_065 2.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_072 7.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_076 8.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_077 7.75 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_080 2.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_083 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_084 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_085 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_086 1.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_087 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_088 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_089 1.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_091 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_092 8.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_093 7.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_095 6.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_096 3.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_101 4.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_103 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_104 4.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_105 2.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_106 7.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_107 8.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_108 6.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_109 6.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_111 7.75 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_112 0.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_113 7.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_117 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_119 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_121 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_125 0.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_127 7.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_128 7.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_129 6.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_130 3.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_131 3.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_132 3.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_133 2.50 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_135 4.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_136 6.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_141 8.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_143 6.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_144 8.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_145 7.75 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_148 2.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_149 6.00 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_151 0.00 NA NA 94.84286 0
## MSQ4_AG_152 0.00 NA NA 78.35625 0
## MSQ4_AG_153 0.00 NA NA 59.55000 0
## MSQ4_AG_154 1.00 NA NA 0.00000 0
## MSQ4_AG_155 0.00 NA NA 82.88571 0
## MSQ4_AG_156 0.00 NA NA 56.25625 0
## MSQ4_AG_157 1.00 NA NA 58.89583 0
## MSQ4_AG_159 0.00 NA NA 54.56429 0
## MSQ4_AG_160 8.00 NA NA 67.29167 0
## MSQ4_AG_161 7.50 NA NA 53.72500 0
## MSQ4_AG_162 7.00 NA NA 64.27000 0
## MSQ4_AG_163 6.50 NA NA 46.27353 0
## MSQ4_AG_164 3.50 NA NA 96.28333 0
## MSQ4_AG_165 3.50 NA NA 71.78750 0
## MSQ4_AG_167 2.50 NA NA 66.14444 0
## MSQ4_AG_168 2.00 NA NA 66.64231 0
## MSQ4_AG_169 4.00 NA NA 76.37333 0
## MSQ4_AG_170 6.00 NA NA 85.84167 0
## MSQ4_AG_171 0.00 NA NA 81.42857 0
## MSQ4_AG_172 4.50 NA NA 74.47083 0
## MSQ4_AG_173 2.50 NA NA 79.26429 0
## MSQ4_AG_175 7.50 NA NA 104.95625 0
## MSQ4_AG_176 8.00 NA NA 123.90000 0
## MSQ4_AG_177 6.50 NA NA 60.25000 0
## MSQ4_AG_178 6.00 NA NA 64.34091 0
## MSQ4_AG_179 8.00 NA NA 71.85000 0
## MSQ4_AG_180 0.50 NA NA 103.80714 0
## MSQ4_AG_181 7.50 NA NA 41.45000 0
## MSQ4_AG_183 6.00 NA NA 70.75312 0
## MSQ4_AG_184 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_185 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_186 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_187 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_188 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_189 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_191 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_192 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_193 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_194 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_195 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_196 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_197 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_198 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_201 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_205 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_207 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_208 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_209 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_210 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_211 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_212 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_213 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_215 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_216 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_217 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_218 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_219 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_220 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_221 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_223 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_224 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_225 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_226 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_227 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_228 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_229 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_230 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_231 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_232 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_233 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_234 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_235 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_236 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_237 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_238 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_239 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_240 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_241 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_242 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_243 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_244 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_245 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_247 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_248 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_249 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_250 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_251 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_252 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_253 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_254 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_255 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_256 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_257 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_258 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_259 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_260 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_261 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_262 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_263 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_264 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_265 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_266 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_267 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_268 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_269 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_270 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_271 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_272 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_273 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_274 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_275 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_276 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_277 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_278 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_279 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_281 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_282 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_283 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_284 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_285 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_286 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_287 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_288 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_290 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_291 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_292 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_293 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_294 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_295 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_296 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_298 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_299 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_300 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_301 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_302 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_303 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_304 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_305 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_306 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_307 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_308 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_309 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_310 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_311 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_312 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_313 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_314 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_315 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_316 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_317 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_318 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_319 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_320 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_321 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_322 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_323 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_324 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_325 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_326 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_327 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_328 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_329 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_330 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_331 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_332 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_333 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_334 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_335 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_336 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_337 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_339 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_340 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_341 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_342 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_343 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_344 2.50 50 65 NA NA
## MSQ6_AG_346 4.50 49 27 NA NA
## MSQ6_AG_347 4.50 26 30 NA NA
## MSQ6_AG_348 2.00 72 12 NA NA
## MSQ6_AG_349 2.50 26 76 NA NA
## MSQ6_AG_350 4.00 46 10 NA NA
## MSQ6_AG_351 6.50 125 130 NA NA
## MSQ6_AG_352 8.00 89 76 NA NA
## MSQ6_AG_353 5.50 74 80 NA NA
## MSQ6_AG_354 6.50 134 145 NA NA
## MSQ6_AG_355 5.00 186 155 NA NA
## MSQ6_AG_356 7.00 92 101 NA NA
## MSQ6_AG_357 6.00 119 89 NA NA
## MSQ6_AG_358 3.50 78 123 NA NA
## MSQ6_AG_359 5.50 59 86 NA NA
## MSQ6_AG_360 5.50 68 65 NA NA
## MSQ6_AG_361 4.50 72 76 NA NA
## MSQ6_AG_362 6.00 55 53 NA NA
## MSQ6_AG_363 5.50 89 27 NA NA
## MSQ6_AG_364 3.00 59 65 NA NA
## MSQ6_AG_365 5.50 90 76 NA NA
## MSQ6_AG_366 8.00 56 80 NA NA
## MSQ6_AG_367 6.50 40 42 NA NA
## MSQ6_AG_368 5.50 59 89 NA NA
## MSQ6_AG_369 4.50 84 103 NA NA
## MSQ6_AG_370 3.50 99 43 NA NA
## MSQ6_AG_371 7.00 73 26 NA NA
## MSQ6_AG_372 8.00 135 98 NA NA
## MSQ6_AG_373 7.00 100 142 NA NA
## MSQ6_AG_374 7.00 144 79 NA NA
## MSQ6_AG_375 5.50 132 85 NA NA
## MSQ6_AG_376 8.00 112 97 NA NA
## MSQ6_AG_377 7.50 97 79 NA NA
## MSQ6_AG_378 7.50 122 87 NA NA
## MSQ6_AG_379 7.00 154 115 NA NA
## MSQ6_AG_380 0.50 15 5 NA NA
## MSQ6_AG_381 0.00 17 8 NA NA
## MSQ6_AG_382 1.50 32 14 NA NA
## MSQ6_AG_383 0.00 18 2 NA NA
## MSQ6_AG_384 0.00 25 17 NA NA
## MSQ6_AG_385 0.00 10 33 NA NA
## MSQ6_AG_386 0.00 8 10 NA NA
## MSQ6_AG_387 0.50 14 6 NA NA
## MSQ6_AG_388 3.50 36 44 91.01250 0
## MSQ6_AG_389 2.50 50 65 60.40000 0
## MSQ6_AG_390 4.50 49 27 NA NA
## MSQ6_AG_391 4.50 26 30 53.46250 0
## MSQ6_AG_392 2.00 72 12 112.22000 0
## MSQ6_AG_393 2.50 26 76 73.69167 0
## MSQ6_AG_394 4.00 46 10 71.39000 0
## MSQ6_AG_395 6.50 125 130 NA NA
## MSQ6_AG_396 8.00 89 76 NA NA
## MSQ6_AG_397 5.50 74 80 NA NA
## MSQ6_AG_398 6.50 134 145 NA NA
## MSQ6_AG_399 5.00 186 155 NA NA
## MSQ6_AG_400 7.00 92 101 NA NA
## MSQ6_AG_401 6.00 119 89 71.01250 0
## MSQ6_AG_402 3.50 78 123 51.11333 0
## MSQ6_AG_403 5.50 59 86 NA NA
## MSQ6_AG_404 5.50 68 65 NA NA
## MSQ6_AG_405 4.50 72 76 NA NA
## MSQ6_AG_406 6.00 55 53 56.28333 0
## MSQ6_AG_407 5.50 89 27 53.45000 0
## MSQ6_AG_408 7.00 76 54 NA NA
## MSQ6_AG_409 4.00 62 75 NA NA
## MSQ6_AG_410 3.00 59 65 NA NA
## MSQ6_AG_411 5.50 90 76 NA NA
## MSQ6_AG_412 8.00 56 80 81.56875 0
## MSQ6_AG_413 6.50 40 42 47.17222 0
## MSQ6_AG_414 2.50 98 58 NA NA
## MSQ6_AG_415 5.50 59 89 71.92000 0
## MSQ6_AG_416 4.50 84 103 NA NA
## MSQ6_AG_417 3.50 99 43 47.13750 0
## MSQ6_AG_418 7.00 73 26 83.95000 0
## MSQ6_AG_419 8.00 135 98 46.05526 0
## MSQ6_AG_420 7.00 100 142 47.83750 0
## MSQ6_AG_421 7.00 144 79 58.51667 0
## MSQ6_AG_422 5.50 132 85 36.63333 0
## MSQ6_AG_423 8.00 112 97 45.75000 0
## MSQ6_AG_424 7.50 97 79 NA NA
## MSQ6_AG_425 7.50 122 87 NA NA
## MSQ6_AG_426 7.00 154 115 NA NA
## MSQ6_AG_427 0.50 15 5 NA NA
## MSQ6_AG_428 0.00 17 8 NA NA
## MSQ6_AG_429 1.50 32 14 NA NA
## MSQ6_AG_430 0.00 18 2 NA NA
## MSQ6_AG_431 0.00 25 17 NA NA
## MSQ6_AG_432 0.00 10 33 30.45000 0
## MSQ6_AG_433 0.00 8 10 43.15000 0
## MSQ6_AG_434 0.50 14 6 NA NA
## MSQ6_AG_490 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_491 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_492 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_493 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_494 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_495 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_496 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_497 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_498 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_499 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_500 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_501 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_502 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_503 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_504 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_505 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_506 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_509 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_511 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_512 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_514 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_515 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_516 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_517 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_518 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_519 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_520 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_521 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_522 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_523 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_524 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_525 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_526 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_527 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_528 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_529 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_530 NA NA NA NA NA
## CM_total CM_acetate CM_propioNAte CM_butyrate CM_succiNAte
## MSQ4_AG_012 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_013 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_014 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_015 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_016 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_017 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_018 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_019 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_020 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_021 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_022 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_023 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_024 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_025 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_027 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_028 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_029 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_030 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_031 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_033 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_034 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_035 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_036 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_037 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_038 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_039 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_040 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_041 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_042 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_043 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_044 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_045 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_046 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_047 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_049 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_050 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_051 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_052 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_053 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_054 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_055 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_056 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_057 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_058 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_059 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_062 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_064 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_065 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_072 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_076 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_077 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_080 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_083 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_084 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_085 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_086 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_087 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_088 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_089 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_091 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_092 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_093 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_095 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_096 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_101 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_103 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_104 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_105 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_106 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_107 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_108 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_109 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_111 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_112 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_113 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_117 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_119 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_121 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_125 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_127 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_128 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_129 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_130 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_131 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_132 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_133 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_135 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_136 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_141 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_143 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_144 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_145 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_148 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_149 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_151 102.86429 65.25714 7.764286 21.821429 4.585714
## MSQ4_AG_152 95.91250 57.77500 10.243750 10.337500 14.762500
## MSQ4_AG_153 71.95556 45.82222 7.727778 6.000000 7.327778
## MSQ4_AG_154 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_155 99.63571 56.36429 8.600000 17.921429 4.692857
## MSQ4_AG_156 62.39688 34.06875 7.406250 14.781250 4.075000
## MSQ4_AG_157 63.52083 40.12083 6.158333 12.616667 2.200000
## MSQ4_AG_159 58.35714 36.75000 7.235714 10.578571 2.167857
## MSQ4_AG_160 80.92917 46.72083 9.712500 10.858333 8.041667
## MSQ4_AG_161 59.39722 35.98611 6.200000 11.538889 2.016667
## MSQ4_AG_162 66.27000 43.30000 9.495000 11.475000 2.000000
## MSQ4_AG_163 49.43235 32.61471 5.864706 7.794118 2.223529
## MSQ4_AG_164 100.92222 62.63333 8.455556 25.194444 2.222222
## MSQ4_AG_165 80.61667 49.08333 10.162500 12.541667 5.904167
## MSQ4_AG_167 76.87778 47.43889 9.316667 9.388889 17.971429
## MSQ4_AG_168 73.32308 49.60769 8.061538 8.973077 3.057692
## MSQ4_AG_169 90.04333 54.32333 7.730000 14.320000 13.670000
## MSQ4_AG_170 103.28333 60.06667 14.275000 11.500000 14.308333
## MSQ4_AG_171 100.94286 58.98571 10.107143 12.335714 14.514286
## MSQ4_AG_172 82.74583 52.88333 8.020833 13.566667 5.929167
## MSQ4_AG_173 85.44643 54.70714 10.346429 14.210714 3.889286
## MSQ4_AG_175 112.81250 68.30625 10.462500 26.187500 4.693750
## MSQ4_AG_176 133.90000 86.91250 13.912500 23.075000 4.387500
## MSQ4_AG_177 67.93929 42.65000 8.103571 9.496429 5.685714
## MSQ4_AG_178 75.01818 41.85455 10.672727 11.813636 6.863636
## MSQ4_AG_179 89.53500 51.28000 10.185000 10.385000 12.815000
## MSQ4_AG_180 107.05000 71.88571 13.564286 18.357143 3.242857
## MSQ4_AG_181 53.54000 26.71000 10.230000 4.510000 5.120000
## MSQ4_AG_183 78.49688 44.59063 11.134375 15.028125 5.212500
## MSQ4_AG_184 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_185 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_186 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_187 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_188 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_189 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_191 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_192 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_193 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_194 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_195 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_196 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_197 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_198 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_201 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_205 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_207 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_208 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_209 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_210 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_211 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_212 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_213 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_215 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_216 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_217 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_218 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_219 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_220 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_221 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_223 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_224 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_225 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_226 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_227 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_228 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_229 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_230 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_231 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_232 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_233 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_234 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_235 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_236 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_237 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_238 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_239 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_240 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_241 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_242 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_243 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_244 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_245 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_247 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_248 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_249 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_250 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_251 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_252 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_253 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_254 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_255 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_256 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_257 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_258 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_259 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_260 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_261 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_262 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_263 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_264 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_265 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_266 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_267 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_268 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_269 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_270 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_271 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_272 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_273 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_274 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_275 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_276 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_277 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_278 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_279 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_281 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_282 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_283 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_284 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_285 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_286 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_287 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_288 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_290 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_291 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_292 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_293 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_294 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_295 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_296 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_298 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_299 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_300 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_301 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_302 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_303 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_304 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_305 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_306 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_307 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_308 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_309 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_310 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_311 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_312 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_313 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_314 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_315 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_316 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_317 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_318 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_319 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_320 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_321 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_322 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_323 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_324 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_325 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_326 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_327 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_328 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_329 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_330 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_331 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_332 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_333 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_334 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_335 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_336 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_337 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_339 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_340 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_341 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_342 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_343 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_344 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_346 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_347 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_348 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_349 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_350 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_351 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_352 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_353 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_354 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_355 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_356 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_357 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_358 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_359 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_360 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_361 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_362 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_363 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_364 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_365 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_366 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_367 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_368 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_369 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_370 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_371 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_372 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_373 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_374 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_375 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_376 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_377 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_378 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_379 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_380 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_381 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_382 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_383 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_384 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_385 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_386 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_387 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_388 97.96875 62.76875 16.281250 11.962500 3.018750
## MSQ6_AG_389 69.10833 41.15833 12.750000 6.491667 8.708333
## MSQ6_AG_390 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_391 65.00000 34.08125 10.650000 8.731250 7.693750
## MSQ6_AG_392 114.99000 71.66000 19.720000 20.840000 0.000000
## MSQ6_AG_393 86.30000 49.57500 13.791667 10.325000 6.625000
## MSQ6_AG_394 78.31000 45.50000 16.790000 9.100000 3.500000
## MSQ6_AG_395 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_396 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_397 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_398 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_399 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_400 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_401 77.37500 47.56250 8.687500 14.762500 3.175000
## MSQ6_AG_402 60.86000 33.68333 7.146667 10.283333 7.033333
## MSQ6_AG_403 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_404 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_405 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_406 56.28333 38.36667 9.383333 8.533333 0.000000
## MSQ6_AG_407 59.53333 34.16667 10.400000 8.883333 6.083333
## MSQ6_AG_408 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_409 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_410 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_411 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_412 86.06875 54.29375 14.206250 13.068750 2.156250
## MSQ6_AG_413 52.74444 31.54444 8.327778 7.300000 3.866667
## MSQ6_AG_414 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_415 94.94000 55.75000 9.260000 6.910000 7.000000
## MSQ6_AG_416 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_417 59.20833 32.78750 8.037500 6.312500 3.770833
## MSQ6_AG_418 90.26667 52.73333 14.491667 16.725000 3.650000
## MSQ6_AG_419 48.72368 31.61316 6.718421 6.568421 1.447368
## MSQ6_AG_420 50.44687 32.62812 5.525000 8.865625 1.350000
## MSQ6_AG_421 64.19167 36.34167 11.508333 10.666667 2.758333
## MSQ6_AG_422 45.25833 25.74167 6.316667 4.575000 3.908333
## MSQ6_AG_423 52.74091 26.85455 7.831818 11.063636 4.386364
## MSQ6_AG_424 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_425 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_426 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_427 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_428 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_429 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_430 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_431 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_432 35.41000 22.21000 4.370000 3.870000 4.960000
## MSQ6_AG_433 52.82500 33.08333 5.016667 5.050000 4.500000
## MSQ6_AG_434 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_490 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_491 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_492 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_493 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_494 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_495 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_496 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_497 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_498 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_499 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_500 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_501 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_502 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_503 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_504 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_505 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_506 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_509 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_511 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_512 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_514 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_515 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_516 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_517 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_518 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_519 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_520 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_521 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_522 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_523 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_524 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_525 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_526 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_527 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_528 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_529 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_530 NA NA NA NA NA
## CM_lactate CB_total CB_intact CB_permeable QPCR_total
## MSQ4_AG_012 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_013 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_014 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_015 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_016 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_017 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_018 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_019 