Un uomo danese di 76 anni si è presentato al pronto soccorso dell'Ospedale universitario di Aalborg (Aalborg, Danimarca) nel maggio 2017 con una otalgia destra che durava da una settimana e la comparsa di febbre e confusione nelle precedenti 24 ore. Al momento del ricovero, il paziente era altrimenti sano e non assumeva farmaci quotidiani. Cinquanta-tre giorni prima del ricovero, il paziente era rientrato da una vacanza di 16 giorni sulla costa orientale della Malesia peninsulare. Prima del viaggio, si era rivaccinato contro difterite, tetano ed epatite A. Non aveva assunto alcuna profilassi antimalarica durante la vacanza. All'esame, il paziente presentava uno stato mentale alterato con un Glasgow Coma Score di sei, rigidità del collo e febbre (40.0 °C). In accordo con le linee guida nazionali sulla gestione della sospetta meningite batterica, al paziente sono state fatte colture di sangue e gli è stata somministrata una dose elevata di benzilpenicillina per via endovenosa (1.8 g ogni 4 h), cefotaxime (3 g ogni 6 h) e desametasone (10 mg ogni 6 h). Al paziente è stata fatta una puntura lombare, a seguito di una scansione tomografica computerizzata del cervello, che si è rivelata normale. I test di laboratorio hanno mostrato un livello di proteina C-reattiva di 273 mg l−1, procalcitonina di 10.8 µg l−1 e globuli bianchi di 19.9×109 l−1. L'analisi del liquido cerebrospinale (CSF) ha rivelato una pleiocitosi con globuli bianchi di 741×106 l−1 (636 polinucleari e 105 mononucleari), un rapporto glucosio (CSF: siero) leggermente diminuito di 0.38, un livello di proteine elevato di 1.34 g l−1 e lattato di 7.3 mmol l−1, e il paziente è stato trasferito in terapia intensiva. L'esame del liquido cerebrospinale del paziente ha rivelato la presenza di bacilli Gram negativi, non mobili, positivi per l'ossidasi e la catalasi. Inoltre, un'analisi simultanea di un campione di sangue positivo (BD BACTEC; Becton Dickinson) ha rivelato risultati simili. La MALDI-TOF MS (matrix-associated laser desorption ionization-time of flight MS) (MALDI Biotyper 3.1, Bruker Daltonics Microflex LT, MBT 6903 MSP Library) non è stata in grado di distinguere le colonie tra E. meningoseptica (punteggio 2.215) o E. miricola (punteggio 2.101), mentre E. anophelis non era presente nella libreria MALDI. API 20 E v5.0 (bioMérieux) ha fornito un'identificazione di E. meningoseptica con un punteggio di identità del 71,6% (profilo numerico: 0042004). L'isolato era multiresistente e positivo per la metallo-β-lattamasi utilizzando il kit MBL Confirm (Rosco Diagnostica). Il test di sensibilità antimicrobica (AST) è stato effettuato utilizzando i test Etest (bioMérieux) secondo le linee guida del Comitato europeo per la valutazione della sensibilità antimicrobica (). Abbiamo utilizzato i breakpoint farmacocinetici/farmacodinamici (non correlati alla specie), ad eccezione di trimetoprim/sulfametossazolo, per il quale sono stati utilizzati i breakpoint di Stenotrophomonas maltophilia, e per gentamicina e colistina abbiamo utilizzato i breakpoint di Pseudomonas, come fatto da Eriksen et al. (). L'isolato era suscettibile a moxifloxacina (MIC 0,125 mg l−1) e trimetoprim/sulfametossazolo (MIC 0,25 mg l−1); parzialmente suscettibile ad amoxicillina/acido clavulanico (MIC 6 mg l−1); e resistente a ciprofloxacina (MIC 0,75 mg l−1) e a tutti gli altri farmaci testati, tra cui: ampicillina, cefuroxima, ceftazidima, meropenem, gentamicina, colistina e tigeciclina. Un Etest per vancomicina ha mostrato un MIC di 12 mg l−1, ma non abbiamo fatto un'interpretazione di suscettibilità o resistenza. Gli Etest non erano disponibili per piperacillina/tazobactam e rifampicina, ma la zona di diffusione della discendenza (Neo-Sensitabs; Rosco Diagnostica) per piperacillina/tazobactam era di 19 mm e per