En 79 år gammel mann ble tatt inn på kardiologisk avdeling på sykehuset vårt og klaget på feber i 7 dager med temperatur opptil 39,5 ℃. Han nektet for hoste, slim, neseblokkering, faryngalsmerter, brystsmerter, svimmelhet eller hodepine. Fem dager før inntaket ble han diagnostisert med lungebetennelse ved hjelp av en kiste-røntgen og fikk antibiotikabehandling på et lokalt sykehus, men symptomene hans ble ikke bedre. Pasienten ble diagnostisert med diabetes mellitus for to måneder siden og drakk 2000-3000 ml vann per dag. For omtrent 20 dager siden begynte han å oppleve tetthet i brystet og kortpustethet etter fysisk aktivitet. I tillegg hadde pasienten en historie med høyt blodtrykk i mer enn 20 år. Ved innleggelsen (dag 0) viste fysisk undersøkelse at pasienten var ved bevissthet, hadde en temperatur på 36,5 ℃, en puls på 78/min, en respirasjonstakt på 20/min, et blodtrykk på 120/62 mmHg og knaster ved lungeausktultasjon. Pasienten rapporterte et vekttap på 10 kg i løpet av de siste seks månedene. Laboratorietester viste hvite blodceller på 7,77 × 109/L (med 90,1 % neutrofile, 2,5 % monocytter og 7,2 % lymfocytter), procalcitonin på 3,24 ng/ml, en erytrocyttsedimentasjon på 52 mm/h, hemoglobin A1c på 9,5 % og fastende blodsukker på 8,26 mmol/L. En CT-skanning av brystet viste flere knuter og flekkete infiltrasjon i begge lungene, som ikke utelukket muligheten for tuberkulose. Den foreløpige diagnosen var lungeinfeksjon, og empirisk antibiotikabehandling med intravenøs piperacillin/tazobactam (4,5 g, q12h) og moxifloxacin (2 g, q12h) ble gitt. Intravenøs insulin (4 U, qd) og oral miglitol (50 mg, q12h) ble brukt for å kontrollere blodglukosenivået. Etter innleggelsen utviklet pasienten vedvarende feber og daglig temperatur topp oversteg 38,5 ℃. På dag 1 utviklet han respirasjonssvikt og ble gitt oksygenbehandling. Blodgassanalyse viste PH 7,50, PaO2 på 57,7 mmHg, PaCO2 på 31,9 mmHg og SaO2 på 90,2%. Serologiske tester for influensa A IgM, influensa B IgM, parainfluensa virus IgM, adenovirus IgM, respiratorisk syncytial virus IgM, Mycoplasma pneumoniae IgM og Chlamydia pneumoniae IgM var negative. Tuberkulose immun spot test var positiv. På dag 2, utviklet pasienten polyuri og polydipsi, og hans symptom på takypnea ble ikke lindret under oksygenbehandling. Da ble han overført til intensivavdelingen (ICU) og gitt mekanisk ventilasjon. På dag 3, hadde pasienten en PASS score på − 1, og mottok analgesi og sedasjon med propofol og alfentanil. Bronkoskopi fant bronkial slimhinnebetennelse og produksjon av purulent sputum, og bronkoalveolar skyllevæske (BALF) ble oppnådd for videre påvisning. På dag 5 hadde pasienten en redusert oksygenindeks (155) sammenlignet med før. Det ble ikke funnet noen abnormiteter i blodkulturen. Serum galaktomannan (1,74 ng/ml) og 1,3-β-d-glukan (424,50 ng/L) var positive. Syrefast farging og kultur av BALF var negativ. M. tuberculosis DNA-deteksjon fra BALF var positiv. BALF-prøven ble også sendt for metagenom-sekvensering av neste generasjon (Genskey, Beijing, Kina). Totalt ble det generert 86 398 947 rålesninger og 60 161 047 lesninger av høy kvalitet ble oppnådd etter fjerning av lesninger av lav kvalitet. Blant lesningene av høy kvalitet ble 47 232 566 av dem justert til det humane referansegenomet (HG38) og 12 928 481 ble brukt til nedstrømsanalyse. MNGS av BALF rapporterte M. tuberculosis kompleks (7 453 374 lesninger), A. lentulus (37 868 lesninger), og flere orale koloniserende mikroorganismer. Metagenomdata er nå tilgjengelig på NCBI under Sequence Read Archive (SRA) database med adgangsnummer PRJNA917778. Basert på disse funnene ble pasienten diagnostisert som en samtidig infeksjon med M. tuberculosis og A. lentulus. Den første antibiotikabehandlingen ble endret til oral isoniazid (0,3 g, qd), rifapentin (0,45 g, qd) for anti-tuberkulose, og intravenøs caspofungin (50 mg, qd) for anti-fungal. På dag 6 ble pasientens tilstand forverret igjen. Han utviklet flere organsvikt og falt i en lett koma. Hans familie bestemte seg for å avslutte behandlingen på grunn av økonomiske problemer og alvorlig prognose. Den kunstige respirasjonen ble deretter stoppet og pasienten døde 1,5 timer senere.