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_020 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_021 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_022 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_023 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_024 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_025 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_027 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_028 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_029 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_030 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_031 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_033 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_034 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_035 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_036 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_037 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_038 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_039 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_040 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_041 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_042 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_043 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_044 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_045 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_046 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_047 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_049 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_050 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_051 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_052 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_053 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_054 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_055 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_056 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_057 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_058 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_059 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_062 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_064 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_065 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_072 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_076 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_077 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_080 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_083 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_084 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_085 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_086 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_087 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_088 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_089 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_091 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_092 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_093 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_095 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_096 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_101 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_103 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_104 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_105 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_106 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_107 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_108 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_109 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_111 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_112 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_113 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_117 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_119 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_121 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_125 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_127 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_128 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_129 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_130 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_131 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_132 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_133 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_135 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_136 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_141 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_143 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_144 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_145 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_148 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_149 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_151 3.4357143 NA NA NA 6.91e+08
## MSQ4_AG_152 2.7937500 NA NA NA 2.42e+08
## MSQ4_AG_153 5.0777778 NA NA NA 1.94e+09
## MSQ4_AG_154 NA NA NA NA 4.76e+08
## MSQ4_AG_155 12.0571429 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_156 2.0656250 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_157 2.4250000 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_159 1.6250000 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_160 5.5958333 NA NA NA 9.17e+08
## MSQ4_AG_161 3.6555556 NA NA NA 1.23e+09
## MSQ4_AG_162 0.0000000 NA NA NA 1.19e+09
## MSQ4_AG_163 0.9352941 NA NA NA 9.21e+08
## MSQ4_AG_164 2.4166667 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_165 2.9250000 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_167 4.7035714 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_168 5.7333333 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_169 0.0000000 NA NA NA 5.75e+08
## MSQ4_AG_170 3.1333333 NA NA NA 7.12e+08
## MSQ4_AG_171 5.0000000 NA NA NA 6.89e+08
## MSQ4_AG_172 2.3458333 NA NA NA 6.42e+08
## MSQ4_AG_173 2.2928571 NA NA NA 4.17e+08
## MSQ4_AG_175 3.1625000 NA NA NA 8.95e+08
## MSQ4_AG_176 5.6125000 NA NA NA 5.65e+08
## MSQ4_AG_177 2.0035714 NA NA NA 7.92e+08
## MSQ4_AG_178 3.8136364 NA NA NA 9.34e+08
## MSQ4_AG_179 4.8700000 NA NA NA 7.90e+08
## MSQ4_AG_180 0.0000000 NA NA NA 1.16e+09
## MSQ4_AG_181 6.9700000 NA NA NA 6.63e+08
## MSQ4_AG_183 2.5312500 NA NA NA 8.27e+08
## MSQ4_AG_184 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_185 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_186 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_187 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_188 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_189 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_191 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_192 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_193 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_194 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_195 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_196 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_197 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_198 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_201 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_205 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_207 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_208 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_209 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_210 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_211 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_212 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_213 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_215 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_216 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_217 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_218 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_219 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_220 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_221 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_223 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_224 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_225 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_226 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_227 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_228 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_229 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_230 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_231 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_232 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_233 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_234 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_235 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_236 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_237 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_238 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_239 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_240 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_241 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_242 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_243 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_244 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_245 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_247 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_248 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_249 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_250 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_251 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_252 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_253 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_254 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_255 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_256 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_257 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_258 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_259 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_260 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_261 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_262 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_263 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_264 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_265 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_266 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_267 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_268 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_269 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_270 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_271 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_272 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_273 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_274 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_275 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_276 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_277 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_278 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_279 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_281 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_282 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_283 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_284 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_285 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_286 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_287 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_288 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_290 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_291 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_292 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_293 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_294 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_295 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_296 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_298 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_299 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_300 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_301 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_302 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_303 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_304 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_305 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_306 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_307 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_308 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_309 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_310 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_311 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_312 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_313 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_314 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_315 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_316 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_317 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_318 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_319 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_320 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_321 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_322 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_323 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_324 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_325 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_326 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_327 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_328 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_329 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_330 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_331 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_332 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_333 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_334 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_335 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_336 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_337 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_339 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_340 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_341 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_342 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_343 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_344 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_346 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_347 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_348 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_349 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_350 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_351 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_352 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_353 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_354 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_355 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_356 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_357 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_358 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_359 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_360 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_361 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_362 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_363 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_364 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_365 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_366 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_367 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_368 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_369 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_370 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_371 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_372 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_373 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_374 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_375 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_376 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_377 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_378 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_379 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_380 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_381 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_382 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_383 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_384 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_385 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_386 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_387 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_388 3.9375000 561104439 310761183 234276594 7.38e+08
## MSQ6_AG_389 0.0000000 623292505 341053955 259174025 1.02e+09
## MSQ6_AG_390 NA 971157000 446151055 492746330 8.85e+08
## MSQ6_AG_391 3.8437500 480900780 239850407 226503780 9.83e+07
## MSQ6_AG_392 2.7700000 2165621920 805645280 1295483200 1.13e+09
## MSQ6_AG_393 5.9833333 1412034462 677288011 681150703 1.47e+09
## MSQ6_AG_394 3.4200000 1470938374 782951593 640588385 1.96e+09
## MSQ6_AG_395 NA 1139698637 733033956 358494231 1.22e+09
## MSQ6_AG_396 NA 1509446593 994474703 467501088 9.74e+08
## MSQ6_AG_397 NA 1676566833 1089115500 538974333 8.68e+08
## MSQ6_AG_398 NA 1269890165 760251462 481885099 1.62e+09
## MSQ6_AG_399 NA 1141410820 621695360 477942850 1.63e+09
## MSQ6_AG_400 NA 1076932758 544821176 479237604 1.28e+09
## MSQ6_AG_401 3.1875000 2065826714 896283506 1100427187 1.80e+09
## MSQ6_AG_402 2.7133333 851993389 466423467 354685100 8.95e+08
## MSQ6_AG_403 NA 454469400 217951631 223797623 2.44e+09
## MSQ6_AG_404 NA 1307821392 878586500 403043554 3.49e+09
## MSQ6_AG_405 NA 902581625 604359525 277697658 2.00e+09
## MSQ6_AG_406 0.0000000 751773275 482508583 248177142 1.25e+09
## MSQ6_AG_407 0.0000000 709642746 430873977 259873477 9.04e+08
## MSQ6_AG_408 NA 1105897414 534499114 538624114 1.92e+09
## MSQ6_AG_409 NA 1194567733 681376117 469278150 1.98e+09
## MSQ6_AG_410 NA 1242007433 682891978 504306978 2.04e+09
## MSQ6_AG_411 NA 1531467025 926221450 560804750 1.40e+08
## MSQ6_AG_412 2.3437500 811350430 490101040 293939360 7.35e+07
## MSQ6_AG_413 1.7055556 1115257963 688049588 375939575 9.40e+07
## MSQ6_AG_414 NA 1333631200 781537167 511545650 1.28e+08
## MSQ6_AG_415 16.0200000 888138075 443512850 394644800 9.87e+07
## MSQ6_AG_416 NA 195828967 103436667 81296967 2.03e+07
## MSQ6_AG_417 2.4291667 956652644 527511233 403194856 1.01e+08
## MSQ6_AG_418 2.6666667 940870975 496413042 394058683 9.85e+07
## MSQ6_AG_419 1.2210526 798202000 425939900 347543500 8.69e+07
## MSQ6_AG_420 1.2593750 1035975406 706501141 307601218 7.69e+07
## MSQ6_AG_421 2.9166667 935987580 533243480 371779980 9.29e+07
## MSQ6_AG_422 4.7166667 5617152750 3022237350 2325785550 5.81e+08
## MSQ6_AG_423 2.6045455 739727175 426222683 295072433 7.38e+07
## MSQ6_AG_424 NA 1018015500 596310200 394660300 9.87e+07
## MSQ6_AG_425 NA 819921300 339289683 349933467 8.75e+07
## MSQ6_AG_426 NA 123523950 98110650 22797775 5.70e+06
## MSQ6_AG_427 NA 766702444 428363589 310284822 7.76e+07
## MSQ6_AG_428 NA 1034705513 632954575 367522375 9.19e+07
## MSQ6_AG_429 NA 1147794120 682110330 426680210 1.07e+08
## MSQ6_AG_430 NA 820315980 454616580 337687130 8.44e+07
## MSQ6_AG_431 NA 964725300 391919733 531054333 1.33e+08
## MSQ6_AG_432 0.0000000 1164892300 571921167 549120183 1.37e+08
## MSQ6_AG_433 5.1750000 1331780817 800156500 482957017 1.21e+08
## MSQ6_AG_434 NA 1150284422 655875856 461378989 1.15e+08
## MSQ6_AG_490 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_491 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_492 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_493 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_494 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_495 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_496 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_497 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_498 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_499 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_500 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_501 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_502 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_503 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_504 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_505 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_506 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_509 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_511 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_512 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_514 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_515 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_516 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_517 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_518 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_519 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_520 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_521 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_522 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_523 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_524 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_525 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_526 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_527 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_528 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_529 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_530 NA NA NA NA NA
## QPCR_Akkermansia QPCR_Enterobacteriaceae QPCR_Lachnospiraceae
## MSQ4_AG_012 NA NA NA
## MSQ4_AG_013 NA NA NA
## MSQ4_AG_014 NA NA NA
## MSQ4_AG_015 NA NA NA
## MSQ4_AG_016 NA NA NA
## MSQ4_AG_017 NA NA NA
## MSQ4_AG_018 NA NA NA
## MSQ4_AG_019 NA NA NA
## MSQ4_AG_020 NA NA NA
## MSQ4_AG_021 NA NA NA
## MSQ4_AG_022 NA NA NA
## MSQ4_AG_023 NA NA NA
## MSQ4_AG_024 NA NA NA
## MSQ4_AG_025 NA NA NA
## MSQ4_AG_027 NA NA NA
## MSQ4_AG_028 NA NA NA
## MSQ4_AG_029 NA NA NA
## MSQ4_AG_030 NA NA NA
## MSQ4_AG_031 NA NA NA
## MSQ4_AG_033 NA NA NA
## MSQ4_AG_034 NA NA NA
## MSQ4_AG_035 NA NA NA
## MSQ4_AG_036 NA NA NA
## MSQ4_AG_037 NA NA NA
## MSQ4_AG_038 NA NA NA
## MSQ4_AG_039 NA NA NA
## MSQ4_AG_040 NA NA NA
## MSQ4_AG_041 NA NA NA
## MSQ4_AG_042 NA NA NA
## MSQ4_AG_043 NA NA NA
## MSQ4_AG_044 NA NA NA
## MSQ4_AG_045 NA NA NA
## MSQ4_AG_046 NA NA NA
## MSQ4_AG_047 NA NA NA
## MSQ4_AG_049 NA NA NA
## MSQ4_AG_050 NA NA NA
## MSQ4_AG_051 NA NA NA
## MSQ4_AG_052 NA NA NA
## MSQ4_AG_053 NA NA NA
## MSQ4_AG_054 NA NA NA
## MSQ4_AG_055 NA NA NA
## MSQ4_AG_056 NA NA NA
## MSQ4_AG_057 NA NA NA
## MSQ4_AG_058 NA NA NA
## MSQ4_AG_059 NA NA NA
## MSQ4_AG_062 NA NA NA
## MSQ4_AG_064 NA NA NA
## MSQ4_AG_065 NA NA NA
## MSQ4_AG_072 NA NA NA
## MSQ4_AG_076 NA NA NA
## MSQ4_AG_077 NA NA NA
## MSQ4_AG_080 NA NA NA
## MSQ4_AG_083 NA NA NA
## MSQ4_AG_084 NA NA NA
## MSQ4_AG_085 NA NA NA
## MSQ4_AG_086 NA NA NA
## MSQ4_AG_087 NA NA NA
## MSQ4_AG_088 NA NA NA
## MSQ4_AG_089 NA NA NA
## MSQ4_AG_091 NA NA NA
## MSQ4_AG_092 NA NA NA
## MSQ4_AG_093 NA NA NA
## MSQ4_AG_095 NA NA NA
## MSQ4_AG_096 NA NA NA
## MSQ4_AG_101 NA NA NA
## MSQ4_AG_103 NA NA NA
## MSQ4_AG_104 NA NA NA
## MSQ4_AG_105 NA NA NA
## MSQ4_AG_106 NA NA NA
## MSQ4_AG_107 NA NA NA
## MSQ4_AG_108 NA NA NA
## MSQ4_AG_109 NA NA NA
## MSQ4_AG_111 NA NA NA
## MSQ4_AG_112 NA NA NA
## MSQ4_AG_113 NA NA NA
## MSQ4_AG_117 NA NA NA
## MSQ4_AG_119 NA NA NA
## MSQ4_AG_121 NA NA NA
## MSQ4_AG_125 NA NA NA
## MSQ4_AG_127 NA NA NA
## MSQ4_AG_128 NA NA NA
## MSQ4_AG_129 NA NA NA
## MSQ4_AG_130 NA NA NA
## MSQ4_AG_131 NA NA NA
## MSQ4_AG_132 NA NA NA
## MSQ4_AG_133 NA NA NA
## MSQ4_AG_135 NA NA NA
## MSQ4_AG_136 NA NA NA
## MSQ4_AG_141 NA NA NA
## MSQ4_AG_143 NA NA NA
## MSQ4_AG_144 NA NA NA
## MSQ4_AG_145 NA NA NA
## MSQ4_AG_148 NA NA NA
## MSQ4_AG_149 NA NA NA
## MSQ4_AG_151 2.42e+07 20500 1.63e+08
## MSQ4_AG_152 3.17e+07 15100 3.10e+07
## MSQ4_AG_153 5.84e+07 32800 1.13e+08
## MSQ4_AG_154 1.80e+07 4420 8.41e+07
## MSQ4_AG_155 NA NA NA
## MSQ4_AG_156 NA NA NA
## MSQ4_AG_157 NA NA NA
## MSQ4_AG_159 NA NA NA
## MSQ4_AG_160 2.25e+07 27600 2.57e+07
## MSQ4_AG_161 2.87e+07 11300 1.90e+08
## MSQ4_AG_162 5.32e+07 31300 2.08e+08
## MSQ4_AG_163 3.17e+07 24500 1.26e+08
## MSQ4_AG_164 NA NA NA
## MSQ4_AG_165 NA NA NA
## MSQ4_AG_167 NA NA NA
## MSQ4_AG_168 NA NA NA
## MSQ4_AG_169 1.70e+07 9590 1.37e+08
## MSQ4_AG_170 2.36e+07 12900 9.47e+07
## MSQ4_AG_171 6.76e+07 6580 7.81e+07
## MSQ4_AG_172 1.74e+07 3290 2.26e+08
## MSQ4_AG_173 1.25e+07 3600 8.54e+07
## MSQ4_AG_175 3.36e+07 27500 2.71e+08
## MSQ4_AG_176 1.81e+07 7930 1.66e+08
## MSQ4_AG_177 3.61e+07 13000 7.58e+07
## MSQ4_AG_178 5.22e+07 25100 5.24e+07
## MSQ4_AG_179 5.73e+07 26300 9.47e+07
## MSQ4_AG_180 4.21e+07 80000 1.52e+08
## MSQ4_AG_181 3.84e+07 167000 4.24e+07
## MSQ4_AG_183 2.69e+06 257000 4.97e+07
## MSQ4_AG_184 NA 32700 NA
## MSQ4_AG_185 NA NA NA
## MSQ4_AG_186 NA NA NA
## MSQ4_AG_187 NA NA NA
## MSQ4_AG_188 NA NA NA
## MSQ4_AG_189 NA NA NA
## MSQ4_AG_191 NA NA NA
## MSQ4_AG_192 NA NA NA
## MSQ4_AG_193 NA NA NA
## MSQ4_AG_194 NA NA NA
## MSQ4_AG_195 NA NA NA
## MSQ4_AG_196 NA NA NA
## MSQ4_AG_197 NA NA NA
## MSQ4_AG_198 NA NA NA
## MSQ4_AG_201 NA NA NA
## MSQ4_AG_205 NA NA NA
## MSQ4_AG_207 NA NA NA
## MSQ4_AG_208 NA NA NA
## MSQ4_AG_209 NA NA NA
## MSQ4_AG_210 NA NA NA
## MSQ4_AG_211 NA NA NA
## MSQ4_AG_212 NA NA NA
## MSQ4_AG_213 NA NA NA
## MSQ4_AG_215 NA NA NA
## MSQ4_AG_216 NA NA NA
## MSQ4_AG_217 NA NA NA
## MSQ4_AG_218 NA NA NA
## MSQ4_AG_219 NA NA NA
## MSQ4_AG_220 NA NA NA
## MSQ4_AG_221 NA NA NA
## MSQ4_AG_223 NA NA NA
## MSQ4_AG_224 NA NA NA
## MSQ4_AG_225 NA NA NA
## MSQ4_AG_226 NA NA NA
## MSQ4_AG_227 NA NA NA
## MSQ4_AG_228 NA NA NA
## MSQ4_AG_229 NA NA NA
## MSQ4_AG_230 NA NA NA
## MSQ4_AG_231 NA NA NA
## MSQ4_AG_232 NA NA NA
## MSQ4_AG_233 NA NA NA
## MSQ4_AG_234 NA NA NA
## MSQ4_AG_235 NA NA NA
## MSQ4_AG_236 NA NA NA
## MSQ4_AG_237 NA NA NA
## MSQ4_AG_238 NA NA NA
## MSQ4_AG_239 NA NA NA
## MSQ4_AG_240 NA NA NA
## MSQ4_AG_241 NA NA NA
## MSQ4_AG_242 NA NA NA
## MSQ4_AG_243 NA NA NA
## MSQ4_AG_244 NA NA NA
## MSQ4_AG_245 NA NA NA
## MSQ4_AG_247 NA NA NA
## MSQ4_AG_248 NA NA NA
## MSQ4_AG_249 NA NA NA
## MSQ6_AG_250 NA NA NA
## MSQ6_AG_251 NA NA NA
## MSQ6_AG_252 NA NA NA
## MSQ6_AG_253 NA NA NA
## MSQ6_AG_254 NA NA NA
## MSQ6_AG_255 NA NA NA
## MSQ6_AG_256 NA NA NA
## MSQ6_AG_257 NA NA NA
## MSQ6_AG_258 NA NA NA
## MSQ6_AG_259 NA NA NA
## MSQ6_AG_260 NA NA NA
## MSQ6_AG_261 NA NA NA
## MSQ6_AG_262 NA NA NA
## MSQ6_AG_263 NA NA NA
## MSQ6_AG_264 NA NA NA
## MSQ6_AG_265 NA NA NA
## MSQ6_AG_266 NA NA NA
## MSQ6_AG_267 NA NA NA
## MSQ6_AG_268 NA NA NA
## MSQ6_AG_269 NA NA NA
## MSQ6_AG_270 NA NA NA
## MSQ6_AG_271 NA NA NA
## MSQ6_AG_272 NA NA NA
## MSQ6_AG_273 NA NA NA
## MSQ6_AG_274 NA NA NA
## MSQ6_AG_275 NA NA NA
## MSQ6_AG_276 NA NA NA
## MSQ6_AG_277 NA NA NA
## MSQ6_AG_278 NA NA NA
## MSQ6_AG_279 NA NA NA
## MSQ6_AG_281 NA NA NA
## MSQ6_AG_282 NA NA NA
## MSQ6_AG_283 NA NA NA
## MSQ6_AG_284 NA NA NA
## MSQ6_AG_285 NA NA NA
## MSQ6_AG_286 NA NA NA
## MSQ6_AG_287 NA NA NA
## MSQ6_AG_288 NA NA NA
## MSQ6_AG_290 NA NA NA
## MSQ6_AG_291 NA NA NA
## MSQ6_AG_292 NA NA NA
## MSQ6_AG_293 NA NA NA
## MSQ6_AG_294 NA NA NA
## MSQ6_AG_295 NA NA NA
## MSQ6_AG_296 NA NA NA
## MSQ6_AG_298 NA NA NA
## MSQ6_AG_299 NA NA NA
## MSQ6_AG_300 NA NA NA
## MSQ6_AG_301 NA NA NA
## MSQ6_AG_302 NA NA NA
## MSQ6_AG_303 NA NA NA
## MSQ6_AG_304 NA NA NA
## MSQ6_AG_305 NA NA NA
## MSQ6_AG_306 NA NA NA
## MSQ6_AG_307 NA NA NA
## MSQ6_AG_308 NA NA NA
## MSQ6_AG_309 NA NA NA
## MSQ6_AG_310 NA NA NA
## MSQ6_AG_311 NA NA NA
## MSQ6_AG_312 NA NA NA
## MSQ6_AG_313 NA NA NA
## MSQ6_AG_314 NA NA NA
## MSQ6_AG_315 NA NA NA
## MSQ6_AG_316 NA NA NA
## MSQ6_AG_317 NA NA NA
## MSQ6_AG_318 NA NA NA
## MSQ6_AG_319 NA NA NA
## MSQ6_AG_320 NA NA NA
## MSQ6_AG_321 NA NA NA
## MSQ6_AG_322 NA NA NA
## MSQ6_AG_323 NA NA NA
## MSQ6_AG_324 NA NA NA
## MSQ6_AG_325 NA NA NA
## MSQ6_AG_326 NA NA NA
## MSQ6_AG_327 NA NA NA
## MSQ6_AG_328 NA NA NA
## MSQ6_AG_329 NA NA NA
## MSQ6_AG_330 NA NA NA
## MSQ6_AG_331 NA NA NA
## MSQ6_AG_332 NA NA NA
## MSQ6_AG_333 NA NA NA
## MSQ6_AG_334 NA NA NA
## MSQ6_AG_335 NA NA NA
## MSQ6_AG_336 NA NA NA
## MSQ6_AG_337 NA NA NA
## MSQ6_AG_339 NA NA NA
## MSQ6_AG_340 NA NA NA
## MSQ6_AG_341 NA NA NA
## MSQ6_AG_342 NA NA NA
## MSQ6_AG_343 NA NA NA
## MSQ6_AG_344 NA NA NA
## MSQ6_AG_346 NA NA NA
## MSQ6_AG_347 NA NA NA
## MSQ6_AG_348 NA NA NA
## MSQ6_AG_349 NA NA NA
## MSQ6_AG_350 NA NA NA
## MSQ6_AG_351 NA NA NA
## MSQ6_AG_352 NA NA NA
## MSQ6_AG_353 NA NA NA
## MSQ6_AG_354 NA NA NA
## MSQ6_AG_355 NA NA NA
## MSQ6_AG_356 NA NA NA
## MSQ6_AG_357 NA NA NA
## MSQ6_AG_358 NA NA NA
## MSQ6_AG_359 NA NA NA
## MSQ6_AG_360 NA NA NA
## MSQ6_AG_361 NA NA NA
## MSQ6_AG_362 NA NA NA
## MSQ6_AG_363 NA NA NA
## MSQ6_AG_364 NA NA NA
## MSQ6_AG_365 NA NA NA
## MSQ6_AG_366 NA NA NA
## MSQ6_AG_367 NA NA NA
## MSQ6_AG_368 NA NA NA
## MSQ6_AG_369 NA NA NA
## MSQ6_AG_370 NA NA NA
## MSQ6_AG_371 NA NA NA
## MSQ6_AG_372 NA NA NA
## MSQ6_AG_373 NA NA NA
## MSQ6_AG_374 NA NA NA
## MSQ6_AG_375 NA NA NA
## MSQ6_AG_376 NA NA NA
## MSQ6_AG_377 NA NA NA
## MSQ6_AG_378 NA NA NA
## MSQ6_AG_379 NA NA NA
## MSQ6_AG_380 NA NA NA
## MSQ6_AG_381 NA NA NA
## MSQ6_AG_382 NA NA NA
## MSQ6_AG_383 NA NA NA
## MSQ6_AG_384 NA NA NA
## MSQ6_AG_385 NA NA NA
## MSQ6_AG_386 NA NA NA
## MSQ6_AG_387 NA NA NA
## MSQ6_AG_388 1.94e+07 46900 1.01e+08
## MSQ6_AG_389 3.10e+07 129000 8.31e+07
## MSQ6_AG_390 2.78e+07 7950 1.43e+08
## MSQ6_AG_391 5.05e+06 3350 3.25e+06
## MSQ6_AG_392 3.38e+07 9790 1.66e+08
## MSQ6_AG_393 4.64e+07 62200 1.08e+08
## MSQ6_AG_394 6.47e+07 79000 2.85e+08
## MSQ6_AG_395 6.46e+07 71200 1.15e+08
## MSQ6_AG_396 3.60e+07 50800 9.31e+07
## MSQ6_AG_397 2.25e+07 176000 5.57e+07
## MSQ6_AG_398 2.15e+07 69400 2.90e+08
## MSQ6_AG_399 1.14e+08 237000 3.04e+08
## MSQ6_AG_400 4.77e+07 115000 9.57e+07
## MSQ6_AG_401 3.40e+07 61300 3.20e+08
## MSQ6_AG_402 5.10e+07 26000 6.65e+07
## MSQ6_AG_403 5.53e+07 130000 2.45e+08
## MSQ6_AG_404 9.38e+07 1190000 4.39e+08
## MSQ6_AG_405 7.72e+07 539000 1.98e+08
## MSQ6_AG_406 6.60e+07 973000 9.77e+07
## MSQ6_AG_407 3.37e+07 231000 6.27e+07
## MSQ6_AG_408 5.63e+07 80600 1.02e+08
## MSQ6_AG_409 6.97e+07 156000 1.77e+08
## MSQ6_AG_410 6.88e+07 537000 1.59e+08
## MSQ6_AG_411 5.71e+06 1320000 2.44e+08
## MSQ6_AG_412 5.14e+07 2770000 9.60e+07
## MSQ6_AG_413 7.56e+07 1090000 1.41e+08
## MSQ6_AG_414 3.25e+07 49600 1.72e+08
## MSQ6_AG_415 1.09e+07 689000 1.48e+08
## MSQ6_AG_416 3.43e+06 5210000 4.46e+07
## MSQ6_AG_417 3.08e+07 358000 1.33e+08
## MSQ6_AG_418 4.52e+07 333000 1.19e+08
## MSQ6_AG_419 2.38e+07 85200 1.57e+08
## MSQ6_AG_420 4.06e+07 23300 2.74e+08
## MSQ6_AG_421 5.92e+07 383000 1.72e+08
## MSQ6_AG_422 1.53e+07 12500 8.27e+07
## MSQ6_AG_423 7.26e+07 65100 2.48e+08
## MSQ6_AG_424 3.34e+07 352000 2.26e+08
## MSQ6_AG_425 4.61e+07 199000 2.28e+08
## MSQ6_AG_426 1.05e+08 88600000 4.16e+08
## MSQ6_AG_427 3.17e+07 63600 2.81e+08
## MSQ6_AG_428 3.56e+06 36800 2.51e+08
## MSQ6_AG_429 1.31e+07 56100 6.81e+08
## MSQ6_AG_430 1.31e+07 54700 2.79e+08
## MSQ6_AG_431 1.83e+07 280000 1.36e+09
## MSQ6_AG_432 6.58e+06 48500 2.85e+08
## MSQ6_AG_433 6.22e+06 16300 6.07e+07
## MSQ6_AG_434 3.68e+07 73200 3.43e+08
## MSQ6_AG_490 NA NA NA
## MSQ6_AG_491 NA NA NA
## MSQ6_AG_492 NA NA NA
## MSQ6_AG_493 NA NA NA
## MSQ6_AG_494 NA NA NA
## MSQ6_AG_495 NA NA NA
## MSQ6_AG_496 NA NA NA
## MSQ6_AG_497 NA NA NA
## MSQ6_AG_498 NA NA NA
## MSQ6_AG_499 NA NA NA
## MSQ6_AG_500 NA NA NA
## MSQ6_AG_501 NA NA NA
## MSQ6_AG_502 NA NA NA
## MSQ6_AG_503 NA NA NA
## MSQ6_AG_504 NA NA NA
## MSQ6_AG_505 NA NA NA
## MSQ6_AG_506 NA NA NA
## MSQ6_AG_509 NA NA NA
## MSQ6_AG_511 NA NA NA
## MSQ6_AG_512 NA NA NA
## MSQ6_AG_514 NA NA NA
## MSQ6_AG_515 NA NA NA
## MSQ6_AG_516 NA NA NA
## MSQ6_AG_517 NA NA NA
## MSQ6_AG_518 NA NA NA
## MSQ6_AG_519 NA NA NA
## MSQ6_AG_520 NA NA NA
## MSQ6_AG_521 NA NA NA
## MSQ6_AG_522 NA NA NA
## MSQ6_AG_523 NA NA NA
## MSQ6_AG_524 NA NA NA
## MSQ6_AG_525 NA NA NA
## MSQ6_AG_526 NA NA NA
## MSQ6_AG_527 NA NA NA
## MSQ6_AG_528 NA NA NA
## MSQ6_AG_529 NA NA NA
## MSQ6_AG_530 NA NA NA
## QPCR_Ruminococcaceae QPCR_ButCoA Tyramine Putrescine Cadaverine
## MSQ4_AG_012 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_013 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_014 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_015 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_016 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_017 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_018 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_019 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_020 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_021 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_022 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_023 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_024 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_025 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_027 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_028 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_029 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_030 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_031 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_033 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_034 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_035 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_036 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_037 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_038 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_039 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_040 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_041 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_042 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_043 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_044 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_045 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_046 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_047 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_049 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_050 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_051 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_052 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_053 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_054 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_055 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_056 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_057 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_058 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_059 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_062 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_064 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_065 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_072 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_076 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_077 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_080 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_083 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_084 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_085 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_086 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_087 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_088 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_089 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_091 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_092 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_093 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_095 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_096 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_101 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_103 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_104 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_105 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_106 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_107 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_108 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_109 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_111 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_112 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_113 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_117 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_119 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_121 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_125 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_127 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_128 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_129 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_130 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_131 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_132 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_133 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_135 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_136 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_141 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_143 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_144 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_145 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_148 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_149 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_151 2.34e+07 21000000 NA NA NA
## MSQ4_AG_152 4.49e+06 3160000 NA NA NA
## MSQ4_AG_153 3.20e+07 3880000 NA NA NA
## MSQ4_AG_154 1.88e+07 4070000 NA NA NA
## MSQ4_AG_155 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_156 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_157 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_159 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_160 6.56e+06 110000 NA NA NA
## MSQ4_AG_161 3.85e+07 437000 NA NA NA
## MSQ4_AG_162 5.46e+07 302000 NA NA NA
## MSQ4_AG_163 2.98e+07 132000 NA NA NA
## MSQ4_AG_164 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_165 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_167 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_168 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_169 2.29e+07 3220000 NA NA NA
## MSQ4_AG_170 2.07e+07 1470000 NA NA NA
## MSQ4_AG_171 2.00e+07 3530000 NA NA NA
## MSQ4_AG_172 2.55e+07 5230000 NA NA NA
## MSQ4_AG_173 1.24e+07 7940000 NA NA NA
## MSQ4_AG_175 4.82e+07 10200000 NA NA NA
## MSQ4_AG_176 2.43e+07 1130000 NA NA NA
## MSQ4_AG_177 3.24e+07 1190000 NA NA NA
## MSQ4_AG_178 1.44e+07 315000 NA NA NA
## MSQ4_AG_179 2.60e+07 3570000 NA NA NA
## MSQ4_AG_180 1.90e+07 1010000 NA NA NA
## MSQ4_AG_181 4.23e+07 142000 NA NA NA
## MSQ4_AG_183 7.17e+07 661000 NA NA NA
## MSQ4_AG_184 2.71e+07 NA NA NA NA
## MSQ4_AG_185 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_186 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_187 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_188 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_189 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_191 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_192 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_193 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_194 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_195 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_196 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_197 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_198 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_201 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_205 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_207 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_208 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_209 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_210 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_211 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_212 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_213 