En 14 månader gammal pojke hänvisades till avdelningen för utvecklingsbeteendepedikyr vid Liuzhou Maternity and Child Healthcare Hospital, i Guangxi-provinsen, för utvecklingsförsening, kontraktur av akilleshälsen, hypertoni, nystagmus och synfel. Pojken föddes fullgången efter en problemfri graviditet med icke-blodbesläktade föräldrar av kinesiskt ursprung. Ingen av föräldrarna eller deras släktingar hade några besläktade symtom. Pojken hade normal födelse längd och vikt (52 cm och 3,3 kg) och är nu 80 cm och 10,8 kg (uppdatering 17/4/2019). Föräldrarna beskrev pojken som att han inte kunde följa ljus eller föremål, och nystagmus noterades sedan födseln. Ögonundersökningen visade ingen ögonrörelse, horisontell tremor i båda ögonen, exotropi och korneal transparens. Medfödda katarakter hittades hos patienten. Inga abnormiteter hittades i de oftalmologiska utvärderingarna för fadern till probanden. Utvecklingsmilstolpar var uppenbart försenade. Han kunde inte rulla över förrän 12 månader, eller komma till en sittande position utan hjälp förrän 18 månader. Pojken har haft hypertoni och Achilles tendon kontraktur sedan födseln. Gesell utvecklingsundersökningen utfördes och pojken bedömdes ha en allvarlig utvecklingsförsening av anpassningsförmåga och finmotorik, måttlig utvecklingsförsening av stora motoriska färdigheter, och mild utvecklingsförsening av språkutveckling och personligt-sociala interaktioner. MRT visade försenad myelinering av hjärnan och bildandet av den femte ventrikeln enligt tillverkarens protokoll. Målriktat nästa generations sekvensering av prov från endast provtagaren utfördes med hjälp av en panel för ärftliga sjukdomar (inklusive 2742 sjukdomsframkallande gener, kat. nr. 5190–7519, Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA) enligt beskrivningen tidigare []. Ursprungliga sekvenseringsdata bedömdes med hjälp av Fast QC (version 0.11.2) för kvalitetskontroll. Burrows-Wheeler Alignment tool (version 0.2.10) användes för att anpassa sekvenseringsdata till Human Reference Genome (NCBI build 37, hg 19). Enstaka nukleotidvarianter och små indelningar identifierades med hjälp av Genome Analysis Toolkit. Alla varianter sparades i Variant Call Format och laddades upp till Ingenuity Variant Analysis (Ingenuity Systems, Redwood City, CA, USA) och TGex (Translational Genomics Expert) plattformar för biologisk analys och tolkning. Varianter som upptäcktes med hjälp av nästa generations sekvensering bekräftades med hjälp av Sanger-sekvensering hos patienten och hans föräldrar. Kopieringsnummervarianter (CNV) identifierades med hjälp av CNVkit open source-programvara, ett verktyg för att härleda och visualisera kopieringstal från riktade DNA-sekvenseringsdata. Anpassade data efter Burrows-Wheeler-anpassningsprocessen användes som input. Normala referensdata som användes för CNV-identifiering konstruerades med hjälp av sekvenseringsdata från 10 normala män och 10 normala kvinnor som tidigare validerats utan patogena CNV med hjälp av en kromosomal mikromatrisplattform. CNVkit-inställningarna användes som standard för CNV-identifiering. CNV som upptäcktes genom bioinformatiska analyser validerades ytterligare med hjälp av kromosomal matrisanalys med hjälp av CytoScan 750 k Suite (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). En homozygot variant i OPA1 (NM_015560: c.2189 T > C p.Leu730Ser) identifierades hos patienten. Varianten saknas i alla för närvarande tillgängliga databaser, inklusive Genome Aggregation Database. Flera linjer av datorstödda bevis tyder på en skadlig effekt av denna mutation (Tabell). Sanger-sekvensering användes för att validera varianten i släktträdet och visade att patientens far bar på samma heterozygota variant och att hans mor var vildtyp. CNV-analys, baserad på läsningsdjupinformation för probanden, indikerade en heterozygota deletion på den korta armen av kromosom 3. Kromosomal mikromatrisanalys bekräftade denna deletion som arr[GRCh37] 3q28q29(191921285_195896838)× 1. Således ärvde probanden en heterozygota variant i OPA1-genen från sin far och utvecklade en de novo 3975 kb mikrodeletion på kromosom 3 som avslöjade den heterozygota varianten i en hemizygot form.