Пациент был 8-летним мальчиком, у которого в возрасте 6 лет постепенно прогрессировала односторонняя птоз, которая развилась в двустороннюю птоз в 8 лет и 4 месяца. Пациент был 8-летним мальчиком с двусторонним птозом. В конце декабря 2017 года у пациента появилась лихорадка неизвестного происхождения, температура тела достигла 38,5 °C. Он выздоровел после приема пероральных жаропонижающих средств. Через неделю после лихорадки у пациента случился приступ дискинезии, и он продолжал наклонять голову влево (дискинезия шейного отдела), что сопровождалось расстройствами движения глаз. Пациент был первым ребенком, родившимся у родителей, не связанных родственными узами, и в семье не было аналогичных случаев. Хотя у него была «история врожденных пороков сердца», последующее ультразвуковое исследование сердца с помощью цветного допплера показало нормальные результаты. Пациент не имел задержек в развитии. Физическое обследование показало, что у него было двустороннее опущение верхних век (50% зрачков закрыто). Кроме того, у него были ограничены движения в правом глазу, дистония шеи и немного сниженная (5-й степень) мышечная сила в двусторонних нижних конечностях, а двусторонние коленные рефлексы исчезли. Он также демонстрировал правое крипторхизм и маленький пенис. Он не мог ни приседать, ни прыгать на одной ноге. Тесты крови показали незаметные результаты. В частности, у него был уровень антител к рецептору ацетилхолина в крови 0,82 нмоль/л, в то время как тесты IgG на анти-MuSK, анти-Titin антитела и белок 4, связанный с рецептором липопротеинов низкой плотности, были отрицательными. Магнитно-резонансное изображение мозга выявило диффузные сигналы в затылочной, теменной коре и базальных ганглиях (рисунок). Его правый птоз был лучше, хотя он не исчез после лечения преднизоном, неостигмином и омепразолом с января 2018 года по октябрь 2019 года. Его падение века глазного яблока появилось вновь в марте 2020 года и стало двусторонним. В августе 2019 года он был госпитализирован из-за повторяющейся головной боли и не реагировал на маннитол и карбамазепин. Пациент в настоящее время учится в первом классе начальной школы со средними оценками. Полные экзома-библиотеки были подготовлены с использованием xGen Exome Research Panel v1.0 (IDT, Айова, США) и секвенированы на платформе Novaseq 6000 (Illumina, Сан-Диего, Калифорния, США). Сырые данные были очищены с помощью программного пакета fastp. Затем были выполнены считывания с парных концов с использованием программы Burrows-Wheeler Aligner для эталонного генома Ensemble GRCh37/hg19. Синонимичные и короткие инделевые вызовы были проведены с использованием программного пакета GATK с последующей аннотацией ANNOVAR. Прогнозирование было выполнено с использованием программных пакетов Provean, Sift, Polypen2_hdiv, Polypen2_hvar, Mutationtaster, M-Cap и Revel. Патогенность всех вариантов была интерпретирована в соответствии с рекомендациями Американского колледжа медицинской генетики и геномики. Мы провели секвенирование CNV[] — метод выявления CNV, основанный на высокопроизводительном секвенировании, — у пациентки. Вкратце, геномная ДНК сначала была разрезана на фрагменты длиной 200–300 п.о. с помощью ультразвука, затем подверглась контролю качества с помощью электрофореза. Концы фрагментов ДНК были соединены с помощью системы ферментов для восстановления ДНК, чтобы получить тупые концы, затем к 3' концу был добавлен один нуклеотид аденин, чтобы сформировать A-хвост. После этого геном был амплифицирован с помощью лигирования-опосредованной ПЦР в течение 4–6 циклов. Мы использовали ту же платформу секвенирования и протоколы очистки данных для выявления CNV длиной 100 кБ и более с помощью независимо разработанных программных пакетов Chigene. После этого мы использовали Decipher, ClinVar, OMIM, DGV и ClinGen для аннотации. У пациента было собрано не менее 2 мл периферической крови, а митохондриальная ДНК была извлечена с помощью комплекта для извлечения митохондриальной ДНК. Полная митохондриальная ДНК была амплифицирована и очищена с помощью ПЦР, с использованием высокоточной ДНК-полимеразы, и визуализирована с помощью электрофореза в агарозном геле. Парное секвенирование 150-нуклеотидных участков было выполнено на системе секвенирования Novaseq6000. Последовательность данных была выровнена с эталонной последовательностью NC_012920 (человеческий полный митохондриальный геном 16569 п.н. круговой ДНК) с помощью программного обеспечения Burrows-Wheeler Aligner. Затем варианты были отображены в базе данных MITOMAP, а патогенность была выполнена в соответствии с MITOtip. Результаты секвенирования полного экзома не выявили подозреваемых вариантов, вызывающих заболевания. Затем мы использовали метод анализа CNV (разработанный Chigene) на данных секвенирования полного экзома и обнаружили, что две делеции соседней области Chr16:15,125,591-16326688 (приблизительно 1,20 Мб) и 9857005-14989502 (приблизительно 5,13 Мб). Данные секвенирования CNV выявили де-нову гетерозиготную делецию chr16:9699585-16928372 (приблизительно 7,23 Мб) (рисунок). Затем мы сравнили этот регион и фенотип центральной нервной системы с пациентами Decipher, ранее зарегистрированными (рисунок). Гены, связанные с расстройствами OMIM, перечислены в таблице. Секвенирование митохондриальной ДНК выявило отрицательные результаты.