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_215 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_216 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_217 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_218 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_219 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_220 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_221 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_223 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_224 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_225 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_226 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_227 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_228 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_229 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_230 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_231 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_232 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_233 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_234 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_235 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_236 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_237 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_238 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_239 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_240 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_241 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_242 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_243 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_244 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_245 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_247 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_248 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_249 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_250 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_251 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_252 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_253 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_254 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_255 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_256 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_257 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_258 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_259 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_260 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_261 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_262 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_263 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_264 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_265 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_266 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_267 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_268 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_269 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_270 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_271 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_272 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_273 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_274 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_275 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_276 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_277 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_278 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_279 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_281 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_282 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_283 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_284 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_285 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_286 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_287 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_288 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_290 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_291 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_292 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_293 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_294 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_295 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_296 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_298 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_299 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_300 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_301 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_302 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_303 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_304 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_305 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_306 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_307 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_308 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_309 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_310 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_311 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_312 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_313 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_314 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_315 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_316 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_317 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_318 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_319 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_320 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_321 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_322 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_323 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_324 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_325 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_326 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_327 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_328 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_329 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_330 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_331 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_332 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_333 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_334 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_335 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_336 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_337 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_339 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_340 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_341 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_342 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_343 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_344 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_346 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_347 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_348 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_349 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_350 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_351 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_352 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_353 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_354 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_355 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_356 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_357 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_358 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_359 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_360 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_361 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_362 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_363 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_364 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_365 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_366 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_367 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_368 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_369 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_370 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_371 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_372 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_373 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_374 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_375 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_376 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_377 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_378 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_379 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_380 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_381 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_382 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_383 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_384 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_385 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_386 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_387 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_388 7.36e+06 38400 NA NA NA
## MSQ6_AG_389 1.84e+07 127000 NA NA NA
## MSQ6_AG_390 1.69e+07 674000 NA NA NA
## MSQ6_AG_391 1.53e+06 21500 NA NA NA
## MSQ6_AG_392 2.47e+07 483000 NA NA NA
## MSQ6_AG_393 3.92e+07 249000 NA NA NA
## MSQ6_AG_394 3.91e+07 252000 NA NA NA
## MSQ6_AG_395 1.84e+07 208000 NA NA NA
## MSQ6_AG_396 1.43e+07 201000 NA NA NA
## MSQ6_AG_397 1.26e+07 90100 NA NA NA
## MSQ6_AG_398 4.46e+07 18100000 NA NA NA
## MSQ6_AG_399 3.79e+07 483000 NA NA NA
## MSQ6_AG_400 2.40e+07 147000 NA NA NA
## MSQ6_AG_401 3.56e+07 968000 NA NA NA
## MSQ6_AG_402 1.43e+07 725000 NA NA NA
## MSQ6_AG_403 5.93e+07 9750000 NA NA NA
## MSQ6_AG_404 1.00e+08 1070000 NA NA NA
## MSQ6_AG_405 3.52e+07 221000 NA NA NA
## MSQ6_AG_406 2.61e+07 255000 NA NA NA
## MSQ6_AG_407 2.44e+07 268000 NA NA NA
## MSQ6_AG_408 3.81e+07 924000 NA NA NA
## MSQ6_AG_409 4.68e+07 365000 NA NA NA
## MSQ6_AG_410 1.06e+08 617000 NA NA NA
## MSQ6_AG_411 9.34e+07 602000 NA NA NA
## MSQ6_AG_412 2.85e+07 6850000 NA NA NA
## MSQ6_AG_413 4.41e+07 333000 NA NA NA
## MSQ6_AG_414 5.80e+07 556000 NA NA NA
## MSQ6_AG_415 5.76e+07 231000 NA NA NA
## MSQ6_AG_416 3.03e+06 192000 NA NA NA
## MSQ6_AG_417 6.15e+07 497000 NA NA NA
## MSQ6_AG_418 5.52e+07 4270000 NA NA NA
## MSQ6_AG_419 2.93e+07 402000 NA NA NA
## MSQ6_AG_420 4.44e+07 592000 NA NA NA
## MSQ6_AG_421 9.94e+07 535000 NA NA NA
## MSQ6_AG_422 2.62e+07 1810000 NA NA NA
## MSQ6_AG_423 8.83e+07 852000 NA NA NA
## MSQ6_AG_424 9.22e+07 240000 NA NA NA
## MSQ6_AG_425 6.42e+07 557000 NA NA NA
## MSQ6_AG_426 9.21e+07 2430000 NA NA NA
## MSQ6_AG_427 1.11e+08 41900000 NA NA NA
## MSQ6_AG_428 9.63e+07 15000000 NA NA NA
## MSQ6_AG_429 2.97e+08 18000000 NA NA NA
## MSQ6_AG_430 1.20e+08 17400000 NA NA NA
## MSQ6_AG_431 5.07e+08 83300000 NA NA NA
## MSQ6_AG_432 1.04e+08 12500000 NA NA NA
## MSQ6_AG_433 3.08e+07 5340000 NA NA NA
## MSQ6_AG_434 1.86e+08 31400000 NA NA NA
## MSQ6_AG_490 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_491 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_492 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_493 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_494 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_495 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_496 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_497 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_498 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_499 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_500 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_501 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_502 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_503 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_504 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_505 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_506 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_509 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_511 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_512 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_514 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_515 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_516 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_517 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_518 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_519 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_520 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_521 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_522 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_523 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_524 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_525 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_526 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_527 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_528 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_529 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_530 NA NA NA NA NA
## Spermidine Spermine B24_Acetate B24_Propionate B24_Butyrate
## MSQ4_AG_012 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_013 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_014 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_015 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_016 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_017 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_018 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_019 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_020 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_021 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_022 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_023 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_024 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_025 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_027 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_028 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_029 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_030 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_031 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_033 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_034 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_035 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_036 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_037 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_038 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_039 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_040 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_041 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_042 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_043 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_044 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_045 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_046 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_047 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_049 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_050 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_051 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_052 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_053 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_054 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_055 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_056 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_057 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_058 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_059 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_062 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_064 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_065 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_072 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_076 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_077 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_080 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_083 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_084 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_085 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_086 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_087 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_088 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_089 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_091 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_092 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_093 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_095 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_096 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_101 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_103 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_104 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_105 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_106 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_107 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_108 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_109 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_111 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_112 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_113 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_117 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_119 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_121 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_125 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_127 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_128 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_129 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_130 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_131 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_132 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_133 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_135 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_136 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_141 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_143 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_144 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_145 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_148 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_149 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_151 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_152 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_153 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_154 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_155 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_156 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_157 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_159 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_160 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_161 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_162 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_163 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_164 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_165 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_167 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_168 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_169 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_170 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_171 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_172 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_173 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_175 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_176 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_177 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_178 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_179 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_180 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_181 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_183 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_184 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_185 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_186 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_187 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_188 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_189 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_191 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_192 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_193 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_194 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_195 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_196 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_197 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_198 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_201 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_205 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_207 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_208 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_209 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_210 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_211 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_212 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_213 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_215 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_216 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_217 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_218 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_219 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_220 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_221 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_223 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_224 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_225 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_226 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_227 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_228 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_229 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_230 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_231 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_232 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_233 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_234 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_235 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_236 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_237 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_238 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_239 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_240 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_241 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_242 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_243 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_244 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_245 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_247 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_248 NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_249 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_250 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_251 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_252 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_253 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_254 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_255 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_256 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_257 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_258 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_259 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_260 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_261 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_262 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_263 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_264 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_265 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_266 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_267 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_268 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_269 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_270 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_271 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_272 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_273 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_274 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_275 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_276 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_277 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_278 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_279 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_281 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_282 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_283 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_284 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_285 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_286 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_287 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_288 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_290 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_291 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_292 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_293 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_294 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_295 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_296 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_298 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_299 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_300 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_301 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_302 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_303 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_304 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_305 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_306 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_307 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_308 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_309 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_310 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_311 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_312 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_313 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_314 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_315 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_316 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_317 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_318 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_319 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_320 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_321 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_322 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_323 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_324 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_325 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_326 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_327 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_328 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_329 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_330 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_331 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_332 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_333 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_334 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_335 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_336 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_337 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_339 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_340 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_341 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_342 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_343 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_344 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_346 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_347 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_348 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_349 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_350 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_351 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_352 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_353 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_354 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_355 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_356 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_357 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_358 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_359 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_360 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_361 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_362 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_363 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_364 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_365 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_366 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_367 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_368 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_369 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_370 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_371 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_372 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_373 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_374 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_375 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_376 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_377 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_378 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_379 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_380 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_381 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_382 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_383 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_384 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_385 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_386 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_387 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_388 NA NA 35.042 6.157 4.854
## MSQ6_AG_389 NA NA 42.309 7.751 5.909
## MSQ6_AG_390 NA NA 42.234 6.889 5.705
## MSQ6_AG_391 NA NA 33.957 2.847 7.643
## MSQ6_AG_392 NA NA 52.591 14.767 7.361
## MSQ6_AG_393 NA NA 47.967 10.082 7.990
## MSQ6_AG_394 NA NA 44.142 10.472 8.230
## MSQ6_AG_395 NA NA 61.325 10.666 9.577
## MSQ6_AG_396 NA NA 49.212 10.615 8.490
## MSQ6_AG_397 NA NA 43.532 5.885 10.808
## MSQ6_AG_398 NA NA 43.557 6.323 7.695
## MSQ6_AG_399 NA NA 43.178 9.706 11.763
## MSQ6_AG_400 NA NA 43.129 7.570 11.634
## MSQ6_AG_401 NA NA 52.961 14.023 9.507
## MSQ6_AG_402 NA NA 45.456 8.727 7.941
## MSQ6_AG_403 NA NA 42.449 3.745 3.872
## MSQ6_AG_404 NA NA 44.685 8.222 8.278
## MSQ6_AG_405 NA NA 42.383 8.581 7.299
## MSQ6_AG_406 NA NA 42.374 6.263 7.124
## MSQ6_AG_407 NA NA 42.785 6.478 6.081
## MSQ6_AG_408 NA NA 38.994 6.891 5.238
## MSQ6_AG_409 NA NA 38.766 6.084 5.346
## MSQ6_AG_410 NA NA 41.839 4.994 5.352
## MSQ6_AG_411 NA NA 45.235 6.486 6.220
## MSQ6_AG_412 NA NA 42.752 5.103 5.836
## MSQ6_AG_413 NA NA 42.962 4.288 4.468
## MSQ6_AG_414 NA NA 42.644 5.281 3.711
## MSQ6_AG_415 NA NA 39.557 3.525 7.333
## MSQ6_AG_416 NA NA 32.876 1.922 1.108
## MSQ6_AG_417 NA NA 39.641 6.139 4.911
## MSQ6_AG_418 NA NA 45.913 8.426 7.029
## MSQ6_AG_419 NA NA 40.378 5.077 5.000
## MSQ6_AG_420 NA NA 44.921 8.815 9.052
## MSQ6_AG_421 NA NA 40.332 2.766 3.897
## MSQ6_AG_422 NA NA 39.582 7.554 8.683
## MSQ6_AG_423 NA NA 35.387 8.234 10.618
## MSQ6_AG_424 NA NA 41.176 7.429 7.477
## MSQ6_AG_425 NA NA 37.701 5.163 4.153
## MSQ6_AG_426 NA NA 29.728 0.289 2.262
## MSQ6_AG_427 NA NA 43.787 6.130 13.191
## MSQ6_AG_428 NA NA 41.653 4.921 13.734
## MSQ6_AG_429 NA NA 48.924 7.750 18.915
## MSQ6_AG_430 NA NA 43.760 6.934 18.147
## MSQ6_AG_431 NA NA 49.028 6.462 16.515
## MSQ6_AG_432 NA NA 46.173 5.278 14.914
## MSQ6_AG_433 NA NA 45.913 6.601 16.091
## MSQ6_AG_434 NA NA 46.394 6.434 16.829
## MSQ6_AG_490 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_491 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_492 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_493 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_494 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_495 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_496 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_497 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_498 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_499 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_500 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_501 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_502 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_503 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_504 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_505 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_506 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_509 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_511 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_512 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_514 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_515 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_516 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_517 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_518 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_519 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_520 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_521 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_522 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_523 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_524 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_525 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_526 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_527 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_528 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_529 NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_530 NA NA NA NA NA
## B24_Formate B24_Succinate B24_Lactate B24_BCFA succinate lactate
## MSQ4_AG_012 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_013 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_014 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_015 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_016 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_017 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_018 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_019 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_020 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_021 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_022 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_023 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_024 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_025 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_027 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_028 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_029 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_030 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_031 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_033 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_034 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_035 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_036 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_037 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_038 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_039 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_040 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_041 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_042 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_043 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_044 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_045 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_046 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_047 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_049 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_050 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_051 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_052 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_053 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_054 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_055 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_056 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_057 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_058 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_059 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_062 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_064 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_065 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_072 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_076 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_077 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_080 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_083 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_084 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_085 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_086 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_087 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_088 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_089 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_091 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_092 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_093 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_095 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_096 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_101 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_103 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_104 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_105 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_106 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_107 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_108 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_109 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_111 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_112 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_113 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_117 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_119 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_121 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_125 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_127 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_128 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_129 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_130 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_131 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_132 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_133 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_135 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_136 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_141 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_143 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_144 