Un băiat de 14 luni a fost trimis la Departamentul de Pediatrie pentru Comportamentul de Dezvoltare de la Spitalul de Maternitate și Îngrijire a Copilului din Liuzhou, provincia Guangxi, pentru întârziere în dezvoltare, contracție a tendonului lui Ahile, hipertonie, nistagmus și defecte de vedere. Băiatul s-a născut la termen, după o sarcină fără evenimente, din părinți non-consangvini de origine chineză. Nici unul dintre părinți și nici membrii familiei lor nu au avut simptome asociate. Băiatul a avut o lungime și o greutate normală la naștere (52 cm și 3,3 kg) și are acum 80 cm și 10,8 kg (actualizare la 17/4/2019). Părinții au descris că băiatul nu a reușit să urmărească lumina sau obiectele, și a fost observat nistagmus încă de la naștere. Examinarea oftalmologică nu a evidențiat urmărirea luminii, tremorul orizontal al ambilor ochi, exotropie și transparența corneei. Cataractă congenitală a fost găsită la pacient. Nu au fost găsite anomalii în evaluările oftalmologice pentru tatăl probandului. Etapele de dezvoltare au fost evident întârziate. El nu a reușit să se rostogolească până la 12 luni sau să ajungă într-o poziție așezată fără asistență până la 18 luni. Băiatul a avut hipertonie și contracție a tendonului lui Ahile încă de la naștere. A fost efectuat testul de dezvoltare Gesell și băiatul a fost evaluat ca având un retard sever de dezvoltare a adaptabilității și abilităților motorii fine, întârziere moderată a abilităților motorii mari și întârziere ușoară a dezvoltării limbajului și a interacțiunilor personale-sociale. Imagistica prin rezonanță magnetică a evidențiat întârzierea mielinizării creierului și formarea celui de-al cincilea ventricul, conform protocolului producătorului. Secvențierea de nouă generație, orientată doar către proband, utilizând un panou de boli moștenite (incluzând 2742 gene cauzatoare de boli, cat nr. 5190–7519, Agilent Technologies, Santa Clara, CA, SUA) a fost efectuată conform descrierii anterioare []. Datele de secvențiere originale au fost evaluate utilizând Fast QC (versiunea 0.11.2) pentru controlul calității. Instrumentul de aliniere Burrows-Wheeler (versiunea 0.2.10) a fost folosit pentru alinierea datelor de secvențiere la genomul uman de referință (NCBI build 37, hg 19). Variantele de nucleotide unice și micile indele au fost identificate de către Genome Analysis Toolkit. Toate variantele au fost salvate în formatul Variant Call Format și încărcate pe platformele Ingenuity Variant Analysis (Ingenuity Systems, Redwood City, CA, SUA) și TGex (Translational Genomics Expert) pentru analiză și interpretare biologică. Variantele detectate prin secvențierea de nouă generație au fost confirmate prin secvențierea Sanger în cazul pacientului și al părinților săi. Variațiile numărului de copii (CNV) au fost identificate utilizând software-ul open source CNVkit, un set de instrumente pentru a deduce și a vizualiza numărul de copii din datele de secvențiere a ADN-ului vizat. Datele aliniate după procesul de aliniere Burrows-Wheeler au fost utilizate ca intrare. Datele de referință normale utilizate pentru identificarea CNV au fost construite utilizând datele de secvențiere de la 10 bărbați normali și 10 femei normale care au fost validate anterior fără CNV patogene de către o platformă de microarray cromozomial. Setările implicite CNVkit au fost utilizate pentru identificarea CNV. CNV-urile detectate prin analiza bioinformatică sunt validate suplimentar prin analiza cromozomială utilizând CytoScan 750 k Suite (Thermo Scientific, Waltham, MA, SUA). O variantă homozigotă în OPA1 (NM_015560: c.2189 T > C p.Leu730Ser) a fost identificată la pacient. Varianta este absentă din toate bazele de date disponibile în prezent, inclusiv din Genome Aggregation Database. Mai multe linii de dovezi computaționale sugerează un efect nociv al acestei mutații (Tabelul). Secvențierea Sanger a fost aplicată pentru validarea variantei în pedigree și a arătat că tatăl pacientului purta aceeași variantă heterozigotă, iar mama sa era de tip sălbatic. Analiza CNV, bazată pe informații privind adâncimea de citire a probandului, a indicat o deleție heterozigotă pe brațul scurt al cromozomului 3. Analiza cromozomială pe micromatric a confirmat această deleție ca arr[GRCh37] 3q28q29(191921285_195896838)× 1. Astfel, probandul a moștenit o variantă heterozigotă în gena OPA1 de la tatăl său și a dezvoltat o microdeleție de 3975 kb de novo pe cromozomul 3, care a demascat varianta heterozigotă într-o formă hemizigotă.