En japansk kvinna i 50-årsåldern genomgick kirurgisk resektion för en tumör som uppstod i vänster retroperitoneum. Preoperativ datortomografi (CT) och positronemissionstomografi (PET)-CT samt intraoperativa fynd visade inga avlägsna metastaser, ingen uppenbar peritoneal dissemination och ingen invasion av livmodern eller äggstockarna (Supplementary Information). Histologiskt identifierades tumören som ett leiomyosarkom på 12 cm × 11 cm. Hon behandlades med postoperativ kemoterapi med 6 cykler av doxorubicin, följt av kemoterapi med pazopanib i 8 månader. Under observationsperioden visade bildstudier peritoneal återfall. Medan kemoterapi med pazopanib snabbt återstartades, växte tumörmassan så småningom till en uppenbar tumör i peritoneum. Hon genomgick två gånger debulking kirurgi för peritoneala tumörer, men tumörerna återkom. Hon fick kemoterapi med gemcitabin och docetaxel, som avbröts på grund av interstitiell pneumoni. Cancergenomprofilering genomfördes för att söka efter genombroppsbehandlingsstrategier i daglig klinisk praxis inom cancerprecisionsmedicin. Hon hänvisades till oss för genetisk rådgivning och tolkning av RAD51D-splicingsvarianten, som ursprungligen upptäcktes i tumörgenomprofileringsanalysen. Hon hade ingen familjehistoria av RAD51-relaterade cancerformer eller andra typer av maligniteter, inklusive sarkom. Vid immunohistokemiska studier som utfördes vid Mita Hospital i anslutning till International University of Health and Welfare, Japan, visade sig tumörcellerna svagt positiva för alfa-smidig muskelaktin och desmin. Dessa fynd är förenliga med en diagnos av leiomyosarkom, motsvarande histologisk grad 1 enligt det franska cancercentrets sarkomgrupp (FNCLCC) gradsystem för sarkom []. Genom genomisk profilering av de 324 generna i patientens tumörprov med användning av onkologipanelen FoundationOne CDx® (Foundation Medicine Inc., MA, USA) upptäcktes två patogena varianter i RAD51D (splicingsvariant) och TP53 (missense-variant) och intermediära amplifieringar av fyra gener (tabell). På grundval av rekommendationerna från expertpanelen, som är en tumörpanel som ger molekylära och kliniska tolkningar och förslag till resultaten av onkologipaneltester, fick patienten genetisk rådgivning och genomgick därefter en analys av könscellerna för RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Samma splicingsvariant av RAD51D upptäcktes i analysen av DNA extraherat från lymfocyter genom direkt DNA-sekvensering med användning av kapillärgelelektrofores och fluorescensdetektion (Sanger-sekvenseringsteknik och tillämpning), som utfördes i ett CLIA-certifierat laboratorium. Efter omfattande genetisk rådgivning baserad på resultaten från könscellstesterna genomgick hennes två döttrar, som visas som IV-1 och IV-2, också prediktiva genetiska tester, och båda visade sig vara positiva för varianten, NetGene2, Splice Site Prediction by Neural Network (NNSplice) och Alternative Splice Site Predictor (ASSP) för att analysera de potentiella effekterna av RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Alla fyra verktygen förutspådde att RAD51D-varianten försvagade normal klyvning och gav en kortare form av RAD51D-proteinet (tabell och). Vidare förutspådde cBROCA-analysen, en experimentell analys för RNA som visas av Casadei et al. [], också att denna förändring skulle försvaga den ursprungliga klyvningsacceptorn och skapa eller stärka alternativa nya klyvningsacceptorer, vilket resulterade i kortare former av RAD51D-proteinprodukterna. Sammantaget tyder dessa beräkningsanalyser på att en enkel nukleotidförändring i intron 9 av RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] försvagar normal klyvning av RAD51D-mRNA, vilket resulterade i produktionen av en kortare form av RAD51D-proteinet (en representativ trunkerad produkt visas i figur c och d). Även om det inte finns några specifika konsensusdomäner i exon 10, som trunkeras genom försvagad klyvning, skulle de aggressivt maligna fenotyperna som observerades i detta fall vara bevis för RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] som en ny förlust-av-funktion-variant som är involverad i bildandet och/eller utvecklingen av maligna tumörer. Enligt ClinVar-databasen (Variation ID: 472631) (, åtkomst i augusti 2021), är den kliniska betydelsen av RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] sannolikt patogen eller osäker, vilket innebär att dess kliniska betydelse ännu inte har fastställts och är föremål för tolkning. Allelfrekvenserna av RAD51D c.904-2A > T (NM_002878) i den allmänna befolkningen var 6,60 × 10− 4 (ToMMo 8.3KJPN) och 4,13 × 10− 4 (HGVD ver2.3, dbSNP rsID: 1403784434) hos japanska personer och 3,98 × 10− 6 i den globala befolkningen, vilket tyder på att den splejande varianten RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] var extremt sällsynt i den globala befolkningen såväl som i Japan, vilket kan indikera att det är en patogen variant (Tabell).