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_145 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_148 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_149 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_151 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_152 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_153 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_154 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_155 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_156 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_157 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_159 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_160 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_161 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_162 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_163 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_164 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_165 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_167 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_168 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_169 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_170 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_171 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_172 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_173 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_175 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_176 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_177 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_178 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_179 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_180 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_181 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_183 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_184 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_185 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_186 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_187 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_188 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_189 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_191 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_192 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_193 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_194 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_195 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_196 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_197 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_198 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_201 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_205 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_207 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_208 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_209 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_210 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_211 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_212 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_213 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_215 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_216 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_217 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_218 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_219 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_220 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_221 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_223 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_224 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_225 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_226 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_227 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_228 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_229 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_230 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_231 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_232 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_233 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_234 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_235 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_236 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_237 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_238 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_239 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_240 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_241 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_242 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_243 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_244 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_245 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_247 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_248 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_249 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_250 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_251 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_252 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_253 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_254 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_255 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_256 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_257 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_258 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_259 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_260 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_261 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_262 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_263 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_264 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_265 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_266 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_267 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_268 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_269 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_270 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_271 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_272 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_273 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_274 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_275 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_276 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_277 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_278 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_279 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_281 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_282 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_283 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_284 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_285 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_286 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_287 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_288 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_290 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_291 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_292 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_293 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_294 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_295 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_296 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_298 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_299 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_300 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_301 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_302 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_303 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_304 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_305 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_306 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_307 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_308 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_309 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_310 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_311 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_312 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_313 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_314 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_315 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_316 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_317 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_318 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_319 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_320 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_321 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_322 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_323 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_324 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_325 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_326 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_327 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_328 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_329 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_330 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_331 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_332 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_333 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_334 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_335 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_336 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_337 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_339 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_340 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_341 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_342 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_343 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_344 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_346 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_347 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_348 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_349 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_350 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_351 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_352 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_353 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_354 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_355 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_356 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_357 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_358 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_359 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_360 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_361 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_362 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_363 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_364 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_365 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_366 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_367 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_368 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_369 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_370 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_371 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_372 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_373 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_374 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_375 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_376 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_377 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_378 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_379 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_380 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_381 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_382 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_383 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_384 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_385 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_386 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_387 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_388 11.707 8.989 41.836 0.695 NA NA
## MSQ6_AG_389 15.180 9.582 30.188 0.617 NA NA
## MSQ6_AG_390 16.060 9.634 27.677 1.019 NA NA
## MSQ6_AG_391 15.813 10.198 24.320 0.877 NA NA
## MSQ6_AG_392 3.966 1.683 25.992 0.690 NA NA
## MSQ6_AG_393 10.851 8.696 26.339 0.749 NA NA
## MSQ6_AG_394 12.175 11.741 28.752 0.731 NA NA
## MSQ6_AG_395 3.129 5.857 11.151 1.204 NA NA
## MSQ6_AG_396 13.086 5.547 29.053 0.895 NA NA
## MSQ6_AG_397 12.972 5.622 18.871 1.009 NA NA
## MSQ6_AG_398 14.123 8.482 30.430 0.799 NA NA
## MSQ6_AG_399 14.843 8.327 27.612 0.694 NA NA
## MSQ6_AG_400 13.931 6.051 27.165 0.000 NA NA
## MSQ6_AG_401 11.311 1.124 25.495 0.000 NA NA
## MSQ6_AG_402 16.442 7.759 27.709 0.670 NA NA
## MSQ6_AG_403 15.441 9.949 28.228 0.661 NA NA
## MSQ6_AG_404 14.178 9.474 26.945 0.763 NA NA
## MSQ6_AG_405 16.580 7.370 30.001 0.745 NA NA
## MSQ6_AG_406 16.207 6.674 27.838 0.979 NA NA
## MSQ6_AG_407 16.354 8.785 29.345 0.592 NA NA
## MSQ6_AG_408 16.800 7.786 30.026 0.214 NA NA
## MSQ6_AG_409 17.418 7.827 28.182 0.701 NA NA
## MSQ6_AG_410 17.492 10.929 29.198 0.697 NA NA
## MSQ6_AG_411 12.265 8.263 25.555 0.557 NA NA
## MSQ6_AG_412 16.331 8.072 27.443 0.721 NA NA
## MSQ6_AG_413 16.921 9.140 30.920 0.626 NA NA
## MSQ6_AG_414 17.114 10.090 30.254 0.694 NA NA
## MSQ6_AG_415 15.891 8.753 22.094 0.720 NA NA
## MSQ6_AG_416 23.681 13.715 22.204 0.597 NA NA
## MSQ6_AG_417 16.886 8.096 29.684 0.680 NA NA
## MSQ6_AG_418 15.046 5.494 27.890 0.662 NA NA
## MSQ6_AG_419 16.341 7.275 30.717 0.618 NA NA
## MSQ6_AG_420 12.466 9.413 26.532 0.608 NA NA
## MSQ6_AG_421 16.838 9.878 30.102 0.594 NA NA
## MSQ6_AG_422 16.186 9.075 28.482 0.708 NA NA
## MSQ6_AG_423 14.024 4.499 26.903 1.275 NA NA
## MSQ6_AG_424 18.661 7.173 27.713 0.734 NA NA
## MSQ6_AG_425 16.216 7.830 30.881 0.799 NA NA
## MSQ6_AG_426 26.442 5.627 32.486 0.653 NA NA
## MSQ6_AG_427 13.521 9.288 18.025 0.670 NA NA
## MSQ6_AG_428 13.260 11.243 18.094 0.713 NA NA
## MSQ6_AG_429 3.695 8.286 16.113 1.495 NA NA
## MSQ6_AG_430 7.631 8.637 15.670 1.201 NA NA
## MSQ6_AG_431 3.642 8.543 11.993 0.908 NA NA
## MSQ6_AG_432 12.873 9.189 15.887 0.840 NA NA
## MSQ6_AG_433 15.355 7.596 13.592 1.205 NA NA
## MSQ6_AG_434 15.319 8.219 16.342 1.091 NA NA
## MSQ6_AG_490 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_491 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_492 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_493 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_494 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_495 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_496 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_497 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_498 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_499 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_500 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_501 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_502 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_503 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_504 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_505 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_506 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_509 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_511 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_512 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_514 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_515 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_516 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_517 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_518 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_519 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_520 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_521 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_522 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_523 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_524 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_525 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_526 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_527 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_528 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_529 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_530 NA NA NA NA NA NA
## formate acetate propionate isobutyrate butyrate isovalerate
## MSQ4_AG_012 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_013 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_014 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_015 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_016 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_017 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_018 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_019 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_020 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_021 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_022 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_023 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_024 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_025 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_027 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_028 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_029 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_030 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_031 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_033 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_034 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_035 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_036 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_037 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_038 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_039 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_040 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_041 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_042 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_043 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_044 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_045 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_046 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_047 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_049 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_050 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_051 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_052 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_053 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_054 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_055 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_056 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_057 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_058 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_059 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_062 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_064 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_065 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_072 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_076 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_077 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_080 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_083 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_084 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_085 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_086 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_087 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_088 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_089 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_091 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_092 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_093 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_095 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_096 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_101 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_103 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_104 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_105 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_106 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_107 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_108 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_109 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_111 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_112 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_113 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_117 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_119 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_121 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_125 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_127 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_128 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_129 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_130 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_131 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_132 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_133 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_135 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_136 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_141 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_143 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_144 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_145 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_148 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_149 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_151 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_152 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_153 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_154 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_155 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_156 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_157 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_159 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_160 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_161 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_162 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_163 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_164 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_165 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_167 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_168 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_169 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_170 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_171 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_172 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_173 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_175 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_176 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_177 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_178 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_179 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_180 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_181 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_183 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_184 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_185 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_186 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_187 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_188 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_189 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_191 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_192 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_193 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_194 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_195 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_196 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_197 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_198 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_201 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_205 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_207 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_208 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_209 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_210 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_211 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_212 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_213 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_215 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_216 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_217 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_218 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_219 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_220 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_221 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_223 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_224 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_225 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_226 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_227 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_228 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_229 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_230 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_231 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_232 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_233 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_234 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_235 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_236 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_237 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_238 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_239 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_240 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_241 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_242 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_243 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_244 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_245 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_247 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_248 NA NA NA NA NA NA
## MSQ4_AG_249 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_250 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_251 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_252 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_253 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_254 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_255 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_256 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_257 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_258 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_259 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_260 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_261 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_262 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_263 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_264 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_265 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_266 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_267 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_268 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_269 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_270 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_271 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_272 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_273 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_274 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_275 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_276 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_277 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_278 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_279 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_281 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_282 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_283 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_284 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_285 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_286 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_287 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_288 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_290 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_291 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_292 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_293 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_294 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_295 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_296 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_298 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_299 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_300 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_301 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_302 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_303 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_304 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_305 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_306 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_307 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_308 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_309 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_310 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_311 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_312 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_313 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_314 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_315 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_316 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_317 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_318 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_319 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_320 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_321 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_322 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_323 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_324 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_325 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_326 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_327 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_328 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_329 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_330 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_331 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_332 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_333 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_334 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_335 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_336 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_337 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_339 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_340 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_341 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_342 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_343 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_344 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_346 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_347 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_348 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_349 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_350 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_351 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_352 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_353 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_354 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_355 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_356 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_357 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_358 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_359 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_360 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_361 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_362 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_363 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_364 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_365 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_366 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_367 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_368 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_369 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_370 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_371 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_372 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_373 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_374 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_375 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_376 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_377 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_378 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_379 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_380 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_381 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_382 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_383 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_384 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_385 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_386 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_387 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_388 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_389 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_390 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_391 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_392 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_393 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_394 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_395 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_396 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_397 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_398 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_399 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_400 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_401 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_402 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_403 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_404 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_405 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_406 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_407 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_408 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_409 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_410 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_411 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_412 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_413 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_414 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_415 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_416 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_417 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_418 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_419 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_420 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_421 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_422 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_423 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_424 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_425 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_426 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_427 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_428 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_429 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_430 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_431 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_432 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_433 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_434 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_490 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_491 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_492 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_493 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_494 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_495 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_496 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_497 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_498 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_499 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_500 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_501 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_502 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_503 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_504 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_505 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_506 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_509 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_511 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_512 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_514 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_515 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_516 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_517 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_518 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_519 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_520 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_521 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_522 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_523 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_524 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_525 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_526 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_527 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_528 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_529 NA NA NA NA NA NA
## MSQ6_AG_530 NA NA NA NA NA NA
## valerate BCFA total is.neg period day_fermentation_d IR_TR
## MSQ4_AG_012 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_013 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_014 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_015 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_016 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_017 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_018 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_019 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_020 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_021 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_022 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_023 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_024 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_025 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_027 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_028 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_029 