En 79-årig man togs in på kardiologiska avdelningen på vårt sjukhus och klagade på en feber som pågått i 7 dagar, med en temperatur på upp till 39,5 ℃. Han hade inte hostat, hade inte producerat slem, hade inte haft näsblockad, hade inte haft faryngalgi, hade inte haft bröstsmärtor, hade inte haft yrsel eller hade inte haft huvudvärk. Fem dagar före intagningen hade han diagnostiserats med lunginfektion med hjälp av en röntgenundersökning av bröstet och hade fått antibiotikabehandling på ett lokalt sjukhus, men hans symtom hade inte försvunnit. Patienten hade diagnostiserats med diabetes mellitus för två månader sedan och hade druckit 2000–3000 ml vatten per dag. För ungefär 20 dagar sedan började han uppleva tryck över bröstet och andfåddhet efter fysisk aktivitet. Dessutom hade patienten haft högt blodtryck i mer än 20 år. Vid intagningen (dag 0) visade fysisk undersökning att patienten var vid medvetande, hade en temperatur på 36,5 ℃, en puls på 78/min, en andningsfrekvens på 20/min, ett blodtryck på 120/62 mmHg och knaster vid lungundersökning. Patienten rapporterade en viktminskning på 10 kg under de senaste sex månaderna. Laboratorieundersökningar visade vita blodkroppar på 7,77 × 109/L (med 90,1 % neutrofiler, 2,5 % monocyt och 7,2 % lymfocyter), procalcitonin på 3,24 ng/ml, en erytrocyt-sedimentationshastighet på 52 mm/h, hemoglobin A1c på 9,5 % och ett blodsockervärde på 8,26 mmol/L vid fasta. En datortomografi (CT) av bröstkorgen visade flera noduler och en spridd infiltration i båda lungorna, vilket inte uteslöt möjligheten av tuberkulos. Den preliminära diagnosen var lunginfektion och empirisk antibiotikabehandling med intravenös piperacillin/tazobactam (4,5 g, q12h) och moxifloxacin (2 g, q12h) gavs. Intravenös insulin (4 U, qd) och oral miglitol (50 mg, q12h) användes för att kontrollera blodglukosnivån. Efter antagning utvecklade patienten kontinuerligt feber och den dagliga temperaturtoppen översteg 38,5 ℃. På dag 1 utvecklade han andningssvikt och fick syrgasbehandling. Analys av arteriellt blodgas visade PH 7,50, PaO2 på 57,7 mmHg, PaCO2 på 31,9 mmHg och SaO2 på 90,2%. Serologiska tester för influensa A IgM, influensa B IgM, parainfluensa virus IgM, adenovirus IgM, respiratorisk syncytial virus IgM, Mycoplasma pneumoniae IgM och Chlamydia pneumoniae IgM visade sig negativa. Tuberkulos immun spot test var positiv. På dag 2, utvecklade patienten polyuri och polydipsi, och hans symptom på takypné var inte lättad under syrgasbehandling. Då överfördes han till intensivvårdsavdelningen (ICU) och fick mekanisk ventilation. På dag 3, hade patienten en PASS-poäng på -1, och fick analgesi och sedering med propofol och alfentanil. Bronkoskopi fann bronkial slemhinnans inflammation och produktion av purulent sputum, och bronkoalveolär tvättvätska (BALF) erhölls för ytterligare detektion. Patienten hade en minskad syrehalt (155) jämfört med tidigare. Inga avvikelser upptäcktes i blodkulturen. Serum galaktomannan (1,74 ng/ml) och 1,3-β-d-glukan (424,50 ng/L) var positiva. Syrefast färgning och kultur av BALF var negativa. M. tuberculosis DNA-detektion från BALF var positiv. BALF-provet skickades också för metagenomisk sekvensering av nästa generation (Genskey, Peking, Kina). Totalt 86 398 947 råläsningar genererades och 60 161 047 högkvalitativa läsningar erhölls efter att låga kvalitetsläsningar avlägsnats. Bland de högkvalitativa läsningarna var 47 232 566 anpassade till det mänskliga referensgenomet (HG38) och 12 928 481 användes för nedströms analys. M. tuberculosis-komplexet rapporterades av mNGS av BALF (7 453 374 läsningar), A. lentulus (37 868 läsningar) och flera oralt koloniserande mikroorganismer. Metagenomdata finns nu tillgänglig på NCBI under sekvensläsarnas arkiv (SRA) databas med tillgångsnummer PRJNA917778. Baserat på dessa resultat diagnostiserades patienten som en samtidig infektion av M. tuberculosis och A. lentulus. Den initiala antibiotikabehandlingen ändrades till oral isoniazid (0,3 g, qd), rifapentin (0,45 g, qd) för anti-tuberkulos och intravenös kaspofungin (50 mg, qd) för svampmedel. På dag 6 försämrades patientens tillstånd igen. Han utvecklade multipel organsvikt och hamnade i ett lätt koma. Hans familj beslutade att avbryta behandlingen på grund av ekonomiska problem och en allvarlig prognos. Andningen stoppades därefter och patienten avled 1,5 timmar senare.