Un bambino di 14 mesi è stato indirizzato al reparto di Pediatria del comportamento dello sviluppo presso l'Ospedale di Maternità e Sanità Infantile di Liuzhou, nella provincia di Guangxi, per ritardo dello sviluppo, contrattura del tendine di Achille, ipertonia, nistagmo e difetti della vista. Il bambino è nato a termine, dopo una gravidanza senza complicazioni, da genitori non consanguinei di origine cinese. Nessuno dei genitori o dei loro familiari aveva sintomi correlati. Il bambino aveva una lunghezza e un peso normali alla nascita (52 cm e 3,3 kg) e ora è alto 80 cm e pesa 10,8 kg (aggiornamento al 17/4/2019). I genitori hanno riferito che il bambino non riusciva a seguire la luce o gli oggetti, e si è notato un nistagmo sin dalla nascita. L'esame oftalmologico non ha rivelato alcun tracciamento oculare, tremore orizzontale di entrambi gli occhi, esotropia e trasparenza corneale. Nel paziente sono state riscontrate cataratte congenite. Nessuna anomalia è stata riscontrata nelle valutazioni oftalmologiche per il padre del probando. Gli obiettivi di sviluppo sono stati ovviamente ritardati. Non è stato in grado di girarsi fino a 12 mesi, o di raggiungere una posizione seduta senza assistenza fino a 18 mesi. Il bambino ha avuto ipertonia e contrattura del tendine di Achille sin dalla nascita. Il test di sviluppo di Gesell è stato eseguito e il bambino è stato valutato come avendo un grave ritardo nello sviluppo dell'adattabilità e delle capacità motorie fini, un moderato ritardo nello sviluppo delle capacità motorie grossolane, e un lieve ritardo nello sviluppo del linguaggio e delle interazioni personali-sociali. L'imaging a risonanza magnetica ha rivelato un ritardo nella mielinizzazione del cervello e nella formazione del quinto ventricolo secondo il protocollo del produttore. La sequenzializzazione mirata di nuova generazione, effettuata solo sul probando, utilizzando un pannello di malattie ereditarie (compresi 2742 geni che causano malattie, cat. n. 5190-7519, Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA) è stata condotta come descritto in precedenza []. I dati di sequenzializzazione originali sono stati valutati utilizzando Fast QC (versione 0.11.2) per il controllo di qualità. Lo strumento Burrows-Wheeler Alignment (versione 0.2.10) è stato impiegato per allineare i dati di sequenzializzazione al genoma di riferimento umano (NCBI build 37, hg 19). Le varianti di un singolo nucleotide e le piccole indel sono state identificate dal Genome Analysis Toolkit. Tutte le varianti sono state salvate in Variant Call Format e caricate sulle piattaforme Ingenuity Variant Analysis (Ingenuity Systems, Redwood City, CA, USA) e TGex (Translational Genomics Expert) per l'analisi e l'interpretazione biologica. Le varianti rilevate dalla sequenzializzazione di nuova generazione sono state confermate mediante sequenzializzazione Sanger nel paziente e nei suoi genitori. Le varianti del numero di copie (CNV) sono state identificate utilizzando il software open source CNVkit, uno strumento per dedurre e visualizzare il numero di copie dai dati di sequenziamento del DNA mirato. I dati allineati dopo il processo di allineamento Burrows-Wheeler sono stati utilizzati come input. I dati di riferimento normali utilizzati per l'identificazione delle CNV sono stati costruiti utilizzando i dati di sequenziamento di 10 maschi normali e 10 femmine normali che erano stati precedentemente validati senza CNV patogeni da una piattaforma di microarray cromosomico. Le impostazioni predefinite di CNVkit sono state utilizzate per l'identificazione delle CNV. Le CNV rilevate tramite analisi bioinformatiche sono ulteriormente validate dall'analisi dell'array cromosomico utilizzando CytoScan 750 k Suite (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). Nel paziente è stata identificata una variante omozigote in OPA1 (NM_015560: c.2189 T > C p.Leu730Ser). La variante è assente da tutte le banche dati attualmente disponibili, compresa la Genome Aggregation Database. Molteplici linee di evidenza computazionale suggeriscono un effetto deleterio di questa mutazione (Tabella). La sequenza di Sanger è stata applicata per validare la variante nel pedigree e ha rivelato che il padre del paziente era portatore della stessa variante eterozigote e sua madre era wild-type. L'analisi CNV, basata sulle informazioni di profondità di lettura del probando, ha indicato una delezione eterozigote sul braccio corto del cromosoma 3. L'analisi del microarray cromosomico ha confermato questa delezione come arr[GRCh37] 3q28q29(191921285_195896838)× 1. Pertanto, il probando ha ereditato una variante eterozigote nel gene OPA1 dal padre e ha sviluppato una microdelezione di 3975 kb de novo sul cromosoma 3 che ha rivelato la variante eterozigote in una forma emizigote.