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_030 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_031 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_033 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_034 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_035 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_036 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_037 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_038 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_039 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_040 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_041 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_042 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_043 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_044 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_045 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_046 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_047 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_049 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_050 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_051 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_052 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_053 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_054 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_055 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_056 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_057 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_058 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_059 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_062 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_064 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_065 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_072 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_076 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_077 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_080 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_083 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_084 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_085 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_086 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_087 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_088 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_089 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_091 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_092 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_093 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_095 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_096 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_101 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_103 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_104 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_105 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_106 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_107 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_108 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_109 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_111 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_112 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_113 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_117 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_119 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_121 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_125 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_127 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_128 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_129 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_130 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_131 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_132 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_133 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_135 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_136 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_141 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_143 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_144 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_145 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_148 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_149 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_151 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_152 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_153 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_154 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_155 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_156 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_157 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_159 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_160 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_161 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_162 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_163 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_164 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_165 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_167 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_168 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_169 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_170 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_171 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_172 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_173 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_175 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_176 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_177 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_178 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_179 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_180 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_181 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_183 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_184 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_185 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_186 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_187 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_188 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_189 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_191 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_192 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_193 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_194 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_195 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_196 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_197 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_198 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_201 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_205 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_207 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_208 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_209 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_210 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_211 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_212 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_213 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_215 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_216 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_217 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_218 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_219 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_220 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_221 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_223 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_224 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_225 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_226 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_227 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_228 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_229 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_230 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_231 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_232 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_233 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_234 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_235 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_236 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_237 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_238 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_239 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_240 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_241 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_242 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_243 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_244 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_245 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_247 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_248 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ4_AG_249 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_250 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_251 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_252 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_253 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_254 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_255 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_256 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_257 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_258 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_259 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_260 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_261 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_262 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_263 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_264 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_265 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_266 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_267 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_268 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_269 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_270 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_271 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_272 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_273 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_274 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_275 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_276 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_277 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_278 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_279 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_281 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_282 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_283 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_284 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_285 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_286 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_287 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_288 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_290 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_291 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_292 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_293 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_294 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_295 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_296 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_298 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_299 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_300 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_301 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_302 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_303 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_304 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_305 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_306 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_307 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_308 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_309 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_310 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_311 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_312 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_313 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_314 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_315 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_316 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_317 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_318 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_319 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_320 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_321 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_322 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_323 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_324 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_325 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_326 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_327 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_328 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_329 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_330 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_331 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_332 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_333 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_334 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_335 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_336 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_337 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_339 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_340 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_341 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_342 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_343 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_344 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_346 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_347 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_348 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_349 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_350 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_351 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_352 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_353 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_354 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_355 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_356 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_357 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_358 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_359 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_360 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_361 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_362 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_363 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_364 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_365 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_366 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_367 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_368 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_369 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_370 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_371 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_372 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_373 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_374 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_375 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_376 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_377 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_378 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_379 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_380 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_381 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_382 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_383 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_384 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_385 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_386 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_387 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_388 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_389 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_390 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_391 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_392 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_393 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_394 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_395 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_396 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_397 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_398 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_399 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_400 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_401 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_402 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_403 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_404 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_405 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_406 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_407 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_408 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_409 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_410 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_411 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_412 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_413 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_414 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_415 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_416 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_417 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_418 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_419 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_420 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_421 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_422 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_423 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_424 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_425 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_426 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_427 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_428 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_429 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_430 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_431 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_432 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_433 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_434 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_490 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_491 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_492 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_493 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_494 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_495 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_496 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_497 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_498 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_499 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_500 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_501 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_502 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_503 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_504 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_505 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_506 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_509 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_511 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_512 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_514 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_515 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_516 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_517 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_518 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_519 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_520 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_521 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_522 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_523 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_524 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_525 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_526 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_527 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_528 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_529 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## MSQ6_AG_530 NA NA NA FALSE pNA NA <NA>
## Stab_Treat experiment_period period_treat period_reactor
## MSQ4_AG_012 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_013 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_014 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_015 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_016 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_017 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_018 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_019 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_020 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_021 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_022 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_023 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_024 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_025 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_027 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_028 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_029 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_030 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_031 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_033 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_034 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_035 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_036 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_037 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_038 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_039 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_040 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_041 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_042 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_043 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_044 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_045 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_046 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_047 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_049 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_050 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_051 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_052 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_053 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_054 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_055 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_056 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_057 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_058 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_059 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_062 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_064 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_065 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_072 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_076 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_077 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_080 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_083 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_084 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_085 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_086 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_087 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_088 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_089 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_091 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_092 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_093 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_095 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_096 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_101 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_103 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_104 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_105 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_106 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_107 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_108 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_109 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_111 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_112 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_113 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_117 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_119 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_121 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_125 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_127 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_128 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_129 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_130 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_131 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_132 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_133 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_135 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_136 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_141 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_143 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_144 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_145 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_148 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_149 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_151 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_152 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_153 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_154 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_155 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_156 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_157 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_159 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_160 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_161 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_162 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_163 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_164 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_165 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_167 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_168 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_169 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_170 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_171 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_172 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_173 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_175 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_176 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_177 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_178 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_179 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_180 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_181 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_183 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_184 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_185 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_186 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_187 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_188 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_189 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_191 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_192 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_193 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_194 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_195 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_196 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_197 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_198 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_201 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_205 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_207 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_208 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_209 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_210 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_211 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_212 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_213 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_215 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_216 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_217 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_218 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_219 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_220 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_221 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_223 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_224 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_225 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_226 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_227 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_228 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_229 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_230 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_231 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_232 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_233 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_234 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_235 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_236 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_237 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_238 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_239 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_240 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_241 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_242 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_243 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_244 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_245 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_247 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_248 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ4_AG_249 <NA> mIMT_1_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_250 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_251 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_252 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_253 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_254 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_255 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_256 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_257 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_258 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_259 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_260 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_261 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_262 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_263 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_264 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_265 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_266 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_267 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_268 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_269 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_270 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_271 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_272 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_273 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_274 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_275 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_276 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_277 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_278 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_279 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_281 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_282 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_283 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_284 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_285 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_286 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_287 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_288 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_290 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_291 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_292 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_293 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_294 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_295 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_296 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_298 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_299 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_300 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_301 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_302 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_303 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_304 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_305 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_306 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_307 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_308 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_309 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_310 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_311 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_312 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_313 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_314 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_315 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_316 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_317 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_318 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_319 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_320 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_321 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_322 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_323 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_324 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_325 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_326 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_327 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_328 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_329 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_330 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_331 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_332 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_333 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_334 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_335 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_336 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_337 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_339 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_340 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_341 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_342 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_343 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_344 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_346 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_347 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_348 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_349 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_350 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_351 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_352 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_353 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_354 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_355 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_356 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_357 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_358 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_359 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_360 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_361 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_362 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_363 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_364 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_365 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_366 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_367 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_368 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_369 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_370 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_371 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_372 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_373 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_374 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_375 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_376 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_377 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_378 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_379 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_380 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_381 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_382 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_383 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_384 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_385 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_386 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_387 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_388 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_389 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_390 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_391 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_392 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_393 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_394 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_395 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_396 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_397 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_398 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_399 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_400 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_401 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_402 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_403 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_404 