En japansk kvinne i 50-årene ble operert for en svulst i det venstre retroperitoneum. Preoperativ CT og PET-CT samt intraoperative funn viste ingen fjernmetastaser, ingen åpenbar peritoneal spredning og ingen invasjon av livmor eller eggstokker (Supplerende informasjon). Histologisk ble svulsten identifisert som et leiomyosarkom på 12 cm × 11 cm. Hun ble behandlet med postoperativ kjemoterapi med 6 sykluser med doxorubicin, etterfulgt av kjemoterapi med pazopanib i 8 måneder. Under den observasjonsmessige oppfølgingsperioden indikerte bildediagnostisering åpenbar peritoneal spredning. Mens kjemoterapi med pazopanib ble gjenstartet umiddelbart, vokste svulstmassen til en åpenbar svulst i peritoneum. Hun ble behandlet med debulking kirurgi to ganger for peritoneale svulster, men svulstene dukket opp igjen. Hun ble behandlet med kjemoterapi med gemcitabin og docetaxel, som ble avsluttet på grunn av interstitiell lungebetennelse. Profilering av kreftgenom ble utført for å søke etter behandlingsstrategier som passer til genomet i daglig klinisk praksis i kreftpresisjonsmedisin. Hun ble henvist til oss for genetisk rådgivning og tolkning av RAD51D-spleisevarianten, som opprinnelig ble oppdaget i svulstgenomet. Hun hadde ingen familiehistorie med RAD51-relaterte kreftformer eller andre typer ondartede svulster, inkludert sarkom. I immunohistokjemiske studier utført ved Mita Hospital i tilknytning til International University of Health and Welfare, Japan, ble svulstcellene vist å være svakt positive for α-glatte muskel-aktin og desmin. Disse funnene er i samsvar med en diagnose av leiomyosarkom, tilsvarende histologisk grad 1 i henhold til gradsystemet for sarkom fra den franske sammenslutningen av kreft-sentre (FNCLCC) []. Gjennom genomprofilering av de 324 genene i pasientens tumorprøver ved hjelp av FoundationOne CDx® (Foundation Medicine Inc., MA, USA) onkologi panel, ble to patogene varianter i RAD51D (spleisevariant) og TP53 (missense variant) og mellomliggende amplifikasjoner av fire gener oppdaget (tabell). På grunnlag av anbefalingene fra ekspertpanelet, som er et tumorpanel som gir molekylære og kliniske tolkninger og forslag til resultatene av onkologi panel testing, ble pasienten gitt genetisk rådgivning og ble deretter gjenstand for en analyse av germline for RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Den samme spleisevarianten av RAD51D ble oppdaget i analysen av DNA ekstrahert fra lymfocytter ved hjelp av direkte DNA sekvensering ved hjelp av kapillær gelelektroforese og fluorescensdeteksjon (Sanger sekvenseringsteknikk og anvendelse), som ble utført i et CLIA-sertifisert laboratorium. Etter omfattende genetisk rådgivning basert på resultatene oppnådd fra germline testing, ble hennes to døtre, vist som IV-1 og IV-2, også gjenstand for prediktiv genetisk testing, og begge ble funnet å være positive for varianten. For å evaluere de potensielle effektene av kryddervarianten på grunn av en enkelt nukleotidendring ved 3'-enden av intron 9, hvis skjematiske struktur og plassering er vist i figur b, brukte vi fire beregningsbaserte prediksjonsverktøy, Max Entropy Scan (MES), NetGene2, Splice Site Prediction by Neural Network (NNSplice), og Alternative Splice Site Predictor (ASSP) for å analysere de potensielle effektene av RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Alle fire verktøyene forutså at RAD51D-varianten svekket normal spleising og ga en kortere form av RAD51D-proteinet (tabell og). Videre forutså cBROCA-analysen, en eksperimentell analyse for RNA som vist av Casadei et al. [], også at denne endringen ville svekke den native spleiseakseptoren og skape eller styrke alternative nye spleiseakseptorer, som resulterte i kortere former av RAD51D-proteinproduktene. Samlet sett antyder disse beregningsbaserte analysene at en enkelt nukleotidendring i intron 9 av RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] svekket normal spleising av RAD51D mRNA, som resulterte i produksjonen av en kortere form av RAD51D-proteinet (et representativt avkortet produkt er vist i figur c og d). Selv om det ikke er noen spesifikke konsensusdomener i exon 10, som er avkortet ved svekket spleising, ville de aggressive ondartede fenotypene observert i dette tilfellet være bevis for at RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] er en ny funksjonstapvariant involvert i dannelsen og/eller utviklingen av ondartede svulster. Ifølge ClinVar-databasen (Variasjon ID: 472631) (tilgang i august 2021), er den kliniske betydningen av RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] sannsynligvis patogen eller usikker, noe som betyr at den kliniske betydningen ennå ikke er blitt bestemt og er et tema for debatt i tolkningen. Allelfrekvensene av RAD51D c.904-2A > T (NM_002878) i den generelle befolkningen var 6,60 × 10− 4 (ToMMo 8.3KJPN) og 4,13 × 10− 4 (HGVD ver2.3, dbSNP rsID: 1403784434) i japanske mennesker og 3,98 × 10− 6 i den globale befolkningen, noe som antyder at spleisevarianten RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] var ekstremt sjelden i den globale befolkningen så vel som i Japan, som potensielt kan indikere at det er en patogen variant (tabell).