Um menino de 14 meses de idade foi encaminhado ao departamento de Pediatria de Comportamento do Desenvolvimento no Hospital de Maternidade e Saúde Infantil de Liuzhou, na província de Guangxi, por atraso no desenvolvimento, contratura do tendão de Aquiles, hipertonia, nistagmo e defeitos de visão. O menino nasceu a termo após uma gravidez sem intercorrências de pais não consanguíneos de descendência chinesa. Nenhum dos pais ou familiares relacionados apresentou sintomas relacionados. O menino tinha comprimento e peso normais ao nascer (52 cm e 3,3 kg) e agora tem 80 cm e 10,8 kg (atualização de 17/4/2019). Os pais descreveram o menino como incapaz de seguir a luz ou objetos, e foi notado nistagmo desde o nascimento. O exame oftalmológico não revelou rastreamento ocular, tremor horizontal de ambos os olhos, exotropia e transparência corneal. Cataratas congênitas foram encontradas no paciente. Não foram encontradas anormalidades nas avaliações oftalmológicas para o pai do probando. Os marcos de desenvolvimento foram obviamente atrasados. Ele não conseguiu rolar até os 12 meses, ou chegar a uma posição sentada sem assistência até os 18 meses. O menino teve hipertonia e contratura do tendão de Aquiles desde o nascimento. O teste de desenvolvimento de Gesell foi realizado e o menino foi avaliado com um atraso severo no desenvolvimento da adaptabilidade e habilidades motoras finas, atraso moderado nas habilidades motoras grandes e atraso leve no desenvolvimento da linguagem e interações pessoais-sociais. A ressonância magnética revelou a demora na mielinização do cérebro e a formação do quinto ventrículo de acordo com o protocolo do fabricante. O sequenciamento alvo de próxima geração, utilizando um painel de doenças hereditárias (incluindo 2742 genes causadores de doenças, cat nº 5190-7519, Agilent Technologies, Santa Clara, CA, EUA) foi realizado conforme descrito anteriormente []. Os dados de sequenciamento originais foram avaliados utilizando o Fast QC (versão 0.11.2) para controle de qualidade. A ferramenta de alinhamento Burrows-Wheeler (versão 0.2.10) foi empregada para alinhar os dados de sequenciamento ao Genoma de Referência Humano (NCBI build 37, hg 19). Variantes de nucleotídeos únicos e pequenas indels foram identificados pela ferramenta Genome Analysis Toolkit. Todas as variantes foram salvas no formato Variant Call Format e enviadas para as plataformas Ingenuity Variant Analysis (Ingenuity Systems, Redwood City, CA, EUA) e TGex (Translational Genomics Expert) para análise e interpretação biológica. Variantes detectadas pelo sequenciamento de próxima geração foram confirmadas por sequenciamento Sanger no paciente e em seus pais. As variantes do número de cópias (CNVs) foram identificadas utilizando o software de código aberto CNVkit, um kit de ferramentas para inferir e visualizar números de cópias a partir de dados de sequenciamento de ADN alvo. Os dados alinhados após o processo de Alinhamento de Burrows-Wheeler foram utilizados como entrada. Os dados de referência normais utilizados para a identificação de CNV foram construídos utilizando dados de sequenciamento de 10 homens normais e 10 mulheres normais que foram previamente validados sem CNV patogénicos por uma plataforma de microarray cromossómico. As definições predefinidas do CNVkit foram utilizadas para a identificação de CNV. As CNVs detetadas através da análise bioinformática são ainda validadas por análise de array cromossómico utilizando o CytoScan 750 k Suite (Thermo Scientific, Waltham, MA, EUA). Uma variante homozigótica em OPA1 (NM_015560: c.2189 T > C p.Leu730Ser) foi identificada no paciente. A variante está ausente em todas as bases de dados atualmente disponíveis, incluindo a Genome Aggregation Database. Múltiplas linhas de evidência computacional sugerem um efeito deletério dessa mutação (Tabela). A sequenciação de Sanger foi aplicada para validar a variante no pedigree e revelou que o pai do paciente carregava a mesma variante heterozigótica e que a sua mãe era de tipo selvagem. A análise de CNV, baseada na informação de profundidade de leitura do probando, indicou uma deleção heterozigótica no braço curto do cromossoma 3. A análise de microarray cromossómico confirmou esta deleção como arr[GRCh37] 3q28q29(191921285_195896838)× 1. Assim, o probando herdou uma variante heterozigótica no gene OPA1 do seu pai e desenvolveu uma microdeleção de 3975 kb de novo no cromossoma 3 que desmascarou a variante heterozigótica para uma forma hemizigótica.