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_405 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_406 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_407 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_408 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_409 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_410 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_411 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_412 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_413 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_414 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_415 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_416 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_417 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_418 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_419 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_420 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_421 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_422 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_423 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_424 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_425 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_426 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_427 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_428 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_429 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_430 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_431 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_432 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_433 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_434 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_490 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_491 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_492 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_493 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_494 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_495 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_496 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_497 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_498 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_499 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_500 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_501 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_502 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_503 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_504 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_505 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_506 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_509 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_511 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_512 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_514 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_515 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_516 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_517 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_518 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_519 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_520 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_521 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_522 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_523 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_524 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_525 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_526 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_527 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_528 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_529 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## MSQ6_AG_530 <NA> mIMT_2_NA <NA> pNA_NA
## treatment_grouped treatment_invivo day_num
## MSQ4_AG_012 H2O none -1
## MSQ4_AG_013 H2O none -1
## MSQ4_AG_014 H2O none -1
## MSQ4_AG_015 H2O none -1
## MSQ4_AG_016 H2O none -1
## MSQ4_AG_017 H2O none -1
## MSQ4_AG_018 H2O none -1
## MSQ4_AG_019 H2O none -1
## MSQ4_AG_020 H2O none -1
## MSQ4_AG_021 H2O none -1
## MSQ4_AG_022 DSS none -1
## MSQ4_AG_023 DSS none -1
## MSQ4_AG_024 DSS none -1
## MSQ4_AG_025 DSS none -1
## MSQ4_AG_027 DSS none -1
## MSQ4_AG_028 DSS none -1
## MSQ4_AG_029 DSS none -1
## MSQ4_AG_030 DSS none -1
## MSQ4_AG_031 DSS none -1
## MSQ4_AG_033 Eubiotic none -1
## MSQ4_AG_034 Eubiotic none -1
## MSQ4_AG_035 Eubiotic none -1
## MSQ4_AG_036 Eubiotic none -1
## MSQ4_AG_037 Dysbiotic none -1
## MSQ4_AG_038 Dysbiotic none -1
## MSQ4_AG_039 Dysbiotic none -1
## MSQ4_AG_040 Dysbiotic none -1
## MSQ4_AG_041 Dysbiotic none -1
## MSQ4_AG_042 Normobiotic none -1
## MSQ4_AG_043 Normobiotic none -1
## MSQ4_AG_044 Normobiotic none -1
## MSQ4_AG_045 Normobiotic none -1
## MSQ4_AG_046 Normobiotic none -1
## MSQ4_AG_047 H2O none 6
## MSQ4_AG_049 H2O none 6
## MSQ4_AG_050 H2O none 6
## MSQ4_AG_051 H2O none 6
## MSQ4_AG_052 H2O none 6
## MSQ4_AG_053 H2O none 6
## MSQ4_AG_054 H2O none 6
## MSQ4_AG_055 H2O none 6
## MSQ4_AG_056 H2O none 6
## MSQ4_AG_057 DSS DSS 6
## MSQ4_AG_058 DSS DSS 6
## MSQ4_AG_059 DSS DSS 6
## MSQ4_AG_062 DSS DSS 6
## MSQ4_AG_064 DSS DSS 6
## MSQ4_AG_065 DSS DSS 6
## MSQ4_AG_072 Dysbiotic Dysbiotic 6
## MSQ4_AG_076 Dysbiotic Dysbiotic 6
## MSQ4_AG_077 Normobiotic Normobiotic 6
## MSQ4_AG_080 Normobiotic Normobiotic 6
## MSQ4_AG_083 H2O none 12
## MSQ4_AG_084 H2O none 12
## MSQ4_AG_085 H2O none 12
## MSQ4_AG_086 H2O none 12
## MSQ4_AG_087 H2O none 12
## MSQ4_AG_088 H2O none 12
## MSQ4_AG_089 H2O none 12
## MSQ4_AG_091 H2O none 12
## MSQ4_AG_092 DSS DSS 12
## MSQ4_AG_093 DSS DSS 12
## MSQ4_AG_095 DSS DSS 12
## MSQ4_AG_096 DSS DSS 12
## MSQ4_AG_101 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ4_AG_103 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ4_AG_104 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ4_AG_105 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ4_AG_106 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ4_AG_107 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ4_AG_108 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ4_AG_109 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ4_AG_111 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ4_AG_112 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ4_AG_113 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ4_AG_117 H2O none 14
## MSQ4_AG_119 H2O none 14
## MSQ4_AG_121 H2O none 14
## MSQ4_AG_125 H2O none 14
## MSQ4_AG_127 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_128 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_129 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_130 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_131 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_132 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_133 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_135 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ4_AG_136 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ4_AG_141 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ4_AG_143 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ4_AG_144 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ4_AG_145 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ4_AG_148 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ4_AG_149 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ4_AG_151 H2O none 14
## MSQ4_AG_152 H2O none 14
## MSQ4_AG_153 H2O none 14
## MSQ4_AG_154 H2O none 14
## MSQ4_AG_155 H2O none 14
## MSQ4_AG_156 H2O none 14
## MSQ4_AG_157 H2O none 14
## MSQ4_AG_159 H2O none 14
## MSQ4_AG_160 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_161 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_162 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_163 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_164 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_165 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_167 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_168 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_169 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ4_AG_170 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ4_AG_171 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ4_AG_172 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ4_AG_173 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ4_AG_175 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ4_AG_176 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ4_AG_177 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ4_AG_178 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ4_AG_179 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ4_AG_180 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ4_AG_181 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ4_AG_183 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ4_AG_184 H2O none 14
## MSQ4_AG_185 H2O none 14
## MSQ4_AG_186 H2O none 14
## MSQ4_AG_187 H2O none 14
## MSQ4_AG_188 H2O none 14
## MSQ4_AG_189 H2O none 14
## MSQ4_AG_191 H2O none 14
## MSQ4_AG_192 H2O none 14
## MSQ4_AG_193 H2O none 14
## MSQ4_AG_194 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_195 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_196 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_197 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_198 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_201 DSS DSS 14
## MSQ4_AG_205 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ4_AG_207 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ4_AG_208 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ4_AG_209 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ4_AG_210 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ4_AG_211 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ4_AG_212 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ4_AG_213 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ4_AG_215 H2O none 12
## MSQ4_AG_216 H2O none 12
## MSQ4_AG_217 H2O none 12
## MSQ4_AG_218 H2O none 12
## MSQ4_AG_219 H2O none 12
## MSQ4_AG_220 H2O none 12
## MSQ4_AG_221 H2O none 12
## MSQ4_AG_223 DSS DSS 12
## MSQ4_AG_224 DSS DSS 12
## MSQ4_AG_225 DSS DSS 12
## MSQ4_AG_226 DSS DSS 12
## MSQ4_AG_227 DSS DSS 12
## MSQ4_AG_228 DSS DSS 12
## MSQ4_AG_229 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ4_AG_230 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ4_AG_231 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ4_AG_232 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ4_AG_233 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ4_AG_234 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ4_AG_235 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ4_AG_236 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ4_AG_237 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ4_AG_238 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ4_AG_239 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ4_AG_240 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ4_AG_241 H2O none -1
## MSQ4_AG_242 H2O none -1
## MSQ4_AG_243 H2O none -1
## MSQ4_AG_244 DSS none -1
## MSQ4_AG_245 DSS none -1
## MSQ4_AG_247 Dysbiotic none -1
## MSQ4_AG_248 Normobiotic none -1
## MSQ4_AG_249 Normobiotic none -1
## MSQ6_AG_250 Eubiotic none -1
## MSQ6_AG_251 Eubiotic none -1
## MSQ6_AG_252 Eubiotic none -1
## MSQ6_AG_253 Eubiotic none -1
## MSQ6_AG_254 Eubiotic none -1
## MSQ6_AG_255 Eubiotic none -1
## MSQ6_AG_256 Eubiotic none -1
## MSQ6_AG_257 Eubiotic none -1
## MSQ6_AG_258 Dysbiotic none -1
## MSQ6_AG_259 Dysbiotic none -1
## MSQ6_AG_260 Dysbiotic none -1
## MSQ6_AG_261 Dysbiotic none -1
## MSQ6_AG_262 Dysbiotic none -1
## MSQ6_AG_263 Dysbiotic none -1
## MSQ6_AG_264 Dysbiotic none -1
## MSQ6_AG_265 Dysbiotic none -1
## MSQ6_AG_266 Normobiotic none -1
## MSQ6_AG_267 Normobiotic none -1
## MSQ6_AG_268 Normobiotic none -1
## MSQ6_AG_269 Normobiotic none -1
## MSQ6_AG_270 Normobiotic none -1
## MSQ6_AG_271 Normobiotic none -1
## MSQ6_AG_272 Normobiotic none -1
## MSQ6_AG_273 Normobiotic none -1
## MSQ6_AG_274 Predni none -1
## MSQ6_AG_275 Predni none -1
## MSQ6_AG_276 Predni none -1
## MSQ6_AG_277 Predni none -1
## MSQ6_AG_278 Predni none -1
## MSQ6_AG_279 Predni none -1
## MSQ6_AG_281 Predni none -1
## MSQ6_AG_282 DSS none -1
## MSQ6_AG_283 DSS none -1
## MSQ6_AG_284 DSS none -1
## MSQ6_AG_285 DSS none -1
## MSQ6_AG_286 DSS none -1
## MSQ6_AG_287 DSS none -1
## MSQ6_AG_288 DSS none -1
## MSQ6_AG_290 H2O none -1
## MSQ6_AG_291 H2O none -1
## MSQ6_AG_292 H2O none -1
## MSQ6_AG_293 H2O none -1
## MSQ6_AG_294 H2O none -1
## MSQ6_AG_295 H2O none -1
## MSQ6_AG_296 H2O none -1
## MSQ6_AG_298 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ6_AG_299 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ6_AG_300 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ6_AG_301 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ6_AG_302 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ6_AG_303 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ6_AG_304 Eubiotic Eubiotic 12
## MSQ6_AG_305 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ6_AG_306 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ6_AG_307 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ6_AG_308 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ6_AG_309 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ6_AG_310 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ6_AG_311 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ6_AG_312 Dysbiotic Dysbiotic 12
## MSQ6_AG_313 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ6_AG_314 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ6_AG_315 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ6_AG_316 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ6_AG_317 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ6_AG_318 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ6_AG_319 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ6_AG_320 Normobiotic Normobiotic 12
## MSQ6_AG_321 Predni Predni 12
## MSQ6_AG_322 Predni Predni 12
## MSQ6_AG_323 Predni Predni 12
## MSQ6_AG_324 Predni Predni 12
## MSQ6_AG_325 Predni Predni 12
## MSQ6_AG_326 Predni Predni 12
## MSQ6_AG_327 Predni Predni 12
## MSQ6_AG_328 Predni Predni 12
## MSQ6_AG_329 DSS DSS 12
## MSQ6_AG_330 DSS DSS 12
## MSQ6_AG_331 DSS DSS 12
## MSQ6_AG_332 DSS DSS 12
## MSQ6_AG_333 DSS DSS 12
## MSQ6_AG_334 DSS DSS 12
## MSQ6_AG_335 DSS DSS 12
## MSQ6_AG_336 H2O none 12
## MSQ6_AG_337 H2O none 12
## MSQ6_AG_339 H2O none 12
## MSQ6_AG_340 H2O none 12
## MSQ6_AG_341 H2O none 12
## MSQ6_AG_342 H2O none 12
## MSQ6_AG_343 H2O none 12
## MSQ6_AG_344 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ6_AG_346 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ6_AG_347 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ6_AG_348 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ6_AG_349 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ6_AG_350 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ6_AG_351 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_352 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_353 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_354 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_355 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_356 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_357 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_358 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_359 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_360 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_361 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_362 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_363 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_364 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_365 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_366 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_367 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_368 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_369 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_370 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_371 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_372 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_373 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_374 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_375 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_376 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_377 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_378 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_379 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_380 H2O none 14
## MSQ6_AG_381 H2O none 14
## MSQ6_AG_382 H2O none 14
## MSQ6_AG_383 H2O none 14
## MSQ6_AG_384 H2O none 14
## MSQ6_AG_385 H2O none 14
## MSQ6_AG_386 H2O none 14
## MSQ6_AG_387 H2O none 14
## MSQ6_AG_388 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ6_AG_389 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ6_AG_390 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ6_AG_391 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ6_AG_392 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ6_AG_393 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ6_AG_394 Eubiotic Eubiotic 14
## MSQ6_AG_395 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_396 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_397 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_398 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_399 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_400 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_401 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_402 Dysbiotic Dysbiotic 14
## MSQ6_AG_403 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_404 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_405 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_406 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_407 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_408 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_409 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_410 Normobiotic Normobiotic 14
## MSQ6_AG_411 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_412 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_413 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_414 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_415 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_416 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_417 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_418 Predni Predni 14
## MSQ6_AG_419 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_420 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_421 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_422 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_423 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_424 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_425 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_426 DSS DSS 14
## MSQ6_AG_427 H2O none 14
## MSQ6_AG_428 H2O none 14
## MSQ6_AG_429 H2O none 14
## MSQ6_AG_430 H2O none 14
## MSQ6_AG_431 H2O none 14
## MSQ6_AG_432 H2O none 14
## MSQ6_AG_433 H2O none 14
## MSQ6_AG_434 H2O none 14
## MSQ6_AG_490 Eubiotic Eubiotic 6
## MSQ6_AG_491 Eubiotic Eubiotic 6
## MSQ6_AG_492 Eubiotic Eubiotic 6
## MSQ6_AG_493 Eubiotic Eubiotic 6
## MSQ6_AG_494 Eubiotic Eubiotic 6
## MSQ6_AG_495 Dysbiotic Dysbiotic 6
## MSQ6_AG_496 Dysbiotic Dysbiotic 6
## MSQ6_AG_497 Dysbiotic Dysbiotic 6
## MSQ6_AG_498 Dysbiotic Dysbiotic 6
## MSQ6_AG_499 Dysbiotic Dysbiotic 6
## MSQ6_AG_500 Dysbiotic Dysbiotic 6
## MSQ6_AG_501 Dysbiotic Dysbiotic 6
## MSQ6_AG_502 Dysbiotic Dysbiotic 6
## MSQ6_AG_503 Normobiotic Normobiotic 6
## MSQ6_AG_504 Normobiotic Normobiotic 6
## MSQ6_AG_505 Normobiotic Normobiotic 6
## MSQ6_AG_506 Normobiotic Normobiotic 6
## MSQ6_AG_509 Normobiotic Normobiotic 6
## MSQ6_AG_511 Predni Predni 6
## MSQ6_AG_512 Predni Predni 6
## MSQ6_AG_514 Predni Predni 6
## MSQ6_AG_515 Predni Predni 6
## MSQ6_AG_516 Predni Predni 6
## MSQ6_AG_517 DSS DSS 6
## MSQ6_AG_518 DSS DSS 6
## MSQ6_AG_519 DSS DSS 6
## MSQ6_AG_520 DSS DSS 6
## MSQ6_AG_521 DSS DSS 6
## MSQ6_AG_522 DSS DSS 6
## MSQ6_AG_523 H2O none 6
## MSQ6_AG_524 H2O none 6
## MSQ6_AG_525 H2O none 6
## MSQ6_AG_526 H2O none 6
## MSQ6_AG_527 H2O none 6
## MSQ6_AG_528 H2O none 6
## MSQ6_AG_529 H2O none 6
## MSQ6_AG_530 H2O none 6
physeq %>%
subset_samples(sample_type == "Feces" &
experiment == "mIMT_2" &
treatment_grouped %in% c("H2O",
"Eubiotic",
"Dysbiotic",
"DSS")) -> ps_invivo
sample_names(ps_invivo) <- sample_data(ps_invivo)$Sample
ps_invivo %>%
sample_data() %>%
data.frame()
## sample_file input filtered filtered_pc denoisedF denoisedR denoisedF_pc
## S_219 MSQ6_AG_250 44852 44233 0.99 42985 43681 0.97
## S_220 MSQ6_AG_251 72545 72048 0.99 70726 70818 0.98
## S_221 MSQ6_AG_252 76560 76051 0.99 74773 75012 0.98
## S_222 MSQ6_AG_253 62479 62192 1.00 61528 61201 0.99
## S_223 MSQ6_AG_254 78944 78670 1.00 77717 77643 0.99
## S_224 MSQ6_AG_255 72930 72622 1.00 71294 71600 0.98
## S_225 MSQ6_AG_256 194545 193572 0.99 191373 191090 0.99
## S_226 MSQ6_AG_257 62034 61405 0.99 60035 60599 0.98
## S_227 MSQ6_AG_258 77255 76602 0.99 75092 75664 0.98
## S_228 MSQ6_AG_259 58784 58444 0.99 57469 57504 0.98
## S_229 MSQ6_AG_260 65923 65701 1.00 64821 65102 0.99
## S_230 MSQ6_AG_261 51065 50870 1.00 50385 50108 0.99
## S_231 MSQ6_AG_262 123400 123134 1.00 122255 122251 0.99
## S_232 MSQ6_AG_263 60612 60294 0.99 59542 59544 0.99
## S_233 MSQ6_AG_264 66974 66745 1.00 65951 65893 0.99
## S_234 MSQ6_AG_265 59225 58828 0.99 57814 57973 0.98
## S_251 MSQ6_AG_282 46134 45771 0.99 44977 45491 0.98
## S_252 MSQ6_AG_283 43200 42935 0.99 41926 42309 0.98
## S_253 MSQ6_AG_284 61771 61392 0.99 60360 60789 0.98
## S_254 MSQ6_AG_285 52064 51842 1.00 51293 51367 0.99
## S_255 MSQ6_AG_286 60985 60720 1.00 60048 60142 0.99
## S_256 MSQ6_AG_287 58725 58433 1.00 57619 57826 0.99
## S_257 MSQ6_AG_288 53218 52990 1.00 52344 52408 0.99
## S_259 MSQ6_AG_290 35191 34713 0.99 33684 34288 0.97
## S_260 MSQ6_AG_291 59786 59402 0.99 58312 58638 0.98
## S_261 MSQ6_AG_292 71389 70960 0.99 69815 70122 0.98
## S_262 MSQ6_AG_293 48071 47899 1.00 47393 47356 0.99
## S_263 MSQ6_AG_294 60459 60267 1.00 59414 59486 0.99
## S_264 MSQ6_AG_295 56699 56368 0.99 55608 55822 0.99
## S_265 MSQ6_AG_296 52415 52164 1.00 51488 51508 0.99
## S_267 MSQ6_AG_298 40629 40017 0.98 37962 39383 0.95
## S_268 MSQ6_AG_299 67522 67104 0.99 65052 65909 0.97
## S_269 MSQ6_AG_300 62759 62323 0.99 60618 61516 0.97
## S_270 MSQ6_AG_301 51923 51673 1.00 50793 51026 0.98
## S_271 MSQ6_AG_302 67574 67308 1.00 66518 66567 0.99
## S_272 MSQ6_AG_303 69843 69434 0.99 68180 68564 0.98
## S_273 MSQ6_AG_304 53162 52908 1.00 52171 52277 0.99
## S_274 MSQ6_AG_305 89399 88860 0.99 86777 87744 0.98
## S_275 MSQ6_AG_306 47024 46664 0.99 46031 46150 0.99
## S_276 MSQ6_AG_307 52772 52491 0.99 51730 51714 0.99
## S_277 MSQ6_AG_308 57920 57707 1.00 56978 56801 0.99
## S_278 MSQ6_AG_309 45769 45629 1.00 45263 44921 0.99
## S_279 MSQ6_AG_310 69581 69393 1.00 68667 68504 0.99
## S_280 MSQ6_AG_311 51654 51454 1.00 50897 50887 0.99
## S_281 MSQ6_AG_312 47303 47147 1.00 46707 46496 0.99
## S_298 MSQ6_AG_329 45576 45320 0.99 44563 44714 0.98
## S_299 MSQ6_AG_330 37551 37094 0.99 36164 36676 0.97
## S_300 MSQ6_AG_331 49047 48750 0.99 47852 48161 0.98
## S_301 MSQ6_AG_332 55629 55307 0.99 54626 54653 0.99
## S_302 MSQ6_AG_333 39112 38954 1.00 38658 38534 0.99
## S_303 MSQ6_AG_334 56158 55984 1.00 54978 55559 0.98
## S_304 MSQ6_AG_335 56174 55990 1.00 54558 55582 0.97
## S_305 MSQ6_AG_336 49080 48860 1.00 48261 48353 0.99
## S_306 MSQ6_AG_337 51145 50825 0.99 50082 50314 0.99
## S_308 MSQ6_AG_339 61065 60799 1.00 59746 59875 0.98
## S_309 MSQ6_AG_340 49604 49210 0.99 48411 48539 0.98
## S_310 MSQ6_AG_341 39676 39568 1.00 39079 39070 0.99
## S_311 MSQ6_AG_342 67509 67341 1.00 66594 66566 0.99
## S_312 MSQ6_AG_343 54562 54327 1.00 53556 53619 0.99
## S_313 MSQ6_AG_344 51990 51826 1.00 51343 51218 0.99
## S_315 MSQ6_AG_346 56389 56103 0.99 55311 55282 0.99
## S_316 MSQ6_AG_347 52602 52284 0.99 51592 51797 0.99
## S_317 MSQ6_AG_348 55353 55045 0.99 54304 54490 0.99
## S_318 MSQ6_AG_349 47228 47005 1.00 46369 46415 0.99
## S_319 MSQ6_AG_350 51051 50825 1.00 50302 50300 0.99
## S_320 MSQ6_AG_351 50339 50129 1.00 49527 49544 0.99
## S_321 MSQ6_AG_352 53955 53733 1.00 53035 53076 0.99
## S_322 MSQ6_AG_353 50561 50357 1.00 49892 49982 0.99
## S_323 MSQ6_AG_354 55667 55424 1.00 54749 54623 0.99
## S_324 MSQ6_AG_355 53070 52783 0.99 52078 52396 0.99
## S_325 MSQ6_AG_356 43764 43485 0.99 42777 43048 0.98
## S_326 MSQ6_AG_357 55187 55049 1.00 54210 54461 0.98
## S_327 MSQ6_AG_358 44766 44572 1.00 44063 44115 0.99
## S_341 MSQ6_AG_372 51618 51384 1.00 50750 50912 0.99
## S_342 MSQ6_AG_373 38695 38576 1.00 38190 38209 0.99
## S_343 MSQ6_AG_374 31639 31476 0.99 31038 31086 0.99
## S_344 MSQ6_AG_375 57314 57167 1.00 56524 56611 0.99
## S_345 MSQ6_AG_376 26796 26719 1.00 26323 26354 0.99
## S_346 MSQ6_AG_377 42867 42762 1.00 42236 42312 0.99
## S_347 MSQ6_AG_378 49591 49374 1.00 48708 48943 0.99
## S_348 MSQ6_AG_379 49706 49595 1.00 49100 49181 0.99
## S_349 MSQ6_AG_380 82068 81706 1.00 80665 80976 0.99
## S_350 MSQ6_AG_381 52750 52500 1.00 51830 51938 0.99
## S_351 MSQ6_AG_382 73446 73177 1.00 72467 72411 0.99
## S_352 MSQ6_AG_383 69764 69491 1.00 68538 68691 0.99
## S_353 MSQ6_AG_384 61764 61575 1.00 60824 61048 0.99
## S_354 MSQ6_AG_385 52313 52053 1.00 51372 51569 0.99
## S_355 MSQ6_AG_386 51593 51313 0.99 50391 50675 0.98
## S_356 MSQ6_AG_387 46806 46542 0.99 45968 45972 0.99
## S_438 MSQ6_AG_490 66744 66455 1.00 65323 65479 0.98
## S_439 MSQ6_AG_491 65688 65409 1.00 64553 64591 0.99
## S_440 MSQ6_AG_492 42282 42132 1.00 41655 41507 0.99
## S_441 MSQ6_AG_493 70679 70422 1.00 69786 69632 0.99
## S_442 MSQ6_AG_494 64149 63878 1.00 62852 63031 0.98
## S_443 MSQ6_AG_495 66106 65772 0.99 65139 65014 0.99
## S_444 MSQ6_AG_496 67344 67025 1.00 65804 66358 0.98
## S_445 MSQ6_AG_497 47094 46707 0.99 45473 46244 0.97
## S_446 MSQ6_AG_498 67572 67267 1.00 65981 66428 0.98
## S_447 MSQ6_AG_499 67255 66994 1.00 65937 66416 0.98
## S_448 MSQ6_AG_500 57626 57445 1.00 56882 56862 0.99
## S_449 MSQ6_AG_501 69800 69629 1.00 69042 68944 0.99
## S_450 MSQ6_AG_502 66731 66475 1.00 65494 65868 0.99
## S_465 MSQ6_AG_517 69793 69596 1.00 68933 69150 0.99
## S_466 MSQ6_AG_518 73792 73415 0.99 72195 72677 0.98
## S_467 MSQ6_AG_519 64707 64401 1.00 63506 63635 0.99
## S_468 MSQ6_AG_520 69869 69411 0.99 67836 68545 0.98
## S_469 MSQ6_AG_521 22876 22575 0.99 21552 22319 0.95
## S_470 MSQ6_AG_522 70853 70436 0.99 69010 69691 0.98
## S_471 MSQ6_AG_523 66286 66030 1.00 64938 65385 0.98
## S_472 MSQ6_AG_524 63794 63539 1.00 62844 62818 0.99
## S_473 MSQ6_AG_525 76951 76627 1.00 76016 76028 0.99
## S_474 MSQ6_AG_526 61480 61249 1.00 60023 60475 0.98
## S_475 MSQ6_AG_527 65287 65039 1.00 64261 64598 0.99
## S_476 MSQ6_AG_528 62397 61982 0.99 60877 61304 0.98
## S_477 MSQ6_AG_529 40902 40453 0.99 39440 40103 0.97
## S_478 MSQ6_AG_530 67854 67566 1.00 66284 66723 0.98
## denoisedR_pc merged merged_pc tabled chimera_out length_filtered
## S_219 0.99 37694 0.88 37694 26929 26929
## S_220 0.98 63881 0.90 63881 44125 44125
## S_221 0.99 67904 0.91 67904 49814 49814
## S_222 0.98 54905 0.89 54905 42532 42532
## S_223 0.99 68254 0.88 68254 49859 49859
## S_224 0.99 60502 0.85 60502 44187 44187
## S_225 0.99 173270 0.91 173270 124781 124781
## S_226 0.99 53780 0.90 53780 39110 39110
## S_227 0.99 65965 0.88 65965 47209 47209
## S_228 0.98 52534 0.91 52534 39238 39238
## S_229 0.99 59729 0.92 59729 49569 49569
## S_230 0.99 45226 0.90 45226 32999 32999
## S_231 0.99 113946 0.93 113946 89836 89836
## S_232 0.99 53809 0.90 53809 37806 37806
## S_233 0.99 58534 0.89 58534 44726 44726
## S_234 0.99 52635 0.91 52635 37761 37761
## S_251 0.99 42248 0.94 42248 36121 36121
## S_252 0.99 37345 0.89 37345 27664 27664
## S_253 0.99 55612 0.92 55612 39123 39123
## S_254 0.99 47517 0.93 47517 34414 34414
## S_255 0.99 55956 0.93 55956 41213 41213
## S_256 0.99 53508 0.93 53508 39884 39884
## S_257 0.99 48415 0.92 48415 35603 35603
## S_259 0.99 29649 0.88 29649 22393 22393
## S_260 0.99 53165 0.91 53165 37401 37401
## S_261 0.99 63752 0.91 63752 44075 44075
## S_262 0.99 42784 0.90 42784 33102 33102
## S_263 0.99 53184 0.90 53184 39177 39177
## S_264 0.99 51337 0.92 51337 36374 36371
## S_265 0.99 47000 0.91 47000 33074 33074
## S_267 0.98 33276 0.88 33276 25918 25918
## S_268 0.98 58828 0.90 58828 44286 44286
## S_269 0.99 55474 0.92 55474 41040 41040
## S_270 0.99 47109 0.93 47109 33787 33787
## S_271 0.99 62749 0.94 62749 49311 49311
## S_272 0.99 63342 0.93 63342 47625 47625
## S_273 0.99 48976 0.94 48976 38035 38035
## S_274 0.99 80614 0.93 80614 59937 59937
## S_275 0.99 42485 0.92 42485 30890 30890
## S_276 0.99 47698 0.92 47698 36986 36986
## S_277 0.98 52627 0.92 52627 40691 40691
## S_278 0.98 41374 0.91 41374 31897 31897
## S_279 0.99 64030 0.93 64030 47728 47728
## S_280 0.99 47420 0.93 47420 37306 37306
## S_281 0.99 43385 0.93 43385 32803 32803
## S_298 0.99 41344 0.93 41344 32872 32872
## S_299 0.99 32859 0.91 32859 25123 25123
## S_300 0.99 44429 0.93 44429 34215 34215
## S_301 0.99 50825 0.93 50825 39342 39342
## S_302 0.99 36206 0.94 36206 27584 27584
## S_303 0.99 51798 0.94 51798 36753 36753
## S_304 0.99 50705 0.93 50705 34090 34090
## S_305 0.99 43798 0.91 43798 32369 32369
## S_306 0.99 46319 0.92 46319 33486 33486
## S_308 0.98 51026 0.85 51026 37026 37026
## S_309 0.99 43102 0.89 43102 30284 30284
## S_310 0.99 33431 0.86 33431 24770 24770
## S_311 0.99 58799 0.88 58799 41706 41706
## S_312 0.99 47333 0.88 47333 34794 34794
## S_313 0.99 48093 0.94 48093 38160 38160
## S_315 0.99 50234 0.91 50234 37273 37273
## S_316 0.99 48036 0.93 48036 35747 35747
## S_317 0.99 50207 0.92 50207 36364 36364
## S_318 0.99 43142 0.93 43142 32689 32689
## S_319 0.99 46711 0.93 46711 35016 35016
## S_320 0.99 45769 0.92 45769 33891 33891
## S_321 0.99 48984 0.92 48984 35926 35926
## S_322 0.99 47055 0.94 47055 33868 33868
## S_323 0.99 50335 0.92 50335 38224 38224
## S_324 0.99 49621 0.95 49621 41368 41368
## S_325 0.99 39705 0.93 39705 29213 29213
## S_326 0.99 49886 0.92 49886 37943 37943
## S_327 0.99 41415 0.94 41415 33353 33353
## S_341 0.99 47667 0.94 47667 37388 37388
## S_342 0.99 36114 0.95 36114 30253 30253
## S_343 0.99 28431 0.92 28431 22578 22578
## S_344 0.99 52379 0.93 52379 41121 41121
## S_345 0.99 23818 0.90 23818 18120 18120
## S_346 0.99 38771 0.92 38771 30174 30174
## S_347 0.99 45983 0.94 45983 34059 34059
## S_348 0.99 46988 0.96 46988 36536 36536
## S_349 0.99 75663 0.94 75663 54422 54422
## S_350 0.99 48047 0.93 48047 33745 33745
## S_351 0.99 67645 0.93 67645 47662 47662
## S_352 0.99 63239 0.92 63239 45958 45958
## S_353 0.99 56477 0.93 56477 45184 45184
## S_354 0.99 48051 0.94 48051 34946 34946
## S_355 0.99 46169 0.92 46169 32861 32861
## S_356 0.99 41514 0.90 41514 29841 29841
## S_438 0.99 60561 0.93 60561 52584 52584
## S_439 0.99 60150 0.93 60150 50751 50751
## S_440 0.99 38560 0.93 38560 33283 33283
## S_441 0.99 66477 0.95 66477 58699 58699
## S_442 0.99 60377 0.96 60377 58881 58881
## S_443 0.99 61479 0.94 61479 50758 50758
## S_444 0.99 63124 0.96 63124 60863 60863
## S_445 0.99 42723 0.94 42723 36375 36375
## S_446 0.99 61694 0.94 61694 50918 50918
## S_447 0.99 63155 0.96 63155 58042 58042
## S_448 0.99 54043 0.95 54043 46975 46975
## S_449 0.99 65940 0.96 65940 57531 57531
## S_450 0.99 62165 0.95 62165 53894 53894
## S_465 0.99 67008 0.97 67008 63618 63618
## S_466 0.99 68679 0.95 68679 60000 60000
## S_467 0.99 59847 0.94 59847 49010 49010
## S_468 0.99 63359 0.93 63359 53096 53096
## S_469 0.99 19263 0.89 19263 15459 15459
## S_470 0.99 65289 0.95 65289 57063 57063
## S_471 0.99 58034 0.89 58034 43164 43164
## S_472 0.99 57373 0.91 57373 43837 43837
## S_473 0.99 72195 0.95 72195 56134 56134
## S_474 0.99 52673 0.88 52673 37386 37384
## S_475 0.99 60887 0.95 60887 48463 48463
## S_476 0.99 55620 0.91 55620 43056 43056
## S_477 0.99 35722 0.91 35722 27699 27699
## S_478 0.99 57328 0.86 57328 43663 43663
## tabled_pc chimera_out_pc length_filtered_pc Sample reads remove
## S_219 1 0.71 1 S_219 18616 s
## S_220 1 0.69 1 S_220 27311 s
## S_221 1 0.73 1 S_221 28127 s
## S_222 1 0.77 1 S_222 23855 s
## S_223 1 0.73 1 S_223 40793 s
## S_224 1 0.73 1 S_224 37037 s
## S_225 1 0.72 1 S_225 84206 s
## S_226 1 0.73 1 S_226 24313 s
## S_227 1 0.72 1 S_227 30945 s
## S_228 1 0.75 1 S_228 17347 s
## S_229 1 0.83 1 S_229 41233 s
## S_230 1 0.73 1 S_230 17757 s
## S_231 1 0.79 1 S_231 76765 s
## S_232 1 0.70 1 S_232 24326 s
## S_233 1 0.76 1 S_233 30767 s
## S_234 1 0.72 1 S_234 23093 s
## S_251 1 0.85 1 S_251 31371 s
## S_252 1 0.74 1 S_252 19402 s
## S_253 1 0.70 1 S_253 26676 s
## S_254 1 0.72 1 S_254 23704 s
## S_255 1 0.74 1 S_255 29094 s
## S_256 1 0.75 1 S_256 27534 s
## S_257 1 0.74 1 S_257 22057 s
## S_259 1 0.76 1 S_259 15048 s
## S_260 1 0.70 1 S_260 25086 s
## S_261 1 0.69 1 S_261 30359 s
## S_262 1 0.77 1 S_262 22352 s
## S_263 1 0.74 1 S_263 34683 s
## S_264 1 0.71 1 S_264 22771 s
## S_265 1 0.70 1 S_265 26224 s
## S_267 1 0.78 1 S_267 19363 s
## S_268 1 0.75 1 S_268 33058 s
## S_269 1 0.74 1 S_269 30595 s
## S_270 1 0.72 1 S_270 25220 s
## S_271 1 0.79 1 S_271 39359 s
## S_272 1 0.75 1 S_272 34494 s
## S_273 1 0.78 1 S_273 29387 s
## S_274 1 0.74 1 S_274 48529 s
## S_275 1 0.73 1 S_275 20899 s
## S_276 1 0.78 1 S_276 26411 s
## S_277 1 0.77 1 S_277 33269 s
## S_278 1 0.77 1 S_278 24903 s
## S_279 1 0.75 1 S_279 42828 s
## S_280 1 0.79 1 S_280 24629 s
## S_281 1 0.76 1 S_281 28530 s
## S_298 1 0.80 1 S_298 23689 s
## S_299 1 0.76 1 S_299 18327 s
## S_300 1 0.77 1 S_300 23353 s
## S_301 1 0.77 1 S_301 27068 s
## S_302 1 0.76 1 S_302 16367 s
## S_303 1 0.71 1 S_303 34241 s
## S_304 1 0.67 1 S_304 32389 s
## S_305 1 0.74 1 S_305 23822 s
## S_306 1 0.72 1 S_306 20350 s
## S_308 1 0.73 1 S_308 31462 s
## S_309 1 0.70 1 S_309 14098 s
## S_310 1 0.74 1 S_310 20222 s
## S_311 1 0.71 1 S_311 32489 s
## S_312 1 0.74 1 S_312 21782 s
## S_313 1 0.79 1 S_313 24703 s
## S_315 1 0.74 1 S_315 29733 s
## S_316 1 0.74 1 S_316 25822 s
## S_317 1 0.72 1 S_317 25042 s
## S_318 1 0.76 1 S_318 22374 s
## S_319 1 0.75 1 S_319 21462 s
## S_320 1 0.74 1 S_320 24471 s
## S_321 1 0.73 1 S_321 25050 s
## S_322 1 0.72 1 S_322 16390 s
## S_323 1 0.76 1 S_323 26938 s
## S_324 1 0.83 1 S_324 24248 s
## S_325 1 0.74 1 S_325 17733 s
## S_326 1 0.76 1 S_326 34400 s
## S_327 1 0.81 1 S_327 23792 s
## S_341 1 0.78 1 S_341 26245 s
## S_342 1 0.84 1 S_342 23351 s
## S_343 1 0.79 1 S_343 16927 s
## S_344 1 0.79 1 S_344 36013 s
## S_345 1 0.76 1 S_345 16695 s
## S_346 1 0.78 1 S_346 25765 s
## S_347 1 0.74 1 S_347 24392 s
## S_348 1 0.78 1 S_348 35828 s
## S_349 1 0.72 1 S_349 42252 s
## S_350 1 0.70 1 S_350 22422 s
## S_351 1 0.70 1 S_351 35537 s
## S_352 1 0.73 1 S_352 40142 s
## S_353 1 0.80 1 S_353 39030 s
## S_354 1 0.73 1 S_354 26885 s
## S_355 1 0.71 1 S_355 23918 s
## S_356 1 0.72 1 S_356 17693 s
## S_438 1 0.87 1 S_438 42522 s
## S_439 1 0.84 1 S_439 39448 s
## S_440 1 0.86 1 S_440 25183 s
## S_441 1 0.88 1 S_441 41289 s
## S_442 1 0.98 1 S_442 45501 s
## S_443 1 0.83 1 S_443 32594 s
## S_444 1 0.96 1 S_444 47040 s
## S_445 1 0.85 1 S_445 28263 s
## S_446 1 0.83 1 S_446 39328 s
## S_447 1 0.92 1 S_447 48814 s
## S_448 1 0.87 1 S_448 34845 s
## S_449 1 0.87 1 S_449 53167 s
## S_450 1 0.87 1 S_450 46455 s
## S_465 1 0.95 1 S_465 54378 s
## S_466 1 0.87 1 S_466 46183 s
## S_467 1 0.82 1 S_467 40486 s
## S_468 1 0.84 1 S_468 44884 s
## S_469 1 0.80 1 S_469 12799 s
## S_470 1 0.87 1 S_470 47385 s
## S_471 1 0.74 1 S_471 38843 s
## S_472 1 0.76 1 S_472 30577 s
## S_473 1 0.78 1 S_473 33737 s
## S_474 1 0.71 1 S_474 36823 s
## S_475 1 0.80 1 S_475 31171 s
## S_476 1 0.77 1 S_476 32578 s
## S_477 1 0.78 1 S_477 17380 s
## S_478 1 0.76 1 S_478 37773 s
## responsible_seq owner region_1 run experiment Fermentation facility
## S_219 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_220 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_221 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_222 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_223 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_224 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_225 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_226 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_227 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_228 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_229 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_230 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_231 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_232 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_233 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_234 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_251 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_252 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_253 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_254 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_255 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_256 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_257 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_259 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_260 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_261 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_262 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_263 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_264 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_265 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_267 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_268 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_269 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_270 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_271 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_272 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_273 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_274 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_275 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_276 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_277 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_278 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_279 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_280 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_281 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_298 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_299 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_300 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_301 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_302 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_303 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_304 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_305 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_306 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_308 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_309 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_310 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_311 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_312 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_313 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_315 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_316 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_317 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_318 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_319 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_320 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_321 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_322 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_323 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_324 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_325 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_326 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_327 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_341 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_342 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_343 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_344 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_345 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_346 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_347 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_348 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_349 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_350 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_351 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_352 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_353 