Een Japanse vrouw van in de vijftig onderging een chirurgische resectie voor een tumor in het linker retroperitoneum. Preoperatieve computertomografie (CT) en positronemissietomografie (PET)-CT evenals intraoperatieve bevindingen lieten geen verre metastase, geen duidelijke peritoneale verspreiding en geen invasie van de baarmoeder of eierstokken zien (Supplementary Information). Histologisch werd de tumor geïdentificeerd als een leiomyosarcoma van 12 cm × 11 cm. Zij werd behandeld met postoperatieve chemotherapie met 6 cycli van doxorubicine, gevolgd door chemotherapie met pazopanib gedurende 8 maanden. Tijdens de observatieperiode lieten de beeldstudies een peritoneale recidief zien. Hoewel de chemotherapie met pazopanib onmiddellijk werd hervat, groeide de tumormassa uiteindelijk tot een duidelijke tumor in het peritoneum. Zij onderging tweemaal debulkingchirurgie voor peritoneale tumoren, maar de tumoren kwamen terug. Zij kreeg chemotherapie met gemcitabine en docetaxel, die werd stopgezet door het begin van interstitiële pneumonie. Er werd een genoomprofiel van de kanker uitgevoerd om genoom-overeenkomende behandelingsstrategieën te vinden in de dagelijkse klinische praktijk van precisiegeneeskunde tegen kanker. Zij werd doorverwezen naar ons voor genetische counseling en interpretatie van de RAD51D splicing variant, die oorspronkelijk werd ontdekt in de genoomanalyse van de tumor. Zij had geen familiegeschiedenis van RAD51-gerelateerde kankers of andere soorten maligniteiten, waaronder sarcoom. In immunohistochemische studies uitgevoerd in het Mita Hospital, ter aanvulling op de International University of Health and Welfare, Japan, vertoonden de tumorcellen een zwakke positieve reactie op α-smooth muscle actin en desmin. Deze bevindingen zijn consistent met een diagnose van leiomyosarcoma, equivalent aan histologische graad 1 volgens het Franse Federation of Cancer Centers Sarcoma Group (FNCLCC) grading systeem voor sarcoma []. Door middel van genomic profiling analyse van de aangewezen 324 genen van de tumormonsters van de patiënte met behulp van het FoundationOne CDx® (Foundation Medicine Inc., MA, USA) oncologiepanel werden twee pathogene varianten in RAD51D (splicing variant) en TP53 (missense variant) en intermediaire amplificaties van vier genen gedetecteerd (Tabel). Op basis van de aanbevelingen van het expertpanel, dat een tumorboard is dat moleculaire en klinische interpretaties en suggesties voor de resultaten van de oncologiepanel-testen biedt, ontving de patiënte genetische counseling en onderging vervolgens een germlineanalyse voor RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Dezelfde splicing variant van RAD51D werd gedetecteerd in de analyse van DNA geëxtraheerd uit lymfocyten door middel van directe DNA-sequencing met behulp van capillaire gelelektroforese en fluorescentiedetectie (Sanger sequencing techniek en toepassing), die werd uitgevoerd in een CLIA-gecertificeerd laboratorium. Na uitgebreide genetische counseling op basis van de resultaten verkregen uit germline-testen ondergingen haar twee dochters, getoond als IV-1 en IV-2, ook predictieve genetische tests en beide bleken positief te zijn voor de variant, NetGene2, Splice Site Prediction by Neural Network (NNSplice), en Alternative Splice Site Predictor (ASSP) om de potentiële effecten van RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] te analyseren. Alle vier hulpmiddelen voorspelden dat de RAD51D-variant het normale splicen verzwakt en een kortere vorm van het RAD51D-eiwit opleverde (Tabel en). Bovendien voorspelde cBROCA-analyse, een experimentele analyse voor RNA zoals getoond door Casadei et al. [], ook dat deze wijziging de natuurlijke splice-acceptorsite zou verzwakken en nieuwe alternatieve splice-acceptorsites zou creëren of versterken, wat resulteerde in kortere vormen van de RAD51D-eiwitproducten. Samengenomen suggereren deze computationele analyses dat een enkel nucleotide-verandering in intron 9 van RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] het normale splicen van RAD51D mRNA verzwakt, wat resulteert in de productie van een kortere vorm van RAD51D-eiwit (een representatief afgekapt product is getoond in Fig. c en d). Hoewel er geen specifieke consensusdomeinen zijn in exon 10, dat afgekapt is door verzwakt splicen, zouden de agressief kwaadaardige fenotypes die in dit geval werden waargenomen bewijs zijn voor RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] als een nieuwe verlies-van-functie variant die betrokken is bij de vorming en/of progressie van kwaadaardige tumoren. Volgens de ClinVar-database (Variation ID: 472631) (, geraadpleegd in augustus 2021), is de klinische betekenis van RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] waarschijnlijk pathogeen of onzeker, wat betekent dat de klinische betekenis nog niet is bepaald en een onderwerp van debat is in de interpretatie. De allelfrequenties van RAD51D c.904-2A > T (NM_002878) in de algemene bevolking waren 6,60 × 10− 4 (ToMMo 8.3KJPN) en 4,13 × 10− 4 (HGVD ver2.3, dbSNP rsID: 1403784434) in Japanners en 3,98 × 10− 6 in de algemene bevolking, wat suggereert dat de splicingvariant RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] uiterst zeldzaam was in de algemene bevolking en in Japan, wat mogelijk aangeeft dat het een pathogene variant is (Tabel).