En 76 år gammel dansk mann ble tatt inn på akuttmottaket ved Aalborg Universitetssykehus (Aalborg, Danmark) i mai 2017 med smerter i høyre side i løpet av den forrige uken, og feber og forvirring i løpet av de siste 24 timene. Ved inntaket var pasienten ellers frisk, og han brukte ikke daglig medisinering. 53 dager før inntaket, kom pasienten tilbake fra en 16 dagers ferie på østkysten av halvøy Malaysia. Før reisen ble han revaksinert mot difteri, tetanus og hepatitt A. Han hadde ikke brukt malariaprofylakse under ferien. Ved undersøkelse hadde pasienten endret mental status med en Glasgow Coma Score på seks, nakkestivhet og feber (40,0 °C). I henhold til nasjonale retningslinjer for håndtering av mistenkt bakteriell meningitt ble pasienten gitt blodkulturer og startet på intravenøs (iv) benzylpenicillin (1,8 g hver 4. time), cefotaxime (3 g hver 6. time) og deksametason (10 mg hver 6. time). En lumbalpunktur av pasienten ble utført etter en CT-skanning av hjernen, som hadde vist seg normal. Laboratorietester viste et nivå av C-reaktivt protein på 273 mg l−1, procalcitonin på 10,8 µg l−1 og hvite blodceller på 19,9 × 109 l−1. Analyse av cerebrospinalvæske (CSF) avslørte pleocytose med hvite blodceller på 741 × 106 l−1 (636 polynukleære og 105 mononukleære), et svakt redusert glukoseforhold (CSF: serum) på 0,38, et forhøyet proteinnivå på 1,34 g l−1 og laktat på 7,3 mmol l−1, og pasienten ble overført til intensivavdelingen (ICU). Overnatt kultur av pasientens CSF ga Gram-negative, ikke-motile, oksidase- og katalase-positive staver. Videre ga en samtidig positiv blodkultur (BD BACTEC; Becton Dickinson) lignende funn. MALDI-TOF MS (matrix-associated laser desorption ionization-time of flight MS) (MALDI Biotyper 3.1, Bruker Daltonics Microflex LT, MBT 6903 MSP Library) kunne ikke skille koloniene mellom enten E. meningoseptica (score 2.215) eller E. miricola (score 2.101), mens E. anophelis ikke var tilstede i MALDI biblioteket. API 20 E v5.0 (bioMérieux) ga en identifikasjon av E. meningoseptica med en score på 71.6 % identitet (numerisk profil: 0042004). Isolatet var multiresistent og positivt for metallo-β-laktamase ved bruk av MBL Confirm kit (Rosco Diagnostica). Antimikrobiell-sensitivitetstesting (AST) ble utført ved bruk av Etests (bioMérieux) i henhold til retningslinjene for European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (). Vi brukte farmakokinetikk/farmakodynamikk (ikke-art-relatert) brytningspunkter unntatt for trimethoprim/sulfamethoxazole, der Stenotrophomonas maltophilia brytningspunkter ble brukt, og for gentamicin og colistin brukte vi Pseudomonas arter brytningspunkter, som utført av Eriksen et al. []. Isolatet var følsomt for moxifloxacin (MIC 0.125 mg l−1) og trimethoprim/sulfamethoxazole (MIC 0.25 mg l−1); intermediært følsomt for amoxicillin/clavulanic acid (MIC 6 mg l−1); og resistent for ciprofloxacin (MIC 0.75 mg l−1) og alle andre testede legemidler inkludert: ampicillin, cefuroxime, ceftazidime, meropenem, gentamicin, colistin og tigecycline. Etest for vancomycin viste en MIC på 12 mg l−1, men vi gjorde ikke en tolkning av følsom eller resistent. Etest var ikke tilgjengelig for piperacillin/tazobactam og rifampicin, men diffusjonssonen for piperacillin/tazobactam var 19 mm og for rifampicin var 24 mm, men som for vancomycin gjorde vi ikke en tolkning av følsom eller resistent. For å