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_354 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_355 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_356 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_438 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_439 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_440 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_441 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_442 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_443 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_444 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_445 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_446 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_447 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_448 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_449 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_450 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_465 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_466 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_467 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_468 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_469 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_470 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_471 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_472 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_473 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_474 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_475 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_476 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_477 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## S_478 Annelies AG V4 MSQ6 mIMT_2 <NA> Scharl
## day sample_type reactor day_IR day_fermentation treatment_period
## S_219 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_220 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_221 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_222 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_223 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_224 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_225 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_226 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_227 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_228 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_229 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_230 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_231 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_232 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_233 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_234 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_251 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_252 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_253 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_254 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_255 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_256 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_257 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_259 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_260 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_261 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_262 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_263 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_264 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_265 Day_-1 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_267 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_268 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_269 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_270 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_271 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_272 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_273 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_274 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_275 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_276 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_277 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_278 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_279 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_280 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_281 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_298 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_299 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_300 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_301 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_302 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_303 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_304 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_305 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_306 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_308 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_309 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_310 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_311 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_312 Day_12 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_313 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_315 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_316 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_317 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_318 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_319 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_320 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_321 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_322 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_323 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_324 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_325 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_326 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_327 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_341 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_342 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_343 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_344 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_345 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_346 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_347 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_348 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_349 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_350 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_351 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_352 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_353 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_354 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_355 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_356 Day_14 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_438 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_439 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_440 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_441 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_442 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_443 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_444 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_445 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_446 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_447 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_448 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_449 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_450 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_465 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_466 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_467 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_468 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_469 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_470 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_471 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_472 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_473 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_474 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_475 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_476 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_477 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## S_478 Day_6 Feces <NA> NA <NA> <NA>
## sample_label treatment_exvivo treatment mouse_label BW BW_percent
## S_219 <NA> <NA> Eubiotic m_8 20.55 0.000000000
## S_220 <NA> <NA> Eubiotic m_19 21.32 0.000000000
## S_221 <NA> <NA> Eubiotic m_34 20.11 0.000000000
## S_222 <NA> <NA> Eubiotic m_26 21.90 0.000000000
## S_223 <NA> <NA> Eubiotic m_39 20.94 0.000000000
## S_224 <NA> <NA> Eubiotic m_46 21.12 0.000000000
## S_225 <NA> <NA> Eubiotic m_48 20.35 0.000000000
## S_226 <NA> <NA> Eubiotic m_56 20.51 0.000000000
## S_227 <NA> <NA> Dysbiotic m_29 20.95 0.000000000
## S_228 <NA> <NA> Dysbiotic m_13 20.35 0.000000000
## S_229 <NA> <NA> Dysbiotic m_18 21.55 0.000000000
## S_230 <NA> <NA> Dysbiotic m_27 23.18 0.000000000
## S_231 <NA> <NA> Dysbiotic m_32 20.78 0.000000000
## S_232 <NA> <NA> Dysbiotic m_49 20.90 0.000000000
## S_233 <NA> <NA> Dysbiotic m_54 19.70 0.000000000
## S_234 <NA> <NA> Dysbiotic m_35 20.53 0.000000000
## S_251 <NA> <NA> DSS m_7 20.98 0.000000000
## S_252 <NA> <NA> DSS m_10 20.48 0.000000000
## S_253 <NA> <NA> DSS m_11 20.47 0.000000000
## S_254 <NA> <NA> DSS m_24 22.91 0.000000000
## S_255 <NA> <NA> DSS m_28 21.30 0.000000000
## S_256 <NA> <NA> DSS m_36 22.47 0.000000000
## S_257 <NA> <NA> DSS m_51 21.92 0.000000000
## S_259 <NA> <NA> H2O m_2 21.09 0.000000000
## S_260 <NA> <NA> H2O m_21 21.31 0.000000000
## S_261 <NA> <NA> H2O m_22 20.45 0.000000000
## S_262 <NA> <NA> H2O m_25 22.00 0.000000000
## S_263 <NA> <NA> H2O m_37 20.38 0.000000000
## S_264 <NA> <NA> H2O m_44 21.60 0.000000000
## S_265 <NA> <NA> H2O m_52 21.75 0.000000000
## S_267 <NA> <NA> Eubiotic m_8 18.24 0.112408759
## S_268 <NA> <NA> Eubiotic m_19 18.64 0.125703565
## S_269 <NA> <NA> Eubiotic m_34 19.75 0.017901542
## S_270 <NA> <NA> Eubiotic m_26 22.45 -0.025114155
## S_271 <NA> <NA> Eubiotic m_39 20.86 0.003820439
## S_272 <NA> <NA> Eubiotic m_46 20.12 0.047348485
## S_273 <NA> <NA> Eubiotic m_48 19.75 0.029484029
## S_274 <NA> <NA> Dysbiotic m_29 17.62 0.158949881
## S_275 <NA> <NA> Dysbiotic m_13 17.60 0.135135135
## S_276 <NA> <NA> Dysbiotic m_18 17.57 0.184686775
## S_277 <NA> <NA> Dysbiotic m_27 20.47 0.116911130
## S_278 <NA> <NA> Dysbiotic m_32 17.32 0.166506256
## S_279 <NA> <NA> Dysbiotic m_49 17.95 0.141148325
## S_280 <NA> <NA> Dysbiotic m_54 17.25 0.124365482
## S_281 <NA> <NA> Dysbiotic m_35 18.45 0.101315149
## S_298 <NA> <NA> DSS m_7 18.25 0.130123928
## S_299 <NA> <NA> DSS m_10 17.35 0.152832031
## S_300 <NA> <NA> DSS m_11 16.85 0.176844162
## S_301 <NA> <NA> DSS m_24 20.01 0.126582278
## S_302 <NA> <NA> DSS m_28 18.12 0.149295775
## S_303 <NA> <NA> DSS m_36 17.07 0.240320427
## S_304 <NA> <NA> DSS m_51 16.07 0.266879562
## S_305 <NA> <NA> H2O m_2 20.70 -0.018492176
## S_306 <NA> <NA> H2O m_21 21.54 0.010793055
## S_308 <NA> <NA> H2O m_25 21.86 -0.006363636
## S_309 <NA> <NA> H2O m_37 21.16 0.038272816
## S_310 <NA> <NA> H2O m_44 22.97 0.063425926
## S_311 <NA> <NA> H2O m_52 22.07 0.014712644
## S_312 <NA> <NA> H2O m_53 21.47 -0.029823769
## S_313 <NA> <NA> Eubiotic m_19 21.13 0.008911820
## S_315 <NA> <NA> Eubiotic m_34 21.03 -0.045748384
## S_316 <NA> <NA> Eubiotic m_26 21.34 0.025570776
## S_317 <NA> <NA> Eubiotic m_39 22.88 -0.092645654
## S_318 <NA> <NA> Eubiotic m_46 21.81 -0.032670455
## S_319 <NA> <NA> Eubiotic m_48 21.31 -0.047174447
## S_320 <NA> <NA> Dysbiotic m_29 18.02 0.139856802
## S_321 <NA> <NA> Dysbiotic m_13 18.23 0.104176904
## S_322 <NA> <NA> Dysbiotic m_18 18.01 0.164269142
## S_323 <NA> <NA> Dysbiotic m_27 20.95 0.096203624
## S_324 <NA> <NA> Dysbiotic m_32 17.85 0.141000962
## S_325 <NA> <NA> Dysbiotic m_49 18.35 0.122009569
## S_326 <NA> <NA> Dysbiotic m_54 18.52 0.059898477
## S_327 <NA> <NA> Dysbiotic m_35 18.95 0.076960546
## S_341 <NA> <NA> DSS m_7 18.21 0.132030505
## S_342 <NA> <NA> DSS m_10 17.58 0.141601563
## S_343 <NA> <NA> DSS m_11 17.65 0.137762579
## S_344 <NA> <NA> DSS m_24 20.23 0.116979485
## S_345 <NA> <NA> DSS m_28 18.96 0.109859155
## S_346 <NA> <NA> DSS m_36 18.02 0.198041834
## S_347 <NA> <NA> DSS m_51 16.96 0.226277372
## S_348 <NA> <NA> DSS m_55 18.02 0.121404193
## S_349 <NA> <NA> H2O m_2 21.28 0.009009009
## S_350 <NA> <NA> H2O m_21 21.72 0.019239794
## S_351 <NA> <NA> H2O m_22 21.70 0.061124694
## S_352 <NA> <NA> H2O m_25 21.79 -0.009545455
## S_353 <NA> <NA> H2O m_37 21.72 0.065750736
## S_354 <NA> <NA> H2O m_44 23.77 0.100462963
## S_355 <NA> <NA> H2O m_52 21.75 0.000000000
## S_356 <NA> <NA> H2O m_53 22.26 0.005874379
## S_438 <NA> <NA> Eubiotic m_19 20.48 0.039399625
## S_439 <NA> <NA> Eubiotic m_26 20.35 0.070776256
## S_440 <NA> <NA> Eubiotic m_46 20.77 0.016571970
## S_441 <NA> <NA> Eubiotic m_48 19.90 0.022113022
## S_442 <NA> <NA> Eubiotic m_56 19.50 0.049244271
## S_443 <NA> <NA> Dysbiotic m_29 21.32 -0.017661098
## S_444 <NA> <NA> Dysbiotic m_13 20.59 -0.011793612
## S_445 <NA> <NA> Dysbiotic m_18 21.06 0.022737819
## S_446 <NA> <NA> Dysbiotic m_27 22.95 0.009922347
## S_447 <NA> <NA> Dysbiotic m_32 20.91 -0.006256015
## S_448 <NA> <NA> Dysbiotic m_49 20.41 0.023444976
## S_449 <NA> <NA> Dysbiotic m_54 19.93 -0.011675127
## S_450 <NA> <NA> Dysbiotic m_35 20.81 -0.013638578
## S_465 <NA> <NA> DSS m_7 20.98 0.000000000
## S_466 <NA> <NA> DSS m_10 20.42 0.002929687
## S_467 <NA> <NA> DSS m_11 19.93 0.026380068
## S_468 <NA> <NA> DSS m_24 23.81 -0.039284155
## S_469 <NA> <NA> DSS m_28 20.73 0.026760563
## S_470 <NA> <NA> DSS m_36 21.79 0.030262572
## S_471 <NA> <NA> H2O m_2 20.65 -0.020862968
## S_472 <NA> <NA> H2O m_21 21.20 -0.005161896
## S_473 <NA> <NA> H2O m_22 20.90 0.022004890
## S_474 <NA> <NA> H2O m_25 21.68 -0.014545455
## S_475 <NA> <NA> H2O m_37 21.68 0.063788027
## S_476 <NA> <NA> H2O m_44 22.45 0.039351852
## S_477 <NA> <NA> H2O m_52 20.76 -0.045517241
## S_478 <NA> <NA> H2O m_53 21.74 -0.017623136
## BW_delta DAI colon_lenght spleen_weight histo_colo_infilt
## S_219 0.00 0 NA NA NA
## S_220 0.00 0 NA NA NA
## S_221 0.00 0 NA NA NA
## S_222 0.00 0 NA NA NA
## S_223 0.00 0 NA NA NA
## S_224 0.00 0 NA NA NA
## S_225 0.00 0 NA NA NA
## S_226 0.00 0 NA NA NA
## S_227 0.00 0 NA NA NA
## S_228 0.00 0 NA NA NA
## S_229 0.00 0 NA NA NA
## S_230 0.00 0 NA NA NA
## S_231 0.00 0 NA NA NA
## S_232 0.00 0 NA NA NA
## S_233 0.00 0 NA NA NA
## S_234 0.00 0 NA NA NA
## S_251 0.00 0 NA NA NA
## S_252 0.00 0 NA NA NA
## S_253 0.00 0 NA NA NA
## S_254 0.00 0 NA NA NA
## S_255 0.00 0 NA NA NA
## S_256 0.00 0 NA NA NA
## S_257 0.00 0 NA NA NA
## S_259 0.00 0 NA NA NA
## S_260 0.00 0 NA NA NA
## S_261 0.00 0 NA NA NA
## S_262 0.00 0 NA NA NA
## S_263 0.00 0 NA NA NA
## S_264 0.00 0 NA NA NA
## S_265 0.00 0 NA NA NA
## S_267 0.20 1 NA NA NA
## S_268 0.64 1 NA NA NA
## S_269 0.90 0 NA NA NA
## S_270 -0.15 1 NA NA NA
## S_271 1.81 0 NA NA NA
## S_272 0.70 0 NA NA NA
## S_273 0.71 0 NA NA NA
## S_274 0.26 3 NA NA NA
## S_275 0.05 3 NA NA NA
## S_276 0.39 3 NA NA NA
## S_277 -0.46 1 NA NA NA
## S_278 0.24 3 NA NA NA
## S_279 0.18 3 NA NA NA
## S_280 0.20 3 NA NA NA
## S_281 -0.10 3 NA NA NA
## S_298 0.30 3 NA NA NA
## S_299 0.25 3 NA NA NA
## S_300 -0.01 4 NA NA NA
## S_301 -0.35 2 NA NA NA
## S_302 -0.05 3 NA NA NA
## S_303 -0.19 4 NA NA NA
## S_304 0.20 4 NA NA NA
## S_305 -0.02 0 NA NA NA
## S_306 0.74 0 NA NA NA
## S_308 -1.88 0 NA NA NA
## S_309 -0.22 0 NA NA NA
## S_310 0.12 0 NA NA NA
## S_311 0.67 0 NA NA NA
## S_312 -0.87 0 NA NA NA
## S_313 1.32 0 5.2 0.105 1.0
## S_315 0.84 0 5.4 0.086 2.5
## S_316 -0.85 0 6.0 0.095 2.5
## S_317 2.42 0 5.2 0.101 1.0
## S_318 0.59 0 6.1 0.128 1.5
## S_319 0.49 0 5.8 0.101 2.0
## S_320 0.17 2 4.0 0.154 3.0
## S_321 0.38 2 4.2 0.162 4.0
## S_322 0.45 3 4.5 0.144 3.0
## S_323 0.94 0 4.2 0.128 3.5
## S_324 0.50 2 4.6 0.152 2.5
## S_325 0.23 2 4.9 0.129 3.0
## S_326 0.52 0 5.1 0.136 3.0
## S_327 0.41 0 4.3 0.148 1.5
## S_341 0.07 2 4.2 0.147 4.0
## S_342 -0.07 3 4.7 0.123 3.5
## S_343 0.09 2 4.3 0.125 3.0
## S_344 -0.40 3 4.6 0.142 2.5
## S_345 0.42 3 4.4 0.110 4.0
## S_346 0.80 3 4.9 0.183 3.5
## S_347 0.72 4 4.3 0.165 3.5
## S_348 0.06 2 4.2 0.145 4.0
## S_349 0.58 0 7.8 0.065 0.5
## S_350 0.18 0 6.2 0.093 0.0
## S_351 0.54 0 6.9 0.074 1.0
## S_352 -0.07 0 7.1 0.071 0.0
## S_353 0.56 0 6.8 0.067 0.0
## S_354 0.80 0 6.7 0.082 0.0
## S_355 -0.26 0 6.5 0.065 0.0
## S_356 0.79 0 6.9 0.065 0.0
## S_438 -0.93 1 NA NA NA
## S_439 -1.61 2 NA NA NA
## S_440 -0.49 1 NA NA NA
## S_441 -0.43 1 NA NA NA
## S_442 -1.12 1 NA NA NA
## S_443 0.39 2 NA NA NA
## S_444 -0.79 1 NA NA NA
## S_445 -1.04 1 NA NA NA
## S_446 -0.21 0 NA NA NA
## S_447 -0.15 1 NA NA NA
## S_448 -1.00 2 NA NA NA
## S_449 -0.86 1 NA NA NA
## S_450 -0.60 1 NA NA NA
## S_465 -0.93 1 NA NA NA
## S_466 -0.69 1 NA NA NA
## S_467 -0.87 1 NA NA NA
## S_468 0.46 0 NA NA NA
## S_469 -0.70 1 NA NA NA
## S_470 -0.33 2 NA NA NA
## S_471 -0.34 0 NA NA NA
## S_472 0.25 0 NA NA NA
## S_473 -1.05 0 NA NA NA
## S_474 0.38 0 NA NA NA
## S_475 0.43 0 NA NA NA
## S_476 0.52 0 NA NA NA
## S_477 -0.19 0 NA NA NA
## S_478 0.18 0 NA NA NA
## histo_colo_damage histo_colo_total infiltr_CD3 infiltr_Gr1 CM_SCFA
## S_219 NA NA NA NA NA
## S_220 NA NA NA NA NA
## S_221 NA NA NA NA NA
## S_222 NA NA NA NA NA
## S_223 NA NA NA NA NA
## S_224 NA NA NA NA NA
## S_225 NA NA NA NA NA
## S_226 NA NA NA NA NA
## S_227 NA NA NA NA NA
## S_228 NA NA NA NA NA
## S_229 NA NA NA NA NA
## S_230 NA NA NA NA NA
## S_231 NA NA NA NA NA
## S_232 NA NA NA NA NA
## S_233 NA NA NA NA NA
## S_234 NA NA NA NA NA
## S_251 NA NA NA NA NA
## S_252 NA NA NA NA NA
## S_253 NA NA NA NA NA
## S_254 NA NA NA NA NA
## S_255 NA NA NA NA NA
## S_256 NA NA NA NA NA
## S_257 NA NA NA NA NA
## S_259 NA NA NA NA NA
## S_260 NA NA NA NA NA
## S_261 NA NA NA NA NA
## S_262 NA NA NA NA NA
## S_263 NA NA NA NA NA
## S_264 NA NA NA NA NA
## S_265 NA NA NA NA NA
## S_267 NA NA NA NA NA
## S_268 NA NA NA NA NA
## S_269 NA NA NA NA NA
## S_270 NA NA NA NA NA
## S_271 NA NA NA NA NA
## S_272 NA NA NA NA NA
## S_273 NA NA NA NA NA
## S_274 NA NA NA NA NA
## S_275 NA NA NA NA NA
## S_276 NA NA NA NA NA
## S_277 NA NA NA NA NA
## S_278 NA NA NA NA NA
## S_279 NA NA NA NA NA
## S_280 NA NA NA NA NA
## S_281 NA NA NA NA NA
## S_298 NA NA NA NA NA
## S_299 NA NA NA NA NA
## S_300 NA NA NA NA NA
## S_301 NA NA NA NA NA
## S_302 NA NA NA NA NA
## S_303 NA NA NA NA NA
## S_304 NA NA NA NA NA
## S_305 NA NA NA NA NA
## S_306 NA NA NA NA NA
## S_308 NA NA NA NA NA
## S_309 NA NA NA NA NA
## S_310 NA NA NA NA NA
## S_311 NA NA NA NA NA
## S_312 NA NA NA NA NA
## S_313 1.5 2.5 50 65 NA
## S_315 2.0 4.5 49 27 NA
## S_316 2.0 4.5 26 30 NA
## S_317 1.0 2.0 72 12 NA
## S_318 1.0 2.5 26 76 NA
## S_319 2.0 4.0 46 10 NA
## S_320 3.5 6.5 125 130 NA
## S_321 4.0 8.0 89 76 NA
## S_322 2.5 5.5 74 80 NA
## S_323 3.0 6.5 134 145 NA
## S_324 2.5 5.0 186 155 NA
## S_325 4.0 7.0 92 101 NA
## S_326 3.0 6.0 119 89 NA
## S_327 2.0 3.5 78 123 NA
## S_341 4.0 8.0 135 98 NA
## S_342 3.5 7.0 100 142 NA
## S_343 4.0 7.0 144 79 NA
## S_344 3.0 5.5 132 85 NA
## S_345 4.0 8.0 112 97 NA
## S_346 4.0 7.5 97 79 NA
## S_347 4.0 7.5 122 87 NA
## S_348 3.0 7.0 154 115 NA
## S_349 0.0 0.5 15 5 NA
## S_350 0.0 0.0 17 8 NA
## S_351 0.5 1.5 32 14 NA
## S_352 0.0 0.0 18 2 NA
## S_353 0.0 0.0 25 17 NA
## S_354 0.0 0.0 10 33 NA
## S_355 0.0 0.0 8 10 NA
## S_356 0.5 0.5 14 6 NA
## S_438 NA NA NA NA NA
## S_439 NA NA NA NA NA
## S_440 NA NA NA NA NA
## S_441 NA NA NA NA NA
## S_442 NA NA NA NA NA
## S_443 NA NA NA NA NA
## S_444 NA NA NA NA NA
## S_445 NA NA NA NA NA
## S_446 NA NA NA NA NA
## S_447 NA NA NA NA NA
## S_448 NA NA NA NA NA
## S_449 NA NA NA NA NA
## S_450 NA NA NA NA NA
## S_465 NA NA NA NA NA
## S_466 NA NA NA NA NA
## S_467 NA NA NA NA NA
## S_468 NA NA NA NA NA
## S_469 NA NA NA NA NA
## S_470 NA NA NA NA NA
## S_471 NA NA NA NA NA
## S_472 NA NA NA NA NA
## S_473 NA NA NA NA NA
## S_474 NA NA NA NA NA
## S_475 NA NA NA NA NA
## S_476 NA NA NA NA NA
## S_477 NA NA NA NA NA
## S_478 NA NA NA NA NA
## CM_BSCFA CM_total CM_acetate CM_propioNAte CM_butyrate CM_succiNAte
## S_219 NA NA NA NA NA NA
## S_220 NA NA NA NA NA NA
## S_221 NA NA NA NA NA NA
## S_222 NA NA NA NA NA NA
## S_223 NA NA NA NA NA NA
## S_224 NA NA NA NA NA NA
## S_225 NA NA NA NA NA NA
## S_226 NA NA NA NA NA NA
## S_227 NA NA NA NA NA NA
## S_228 NA NA NA NA NA NA
## S_229 NA NA NA NA NA NA
## S_230 NA NA NA NA NA NA
## S_231 NA NA NA NA NA NA
## S_232 NA NA NA NA NA NA
## S_233 NA NA NA NA NA NA
## S_234 NA NA NA NA NA NA
## S_251 NA NA NA NA NA NA
## S_252 NA NA NA NA NA NA
## S_253 NA NA NA NA NA NA
## S_254 NA NA NA NA NA NA
## S_255 NA NA NA NA NA NA
## S_256 NA NA NA NA NA NA
## S_257 NA NA NA NA NA NA
## S_259 NA NA NA NA NA NA
## S_260 NA NA NA NA NA NA
## S_261 NA NA NA NA NA NA
## S_262 NA NA NA NA NA NA
## S_263 NA NA NA NA NA NA
## S_264 NA NA NA NA NA NA
## S_265 NA NA NA NA NA NA
## S_267 NA NA NA NA NA NA
## S_268 NA NA NA NA NA NA
## S_269 NA NA NA NA NA NA
## S_270 NA NA NA NA NA NA
## S_271 NA NA NA NA NA NA
## S_272 NA NA NA NA NA NA
## S_273 NA NA NA NA NA NA
## S_274 NA NA NA NA NA NA
## S_275 NA NA NA NA NA NA
## S_276 NA NA NA NA NA NA
## S_277 NA NA NA NA NA NA
## S_278 NA NA NA NA NA NA
## S_279 NA NA NA NA NA NA
## S_280 NA NA NA NA NA NA
## S_281 NA NA NA NA NA NA
## S_298 NA NA NA NA NA NA
## S_299 NA NA NA NA NA NA
## S_300 NA NA NA NA NA NA
## S_301 NA NA NA NA NA NA
## S_302 NA NA NA NA NA NA
## S_303 NA NA NA NA NA NA
## S_304 NA NA NA NA NA NA
## S_305 NA NA NA NA NA NA
## S_306 NA NA NA NA NA NA
## S_308 NA NA NA NA NA NA
## S_309 NA NA NA NA NA NA
## S_310 NA NA NA NA NA NA
## S_311 NA NA NA NA NA NA
## S_312 NA NA NA NA NA NA
## S_313 NA NA NA NA NA NA
## S_315 NA NA NA NA NA NA
## S_316 NA NA NA NA NA NA
## S_317 NA NA NA NA NA NA
## S_318 NA NA NA NA NA NA
## S_319 NA NA NA NA NA NA
## S_320 NA NA NA NA NA NA
## S_321 NA NA NA NA NA NA
## S_322 NA NA NA NA NA NA
## S_323 NA NA NA NA NA NA
## S_324 NA NA NA NA NA NA
## S_325 NA NA NA NA NA NA
## S_326 NA NA NA NA NA NA
## S_327 NA NA NA NA NA NA
## S_341 NA NA NA NA NA NA
## S_342 NA NA NA NA NA NA
## S_343 NA NA NA NA NA NA
## S_344 NA NA NA NA NA NA
## S_345 NA NA NA NA NA NA
## S_346 NA NA NA NA NA NA
## S_347 NA NA NA NA NA NA
## S_348 NA NA NA NA NA NA
## S_349 NA NA NA NA NA NA
## S_350 NA NA NA NA NA NA
## S_351 NA NA NA NA NA NA
## S_352 NA NA NA NA NA NA
## S_353 NA NA NA NA NA NA
## S_354 NA NA NA NA NA NA
## S_355 NA NA NA NA NA NA
## S_356 NA NA NA NA NA NA
## S_438 NA NA NA NA NA NA
## S_439 NA NA NA NA NA NA
## S_440 NA NA NA NA NA NA
## S_441 NA NA NA NA NA NA
## S_442 NA NA NA NA NA NA
## S_443 NA NA NA NA NA NA
## S_444 NA NA NA NA NA NA
## S_445 NA NA NA NA NA NA
## S_446 NA NA NA NA NA NA
## S_447 NA NA NA NA NA NA
## S_448 NA NA NA NA NA NA
## S_449 NA NA NA NA NA NA
## S_450 NA NA NA NA NA NA
## S_465 NA NA NA NA NA NA
## S_466 NA NA NA NA NA NA
## S_467 NA NA NA NA NA NA
## S_468 NA NA NA NA NA NA
## S_469 NA NA NA NA NA NA
## S_470 NA NA NA NA NA NA
## S_471 NA NA NA NA NA NA
## S_472 NA NA NA NA NA NA
## S_473 NA NA NA NA NA NA
## S_474 NA NA NA NA NA NA
## S_475 NA NA NA NA NA NA
## S_476 NA NA NA NA NA NA
## S_477 NA NA NA NA NA NA
## S_478 NA NA NA NA NA NA
## CM_lactate CB_total CB_intact CB_permeable QPCR_total QPCR_Akkermansia
## S_219 NA NA NA NA NA NA
## S_220 NA NA NA NA NA NA
## S_221 NA NA NA NA NA NA
## S_222 NA NA NA NA NA NA
## S_223 NA NA NA NA NA NA
## S_224 NA NA NA NA NA NA
## S_225 NA NA NA NA NA NA
## S_226 NA NA NA NA NA NA
## S_227 NA NA NA NA NA NA
## S_228 NA NA NA NA NA NA
## S_229 NA NA NA NA NA NA
## S_230 NA NA NA NA NA NA
## S_231 NA NA NA NA NA NA
## S_232 NA NA NA NA NA NA
## S_233 NA NA NA NA NA NA
## S_234 NA NA NA NA NA NA
## S_251 NA NA NA NA NA NA
## S_252 NA NA NA NA NA NA
## S_253 NA NA NA NA NA NA
## S_254 NA NA NA NA NA NA
## S_255 NA NA NA NA NA NA
## S_256 NA NA NA NA NA NA
## S_257 NA NA NA NA NA NA
## S_259 NA NA NA NA NA NA
## S_260 NA NA NA NA NA NA
## S_261 NA NA NA NA NA NA
## S_262 NA NA NA NA NA NA
## S_263 NA NA NA NA NA NA
## S_264 NA NA NA NA NA NA
## S_265 NA NA NA NA NA NA
## S_267 NA NA NA NA NA NA
## S_268 NA NA NA NA NA NA
## S_269 NA NA NA NA NA NA
## S_270 NA NA NA NA NA NA
## S_271 NA NA NA NA NA NA
## S_272 NA NA NA NA NA NA
## S_273 NA NA NA NA NA NA
## S_274 NA NA NA NA NA NA
## S_275 NA NA NA NA NA NA
## S_276 NA NA NA NA NA NA
## S_277 NA NA NA NA NA NA
## S_278 NA NA NA NA NA NA
## S_279 NA NA NA NA NA NA
## S_280 NA NA NA NA NA NA
## S_281 NA NA NA NA NA NA
## S_298 NA NA NA NA NA NA
## S_299 NA NA NA NA NA NA
## S_300 NA NA NA NA NA NA
## S_301 NA NA NA NA NA NA
## S_302 NA NA NA NA NA NA
## S_303 NA NA NA NA NA NA
## S_304 NA NA NA NA NA NA
## S_305 NA NA NA NA NA NA
## S_306 NA NA NA NA NA NA
## S_308 NA NA NA NA NA NA
## S_309 NA NA NA NA NA NA
## S_310 NA NA NA NA NA NA
## S_311 NA NA NA NA NA NA
## S_312 NA NA NA NA NA NA
## S_313 NA NA NA NA NA NA
## S_315 NA NA NA NA NA NA
## S_316 NA NA NA NA NA NA
## S_317 NA NA NA NA NA NA
## S_318 NA NA NA NA NA NA
## S_319 NA NA NA NA NA NA
## S_320 NA NA NA NA NA NA
## S_321 NA NA NA NA NA NA
## S_322 NA NA NA NA NA NA
## S_323 NA NA NA NA NA NA
## S_324 NA NA NA NA NA NA
## S_325 NA NA NA NA NA NA
## S_326 NA NA NA NA NA NA
## S_327 NA NA NA NA NA NA
## S_341 NA NA NA NA NA NA
## S_342 NA NA NA NA NA NA
## S_343 NA NA NA NA NA NA
## S_344 NA NA NA NA NA NA
## S_345 NA NA NA NA NA NA
## S_346 NA NA NA NA NA NA
## S_347 NA NA NA NA NA NA
## S_348 NA NA NA NA NA NA
## S_349 NA NA NA NA NA NA
## S_350 NA NA NA NA NA NA
## S_351 NA NA NA NA NA NA
## S_352 NA NA NA NA NA NA
## S_353 NA NA NA NA NA NA
## S_354 NA NA NA NA NA NA
## S_355 NA NA NA NA NA NA
## S_356 NA NA NA NA NA NA
## S_438 NA NA NA NA NA NA
## S_439 NA NA NA NA NA NA
## S_440 NA NA NA NA NA NA
## S_441 NA NA NA NA NA NA
## S_442 NA NA NA NA NA NA
## S_443 NA NA NA NA NA NA
## S_444 NA NA NA NA NA NA
## S_445 NA NA NA NA NA NA
## S_446 NA NA NA NA NA NA
## S_447 NA NA NA NA NA NA
## S_448 NA NA NA NA NA NA
## S_449 NA NA NA NA NA NA
## S_450 NA NA NA NA NA NA
## S_465 NA NA NA NA NA NA
## S_466 NA NA NA NA NA NA
## S_467 NA NA NA NA NA NA
## S_468 NA NA NA NA NA NA
## S_469 NA NA NA NA NA NA
## S_470 NA NA NA NA NA NA
## S_471 NA NA NA NA NA NA
## S_472 NA NA NA NA NA NA
## S_473 NA NA NA NA NA NA
## S_474 NA NA NA NA NA NA
## S_475 NA NA NA NA NA NA
## S_476 NA NA NA NA NA NA
## S_477 NA NA NA NA NA NA
## S_478 NA NA NA NA NA NA
## QPCR_Enterobacteriaceae QPCR_Lachnospiraceae QPCR_Ruminococcaceae
## S_219 NA NA NA
## S_220 NA NA NA
## S_221 NA NA NA
## S_222 NA NA NA
## S_223 NA NA NA
## S_224 NA NA NA
## S_225 NA NA NA
## S_226 NA NA NA
## S_227 NA NA NA
## S_228 NA NA NA
## S_229 NA NA NA
## S_230 NA NA NA
## S_231 NA NA NA
## S_232 NA NA NA
## S_233 NA NA NA
## S_234 NA NA NA
## S_251 NA NA NA
## S_252 NA NA NA
## S_253 NA NA NA
## S_254 NA NA NA
## S_255 NA NA NA
## S_256 NA NA NA
## S_257 NA NA NA
## S_259 NA NA NA
## S_260 NA NA NA
## S_261 NA NA NA
## S_262 NA NA NA
## S_263 NA NA NA
## S_264 NA NA NA
## S_265 NA NA NA
## S_267 NA NA NA
## S_268 NA NA NA
## S_269 NA NA NA
## S_270 NA NA NA
## S_271 NA NA NA
## S_272 NA NA NA
## S_273 NA NA NA
## S_274 NA NA NA
## S_275 NA NA NA
## S_276 NA NA NA
## S_277 NA NA NA
## S_278 NA NA NA
## S_279 NA NA NA
## S_280 NA NA NA
## S_281 NA NA NA
## S_298 NA NA NA
## S_299 NA NA NA
## S_300 NA NA NA
## S_301 NA NA NA
## S_302 NA NA NA
## S_303 NA NA NA
## S_304 NA NA NA
## S_305 NA NA NA
## S_306 NA NA NA
## S_308 NA NA NA
## S_309 NA NA NA
## S_310 NA NA NA
## S_311 NA NA NA
## S_312 NA NA NA
## S_313 NA NA NA
## S_315 NA NA NA
## S_316 NA NA NA
## S_317 NA NA NA
## S_318 NA NA NA
## S_319 NA NA NA
## S_320 NA NA NA
## S_321 NA NA NA
## S_322 NA NA NA
## S_323 NA NA NA
## S_324 NA NA NA
## S_325 NA NA NA
## S_326 NA NA NA
## S_327 NA NA NA
## S_341 NA NA NA
## S_342 NA NA NA
## S_343 NA NA NA
## S_344 NA NA NA
## S_345 NA NA NA
## S_346 NA NA NA
## S_347 NA NA NA
## S_348 NA NA NA
## S_349 NA NA NA
## S_350 NA NA NA
## S_351 NA NA NA
## S_352 NA NA NA
## S_353 NA NA NA
## S_354 NA NA NA
## S_355 NA NA NA
## S_356 NA NA NA
## S_438 NA NA NA
## S_439 NA NA NA
## S_440 NA NA NA
## S_441 NA NA NA
## S_442 NA NA NA
## S_443 NA NA NA
## S_444 NA NA NA
## S_445 NA NA NA
## S_446 NA NA NA
## S_447 NA NA NA
## S_448 NA NA NA
## S_449 NA NA NA
## S_450 NA NA NA
## S_465 NA NA NA
## S_466 NA NA NA
## S_467 NA NA NA
## S_468 NA NA NA
## S_469 NA NA NA
## S_470 NA NA NA
## S_471 NA NA NA
## S_472 NA NA NA
## S_473 NA NA NA
## S_474 NA NA NA
## S_475 NA NA NA
## S_476 NA NA NA
## S_477 NA NA NA
## S_478 NA NA NA
## QPCR_ButCoA Tyramine Putrescine Cadaverine Spermidine Spermine
## S_219 NA NA NA NA NA NA
## S_220 NA NA NA NA NA NA
## S_221 NA NA NA NA NA NA
## S_222 NA NA NA NA NA NA
## S_223 NA NA NA NA NA NA
## S_224 NA NA NA NA NA NA
## S_225 NA NA NA NA NA NA
## S_226 NA NA NA NA NA NA
## S_227 NA NA NA NA NA NA
## S_228 NA NA NA NA NA NA
## S_229 NA NA NA NA NA NA
## S_230 NA NA NA NA NA NA
## S_231 NA NA NA NA NA NA
## S_232 NA NA NA NA NA NA
## S_233 NA NA NA NA NA NA
## S_234 NA NA NA NA NA NA
## S_251 NA NA NA NA NA NA
## S_252 NA NA NA NA NA NA
## S_253 NA NA NA NA NA NA
## S_254 NA NA NA NA NA NA
## S_255 NA NA NA NA NA NA
## S_256 NA NA NA NA NA NA
## S_257 NA NA NA NA NA NA
## S_259 NA NA NA NA NA NA
## S_260 NA NA NA NA NA NA
## S_261 NA NA NA NA NA NA
## S_262 NA NA NA NA NA NA
## S_263 NA NA NA NA NA NA
## S_264 NA NA NA NA NA NA
## S_265 NA NA NA NA NA NA
## S_267 NA NA NA NA NA NA
## S_268 NA NA NA NA NA NA
## S_269 NA NA NA NA NA NA
## S_270 NA NA NA NA NA NA
## S_271 NA NA NA NA NA NA
## S_272 NA NA NA NA NA NA
## S_273 NA NA NA NA NA NA
## S_274 NA NA NA NA NA NA
## S_275 NA NA NA NA NA NA
## S_276 NA NA NA NA NA NA
## S_277 NA NA NA NA NA NA
## S_278 NA NA NA NA NA NA
## S_279 NA NA NA NA NA NA
## S_280 NA NA NA NA NA NA
## S_281 NA NA NA NA NA NA
## S_298 NA NA NA NA NA NA
## S_299 NA NA NA NA NA NA
## S_300 NA NA NA NA NA NA
## S_301 NA NA NA NA NA NA
## S_302 NA NA NA NA NA NA
## S_303 NA NA NA NA NA NA
## S_304 NA NA NA NA NA NA
## S_305 NA NA NA NA NA NA
## S_306 NA NA NA NA NA NA
## S_308 NA NA NA NA NA NA
## S_309 NA NA NA NA NA NA
## S_310 NA NA NA NA NA NA
## S_311 NA NA NA NA NA NA
## S_312 NA NA NA NA NA NA
## S_313 NA NA NA NA NA NA
## S_315 NA NA NA NA NA NA
## S_316 NA NA NA NA NA NA
## S_317 NA NA NA NA NA NA
## S_318 NA NA NA NA NA NA
## S_319 NA NA NA NA NA NA
## S_320 NA NA NA NA NA NA
## S_321 NA NA NA NA NA NA
## S_322 NA NA NA NA NA NA
## S_323 NA NA NA NA NA NA
## S_324 NA NA NA NA NA NA
## S_325 NA NA NA NA NA NA
## S_326 NA NA NA NA NA NA
## S_327 NA NA NA NA NA NA
## S_341 NA NA NA NA NA NA
## S_342 NA NA NA NA NA NA
## S_343 NA NA NA NA NA NA
## S_344 NA NA NA NA NA NA
## S_345 NA NA NA NA NA NA
## S_346 NA NA NA NA NA NA
## S_347 NA NA NA NA NA NA
## S_348 NA NA NA NA NA NA
## S_349 NA NA NA NA NA NA
## S_350 NA NA NA NA NA NA
## S_351 NA NA NA NA NA NA
## S_352 NA NA NA NA NA NA
## S_353 NA NA NA NA NA NA
## S_354 NA NA NA NA NA NA
## S_355 NA NA NA NA NA NA
## S_356 NA NA NA NA NA NA
## S_438 NA NA NA NA NA NA
## S_439 NA NA NA NA NA NA
## S_440 NA NA NA NA NA NA
## S_441 NA NA NA NA NA NA
## S_442 NA NA NA NA NA NA
## S_443 NA NA NA NA NA NA
## S_444 NA NA NA NA NA NA
## S_445 NA NA NA NA NA NA
## S_446 NA NA NA NA NA NA
## S_447 NA NA NA NA NA NA
## S_448 NA NA NA NA NA NA
## S_449 NA NA NA NA NA NA
## S_450 NA NA NA NA NA NA
## S_465 NA NA NA NA NA NA
## S_466 NA NA NA NA NA NA
## S_467 NA NA NA NA NA NA
## S_468 NA NA NA NA NA NA
## S_469 NA NA NA NA NA NA
## S_470 NA NA NA NA NA NA
## S_471 NA NA NA NA NA NA
## S_472 NA NA NA NA NA NA
## S_473 NA NA NA NA NA NA
## S_474 NA NA NA NA NA NA
## S_475 NA NA NA NA NA NA
## S_476 NA NA NA NA NA NA
## S_477 NA NA NA NA NA NA
## S_478 NA NA NA NA NA NA
## B24_Acetate B24_Propionate B24_Butyrate B24_Formate B24_Succinate
## S_219 NA NA NA NA NA
## S_220 NA NA NA NA NA
## S_221 NA NA NA NA NA
## S_222 NA NA NA NA NA
## S_223 NA NA NA NA NA
## S_224 NA NA NA NA NA
## S_225 NA NA NA NA NA
## S_226 NA NA NA NA NA
## S_227 NA NA NA NA NA
## S_228 NA NA NA NA NA
## S_229 NA NA NA NA NA
## S_230 NA NA NA NA NA
## S_231 NA NA NA NA NA
## S_232 NA NA NA NA NA
## S_233 NA NA NA NA NA
## S_234 NA NA NA NA NA
## S_251 NA NA NA NA NA
## S_252 NA NA NA NA NA
## S_253 NA NA NA NA NA
## S_254 NA NA NA NA NA
## S_255 NA NA NA NA NA
## S_256 NA NA NA NA NA
## S_257 NA NA NA NA NA
## S_259 NA NA NA NA NA
## S_260 NA NA NA NA NA
## S_261 NA NA NA NA NA
## S_262 NA NA NA NA NA
## S_263 NA NA NA NA NA
## S_264 NA NA NA NA NA
## S_265 NA NA NA NA NA
## S_267 NA NA NA NA NA
## S_268 NA NA NA NA NA
## S_269 NA NA NA NA NA
## S_270 NA NA NA NA NA
## S_271 NA NA NA NA NA
## S_272 NA NA NA NA NA
## S_273 NA NA NA NA NA
## S_274 NA NA NA NA NA
## S_275 NA NA NA NA NA
## S_276 NA NA NA NA NA
## S_277 NA NA NA NA NA
## S_278 NA NA NA NA NA
## S_279 NA NA NA NA NA
## S_280 NA NA NA NA NA
## S_281 NA NA NA NA NA
## S_298 NA NA NA NA NA
## S_299 NA NA NA NA NA
## S_300 NA NA NA NA NA
## S_301 NA NA NA NA NA
## S_302 NA NA NA NA NA
## S_303 NA NA NA NA NA
## S_304 NA NA NA NA NA
## S_305 NA NA NA NA NA
## S_306 NA NA NA NA NA
## S_308 NA NA NA NA NA
## S_309 NA NA NA NA NA
## S_310 NA NA NA NA NA
## S_311 NA NA NA NA NA
## S_312 NA NA NA NA NA
## S_313 NA NA NA NA NA
## S_315 NA NA NA NA NA
## S_316 NA NA NA NA NA
## S_317 NA NA NA NA NA
## S_318 NA NA NA NA NA
## S_319 NA NA NA NA NA
## S_320 NA NA NA NA NA
## S_321 NA NA NA NA NA
## S_322 NA NA NA NA NA
## S_323 NA NA NA NA NA
## S_324 NA NA NA NA NA
## S_325 NA NA NA NA NA
## S_326 NA NA NA NA NA
## S_327 NA NA NA NA NA
## S_341 NA NA NA NA NA
## S_342 NA NA NA NA NA
## S_343 NA NA NA NA NA
## S_344 NA NA NA NA NA
## S_345 NA NA NA NA NA
## S_346 NA NA NA NA NA
## S_347 NA NA NA NA NA
## S_348 NA NA NA NA NA
## S_349 NA NA NA NA NA
## S_350 NA NA NA NA NA
## S_351 NA NA NA NA NA
## S_352 NA NA NA NA NA
## S_353 NA NA NA NA NA
## S_354 NA NA NA NA NA
## S_355 NA NA NA NA NA
## S_356 NA NA NA NA NA
## S_438 NA NA NA NA NA
## S_439 NA NA NA NA NA
## S_440 NA NA NA NA NA
## S_441 NA NA NA NA NA
## S_442 NA NA NA NA NA
## S_443 NA NA NA NA NA
## S_444 NA NA NA NA NA
## S_445 NA NA NA NA NA
## S_446 NA NA NA NA NA
## S_447 NA NA NA NA NA
## S_448 NA NA NA NA NA
## S_449 NA NA NA NA NA
## S_450 NA NA NA NA NA
## S_465 NA NA NA NA NA
## S_466 NA NA NA NA NA
## S_467 NA NA NA NA NA
## S_468 NA NA NA NA NA
## S_469 NA NA NA NA NA
## S_470 NA NA NA NA NA
## S_471 NA NA NA NA NA
## S_472 NA NA NA NA NA
## S_473 NA NA NA NA NA
## S_474 NA NA NA NA NA
## S_475 NA NA NA NA NA
## S_476 NA NA NA NA NA
## S_477 NA NA NA NA NA
## S_478 NA NA NA NA NA
## B24_Lactate B24_BCFA succinate lactate formate acetate propionate
## S_219 NA NA NA NA NA NA NA
## S_220 NA NA NA NA NA NA NA
## S_221 NA NA NA NA NA NA NA
## S_222 NA NA NA NA NA NA NA
## S_223 NA NA NA NA NA NA NA
## S_224 NA NA NA NA NA NA NA
## S_225 NA NA NA NA NA NA NA
## S_226 NA NA NA NA NA NA NA
## S_227 NA NA NA NA NA NA NA
## S_228 NA NA NA NA NA NA NA
## S_229 NA NA NA NA NA NA NA
## S_230 NA NA NA NA NA NA NA
## S_231 NA NA NA NA NA NA NA
## S_232 NA NA NA NA NA NA NA
## S_233 NA NA NA NA NA NA NA
## S_234 NA NA NA NA NA NA NA
## S_251 NA NA NA NA NA NA NA
## S_252 NA NA NA NA NA NA NA
## S_253 NA NA NA NA NA NA NA
## S_254 NA NA NA NA NA NA NA
## S_255 NA NA NA NA NA NA NA
## S_256 NA NA NA NA NA NA NA
## S_257 NA NA NA NA NA NA NA
## S_259 NA NA NA NA NA NA NA
## S_260 NA NA NA NA NA NA NA
## S_261 NA NA NA NA NA NA NA
## S_262 NA NA NA NA NA NA NA
## S_263 NA NA NA NA NA NA NA
## S_264 NA NA NA NA NA NA NA
## S_265 NA NA NA NA NA NA NA
## S_267 NA NA NA NA NA NA NA
## S_268 NA NA NA NA NA NA NA
## S_269 NA NA NA NA NA NA NA
## S_270 NA NA NA NA NA NA NA
## S_271 NA NA NA NA NA NA NA
## S_272 NA NA NA NA NA NA NA
## S_273 NA NA NA NA NA NA NA
## S_274 NA NA NA NA NA NA NA
## S_275 NA NA NA NA NA NA NA
## S_276 NA NA NA NA NA NA NA
## S_277 NA NA NA NA NA NA NA
## S_278 NA NA NA NA NA NA NA
## S_279 NA NA NA NA NA NA NA
## S_280 NA NA NA NA NA NA NA
## S_281 NA NA NA NA NA NA NA
## S_298 NA NA NA NA NA NA NA
## S_299 NA NA NA NA NA NA NA
## S_300 NA NA NA NA NA NA NA
## S_301 NA NA NA NA NA NA NA
## S_302 NA NA NA NA NA NA NA
## S_303 NA NA NA NA NA NA NA
## S_304 NA NA NA NA NA NA NA
## S_305 NA NA NA NA NA NA NA
## S_306 NA NA NA NA NA NA NA
## S_308 NA NA NA NA NA NA NA
## S_309 NA NA NA NA NA NA NA
## S_310 NA NA NA NA NA NA NA
## S_311 NA NA NA NA NA NA NA
## S_312 NA NA NA NA NA NA NA
## S_313 NA NA NA NA NA NA NA
## S_315 NA NA NA NA NA NA NA
## S_316 NA NA NA NA NA NA NA
## S_317 NA NA NA NA NA NA NA
## S_318 NA NA NA NA NA NA NA
## S_319 NA NA NA NA NA NA NA
## S_320 NA NA NA NA NA NA NA
## S_321 NA NA NA NA NA NA NA
## S_322 NA NA NA NA NA NA NA
## S_323 NA NA NA NA NA NA NA
## S_324 NA NA NA NA NA NA NA
## S_325 NA NA NA NA NA NA NA
## S_326 NA NA NA NA NA NA NA
## S_327 NA NA NA NA NA NA NA
## S_341 NA NA NA NA NA NA NA
## S_342 NA NA NA NA NA NA NA
## S_343 NA NA NA NA NA NA NA
## S_344 NA NA NA NA NA NA NA
## S_345 NA NA NA NA NA NA NA
## S_346 NA NA NA NA NA NA NA
## S_347 NA NA NA NA NA NA NA
## S_348 NA NA NA NA NA NA NA
## S_349 NA NA NA NA NA NA NA
## S_350 NA NA NA NA NA NA NA
## S_351 NA NA NA NA NA NA NA
## S_352 NA NA NA NA NA NA NA
## S_353 NA NA NA NA NA NA NA
## S_354 NA NA NA NA NA NA NA
## S_355 NA NA NA NA NA NA NA
## S_356 NA NA NA NA NA NA NA
## S_438 NA NA NA NA NA NA NA
## S_439 NA NA NA NA NA NA NA
## S_440 NA NA NA NA NA NA NA
## S_441 NA NA NA NA NA NA NA
## S_442 NA NA NA NA NA NA NA
## S_443 NA NA NA NA NA NA NA
## S_444 NA NA NA NA NA NA NA
## S_445 NA NA NA NA NA NA NA
## S_446 NA NA NA NA NA NA NA
## S_447 NA NA NA NA NA NA NA
## S_448 NA NA NA NA NA NA NA
## S_449 NA NA NA NA NA NA NA
## S_450 NA NA NA NA NA NA NA
## S_465 NA NA NA NA NA NA NA
## S_466 NA NA NA NA NA NA NA
## S_467 NA NA NA NA NA NA NA
## S_468 NA NA NA NA NA NA NA
## S_469 NA NA NA NA NA NA NA
## S_470 NA NA NA NA NA NA NA
## S_471 NA NA NA NA NA NA NA
## S_472 NA NA NA NA NA NA NA
## S_473 NA NA NA NA NA NA NA
## S_474 NA NA NA NA NA NA NA
## S_475 NA NA NA NA NA NA NA
## S_476 NA NA NA NA NA NA NA
## S_477 NA NA NA NA NA NA NA
## S_478 NA NA NA NA NA NA NA
## isobutyrate butyrate isovalerate valerate BCFA total is.neg period
## S_219 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_220 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_221 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_222 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_223 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_224 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_225 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_226 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_227 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_228 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_229 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_230 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_231 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_232 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_233 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_234 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_251 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_252 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_253 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_254 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_255 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_256 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_257 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_259 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_260 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_261 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_262 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_263 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_264 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_265 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_267 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_268 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_269 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_270 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_271 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_272 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_273 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_274 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_275 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_276 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_277 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_278 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_279 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_280 