Una donna giapponese di circa 50 anni è stata sottoposta a resezione chirurgica per un tumore che si era sviluppato nel retroperitoneo sinistro. La tomografia computerizzata preoperatoria (CT) e la tomografia a emissione di positroni (PET)-CT, nonché i reperti intraoperativi, non hanno mostrato metastasi a distanza, né una evidente diffusione peritoneale, né un'invasione dell'utero o delle ovaie (Informazioni supplementari). Istologicamente, il tumore è stato identificato come un leiomiosarcoma di dimensioni 12 cm × 11 cm. Lei è stata trattata con chemioterapia postoperatoria con 6 cicli di doxorubicina, seguiti da chemioterapia con pazopanib per 8 mesi. Durante il periodo di follow-up osservazionale, gli studi di imaging hanno indicato una recidiva peritoneale. Sebbene la chemioterapia con pazopanib sia stata prontamente riavviata, la massa tumorale è infine cresciuta fino a diventare un tumore evidente nel peritoneo. Lei è stata sottoposta a chirurgia di debulking due volte per tumori peritoneali, ma i tumori sono ricomparsi. Lei ha ricevuto chemioterapia con gemcitabina e docetaxel, che è stata interrotta a causa dell'insorgenza di polmonite interstiziale. La profilazione del genoma del cancro è stata condotta per cercare strategie di trattamento corrispondenti al genoma nella pratica clinica quotidiana della medicina di precisione per il cancro. Lei è stata indirizzata a noi per una consulenza genetica e l'interpretazione della variante di splicing RAD51D, che è stata originariamente rilevata nell'analisi del profilo del genoma del tumore. Lei non aveva precedenti familiari di tumori correlati a RAD51 o altri tipi di neoplasie, tra cui il sarcoma. In base agli studi immunoistochimici effettuati presso il Mita Hospital, in aggiunta a quelli dell'Università Internazionale della Salute e del Benessere, in Giappone, le cellule tumorali sono risultate debolmente positive per l'a-actina della muscolatura liscia e per la desmina. Questi risultati sono coerenti con una diagnosi di leiomiosarcoma, equivalente al grado istologico 1 secondo il sistema di classificazione del sarcoma della Federazione francese dei centri oncologici (FNCLCC) []. Attraverso l'analisi del profilo genomico dei 324 geni designati dei campioni tumorali della paziente, utilizzando il pannello oncologico FoundationOne CDx® (Foundation Medicine Inc., MA, USA), sono state rilevate due varianti patogene in RAD51D (variante di splicing) e TP53 (variante missenso) e amplificazioni intermedie di quattro geni (Tabella). In base alle raccomandazioni del gruppo di esperti, che è un comitato oncologico che fornisce interpretazioni molecolari e cliniche e suggerimenti per i risultati dei test del pannello oncologico, la paziente ha ricevuto una consulenza genetica e successivamente si è sottoposta ad analisi germinale per RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. La stessa variante di splicing di RAD51D è stata rilevata nell'analisi del DNA estratto dai linfociti mediante sequenziamento diretto del DNA utilizzando elettroforesi capillare e rilevamento di fluorescenza (tecnica e applicazione di sequenziamento di Sanger), che è stata eseguita in un laboratorio certificato CLIA (Clinical Laboratory Improvement Amendments). Dopo un'ampia consulenza genetica basata sui risultati ottenuti dai test germinali, anche le sue due figlie, mostrate come IV-1 e IV-2, si sono sottoposte a test genetici predittivi, e sono risultate entrambe positive per la variante, NetGene2, Splice Site Prediction by Neural Network (NNSplice) e Alternative Splice Site Predictor (ASSP) per analizzare i potenziali effetti di RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Tutti e quattro gli strumenti hanno previsto che la variante RAD51D attenuava lo splicing normale e produceva una forma più corta della proteina RAD51D (tabella e). Inoltre, l'analisi cBROCA, un'analisi sperimentale per RNA come mostrata da Casadei et al. [], ha previsto che questa alterazione avrebbe indebolito il sito di splicing accettabile nativo e creato o rafforzato nuovi siti di splicing accettabili, con conseguente produzione di forme più corte della proteina RAD51D. Insieme, queste analisi computazionali suggeriscono che un'alterazione a singolo nucleotide nell'introne 9 di RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] attenua lo splicing normale di mRNA RAD51D, con conseguente produzione di una forma più corta della proteina RAD51D (un prodotto troncato rappresentativo è mostrato nella figura c e d). Sebbene non ci siano specifici domini di consenso nell'esone 10, che è troncato da uno splicing attenuato, i fenotipi aggressivamente maligni osservati in questo caso sarebbero prova che RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] è una nuova variante di perdita di funzione coinvolta nella formazione e/o progressione di tumori maligni. Secondo il database ClinVar (Variation ID: 472631) (accesso ad agosto 2021), il significato clinico di RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] è probabilmente patogeno o incerto, il che significa che il suo significato clinico non è ancora stato determinato e che è oggetto di dibattito interpretativo. Le frequenze alleliche di RAD51D c.904-2A > T (NM_002878) nella popolazione generale erano 6,60 × 10− 4 (ToMMo 8.3KJPN) e 4,13 × 10− 4 (HGVD ver2.3, dbSNP rsID: 1403784434) nella popolazione giapponese e 3,98 × 10− 6 nella popolazione globale, il che suggerisce che la variante di splicing RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] era estremamente rara nella popolazione globale e in Giappone, il che potrebbe indicare che si tratta di una variante patogena (Tabella).