bestemme identiteten til isolatet på artsnivå, utførte vi sekvensering med Illumina MiSeq-instrumentet som produserte 2x300 bp par-ende-leser ved hjelp av et Nextera XT-bibliotek-prepareringssett (Illumina). Leserne ble satt sammen ved hjelp av CLC Genomics Workbench (versjon 11) (QIAGEN Bioinformatics) til 105 kontiger, N50 (497, 160), total sekvenslengde 4 047 726 bp, med et G+C-innhold på 35,6 mol %. Analyse av 16S rRNA-genet, samt et k-mer-basert avstandsmål, sammenlignet med de offentlig tilgjengelige stammene av E. meningoseptica og E. miricola viste en klar identifikasjon av isolaten som E. anophelis (data ikke vist). Breurec et al. [] og Perrin et al. [] rapporterte en klar inndeling av E. anophelis i 15 sublinjer, inkludert 1 assosiert med det store utbruddet av E. anophelis-infeksjoner som skjedde i Wisconsin (USA) i 2015–2016. For å undertype vår stamme og definere dens sublinje, brukte vi core-genome multilocus sekvens-typingsstrategien (cgMLST), ved hjelp av undergruppen av 1546 genfamilier som er svært konserverte i E. anopheles []. CgMLST-profilen av vår isolate ble sammenlignet med de offentlig tilgjengelige i Elizabethkingia cgMLST-databasen på Institut Pasteur-serveren (). Clusteranalyse basert på cgMLST-profiler, se, viste at isolaten tilhørte sublinje 11, som ble definert med stamme CIP 60–59 (CDC 3375; ATCC 13255; NCTC 10586; CCUG 4321; LMG 12873) som en referanse. Stamme CIP 60–59 ble isolert fra CSF av et prematurt spedbarn som døde []; imidlertid har de to stammene av sublinje 11 forskjellige alleler ved 299 loci av 1513 loci kalt i begge stammer. Dette resultatet viser tydelig at AAUH 98722 (vår isolate) og CIP 60–59 er genetisk distinkte. Samlingene ble sendt til ResFinder 3.0 () for å analysere dem for tilstedeværelse av antimikrobielle resistensgener []. Isolaten ble testet positiv for to metallo-β-laktamase-gener, nemlig blaGOB-3 (lokalisert på contig 69; trefflengde 756; 100 % ID; adgangsnummer AF189291), og blaB-3 (lokalisert på contig 21; trefflengde 750; 100 % ID; adgangsnummer AF189299), samt et utvidet spektrum β-laktamase-kodende gen, blaCME-1, (lokalisert på contig 41; trefflengde 784; 100 % ID; adgangsnummer AJ006275). Dette er i samsvar med den kjente bevaringen av karbapenemase- og β-laktamase-kodende gener i E. anophelis [ ] Etter den foreløpige identifikasjonen av Elizabethkingia-arter ble den antimikrobielle behandlingen endret til iv vancomycin kombinert med iv rifampicin, 600 mg to ganger daglig. Men ettersom MIC-verdier ble tilgjengelige dagen etter, ble den endelige behandlingen endret til iv moxifloxacin, 400 mg en gang daglig, kombinert med iv rifampicin 600 mg to ganger daglig i en total varighet på 14 dager. Pasienten ble bedre og etter 10 dager på intensivavdelingen ble han overført til infeksjonsavdelingen for videre behandling og rehabilitering, og han ble endelig utskrevet etter 3 ukers sykehusopphold. Den eneste ettervirkningen var et delvis hørselstap. På grunn av alvorlighetsgraden av infeksjonen ble pasienten undersøkt for immunodeficiency i en poliklinisk setting og ble funnet å ha et vedvarende og forhøyet nivå av IgM på omtrent 14 g l−1 (normalområde 0,39–2,1 g l−1) i løpet av de følgende månedene. Syv måneder etter meningitt episoden ble hans benmarg undersøkt ytterligere, og han ble endelig diagnostisert med lymphoplasmacytic lymphoma (Waldenström macroglobulinaemia).