Японка в возрасте 50 лет была прооперирована для удаления опухоли, возникшей в левом забрюшинном пространстве. Дооперационная компьютерная томография (КТ) и позитронно-эмиссионная томография (ПЭТ)-КТ, а также внутриоперационные данные не выявили отдаленных метастазов, явного распространения в брюшной полости и инвазии в матку или яичники (дополнительная информация). По гистологическим данным, опухоль была идентифицирована как лейомиосаркома размером 12 см × 11 см. Пациентка была прооперирована с последующей химиотерапией с 6 циклами доксорубицина, а затем химиотерапией с пазопанибом в течение 8 месяцев. Во время наблюдения после операции, визуализация показала рецидив в брюшной полости. Хотя химиотерапию с пазопанибом немедленно возобновили, опухолевая масса в конечном итоге выросла до очевидной опухоли в брюшной полости. Пациентка дважды подвергалась операции по удалению опухолей в брюшной полости, но опухоли рецидивировали. Пациентка получала химиотерапию с гемцитабином и доцетакселем, которая была прекращена из-за появления интерстициальной пневмонии. Для поиска согласующихся с геномом стратегий лечения в повседневной клинической практике в медицине точной диагностики рака был проведен профилирование генома рака. Пациентка была направлена к нам для генетического консультирования и интерпретации варианта сплайсинга RAD51D, который был изначально обнаружен в анализе профиля опухолевого генома. Пациентка не имела семейной истории рака, связанного с RAD51, или других видов злокачественных заболеваний, включая саркому (рисунок). При гистологическом исследовании опухоль показала фасцикулярную пролиферацию веретенообразных клеток с эозинофильной цитоплазмой. Ядра имели умеренную атипию, а некоторые опухолевые клетки имели выраженные нуклеолы. Также были отмечены случайные митотические фигуры. Не было отмечено некроза опухоли (рис. а). В иммуногистохимических исследованиях, проведенных в больнице Мита в дополнение к Международному университету здравоохранения и благосостояния в Японии, было показано, что опухолевые клетки слабо положительно реагируют на α-гладкие мышечные актины и десмин. Эти результаты согласуются с диагнозом лейомиосаркомы, эквивалентным гистологическому классу 1 согласно системе классификации сарком Французской федерации онкологических центров (FNCLCC) []. Посредством анализа геномного профиля 324 генов опухолевых образцов пациентки с помощью онкологической панели FoundationOne CDx® (Foundation Medicine Inc., MA, США) были обнаружены два патогенных варианта в RAD51D (вариант сплайсинга) и TP53 (вариант смыслового изменения) и промежуточные амплификации четырех генов (таблица). На основании рекомендаций экспертной группы, которая представляет собой онкологический совет, предоставляющий молекулярно-клинические интерпретации и предложения по результатам онкологического панельного тестирования, пациентка получила генетическое консультирование и впоследствии была подвергнута анализу зародышевой линии на RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Тот же вариант сплайсинга RAD51D был обнаружен при анализе ДНК, извлеченной из лимфоцитов, с помощью прямого секвенирования ДНК с использованием капиллярной гель-электрофореза и флуоресцентного детектирования (техника и применение секвенирования Сэнгера), который был проведен в лаборатории, сертифицированной по программе Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA). После обширного генетического консультирования на основании результатов, полученных от тестирования зародышевой линии, ее две дочери, показанные как IV-1 и IV-2, также прошли прогностическое генетическое тестирование, и оба были признаны положительными на вариант (рисунок). Чтобы оценить потенциальные эффекты варианта спейсинга из-за однонуклеотидной замены в 3'-конце интрона 9, чья схема и местоположение показаны на фиг. b, мы использовали четыре инструмента для предсказания результатов, Max Entropy Scan (MES), NetGene2, Splice Site Prediction by Neural Network (NNSplice) и Alternative Splice Site Predictor (ASSP), чтобы проанализировать потенциальные эффекты RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Все четыре инструмента предсказали, что вариант RAD51D ослабил нормальный сплайсинг и привел к более короткой форме белка RAD51D (таблица и). Кроме того, анализ cBROCA, экспериментальный анализ РНК, как показано в Casadei et al. [], также предсказал, что это изменение ослабит естественный сайт приемника сплайсинга и создаст или усилит новые альтернативные сайты приемника сплайсинга, что приведет к более короткой форме белка RAD51D. В совокупности эти вычислительные анализы позволяют предположить, что однонуклеотидная замена в интроне 9 RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] ослабляет нормальный сплайсинг мРНК RAD51D, что приводит к производству более короткой формы белка RAD51D (представительный усеченный продукт показан на фиг. c и d). Хотя в экзоне 10, который усечен из-за ослабленного сплайсинга, нет конкретных консенсусных доменов, агрессивно злокачественные фенотипы, наблюдаемые в этом случае, свидетельствуют о том, что вариант RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] является новым вариантом потери функции, участвующим в образовании и/или прогрессировании злокачественных опухолей. Согласно базе данных ClinVar (Variation ID: 472631) (доступно в августе 2021 года), клиническая значимость RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] является вероятной патогенной или неопределенной, что означает, что ее клиническая значимость еще не была определена и является предметом дискуссии в интерпретации. Частота встречаемости аллеля RAD51D c.904-2A > T (NM_002878) в общей популяции была 6,60 × 10− 4 (ToMMo 8.3KJPN) и 4,13 × 10− 4 (HGVD ver2.3, dbSNP rsID: 1403784434) у японцев и 3,98 × 10− 6 в глобальной популяции, что позволяет предположить, что сплайсинг-вариант RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] был крайне редким как в глобальной, так и в японской популяции, что может потенциально указывать на то, что это патогенный вариант (таблица).