rifampicina era di 24 mm, ma come per vancomicina non abbiamo fatto un'interpretazione di suscettibilità o resistenza. Per determinare l'identità dell'isolato a livello di specie, abbiamo eseguito il sequenziamento con lo strumento Illumina MiSeq producendo 2x300 bp di letture a coppie di estremità utilizzando un kit di preparazione della libreria Nextera XT (Illumina). Le letture sono state assemblate utilizzando CLC Genomics Workbench (versione 11) (QIAGEN Bioinformatics) in 105 contig, N50 (497, 160), lunghezza totale della sequenza 4 047 726 bp, con un contenuto di G+C del 35,6 mol%. L'analisi del gene 16S rRNA, nonché di una misura della distanza basata su un k-mer, rispetto ai ceppi di E. meningoseptica e E. miricola disponibili pubblicamente, ha mostrato una chiara identificazione del ceppo come E. anophelis (dati non mostrati). Breurec et al. [] e Perrin et al. [] hanno riferito una chiara divisione di E. anophelis in 15 sottolignaggi, tra cui uno associato alla grande epidemia di infezioni da E. anophelis verificatasi nel Wisconsin (USA) nel 2015-2016. Per sottolinearne il sottolignaggio, abbiamo usato la strategia di tipizzazione del gene multilocus (cgMLST), utilizzando il sottoinsieme di 1546 famiglie di geni altamente conservati all'interno di E. anopheles []. Il profilo cgMLST del nostro ceppo è stato confrontato con quelli disponibili pubblicamente nel database Elizabethkingia cgMLST sul server dell'Institut Pasteur (). L'analisi di cluster basata sul profilo cgMLST, vedi, ha mostrato che il ceppo apparteneva al sottolignaggio 11, definito con il ceppo CIP 60-59 (CDC 3375; ATCC 13255; NCTC 10586; CCUG 4321; LMG 12873) come riferimento. Il ceppo CIP 60-59 è stato isolato dal CSF di un neonato prematuro deceduto []; tuttavia, i due ceppi del sottolignaggio 11 hanno alleli diversi in 299 loci su 1513 loci chiamati in entrambi i ceppi. Questo risultato mostra chiaramente che AAUH 98722 (il nostro ceppo) e CIP 60-59 sono geneticamente distinti. I gruppi sono stati sottoposti a ResFinder 3.0 () per analizzare la presenza di geni resistenti agli antimicrobici []. Il ceppo si è rivelato positivo per due geni della metallo-β-lattamasi, ossia blaGOB-3 (localizzato sul contig 69; lunghezza del colpo 756; 100 % ID; accesso n. AF189299), e blaB-3 (localizzato sul contig 21; lunghezza del colpo 750; 100 % ID; accesso n. AF189299), nonché un gene codificante per la β-lattamasi ad ampio spettro, blaCME-1, (localizzato sul contig 41; lunghezza del colpo 784; 100 % ID; accesso n. AJ006275). Ciò è coerente con la nota conservazione dei geni della carbapenemasi e della β-lattamasi all'interno di E. anophelis []. Dopo la preliminare identificazione della specie Elizabethkingia, la terapia antimicrobica è stata cambiata in vancomicina IV combinata con rifampicina IV, 600 mg due volte al giorno. Tuttavia, poiché i valori di MIC erano disponibili il giorno successivo, il trattamento definitivo è stato cambiato in moxifloxacina IV, 400 mg una volta al giorno, combinata con rifampicina IV 600 mg due volte al giorno per una durata totale di 14 giorni. Il paziente è migliorato e dopo 10 giorni in terapia intensiva è stato trasferito al reparto di malattie infettive per un ulteriore trattamento e riabilitazione, ed è stato infine dimesso dopo 3 settimane di ospedalizzazione. L'unica sequela è stata una parziale perdita dell'udito. A causa della gravità dell'infezione, il paziente è stato esaminato per immunodeficienza in un ambulatorio e si è riscontrato un livello elevato e sostenuto di IgM di circa 14 g l−1 (range normale 0,39-2,1 g l−1) durante i mesi successivi. Sette mesi dopo l'episodio di meningite, il suo midollo osseo è stato ulteriormente esaminato, e gli è stato infine diagnosticato un linfoma linfoplasmatico (macroglobulinemia di Waldenström).