Un uomo di 79 anni è stato ricoverato nel reparto di cardiologia del nostro ospedale, lamentando una febbre di 7 giorni, con una temperatura fino a 39,5 ℃. Ha negato tosse, catarro, ostruzione nasale, faringalgia, dolore toracico, vertigini o mal di testa. Cinque giorni prima del ricovero, gli è stata diagnosticata un'infezione polmonare tramite radiografia del torace e gli è stata somministrata una terapia antibiotica in un ospedale locale, ma i suoi sintomi non sono migliorati. Il paziente è stato diagnosticato con diabete mellito due mesi fa e beveva 2000-3000 ml di acqua al giorno. Circa 20 giorni fa, ha iniziato a presentare senso di oppressione toracica e mancanza di respiro dopo l'attività fisica. Inoltre, il paziente aveva una storia di ipertensione da oltre 20 anni. All'ammissione (giorno 0), l'esame fisico ha mostrato uno stato cosciente, temperatura di 36.5 ℃, frequenza cardiaca di 78/min, frequenza respiratoria di 20/min, pressione arteriosa di 120/62 mmHg, e crepitii all'auscultazione polmonare. Il paziente ha riferito una perdita di peso di 10 kg negli ultimi sei mesi. Le indagini di laboratorio hanno mostrato globuli bianchi di 7.77 × 109/L (con 90.1% neutrofili, 2.5% monociti, e 7.2% linfociti), procalcitonina di 3.24 ng/ml, velocità di sedimentazione eritrocitaria di 52 mm/h, emoglobina A1c di 9.5%, e zucchero nel sangue a digiuno di 8.26 mmol/L. Una tomografia computerizzata (CT) del torace ha mostrato multipli noduli e infiltrazione irregolare in entrambi i polmoni, che non ha escluso la possibilità di tubercolosi. La diagnosi preliminare è stata di infezione polmonare, e un trattamento antibiotico empirico con piperacillina/tazobactam per via endovenosa (4.5 g, q12h) e moxifloxacina (2 g, q12h) è stato somministrato. L'insulina per via endovenosa (4 U, qd) e miglitol per via orale (50 mg, q12h) sono stati usati per controllare il livello di glucosio nel sangue. Dopo l'ammissione, il paziente ha sviluppato una febbre continua e la temperatura massima giornaliera ha superato i 38,5 ℃. Il giorno 1, ha sviluppato insufficienza respiratoria e ha ricevuto un trattamento con ossigeno. L'analisi del sangue arterioso ha mostrato un pH di 7,50, una PaO2 di 57,7 mmHg, una PaCO2 di 31,9 mmHg e una SaO2 del 90,2%. I test sierologici per influenza A IgM, influenza B IgM, virus parainfluenzale IgM, adenovirus IgM, virus respiratorio sinciziale IgM, Mycoplasma pneumoniae IgM e Chlamydia pneumoniae IgM si sono rivelati negativi. Il test immunitario per la tubercolosi è risultato positivo. Il giorno 2, il paziente ha presentato poliuria e polidipsia, e il suo sintomo di tachipnea non è stato alleviato durante il trattamento con ossigeno. Quindi è stato trasferito in terapia intensiva (ICU) e gli è stata somministrata ventilazione meccanica. Il giorno 3, il paziente ha ottenuto un punteggio PASS di -1 e ha ricevuto analgesia e sedazione con propofol e alfentanil. La broncoscopia ha rilevato un'infiammazione della mucosa bronchiale e la produzione di espettorato purulento, e il fluido di lavaggio broncoalveolare (BALF) è stato ottenuto per un'ulteriore rilevazione. Il giorno 5, il paziente ha presentato un indice di ossigenazione ridotto (155) rispetto a prima. Nessuna anomalia è stata riscontrata nella sua coltura ematica. Il galattomanano sierico (1,74 ng/ml) e l'1,3-β-d-glucano (424,50 ng/L) erano positivi. La colorazione acido-resistente e la coltura del BALF erano negative. La rilevazione del DNA di M. tuberculosis dal BALF è risultata positiva. Il campione di BALF è stato anche inviato per la sequenziatura metagenomica di nuova generazione (Genskey, Pechino, Cina). Sono state generate un totale di 86.398.947 letture grezze e sono state ottenute 60.161.047 letture di alta qualità dopo la rimozione delle letture di bassa qualità. Tra le letture di alta qualità, 47.232.566 sono state allineate con il genoma di riferimento umano (HG38) e 12.928.481 sono state utilizzate per l'analisi a valle. La metagenomica di BALF ha indicato il complesso di M. tuberculosis (7.453.374 letture), A. lentulus (37.868 letture) e diversi microrganismi colonizzanti orali. I dati metagenomici sono ora disponibili presso il NCBI nella banca dati Sequence Read Archive (SRA) con numero di accesso PRJNA917778. Sulla base di questi risultati, il paziente è stato diagnosticato come infezione concomitante da M. tuberculosis e A. lentulus. Il trattamento antibiotico iniziale è stato cambiato con isoniazide orale (0,3 g, qd), rifapentina (0,45 g, qd) per la tubercolosi e caspofungina endovenosa (50 mg, qd) per la micosi. Il sesto giorno, le condizioni del paziente si aggravarono nuovamente. Sviluppò una disfunzione multiorgano e cadde in uno stato di coma lieve. La sua famiglia decise di abbandonare il trattamento a causa di problemi finanziari e di una prognosi grave. La respirazione artificiale venne successivamente interrotta e il paziente morì un'ora e mezza più tardi.