Um homem de 79 anos foi admitido no departamento de cardiologia do nosso hospital, queixando-se de uma história de 7 dias de febre, com uma temperatura até 39,5℃. Ele negou tosse, catarro, obstrução nasal, dor faríngea, dor torácica, tontura ou dor de cabeça. Cinco dias antes da admissão, ele foi diagnosticado com infecção pulmonar por raio-X do tórax e recebeu terapia antibiótica num hospital local, mas os seus sintomas não melhoraram. O paciente foi diagnosticado com diabetes mellitus há dois meses atrás e bebeu 2000-3000 ml de água por dia. Cerca de 20 dias atrás, ele começou a apresentar aperto no peito e falta de ar após atividade física. Além disso, o paciente tinha um histórico de pressão arterial elevada há mais de 20 anos. Na admissão (dia 0), o exame físico mostrou estado consciente, temperatura de 36,5 ℃, frequência cardíaca de 78/min, frequência respiratória de 20/min, pressão arterial de 120/62 mmHg, e crepitações na ausculta pulmonar. O paciente relatou uma perda de peso de 10 kg nos últimos seis meses. Investigações laboratoriais mostraram glóbulos brancos de 7,77 × 109/L (com 90,1% neutrófilos, 2,5% monócitos, e 7,2% linfócitos), procalcitonina de 3,24 ng/ml, taxa de sedimentação de eritrócitos de 52 mm/h, hemoglobina A1c de 9,5%, e açúcar no sangue em jejum de 8,26 mmol/L. Uma tomografia computadorizada de tórax (CT) mostrou múltiplos nódulos e infiltração irregular em ambos os pulmões, o que não excluiu a possibilidade de tuberculose. O diagnóstico preliminar foi infecção pulmonar, e tratamento antibiótico empírico com piperacilina/tazobactam intravenoso (4,5 g, q12h) e moxifloxacina (2 g, q12h) foi dado. Insulina intravenosa (4 U, qd) e miglitol oral (50 mg, q12h) foram usados para controlar o nível de glicose no sangue. Após a admissão, o paciente desenvolveu febre contínua e a temperatura diária máxima excedeu 38,5 ℃. No dia 1, ele desenvolveu insuficiência respiratória e recebeu tratamento com oxigênio. A análise de gases arteriais mostrou PH 7,50, PaO2 de 57,7 mmHg, PaCO2 de 31,9 mmHg e SaO2 de 90,2%. Os testes sorológicos para influenza A IgM, influenza B IgM, vírus parainfluenza IgM, adenovírus IgM, vírus sincicial respiratório IgM, Mycoplasma pneumoniae IgM e Chlamydia pneumoniae IgM foram negativos. O teste de ponto imune para tuberculose foi positivo. No dia 2, o paciente apresentou poliúria e polidipsia, e seu sintoma de taquipneia não foi aliviado durante o tratamento com oxigênio. Então ele foi transferido para a unidade de terapia intensiva (UTI) e recebeu ventilação mecânica. No dia 3, o paciente teve uma pontuação PASS de - 1, e recebeu analgesia e sedação com propofol e alfentanil. A broncoscopia encontrou inflamação da mucosa brônquica e produção de escarro purulento, e o fluido de lavagem broncoalveolar (BALF) foi obtido para detecção adicional. No dia 5, o paciente apresentou um índice de oxigenação diminuído (155) em comparação com o anterior. Não foram encontradas anormalidades no seu hemocultivo. O galactomanano sérico (1,74 ng/ml) e o 1,3-ß-d-glucano (424,50 ng/L) foram positivos. A coloração ácida resistente e a cultura de BALF foram negativas. A deteção de ADN de M. tuberculosis a partir de BALF foi positiva. A amostra de BALF foi também enviada para sequenciamento metagenómico de próxima geração (Genskey, Pequim, China). Foi gerado um total de 86 398 947 leituras brutas e obtiveram-se 60 161 047 leituras de alta qualidade após a remoção de leituras de baixa qualidade. Entre as leituras de alta qualidade, 47 232 566 foram alinhadas com o genoma de referência humano (HG38) e 12 928 481 foram usadas para análise a jusante. A metagenómica de BALF reportou M. tuberculosis complex (7 453 374 leituras), A. lentulus (37 868 leituras), e vários microorganismos colonizadores orais. Os dados metagenómicos estão agora disponíveis no NCBI sob a base de dados Sequence Read Archive (SRA) com o número de acesso PRJNA917778. Com base nestes resultados, o paciente foi diagnosticado com coinfecção de M. tuberculosis e A. lentulus. O tratamento antibiótico inicial foi alterado para isoniazida oral (0,3 g, qd), rifapentina (0,45 g, qd) para anti-tuberculose, e caspofungina intravenosa (50 mg, qd) para antifúngico. No dia 6, a condição do paciente agravou-se novamente. Ele desenvolveu múltiplas disfunções de órgãos e entrou em um estado de coma leve. A família decidiu abandonar o tratamento por causa de problemas financeiros e um prognóstico grave. A respiração artificial foi interrompida subsequentemente e o paciente faleceu 1,5 horas depois.