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_281 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_298 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_299 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_300 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_301 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_302 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_303 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_304 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_305 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_306 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_308 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_309 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_310 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_311 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_312 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_313 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_315 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_316 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_317 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_318 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_319 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_320 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_321 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_322 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_323 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_324 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_325 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_326 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_327 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_341 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_342 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_343 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_344 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_345 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_346 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_347 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_348 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_349 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_350 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_351 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_352 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_353 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_354 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_355 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_356 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_438 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_439 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_440 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_441 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_442 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_443 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_444 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_445 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_446 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_447 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_448 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_449 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_450 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_465 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_466 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_467 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_468 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_469 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_470 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_471 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_472 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_473 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_474 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_475 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_476 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_477 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## S_478 NA NA NA NA NA NA FALSE pNA
## day_fermentation_d IR_TR Stab_Treat experiment_period period_treat
## S_219 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_220 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_221 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_222 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_223 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_224 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_225 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_226 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_227 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_228 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_229 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_230 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_231 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_232 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_233 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_234 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_251 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_252 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_253 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_254 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_255 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_256 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_257 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_259 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_260 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_261 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_262 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_263 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_264 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_265 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_267 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_268 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_269 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_270 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_271 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_272 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_273 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_274 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_275 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_276 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_277 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_278 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_279 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_280 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_281 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_298 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_299 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_300 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_301 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_302 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_303 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_304 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_305 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_306 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_308 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_309 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_310 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_311 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_312 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_313 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_315 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_316 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_317 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_318 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_319 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_320 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_321 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_322 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_323 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_324 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_325 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_326 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_327 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_341 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_342 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_343 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_344 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_345 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_346 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_347 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_348 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_349 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_350 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_351 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_352 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_353 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_354 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_355 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_356 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_438 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_439 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_440 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_441 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_442 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_443 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_444 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_445 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_446 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_447 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_448 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_449 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_450 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_465 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_466 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_467 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_468 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_469 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_470 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_471 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_472 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_473 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_474 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_475 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_476 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_477 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## S_478 NA <NA> <NA> mIMT_2_NA <NA>
## period_reactor treatment_grouped treatment_invivo day_num
## S_219 pNA_NA Eubiotic none -1
## S_220 pNA_NA Eubiotic none -1
## S_221 pNA_NA Eubiotic none -1
## S_222 pNA_NA Eubiotic none -1
## S_223 pNA_NA Eubiotic none -1
## S_224 pNA_NA Eubiotic none -1
## S_225 pNA_NA Eubiotic none -1
## S_226 pNA_NA Eubiotic none -1
## S_227 pNA_NA Dysbiotic none -1
## S_228 pNA_NA Dysbiotic none -1
## S_229 pNA_NA Dysbiotic none -1
## S_230 pNA_NA Dysbiotic none -1
## S_231 pNA_NA Dysbiotic none -1
## S_232 pNA_NA Dysbiotic none -1
## S_233 pNA_NA Dysbiotic none -1
## S_234 pNA_NA Dysbiotic none -1
## S_251 pNA_NA DSS none -1
## S_252 pNA_NA DSS none -1
## S_253 pNA_NA DSS none -1
## S_254 pNA_NA DSS none -1
## S_255 pNA_NA DSS none -1
## S_256 pNA_NA DSS none -1
## S_257 pNA_NA DSS none -1
## S_259 pNA_NA H2O none -1
## S_260 pNA_NA H2O none -1
## S_261 pNA_NA H2O none -1
## S_262 pNA_NA H2O none -1
## S_263 pNA_NA H2O none -1
## S_264 pNA_NA H2O none -1
## S_265 pNA_NA H2O none -1
## S_267 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 12
## S_268 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 12
## S_269 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 12
## S_270 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 12
## S_271 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 12
## S_272 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 12
## S_273 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 12
## S_274 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 12
## S_275 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 12
## S_276 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 12
## S_277 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 12
## S_278 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 12
## S_279 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 12
## S_280 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 12
## S_281 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 12
## S_298 pNA_NA DSS DSS 12
## S_299 pNA_NA DSS DSS 12
## S_300 pNA_NA DSS DSS 12
## S_301 pNA_NA DSS DSS 12
## S_302 pNA_NA DSS DSS 12
## S_303 pNA_NA DSS DSS 12
## S_304 pNA_NA DSS DSS 12
## S_305 pNA_NA H2O none 12
## S_306 pNA_NA H2O none 12
## S_308 pNA_NA H2O none 12
## S_309 pNA_NA H2O none 12
## S_310 pNA_NA H2O none 12
## S_311 pNA_NA H2O none 12
## S_312 pNA_NA H2O none 12
## S_313 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 14
## S_315 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 14
## S_316 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 14
## S_317 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 14
## S_318 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 14
## S_319 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 14
## S_320 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 14
## S_321 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 14
## S_322 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 14
## S_323 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 14
## S_324 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 14
## S_325 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 14
## S_326 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 14
## S_327 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 14
## S_341 pNA_NA DSS DSS 14
## S_342 pNA_NA DSS DSS 14
## S_343 pNA_NA DSS DSS 14
## S_344 pNA_NA DSS DSS 14
## S_345 pNA_NA DSS DSS 14
## S_346 pNA_NA DSS DSS 14
## S_347 pNA_NA DSS DSS 14
## S_348 pNA_NA DSS DSS 14
## S_349 pNA_NA H2O none 14
## S_350 pNA_NA H2O none 14
## S_351 pNA_NA H2O none 14
## S_352 pNA_NA H2O none 14
## S_353 pNA_NA H2O none 14
## S_354 pNA_NA H2O none 14
## S_355 pNA_NA H2O none 14
## S_356 pNA_NA H2O none 14
## S_438 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 6
## S_439 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 6
## S_440 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 6
## S_441 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 6
## S_442 pNA_NA Eubiotic Eubiotic 6
## S_443 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 6
## S_444 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 6
## S_445 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 6
## S_446 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 6
## S_447 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 6
## S_448 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 6
## S_449 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 6
## S_450 pNA_NA Dysbiotic Dysbiotic 6
## S_465 pNA_NA DSS DSS 6
## S_466 pNA_NA DSS DSS 6
## S_467 pNA_NA DSS DSS 6
## S_468 pNA_NA DSS DSS 6
## S_469 pNA_NA DSS DSS 6
## S_470 pNA_NA DSS DSS 6
## S_471 pNA_NA H2O none 6
## S_472 pNA_NA H2O none 6
## S_473 pNA_NA H2O none 6
## S_474 pNA_NA H2O none 6
## S_475 pNA_NA H2O none 6
## S_476 pNA_NA H2O none 6
## S_477 pNA_NA H2O none 6
## S_478 pNA_NA H2O none 6
ps_invivo %>%
sample_data() %>%
data.frame() %>%
select(-reads ,-remove,-experiment, -owner, -run, -region_1, -responsible_seq,-facility, -sample_type, -reactor, -day_IR, -day_fermentation, -treatment_period, -treatment_exvivo, -experiment_period, -period_treat, -IR_TR, -period_treat, -sample_file, -colon_lenght:-period_reactor, -sample_label, -Fermentation, ) %>%
select(Sample, everything()) %>%
mutate(treatment_invivo = recode(treatment_invivo,
`H2O` = "Control",
`Eubiotic` = "TreatA",
`Dysbiotic` = "TreatB",
`DSS` = "TreatC"),
treatment = recode(treatment,
`H2O` = "Control",
`Eubiotic` = "TreatA",
`Dysbiotic` = "TreatB",
`DSS` = "TreatC"),
treatment_grouped = recode(treatment_grouped,
`H2O` = "Control" ,
`Eubiotic` = "TreatA",
`Dysbiotic` = "TreatB",
`DSS` = "TreatC")) -> sample_data(ps_invivo)
ps_invivo %>%
sample_data() %>%
data.frame()
## Sample input filtered filtered_pc denoisedF denoisedR denoisedF_pc
## S_219 S_219 44852 44233 0.99 42985 43681 0.97
## S_220 S_220 72545 72048 0.99 70726 70818 0.98
## S_221 S_221 76560 76051 0.99 74773 75012 0.98
## S_222 S_222 62479 62192 1.00 61528 61201 0.99
## S_223 S_223 78944 78670 1.00 77717 77643 0.99
## S_224 S_224 72930 72622 1.00 71294 71600 0.98
## S_225 S_225 194545 193572 0.99 191373 191090 0.99
## S_226 S_226 62034 61405 0.99 60035 60599 0.98
## S_227 S_227 77255 76602 0.99 75092 75664 0.98
## S_228 S_228 58784 58444 0.99 57469 57504 0.98
## S_229 S_229 65923 65701 1.00 64821 65102 0.99
## S_230 S_230 51065 50870 1.00 50385 50108 0.99
## S_231 S_231 123400 123134 1.00 122255 122251 0.99
## S_232 S_232 60612 60294 0.99 59542 59544 0.99
## S_233 S_233 66974 66745 1.00 65951 65893 0.99
## S_234 S_234 59225 58828 0.99 57814 57973 0.98
## S_251 S_251 46134 45771 0.99 44977 45491 0.98
## S_252 S_252 43200 42935 0.99 41926 42309 0.98
## S_253 S_253 61771 61392 0.99 60360 60789 0.98
## S_254 S_254 52064 51842 1.00 51293 51367 0.99
## S_255 S_255 60985 60720 1.00 60048 60142 0.99
## S_256 S_256 58725 58433 1.00 57619 57826 0.99
## S_257 S_257 53218 52990 1.00 52344 52408 0.99
## S_259 S_259 35191 34713 0.99 33684 34288 0.97
## S_260 S_260 59786 59402 0.99 58312 58638 0.98
## S_261 S_261 71389 70960 0.99 69815 70122 0.98
## S_262 S_262 48071 47899 1.00 47393 47356 0.99
## S_263 S_263 60459 60267 1.00 59414 59486 0.99
## S_264 S_264 56699 56368 0.99 55608 55822 0.99
## S_265 S_265 52415 52164 1.00 51488 51508 0.99
## S_267 S_267 40629 40017 0.98 37962 39383 0.95
## S_268 S_268 67522 67104 0.99 65052 65909 0.97
## S_269 S_269 62759 62323 0.99 60618 61516 0.97
## S_270 S_270 51923 51673 1.00 50793 51026 0.98
## S_271 S_271 67574 67308 1.00 66518 66567 0.99
## S_272 S_272 69843 69434 0.99 68180 68564 0.98
## S_273 S_273 53162 52908 1.00 52171 52277 0.99
## S_274 S_274 89399 88860 0.99 86777 87744 0.98
## S_275 S_275 47024 46664 0.99 46031 46150 0.99
## S_276 S_276 52772 52491 0.99 51730 51714 0.99
## S_277 S_277 57920 57707 1.00 56978 56801 0.99
## S_278 S_278 45769 45629 1.00 45263 44921 0.99
## S_279 S_279 69581 69393 1.00 68667 68504 0.99
## S_280 S_280 51654 51454 1.00 50897 50887 0.99
## S_281 S_281 47303 47147 1.00 46707 46496 0.99
## S_298 S_298 45576 45320 0.99 44563 44714 0.98
## S_299 S_299 37551 37094 0.99 36164 36676 0.97
## S_300 S_300 49047 48750 0.99 47852 48161 0.98
## S_301 S_301 55629 55307 0.99 54626 54653 0.99
## S_302 S_302 39112 38954 1.00 38658 38534 0.99
## S_303 S_303 56158 55984 1.00 54978 55559 0.98
## S_304 S_304 56174 55990 1.00 54558 55582 0.97
## S_305 S_305 49080 48860 1.00 48261 48353 0.99
## S_306 S_306 51145 50825 0.99 50082 50314 0.99
## S_308 S_308 61065 60799 1.00 59746 59875 0.98
## S_309 S_309 49604 49210 0.99 48411 48539 0.98
## S_310 S_310 39676 39568 1.00 39079 39070 0.99
## S_311 S_311 67509 67341 1.00 66594 66566 0.99
## S_312 S_312 54562 54327 1.00 53556 53619 0.99
## S_313 S_313 51990 51826 1.00 51343 51218 0.99
## S_315 S_315 56389 56103 0.99 55311 55282 0.99
## S_316 S_316 52602 52284 0.99 51592 51797 0.99
## S_317 S_317 55353 55045 0.99 54304 54490 0.99
## S_318 S_318 47228 47005 1.00 46369 46415 0.99
## S_319 S_319 51051 50825 1.00 50302 50300 0.99
## S_320 S_320 50339 50129 1.00 49527 49544 0.99
## S_321 S_321 53955 53733 1.00 53035 53076 0.99
## S_322 S_322 50561 50357 1.00 49892 49982 0.99
## S_323 S_323 55667 55424 1.00 54749 54623 0.99
## S_324 S_324 53070 52783 0.99 52078 52396 0.99
## S_325 S_325 43764 43485 0.99 42777 43048 0.98
## S_326 S_326 55187 55049 1.00 54210 54461 0.98
## S_327 S_327 44766 44572 1.00 44063 44115 0.99
## S_341 S_341 51618 51384 1.00 50750 50912 0.99
## S_342 S_342 38695 38576 1.00 38190 38209 0.99
## S_343 S_343 31639 31476 0.99 31038 31086 0.99
## S_344 S_344 57314 57167 1.00 56524 56611 0.99
## S_345 S_345 26796 26719 1.00 26323 26354 0.99
## S_346 S_346 42867 42762 1.00 42236 42312 0.99
## S_347 S_347 49591 49374 1.00 48708 48943 0.99
## S_348 S_348 49706 49595 1.00 49100 49181 0.99
## S_349 S_349 82068 81706 1.00 80665 80976 0.99
## S_350 S_350 52750 52500 1.00 51830 51938 0.99
## S_351 S_351 73446 73177 1.00 72467 72411 0.99
## S_352 S_352 69764 69491 1.00 68538 68691 0.99
## S_353 S_353 61764 61575 1.00 60824 61048 0.99
## S_354 S_354 52313 52053 1.00 51372 51569 0.99
## S_355 S_355 51593 51313 0.99 50391 50675 0.98
## S_356 S_356 46806 46542 0.99 45968 45972 0.99
## S_438 S_438 66744 66455 1.00 65323 65479 0.98
## S_439 S_439 65688 65409 1.00 64553 64591 0.99
## S_440 S_440 42282 42132 1.00 41655 41507 0.99
## S_441 S_441 70679 70422 1.00 69786 69632 0.99
## S_442 S_442 64149 63878 1.00 62852 63031 0.98
## S_443 S_443 66106 65772 0.99 65139 65014 0.99
## S_444 S_444 67344 67025 1.00 65804 66358 0.98
## S_445 S_445 47094 46707 0.99 45473 46244 0.97
## S_446 S_446 67572 67267 1.00 65981 66428 0.98
## S_447 S_447 67255 66994 1.00 65937 66416 0.98
## S_448 S_448 57626 57445 1.00 56882 56862 0.99
## S_449 S_449 69800 69629 1.00 69042 68944 0.99
## S_450 S_450 66731 66475 1.00 65494 65868 0.99
## S_465 S_465 69793 69596 1.00 68933 69150 0.99
## S_466 S_466 73792 73415 0.99 72195 72677 0.98
## S_467 S_467 64707 64401 1.00 63506 63635 0.99
## S_468 S_468 69869 69411 0.99 67836 68545 0.98
## S_469 S_469 22876 22575 0.99 21552 22319 0.95
## S_470 S_470 70853 70436 0.99 69010 69691 0.98
## S_471 S_471 66286 66030 1.00 64938 65385 0.98
## S_472 S_472 63794 63539 1.00 62844 62818 0.99
## S_473 S_473 76951 76627 1.00 76016 76028 0.99
## S_474 S_474 61480 61249 1.00 60023 60475 0.98
## S_475 S_475 65287 65039 1.00 64261 64598 0.99
## S_476 S_476 62397 61982 0.99 60877 61304 0.98
## S_477 S_477 40902 40453 0.99 39440 40103 0.97
## S_478 S_478 67854 67566 1.00 66284 66723 0.98
## denoisedR_pc merged merged_pc tabled chimera_out length_filtered
## S_219 0.99 37694 0.88 37694 26929 26929
## S_220 0.98 63881 0.90 63881 44125 44125
## S_221 0.99 67904 0.91 67904 49814 49814
## S_222 0.98 54905 0.89 54905 42532 42532
## S_223 0.99 68254 0.88 68254 49859 49859
## S_224 0.99 60502 0.85 60502 44187 44187
## S_225 0.99 173270 0.91 173270 124781 124781
## S_226 0.99 53780 0.90 53780 39110 39110
## S_227 0.99 65965 0.88 65965 47209 47209
## S_228 0.98 52534 0.91 52534 39238 39238
## S_229 0.99 59729 0.92 59729 49569 49569
## S_230 0.99 45226 0.90 45226 32999 32999
## S_231 0.99 113946 0.93 113946 89836 89836
## S_232 0.99 53809 0.90 53809 37806 37806
## S_233 0.99 58534 0.89 58534 44726 44726
## S_234 0.99 52635 0.91 52635 37761 37761
## S_251 0.99 42248 0.94 42248 36121 36121
## S_252 0.99 37345 0.89 37345 27664 27664
## S_253 0.99 55612 0.92 55612 39123 39123
## S_254 0.99 47517 0.93 47517 34414 34414
## S_255 0.99 55956 0.93 55956 41213 41213
## S_256 0.99 53508 0.93 53508 39884 39884
## S_257 0.99 48415 0.92 48415 35603 35603
## S_259 0.99 29649 0.88 29649 22393 22393
## S_260 0.99 53165 0.91 53165 37401 37401
## S_261 0.99 63752 0.91 63752 44075 44075
## S_262 0.99 42784 0.90 42784 33102 33102
## S_263 0.99 53184 0.90 53184 39177 39177
## S_264 0.99 51337 0.92 51337 36374 36371
## S_265 0.99 47000 0.91 47000 33074 33074
## S_267 0.98 33276 0.88 33276 25918 25918
## S_268 0.98 58828 0.90 58828 44286 44286
## S_269 0.99 55474 0.92 55474 41040 41040
## S_270 0.99 47109 0.93 47109 33787 33787
## S_271 0.99 62749 0.94 62749 49311 49311
## S_272 0.99 63342 0.93 63342 47625 47625
## S_273 0.99 48976 0.94 48976 38035 38035
## S_274 0.99 80614 0.93 80614 59937 59937
## S_275 0.99 42485 0.92 42485 30890 30890
## S_276 0.99 47698 0.92 47698 36986 36986
## S_277 0.98 52627 0.92 52627 40691 40691
## S_278 0.98 41374 0.91 41374 31897 31897
## S_279 0.99 64030 0.93 64030 47728 47728
## S_280 0.99 47420 0.93 47420 37306 37306
## S_281 0.99 43385 0.93 43385 32803 32803
## S_298 0.99 41344 0.93 41344 32872 32872
## S_299 0.99 32859 0.91 32859 25123 25123
## S_300 0.99 44429 0.93 44429 34215 34215
## S_301 0.99 50825 0.93 50825 39342 39342
## S_302 0.99 36206 0.94 36206 27584 27584
## S_303 0.99 51798 0.94 51798 36753 36753
## S_304 0.99 50705 0.93 50705 34090 34090
## S_305 0.99 43798 0.91 43798 32369 32369
## S_306 0.99 46319 0.92 46319 33486 33486
## S_308 0.98 51026 0.85 51026 37026 37026
## S_309 0.99 43102 0.89 43102 30284 30284
## S_310 0.99 33431 0.86 33431 24770 24770
## S_311 0.99 58799 0.88 58799 41706 41706
## S_312 0.99 47333 0.88 47333 34794 34794
## S_313 0.99 48093 0.94 48093 38160 38160
## S_315 0.99 50234 0.91 50234 37273 37273
## S_316 0.99 48036 0.93 48036 35747 35747
## S_317 0.99 50207 0.92 50207 36364 36364
## S_318 0.99 43142 0.93 43142 32689 32689
## S_319 0.99 46711 0.93 46711 35016 35016
## S_320 0.99 45769 0.92 45769 33891 33891
## S_321 0.99 48984 0.92 48984 35926 35926
## S_322 0.99 47055 0.94 47055 33868 33868
## S_323 0.99 50335 0.92 50335 38224 38224
## S_324 0.99 49621 0.95 49621 41368 41368
## S_325 0.99 39705 0.93 39705 29213 29213
## S_326 0.99 49886 0.92 49886 37943 37943
## S_327 0.99 41415 0.94 41415 33353 33353
## S_341 0.99 47667 0.94 47667 37388 37388
## S_342 0.99 36114 0.95 36114 30253 30253
## S_343 0.99 28431 0.92 28431 22578 22578
## S_344 0.99 52379 0.93 52379 41121 41121
## S_345 0.99 23818 0.90 23818 18120 18120
## S_346 0.99 38771 0.92 38771 30174 30174
## S_347 0.99 45983 0.94 45983 34059 34059
## S_348 0.99 46988 0.96 46988 36536 36536
## S_349 0.99 75663 0.94 75663 54422 54422
## S_350 0.99 48047 0.93 48047 33745 33745
## S_351 0.99 67645 0.93 67645 47662 47662
## S_352 0.99 63239 0.92 63239 45958 45958
## S_353 0.99 56477 0.93 56477 45184 45184
## S_354 0.99 48051 0.94 48051 34946 34946
## S_355 0.99 46169 0.92 46169 32861 32861
## S_356 0.99 41514 0.90 41514 29841 29841
## S_438 0.99 60561 0.93 60561 52584 52584
## S_439 0.99 60150 0.93 60150 50751 50751
## S_440 0.99 38560 0.93 38560 33283 33283
## S_441 0.99 66477 0.95 66477 58699 58699
## S_442 0.99 60377 0.96 60377 58881 58881
## S_443 0.99 61479 0.94 61479 50758 50758
## S_444 0.99 63124 0.96 63124 60863 60863
## S_445 0.99 42723 0.94 42723 36375 36375
## S_446 0.99 61694 0.94 61694 50918 50918
## S_447 0.99 63155 0.96 63155 58042 58042
## S_448 0.99 54043 0.95 54043 46975 46975
## S_449 0.99 65940 0.96 65940 57531 57531
## S_450 0.99 62165 0.95 62165 53894 53894
## S_465 0.99 67008 0.97 67008 63618 63618
## S_466 0.99 68679 0.95 68679 60000 60000
## S_467 0.99 59847 0.94 59847 49010 49010
## S_468 0.99 63359 0.93 63359 53096 53096
## S_469 0.99 19263 0.89 19263 15459 15459
## S_470 0.99 65289 0.95 65289 57063 57063
## S_471 0.99 58034 0.89 58034 43164 43164
## S_472 0.99 57373 0.91 57373 43837 43837
## S_473 0.99 72195 0.95 72195 56134 56134
## S_474 0.99 52673 0.88 52673 37386 37384
## S_475 0.99 60887 0.95 60887 48463 48463
## S_476 0.99 55620 0.91 55620 43056 43056
## S_477 0.99 35722 0.91 35722 27699 27699
## S_478 0.99 57328 0.86 57328 43663 43663
## tabled_pc chimera_out_pc length_filtered_pc day treatment mouse_label
## S_219 1 0.71 1 Day_-1 TreatA m_8
## S_220 1 0.69 1 Day_-1 TreatA m_19
## S_221 1 0.73 1 Day_-1 TreatA m_34
## S_222 1 0.77 1 Day_-1 TreatA m_26
## S_223 1 0.73 1 Day_-1 TreatA m_39
## S_224 1 0.73 1 Day_-1 TreatA m_46
## S_225 1 0.72 1 Day_-1 TreatA m_48
## S_226 1 0.73 1 Day_-1 TreatA m_56
## S_227 1 0.72 1 Day_-1 TreatB m_29
## S_228 1 0.75 1 Day_-1 TreatB m_13
## S_229 1 0.83 1 Day_-1 TreatB m_18
## S_230 1 0.73 1 Day_-1 TreatB m_27
## S_231 1 0.79 1 Day_-1 TreatB m_32
## S_232 1 0.70 1 Day_-1 TreatB m_49
## S_233 1 0.76 1 Day_-1 TreatB m_54
## S_234 1 0.72 1 Day_-1 TreatB m_35
## S_251 1 0.85 1 Day_-1 TreatC m_7
## S_252 1 0.74 1 Day_-1 TreatC m_10
## S_253 1 0.70 1 Day_-1 TreatC m_11
## S_254 1 0.72 1 Day_-1 TreatC m_24
## S_255 1 0.74 1 Day_-1 TreatC m_28
## S_256 1 0.75 1 Day_-1 TreatC m_36
## S_257 1 0.74 1 Day_-1 TreatC m_51
## S_259 1 0.76 1 Day_-1 Control m_2
## S_260 1 0.70 1 Day_-1 Control m_21
## S_261 1 0.69 1 Day_-1 Control m_22
## S_262 1 0.77 1 Day_-1 Control m_25
## S_263 1 0.74 1 Day_-1 Control m_37
## S_264 1 0.71 1 Day_-1 Control m_44
## S_265 1 0.70 1 Day_-1 Control m_52
## S_267 1 0.78 1 Day_12 TreatA m_8
## S_268 1 0.75 1 Day_12 TreatA m_19
## S_269 1 0.74 1 Day_12 TreatA m_34
## S_270 1 0.72 1 Day_12 TreatA m_26
## S_271 1 0.79 1 Day_12 TreatA m_39
## S_272 1 0.75 1 Day_12 TreatA m_46
## S_273 1 0.78 1 Day_12 TreatA m_48
## S_274 1 0.74 1 Day_12 TreatB m_29
## S_275 1 0.73 1 Day_12 TreatB m_13
## S_276 1 0.78 1 Day_12 TreatB m_18
## S_277 1 0.77 1 Day_12 TreatB m_27
## S_278 1 0.77 1 Day_12 TreatB m_32
## S_279 1 0.75 1 Day_12 TreatB m_49
## S_280 1 0.79 1 Day_12 TreatB m_54
## S_281 1 0.76 1 Day_12 TreatB m_35
## S_298 1 0.80 1 Day_12 TreatC m_7
## S_299 1 0.76 1 Day_12 TreatC m_10
## S_300 1 0.77 1 Day_12 TreatC m_11
## S_301 1 0.77 1 Day_12 TreatC m_24
## S_302 1 0.76 1 Day_12 TreatC m_28
## S_303 1 0.71 1 Day_12 TreatC m_36
## S_304 1 0.67 1 Day_12 TreatC m_51
## S_305 1 0.74 1 Day_12 Control m_2
## S_306 1 0.72 1 Day_12 Control m_21
## S_308 1 0.73 1 Day_12 Control m_25
## S_309 1 0.70 1 Day_12 Control m_37
## S_310 1 0.74 1 Day_12 Control m_44
## S_311 1 0.71 1 Day_12 Control m_52
## S_312 1 0.74 1 Day_12 Control m_53
## S_313 1 0.79 1 Day_14 TreatA m_19
## S_315 1 0.74 1 Day_14 TreatA m_34
## S_316 1 0.74 1 Day_14 TreatA m_26
## S_317 1 0.72 1 Day_14 TreatA m_39
## S_318 1 0.76 1 Day_14 TreatA m_46
## S_319 1 0.75 1 Day_14 TreatA m_48
## S_320 1 0.74 1 Day_14 TreatB m_29
## S_321 1 0.73 1 Day_14 TreatB m_13
## S_322 1 0.72 1 Day_14 TreatB m_18
## S_323 1 0.76 1 Day_14 TreatB m_27
## S_324 1 0.83 1 Day_14 TreatB m_32
## S_325 1 0.74 1 Day_14 TreatB m_49
## S_326 1 0.76 1 Day_14 TreatB m_54
## S_327 1 0.81 1 Day_14 TreatB m_35
## S_341 1 0.78 1 Day_14 TreatC m_7
## S_342 1 0.84 1 Day_14 TreatC m_10
## S_343 1 0.79 1 Day_14 TreatC m_11
## S_344 1 0.79 1 Day_14 TreatC m_24
## S_345 1 0.76 1 Day_14 TreatC m_28
## S_346 1 0.78 1 Day_14 TreatC m_36
## S_347 1 0.74 1 Day_14 TreatC m_51
## S_348 1 0.78 1 Day_14 TreatC m_55
## S_349 1 0.72 1 Day_14 Control m_2
## S_350 1 0.70 1 Day_14 Control m_21
## S_351 1 0.70 1 Day_14 Control m_22
## S_352 1 0.73 1 Day_14 Control m_25
## S_353 1 0.80 1 Day_14 Control m_37
## S_354 1 0.73 1 Day_14 Control m_44
## S_355 1 0.71 1 Day_14 Control m_52
## S_356 1 0.72 1 Day_14 Control m_53
## S_438 1 0.87 1 Day_6 TreatA m_19
## S_439 1 0.84 1 Day_6 TreatA m_26
## S_440 1 0.86 1 Day_6 TreatA m_46
## S_441 1 0.88 1 Day_6 TreatA m_48
## S_442 1 0.98 1 Day_6 TreatA m_56
## S_443 1 0.83 1 Day_6 TreatB m_29
## S_444 1 0.96 1 Day_6 TreatB m_13
## S_445 1 0.85 1 Day_6 TreatB m_18
## S_446 1 0.83 1 Day_6 TreatB m_27
## S_447 1 0.92 1 Day_6 TreatB m_32
## S_448 1 0.87 1 Day_6 TreatB m_49
## S_449 1 0.87 1 Day_6 TreatB m_54
## S_450 1 0.87 1 Day_6 TreatB m_35
## S_465 1 0.95 1 Day_6 TreatC m_7
## S_466 1 0.87 1 Day_6 TreatC m_10
## S_467 1 0.82 1 Day_6 TreatC m_11
## S_468 1 0.84 1 Day_6 TreatC m_24
## S_469 1 0.80 1 Day_6 TreatC m_28
## S_470 1 0.87 1 Day_6 TreatC m_36
## S_471 1 0.74 1 Day_6 Control m_2
## S_472 1 0.76 1 Day_6 Control m_21
## S_473 1 0.78 1 Day_6 Control m_22
## S_474 1 0.71 1 Day_6 Control m_25
## S_475 1 0.80 1 Day_6 Control m_37
## S_476 1 0.77 1 Day_6 Control m_44
## S_477 1 0.78 1 Day_6 Control m_52
## S_478 1 0.76 1 Day_6 Control m_53
## BW BW_percent BW_delta DAI treatment_grouped treatment_invivo
## S_219 20.55 0.000000000 0.00 0 TreatA none
## S_220 21.32 0.000000000 0.00 0 TreatA none
## S_221 20.11 0.000000000 0.00 0 TreatA none
## S_222 21.90 0.000000000 0.00 0 TreatA none
## S_223 20.94 0.000000000 0.00 0 TreatA none
## S_224 21.12 0.000000000 0.00 0 TreatA none
## S_225 20.35 0.000000000 0.00 0 TreatA none
## S_226 20.51 0.000000000 0.00 0 TreatA none
## S_227 20.95 0.000000000 0.00 0 TreatB none
## S_228 20.35 0.000000000 0.00 0 TreatB none
## S_229 21.55 0.000000000 0.00 0 TreatB none
## S_230 23.18 0.000000000 0.00 0 TreatB none
## S_231 20.78 0.000000000 0.00 0 TreatB none
## S_232 20.90 0.000000000 0.00 0 TreatB none
## S_233 19.70 0.000000000 0.00 0 TreatB none
## S_234 20.53 0.000000000 0.00 0 TreatB none
## S_251 20.98 0.000000000 0.00 0 TreatC none
## S_252 20.48 0.000000000 0.00 0 TreatC none
## S_253 20.47 0.000000000 0.00 0 TreatC none
## S_254 22.91 0.000000000 0.00 0 TreatC none
## S_255 21.30 0.000000000 0.00 0 TreatC none
## S_256 22.47 0.000000000 0.00 0 TreatC none
## S_257 21.92 0.000000000 0.00 0 TreatC none
## S_259 21.09 0.000000000 0.00 0 Control none
## S_260 21.31 0.000000000 0.00 0 Control none
## S_261 20.45 0.000000000 0.00 0 Control none
## S_262 22.00 0.000000000 0.00 0 Control none
## S_263 20.38 0.000000000 0.00 0 Control none
## S_264 21.60 0.000000000 0.00 0 Control none
## S_265 21.75 0.000000000 0.00 0 Control none
## S_267 18.24 0.112408759 0.20 1 TreatA TreatA
## S_268 18.64 0.125703565 0.64 1 TreatA TreatA
## S_269 19.75 0.017901542 0.90 0 TreatA TreatA
## S_270 22.45 -0.025114155 -0.15 1 TreatA TreatA
## S_271 20.86 0.003820439 1.81 0 TreatA TreatA
## S_272 20.12 0.047348485 0.70 0 TreatA TreatA
## S_273 19.75 0.029484029 0.71 0 TreatA TreatA
## S_274 17.62 0.158949881 0.26 3 TreatB TreatB
## S_275 17.60 0.135135135 0.05 3 TreatB TreatB
## S_276 17.57 0.184686775 0.39 3 TreatB TreatB
## S_277 20.47 0.116911130 -0.46 1 TreatB TreatB
## S_278 17.32 0.166506256 0.24 3 TreatB TreatB
## S_279 17.95 0.141148325 0.18 3 TreatB TreatB
## S_280 17.25 0.124365482 0.20 3 TreatB TreatB
## S_281 18.45 0.101315149 -0.10 3 TreatB TreatB
## S_298 18.25 0.130123928 0.30 3 TreatC TreatC
## S_299 17.35 0.152832031 0.25 3 TreatC TreatC
## S_300 16.85 0.176844162 -0.01 4 TreatC TreatC
## S_301 20.01 0.126582278 -0.35 2 TreatC TreatC
## S_302 18.12 0.149295775 -0.05 3 TreatC TreatC
## S_303 17.07 0.240320427 -0.19 4 TreatC TreatC
## S_304 16.07 0.266879562 0.20 4 TreatC TreatC
## S_305 20.70 -0.018492176 -0.02 0 Control none
## S_306 21.54 0.010793055 0.74 0 Control none
## S_308 21.86 -0.006363636 -1.88 0 Control none
## S_309 21.16 0.038272816 -0.22 0 Control none
## S_310 22.97 0.063425926 0.12 0 Control none
## S_311 22.07 0.014712644 0.67 0 Control none
## S_312 21.47 -0.029823769 -0.87 0 Control none
## S_313 21.13 0.008911820 1.32 0 TreatA TreatA
## S_315 21.03 -0.045748384 0.84 0 TreatA TreatA
## S_316 21.34 0.025570776 -0.85 0 TreatA TreatA
## S_317 22.88 -0.092645654 2.42 0 TreatA TreatA
## S_318 21.81 -0.032670455 0.59 0 TreatA TreatA
## S_319 21.31 -0.047174447 0.49 0 TreatA TreatA
## S_320 18.02 0.139856802 0.17 2 TreatB TreatB
## S_321 18.23 0.104176904 0.38 2 TreatB TreatB
## S_322 18.01 0.164269142 0.45 3 TreatB TreatB
## S_323 20.95 0.096203624 0.94 0 TreatB TreatB
## S_324 17.85 0.141000962 0.50 2 TreatB TreatB
## S_325 18.35 0.122009569 0.23 2 TreatB TreatB
## S_326 18.52 0.059898477 0.52 0 TreatB TreatB
## S_327 18.95 0.076960546 0.41 0 TreatB TreatB
## S_341 18.21 0.132030505 0.07 2 TreatC TreatC
## S_342 17.58 0.141601563 -0.07 3 TreatC TreatC
## S_343 17.65 0.137762579 0.09 2 TreatC TreatC
## S_344 20.23 0.116979485 -0.40 3 TreatC TreatC
## S_345 18.96 0.109859155 0.42 3 TreatC TreatC
## S_346 18.02 0.198041834 0.80 3 TreatC TreatC
## S_347 16.96 0.226277372 0.72 4 TreatC TreatC
## S_348 18.02 0.121404193 0.06 2 TreatC TreatC
## S_349 21.28 0.009009009 0.58 0 Control none
## S_350 21.72 0.019239794 0.18 0 Control none
## S_351 21.70 0.061124694 0.54 0 Control none
## S_352 21.79 -0.009545455 -0.07 0 Control none
## S_353 21.72 0.065750736 0.56 0 Control none
## S_354 23.77 0.100462963 0.80 0 Control none
## S_355 21.75 0.000000000 -0.26 0 Control none
## S_356 22.26 0.005874379 0.79 0 Control none
## S_438 20.48 0.039399625 -0.93 1 TreatA TreatA
## S_439 20.35 0.070776256 -1.61 2 TreatA TreatA
## S_440 20.77 0.016571970 -0.49 1 TreatA TreatA
## S_441 19.90 0.022113022 -0.43 1 TreatA TreatA
## S_442 19.50 0.049244271 -1.12 1 TreatA TreatA
## S_443 21.32 -0.017661098 0.39 2 TreatB TreatB
## S_444 20.59 -0.011793612 -0.79 1 TreatB TreatB
## S_445 21.06 0.022737819 -1.04 1 TreatB TreatB
## S_446 22.95 0.009922347 -0.21 0 TreatB TreatB
## S_447 20.91 -0.006256015 -0.15 1 TreatB TreatB
## S_448 20.41 0.023444976 -1.00 2 TreatB TreatB
## S_449 19.93 -0.011675127 -0.86 1 TreatB TreatB
## S_450 20.81 -0.013638578 -0.60 1 TreatB TreatB
## S_465 20.98 0.000000000 -0.93 1 TreatC TreatC
## S_466 20.42 0.002929687 -0.69 1 TreatC TreatC
## S_467 19.93 0.026380068 -0.87 1 TreatC TreatC
## S_468 23.81 -0.039284155 0.46 0 TreatC TreatC
## S_469 20.73 0.026760563 -0.70 1 TreatC TreatC
## S_470 21.79 0.030262572 -0.33 2 TreatC TreatC
## S_471 20.65 -0.020862968 -0.34 0 Control none
## S_472 21.20 -0.005161896 0.25 0 Control none
## S_473 20.90 0.022004890 -1.05 0 Control none
## S_474 21.68 -0.014545455 0.38 0 Control none
## S_475 21.68 0.063788027 0.43 0 Control none
## S_476 22.45 0.039351852 0.52 0 Control none
## S_477 20.76 -0.045517241 -0.19 0 Control none
## S_478 21.74 -0.017623136 0.18 0 Control none
## day_num
## S_219 -1
## S_220 -1
## S_221 -1
## S_222 -1
## S_223 -1
## S_224 -1
## S_225 -1
## S_226 -1
## S_227 -1
## S_228 -1
## S_229 -1
## S_230 -1
## S_231 -1
## S_232 -1
## S_233 -1
## S_234 -1
## S_251 -1
## S_252 -1
## S_253 -1
## S_254 -1
## S_255 -1
## S_256 -1
## S_257 -1
## S_259 -1
## S_260 -1
## S_261 -1
## S_262 -1
## S_263 -1
## S_264 -1
## S_265 -1
## S_267 12
## S_268 12
## S_269 12
## S_270 12
## S_271 12
## S_272 12
## S_273 12
## S_274 12
## S_275 12
## S_276 12
## S_277 12
## S_278 12
## S_279 12
## S_280 12
## S_281 12
## S_298 12
## S_299 12
## S_300 12
## S_301 12
## S_302 12
## S_303 12
## S_304 12
## S_305 12
## S_306 12
## S_308 12
## S_309 12
## S_310 12
## S_311 12
## S_312 12
## S_313 14
## S_315 14
## S_316 14
## S_317 14
## S_318 14
## S_319 14
## S_320 14
## S_321 14
## S_322 14
## S_323 14
## S_324 14
## S_325 14
## S_326 14
## S_327 14
## S_341 14
## S_342 14
## S_343 14
## S_344 14
## S_345 14
## S_346 14
## S_347 14
## S_348 14
## S_349 14
## S_350 14
## S_351 14
## S_352 14
## S_353 14
## S_354 14
## S_355 14
## S_356 14
## S_438 6
## S_439 6
## S_440 6
## S_441 6
## S_442 6
## S_443 6
## S_444 6
## S_445 6
## S_446 6
## S_447 6
## S_448 6
## S_449 6
## S_450 6
## S_465 6
## S_466 6
## S_467 6
## S_468 6
## S_469 6
## S_470 6
## S_471 6
## S_472 6
## S_473 6
## S_474 6
## S_475 6
## S_476 6
## S_477 6
## S_478 6
ps_invivo %>%
filter_taxa(function(x) sum(x > 0) > 0, TRUE) %>%
saveRDS("~/Documents/GitHub/DivComAnalyses/data-raw/ps_invivo.RDS")
sessionInfo()
## R version 4.0.2 (2020-06-22)
## Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
## Running under: macOS High Sierra 10.13.6
##
## Matrix products: default
## BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRblas.dylib
## LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib
##
## locale:
## [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
##
## attached base packages:
## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
##
## other attached packages:
## [1] phyloseq_1.34.0 forcats_0.5.1 stringr_1.4.0 dplyr_1.0.7
## [5] purrr_0.3.4 readr_2.0.1 tidyr_1.1.4 tibble_3.1.6
## [9] ggplot2_3.3.5 tidyverse_1.3.1
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] nlme_3.1-152 fs_1.5.2 lubridate_1.8.0
## [4] httr_1.4.2 tools_4.0.2 backports_1.4.1
## [7] bslib_0.2.5.1 vegan_2.5-7 utf8_1.2.2
## [10] R6_2.5.1 mgcv_1.8-36 DBI_1.1.1
## [13] BiocGenerics_0.34.0 colorspace_2.0-2 permute_0.9-5
## [16] ade4_1.7-17 withr_2.4.3 tidyselect_1.1.1
## [19] compiler_4.0.2 cli_3.1.0 rvest_1.0.1
## [22] Biobase_2.50.0 xml2_1.3.2 sass_0.4.1
## [25] scales_1.1.1 digest_0.6.29 rmarkdown_2.13
## [28] XVector_0.28.0 pkgconfig_2.0.3 htmltools_0.5.2
## [31] dbplyr_2.1.1 fastmap_1.1.0 rlang_1.0.2
## [34] readxl_1.3.1 rstudioapi_0.13 jquerylib_0.1.4
## [37] generics_0.1.1 jsonlite_1.8.0 magrittr_2.0.3
## [40] biomformat_1.16.0 Matrix_1.3-4 Rcpp_1.0.7
## [43] munsell_0.5.0 S4Vectors_0.26.1 Rhdf5lib_1.10.1
## [46] fansi_0.5.0 ape_5.5 lifecycle_1.0.1
## [49] stringi_1.7.6 yaml_2.3.5 MASS_7.3-54
## [52] zlibbioc_1.34.0 rhdf5_2.32.4 plyr_1.8.6
## [55] grid_4.0.2 parallel_4.0.2 crayon_1.4.2
## [58] lattice_0.20-44 splines_4.0.2 Biostrings_2.56.0
## [61] haven_2.4.3 multtest_2.44.0 hms_1.1.0
## [64] knitr_1.38 pillar_1.6.4 igraph_1.2.6
## [67] reshape2_1.4.4 codetools_0.2-18 stats4_4.0.2
## [70] reprex_2.0.1 glue_1.6.2 evaluate_0.14
## [73] data.table_1.14.2 modelr_0.1.8 vctrs_0.3.8
## [76] tzdb_0.1.2 foreach_1.5.1 cellranger_1.1.0
## [79] gtable_0.3.0 assertthat_0.2.1 xfun_0.30
## [82] broom_0.7.11 survival_3.2-13 iterators_1.0.13
## [85] IRanges_2.22.2 cluster_2.1.2 ellipsis_0.3.2