R/mod-CNregions.R
CNregions.mod.RdCNregions.mod Modified CNregions function from the facets package to handle small sample sizes.
CNregions.mod( seg, epsilon = 0.005, adaptive = FALSE, rmCNV = FALSE, cnv = NULL, frac.overlap = 0.5, rmSmallseg = TRUE, nProbes = 15 )
| seg | a segmentation file containing the segmentation information of multiple patients |
|---|---|
| epsilon | the maximum Euclidean distance between adjacent probes tolerated for denying a nonredundant region. epsilon=0 is equivalent to taking the union of all unique break points across the n samples. |
| adaptive | Vector of length-m lasso penalty terms. |
| rmCNV | If TRUE, remove germline CNV. |
| cnv | A data frame containing germline CNV data. |
| frac.overlap | A parameter needed to be explain. |
| rmSmallseg | If TRUE, remove small segment. |
| nProbes | The segment length threshold below which the segment will be removed if rmSmallseq = TRUE. |
reducedM : A matrix ready for plotting.
#> #>#> #> #>#> #> #>samples <- as.character(unique(mut$Tumor_Sample_Barcode))[ sample(1:length(unique(mut$Tumor_Sample_Barcode)), 100, replace=FALSE)] CNregions.mod(seg %>% filter(ID %in% samples))#> chr1.2488138-11167550 chr1.11167550-14192672 #> P-0000145-T01-IM3 -0.0290 -0.0290 #> P-0000216-T02-IM3 -0.2137 -0.2137 #> P-0000231-T01-IM3 -0.0391 -0.0391 #> P-0000242-T01-IM3 -0.3706 0.0444 #> P-0000244-T01-IM3 -0.3711 -0.0041 #> P-0000329-T01-IM3 -0.1930 -0.1930 #> P-0000372-T01-IM3 0.3203 0.3203 #> P-0000426-T01-IM3 0.0490 0.0490 #> P-0000427-T01-IM3 -0.2761 -0.2761 #> P-0000569-T01-IM3 0.0580 0.0580 #> P-0000625-T01-IM3 -0.1153 -0.1153 #> P-0000761-T01-IM3 -0.0499 -0.0499 #> P-0000777-T01-IM3 -0.6496 -0.6496 #> P-0000789-T01-IM3 -0.0795 -0.0795 #> P-0000805-T01-IM3 -0.2022 -0.2022 #> P-0000878-T01-IM3 -0.5294 -0.5294 #> P-0000963-T01-IM3 0.2291 0.2291 #> P-0001001-T01-IM3 0.1590 0.1590 #> P-0001004-T01-IM3 -0.0256 -0.0256 #> P-0001038-T01-IM3 -0.4935 -0.4935 #> P-0001046-T01-IM3 -0.1849 -0.1849 #> P-0001218-T01-IM3 0.0166 0.0166 #> P-0001303-T03-IM5 -0.2107 -0.2107 #> P-0001427-T01-IM3 0.0164 0.0164 #> P-0001507-T01-IM3 -0.0242 -0.0242 #> P-0001551-T01-IM3 -0.0184 -0.0184 #> P-0001684-T02-IM3 -0.0072 -0.0072 #> P-0001730-T01-IM3 -0.4324 0.1065 #> P-0002021-T01-IM3 0.1248 0.1248 #> P-0002240-T01-IM3 0.3250 0.3250 #> P-0002273-T02-IM3 -0.0705 -0.0705 #> P-0002292-T01-IM3 0.0207 0.0207 #> P-0002296-T01-IM3 -0.4516 -0.4516 #> P-0002407-T01-IM3 -0.0380 -0.0380 #> P-0002421-T01-IM3 -0.0980 -0.0980 #> P-0002434-T01-IM3 0.0081 0.0081 #> P-0002456-T01-IM3 0.0928 0.0928 #> P-0002605-T01-IM3 0.0816 0.0816 #> P-0002614-T01-IM3 0.1193 0.1193 #> P-0002640-T01-IM3 -0.4619 -0.4619 #> P-0002651-T01-IM3 0.3476 0.3476 #> P-0002656-T01-IM3 0.0256 0.0256 #> P-0002844-T01-IM3 -0.0026 -0.0026 #> P-0002916-T02-IM5 0.0610 0.0610 #> P-0002940-T01-IM3 -0.0245 -0.0245 #> P-0002963-T01-IM3 -0.2585 0.0996 #> P-0003345-T01-IM5 -0.0015 -0.0015 #> P-0003375-T01-IM5 -0.3157 -0.3157 #> P-0003693-T01-IM5 -0.2852 -0.2852 #> P-0003881-T01-IM5 -0.3945 -0.3945 #> P-0003926-T01-IM5 -0.0168 -0.0168 #> P-0003942-T01-IM3 -0.2945 -0.2945 #> P-0003959-T01-IM3 -0.0412 -0.0412 #> P-0004008-T01-IM3 -0.3072 -0.3072 #> P-0004122-T01-IM5 0.0508 0.0508 #> P-0004130-T01-IM5 -0.0904 -0.0904 #> P-0004556-T01-IM5 0.0332 0.0332 #> P-0004637-T01-IM5 0.0694 0.0694 #> P-0004765-T01-IM5 0.5058 -0.2193 #> P-0004780-T01-IM5 0.2572 0.2572 #> P-0004841-T01-IM5 -0.1626 -0.1626 #> P-0004849-T01-IM5 -0.0027 -0.0027 #> P-0004896-T01-IM5 -0.0259 -0.0259 #> P-0004927-T01-IM5 0.4198 0.4198 #> P-0005260-T01-IM5 -0.3766 -0.3766 #> P-0005771-T02-IM5 -0.2263 -0.2263 #> P-0005826-T01-IM5 -0.0052 -0.0052 #> P-0005871-T01-IM5 -0.2184 -0.2184 #> P-0005881-T02-IM5 -0.0459 -0.0459 #> P-0005887-T02-IM5 -0.0315 -0.0315 #> P-0006080-T01-IM5 0.0088 0.0088 #> P-0006580-T01-IM5 0.0231 0.0231 #> P-0006717-T01-IM5 -0.0452 -0.0452 #> P-0006853-T01-IM5 -0.0313 -0.0313 #> P-0006937-T01-IM5 -0.2665 0.1282 #> P-0007213-T01-IM5 -0.1490 -0.1490 #> P-0007299-T02-IM5 -0.0748 -0.0748 #> P-0007366-T01-IM5 0.0923 0.0923 #> P-0007485-T01-IM5 -0.0145 -0.0145 #> P-0007807-T01-IM5 0.0449 0.0449 #> P-0008160-T02-IM5 -0.1416 -0.1416 #> P-0008214-T01-IM5 0.0900 0.0900 #> P-0008236-T01-IM5 -0.4711 -0.4711 #> P-0008241-T01-IM5 0.0728 0.0728 #> P-0008456-T01-IM5 -0.0119 -0.0119 #> P-0008564-T01-IM5 0.0115 0.0115 #> P-0008661-T01-IM5 -0.0125 -0.0125 #> P-0009396-T01-IM5 0.0698 0.0698 #> P-0009456-T01-IM5 0.0123 0.0123 #> P-0010202-T01-IM5 -0.1087 -0.1087 #> P-0010604-T01-IM5 0.1502 0.1502 #> P-0010679-T01-IM5 0.0098 0.0098 #> P-0010794-T01-IM5 0.0114 0.0114 #> P-0010868-T01-IM5 -0.0457 -0.0457 #> P-0011081-T01-IM5 -0.9101 -0.9101 #> P-0011103-T01-IM5 -0.4388 -0.4388 #> P-0011320-T01-IM5 -0.6709 -0.6709 #> P-0011452-T01-IM5 -0.0017 -0.0017 #> P-0011521-T01-IM5 0.0449 0.0449 #> P-0012142-T01-IM5 -0.4540 -0.4540 #> chr1.14192672-16199471 chr1.16199471-17345415 #> P-0000145-T01-IM3 -0.0290 -0.0290 #> P-0000216-T02-IM3 -0.2137 -0.2137 #> P-0000231-T01-IM3 -0.0391 -0.0391 #> P-0000242-T01-IM3 0.0444 0.0444 #> P-0000244-T01-IM3 -0.0041 -0.0041 #> P-0000329-T01-IM3 -0.1930 -0.1253 #> P-0000372-T01-IM3 0.3203 0.3203 #> P-0000426-T01-IM3 0.0490 0.0490 #> P-0000427-T01-IM3 -0.2761 -0.2761 #> P-0000569-T01-IM3 0.0580 0.0580 #> P-0000625-T01-IM3 -0.1153 -0.1153 #> P-0000761-T01-IM3 -0.0499 -0.0499 #> P-0000777-T01-IM3 -0.6496 -0.6496 #> P-0000789-T01-IM3 -0.0795 -0.0795 #> P-0000805-T01-IM3 -0.2022 -0.2022 #> P-0000878-T01-IM3 -0.5294 -0.5294 #> P-0000963-T01-IM3 0.2291 0.4445 #> P-0001001-T01-IM3 0.1590 0.1590 #> P-0001004-T01-IM3 -0.0256 -0.0256 #> P-0001038-T01-IM3 -0.4935 -0.4935 #> P-0001046-T01-IM3 -0.1849 -0.1849 #> P-0001218-T01-IM3 0.0166 0.0166 #> P-0001303-T03-IM5 -0.2107 -0.2107 #> P-0001427-T01-IM3 0.0164 0.0164 #> P-0001507-T01-IM3 -0.0242 -0.0242 #> P-0001551-T01-IM3 -0.0184 -0.0184 #> P-0001684-T02-IM3 -0.0072 -0.0072 #> P-0001730-T01-IM3 0.1065 0.1065 #> P-0002021-T01-IM3 0.1248 0.1248 #> P-0002240-T01-IM3 0.3250 0.3250 #> P-0002273-T02-IM3 -0.0705 -0.0705 #> P-0002292-T01-IM3 0.0207 0.1335 #> P-0002296-T01-IM3 -0.4516 -0.4516 #> P-0002407-T01-IM3 -0.0380 -0.0380 #> P-0002421-T01-IM3 -0.0980 -0.0980 #> P-0002434-T01-IM3 0.0081 0.0081 #> P-0002456-T01-IM3 0.0928 0.0928 #> P-0002605-T01-IM3 0.0816 0.0816 #> P-0002614-T01-IM3 0.1193 0.1193 #> P-0002640-T01-IM3 -0.4619 -0.4619 #> P-0002651-T01-IM3 0.3476 0.3476 #> P-0002656-T01-IM3 0.0256 0.0256 #> P-0002844-T01-IM3 -0.0026 -0.0026 #> P-0002916-T02-IM5 0.0610 0.0610 #> P-0002940-T01-IM3 -0.0245 -0.0245 #> P-0002963-T01-IM3 0.0996 0.0996 #> P-0003345-T01-IM5 -0.0015 -0.0015 #> P-0003375-T01-IM5 -0.3157 -0.3157 #> P-0003693-T01-IM5 -0.2852 -0.2852 #> P-0003881-T01-IM5 -0.3945 -0.3945 #> P-0003926-T01-IM5 -0.0168 -0.0168 #> P-0003942-T01-IM3 -0.2945 0.2275 #> P-0003959-T01-IM3 -0.0412 -0.0412 #> P-0004008-T01-IM3 0.0624 0.0624 #> P-0004122-T01-IM5 0.0508 0.0508 #> P-0004130-T01-IM5 -0.0904 -0.0904 #> P-0004556-T01-IM5 0.0332 0.0332 #> P-0004637-T01-IM5 0.6614 0.6614 #> P-0004765-T01-IM5 -0.2193 -0.2193 #> P-0004780-T01-IM5 0.2572 0.2572 #> P-0004841-T01-IM5 -0.1626 -0.1626 #> P-0004849-T01-IM5 -0.0027 -0.0027 #> P-0004896-T01-IM5 -0.0259 -0.0259 #> P-0004927-T01-IM5 0.4198 0.4198 #> P-0005260-T01-IM5 -0.0320 -0.0320 #> P-0005771-T02-IM5 -0.2263 -0.2263 #> P-0005826-T01-IM5 -0.0052 -0.0052 #> P-0005871-T01-IM5 -0.2184 -0.2184 #> P-0005881-T02-IM5 -0.0459 -0.0459 #> P-0005887-T02-IM5 -0.0315 -0.0315 #> P-0006080-T01-IM5 0.0088 0.0088 #> P-0006580-T01-IM5 0.0231 0.0231 #> P-0006717-T01-IM5 -0.0452 -0.0452 #> P-0006853-T01-IM5 -0.0313 -0.0313 #> P-0006937-T01-IM5 0.1282 0.1282 #> P-0007213-T01-IM5 -0.1490 -0.1490 #> P-0007299-T02-IM5 -0.0748 -0.0748 #> P-0007366-T01-IM5 0.0923 0.0923 #> P-0007485-T01-IM5 -0.0145 -0.0145 #> P-0007807-T01-IM5 0.0449 0.0449 #> P-0008160-T02-IM5 -0.1416 -0.1416 #> P-0008214-T01-IM5 0.0900 0.0900 #> P-0008236-T01-IM5 -0.4711 -0.4711 #> P-0008241-T01-IM5 0.0728 0.0728 #> 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