En 14 måneder gammel gutt ble henvist til utviklingsatferdspediatrikken ved Liuzhou Maternity and Child Healthcare Hospital, Guangxi-provinsen, for utviklingsforsinkelse, Achilles-tårekontraktur, hypertoni, nystagmus og synsproblemer. Gutten ble født ved full sikt etter en problemfri graviditet til ikke-beslektede foreldre av kinesisk opprinnelse. Ingen av foreldrene eller deres beslektede familiemedlemmer hadde noen beslektede symptomer. Gutten hadde normal fødselslengde og fødselsvekt (52 cm og 3,3 kg) og er nå 80 cm og 10,8 kg (oppdatert 17. april 2019). Foreldrene beskrev at gutten ikke klarte å følge etter lys eller objekter, og nystagmus ble lagt merke til fra fødselen av. Oftalmologisk undersøkelse avdekket ingen øyefølelse, horisontal tremor i begge øyne, eksotropi og korneal gjennomsiktighet. Medfødt katarakt ble funnet hos pasienten. Ingen abnormiteter ble funnet i de oftalmologiske evalueringene for faren til probanden. Utviklingsmessige milepæler var åpenbart forsinket. Han kunne ikke rulle over før 12 måneder, eller komme til en sittende stilling uten hjelp før 18 måneder. Gutten har hatt hypertoni og Achilles-senekontraktur fra fødselen av. Den Gesell utviklingsmessige testen ble utført og gutten ble vurdert å ha en alvorlig utviklingsmessig forsinkelse i tilpasningsevne og finmotoriske ferdigheter, moderat utviklingsmessig forsinkelse i store motoriske ferdigheter, og mild utviklingsmessig forsinkelse i språkutvikling og personlig-sosial interaksjoner. Magnetisk resonansavbildning avdekket forsinket myelinering av hjernen og dannelsen av den femte ventrikkelen i henhold til produsentens protokoll. Målrettet sekvensering av neste generasjon av probandene ble utført ved hjelp av et panel for arvelige sykdommer (inkludert 2742 sykdomsfremkallende gener, kat. nr. 5190–7519, Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA) som beskrevet tidligere []. Originale sekvenseringsdata ble vurdert ved hjelp av Fast QC (versjon 0.11.2) for kvalitetskontroll. Burrows-Wheeler Alignment verktøyet (versjon 0.2.10) ble brukt for å justere sekvenseringsdata til Human Reference Genome (NCBI build 37, hg 19). Enkeltnukleotidvarianter og små indels ble identifisert av Genome Analysis Toolkit. Alle varianter ble lagret i Variant Call Format og lastet opp til Ingenuity Variant Analysis (Ingenuity Systems, Redwood City, CA, USA) og TGex (Translational Genomics Expert) plattformer for biologisk analyse og tolkning. Varianter oppdaget ved hjelp av sekvensering av neste generasjon ble bekreftet ved hjelp av Sanger sekvensering hos pasienten og foreldrene hans. Kopieringsnummervarianter (CNV) ble identifisert ved hjelp av CNVkit åpen kildekode-programvare, et verktøysett for å utlede og visualisere kopiantall fra målrettede DNA-sekvenseringsdata. Justerte data etter Burrows-Wheeler-justeringsprosessen ble brukt som input. Normale referansedata brukt for CNV-identifikasjon ble konstruert ved hjelp av sekvenseringsdata fra 10 normale menn og 10 normale kvinner som tidligere ble validert uten patogene CNV-er av en kromosomal mikromatrisplattform. Standard CNVkit-innstillinger ble brukt for CNV-identifikasjon. CNV-er oppdaget gjennom bioinformatikkanalyse blir ytterligere validert ved kromosomal matrisanalyse ved hjelp av CytoScan 750 k Suite (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). En homozygot variant i OPA1 (NM_015560: c.2189 T > C p.Leu730Ser) ble identifisert hos pasienten. Varianten er fraværende fra alle tilgjengelige databaser inkludert Genome Aggregation Database. Flere linjer av bevis fra datamaskiner antyder en skadelig effekt av denne mutasjonen (Tabell). Sanger sekvensering ble brukt for å validere varianten i slektstreet og avslørte at farens far hadde den samme heterozygote varianten og moren var av villtype. CNV analyse, basert på lesedybde informasjon fra probanden, indikerte en heterozygote sletting på den korte armen av kromosom 3. Kromosomal mikromatrisanalyse bekreftet denne slettingen som arr[GRCh37] 3q28q29(191921285_195896838)× 1. Dermed arvet probanden en heterozygote variant i OPA1 genet fra faren og utviklet en de novo 3975 kb mikroreseksjon på kromosom 3 som avdekket den heterozygote varianten til en hemizygot form.