14-месячный мальчик был направлен в отделение педиатрии развития и поведения в больнице материнства и детства в Лючжоу, провинция Гуанси, из-за задержки развития, контрактуры ахиллова сухожилия, гипертонии, нистагма и дефекта зрения. Мальчик родился в срок после беспроблемной беременности у родителей китайского происхождения, не состоящих в родстве. Ни у одного из родителей и их родственников не было связанных с этим симптомов. У мальчика были нормальные ростовые показатели и вес (52 см и 3,3 кг), а сейчас он 80 см и 10,8 кг (обновление от 17/4/2019). Родители описывали, что мальчик не мог следить за светом или предметами, и с рождения наблюдался нистагм. Офтальмологическое обследование не выявило слежения за глазами, горизонтального тремора обоих глаз, экзотропии и прозрачности роговицы. У пациента были обнаружены врожденные катаракты. В офтальмологических оценках отца пробанда не было обнаружено никаких отклонений. У мальчика явно были задержки в развитии. Он не мог перевернуться до 12 месяцев или до 18 месяцев не мог самостоятельно сесть. У мальчика с рождения была гипертония и контрактура ахиллова сухожилия. Был проведен тест развития по Гесселю, и у мальчика был выявлен серьезный отставание в развитии адаптивных и мелкой моторики, умеренное отставание в развитии крупной моторики и умеренное отставание в развитии речи и межличностных и социальных взаимодействий. Магнитно-резонансное изображение показало задержку миелинизации мозга и формирование пятого желудочка (рисунок). Кариотипирование показало нормальный 46, XY. Для пробанда была применена тандемная масс-спектрометрия для выявления возможных наследственных метаболических заболеваний, но с отрицательными результатами.Генетическое тестирование и анализ данных. Геномная ДНК была извлечена из образцов периферической крови пациента и его родителей с помощью GentraPuregene Blood Kit (Qiagen, Hilden, Германия) в соответствии с протоколом производителя. Целевое секвенирование нового поколения только с участием пробандов с использованием панели наследственных заболеваний (включая 2742 гена, вызывающих заболевания, каталожный номер 5190–7519, Agilent Technologies, Санта-Клара, Калифорния, США) было выполнено, как описано ранее []. Оригинальные данные секвенирования были оценены с помощью Fast QC (версия 0.11.2) для контроля качества. Инструмент выравнивания Burrows-Wheeler (версия 0.2.10) был использован для выравнивания данных секвенирования с Геномным Референтным Геном Человека (NCBI build 37, hg 19). Варианты одиночных нуклеотидов и небольшие инделы были идентифицированы с помощью Genome Analysis Toolkit. Все варианты были сохранены в формате Variant Call Format и загружены на платформы Ingenuity Variant Analysis (Ingenuity Systems, Redwood City, CA, США) и TGex (Translational Genomics Expert) для биологического анализа и интерпретации. Варианты, обнаруженные с помощью секвенирования нового поколения, были подтверждены с помощью секвенирования Сэнгера у пациента и его родителей. Варианты числа копий (CNV) были идентифицированы с помощью программного обеспечения с открытым исходным кодом CNVkit, инструментария для выведения и визуализации числа копий из данных целевого секвенирования ДНК. В качестве входных данных использовались выровненные данные после процесса выравнивания Берроуза-Уилера. Нормальные справочные данные, используемые для идентификации CNV, были построены с использованием данных секвенирования от 10 нормальных мужчин и 10 нормальных женщин, которые были ранее проверены на отсутствие патогенных CNV с помощью платформы микроматрицы хромосом. Для идентификации CNV использовались настройки CNVkit по умолчанию. CNV, обнаруженные с помощью биоинформатического анализа, дополнительно проверяются с помощью анализа хромосомной матрицы с помощью CytoScan 750 k Suite (Thermo Scientific, Waltham, MA, США). У пациента был выявлен гомозиготный вариант в OPA1 (NM_015560: c.2189 T > C p.Leu730Ser). Этот вариант отсутствует во всех доступных в настоящее время базах данных, включая базу данных Genome Aggregation Database. Несколько линий вычислительных доказательств свидетельствуют о вредном эффекте этой мутации (таблица). Для подтверждения варианта в родословной был проведен секвенирование Сэнгера, которое показало, что отец пациента носил тот же гетерозиготный вариант, а его мать была дикого типа (рис. а). Анализ CNV, основанный на информации о глубине прочтения пробандов, указал на гетерозиготную делецию на коротком плече хромосомы 3 (рис. b). Хромосомный микроматричный анализ подтвердил эту делецию как arr[GRCh37] 3q28q29(191921285_195896838)× 1 (рис. c). Таким образом, пробанд унаследовал гетерозиготный вариант в гене OPA1 от отца и развил микроделецию 3975 кб на хромосоме 3, которая выявила гетерозиготный вариант в дизиготной форме.