Une Japonaise de 50 ans a subi une résection chirurgicale pour une tumeur du retro-péritoine gauche. La tomographie par ordinateur (CT) préopératoire et la tomographie par émission de positrons (PET)-CT ainsi que les résultats intraopératoires n'ont pas montré de métastases à distance, de dissémination péritonéale évidente, ni d'invasion de l'utérus ou des ovaires (informations complémentaires). D'un point de vue histologique, la tumeur a été identifiée comme un léiomyosarcome de 12 cm × 11 cm. Elle a été traitée par chimiothérapie postopératoire avec 6 cycles de doxorubicine, suivis par une chimiothérapie avec pazopanib pendant 8 mois. Au cours de la période de suivi observationnelle, les études d'imagerie ont indiqué une récidive péritonéale. Bien que la chimiothérapie avec pazopanib ait été rapidement rétablie, la masse tumorale a finalement grandi pour devenir une tumeur évidente dans le péritoine. Elle a subi une chirurgie de débridement deux fois pour les tumeurs péritonéales, mais les tumeurs ont récidivé. Elle a reçu une chimiothérapie avec gemcitabine et docetaxel, qui a été interrompue en raison de l'apparition d'une pneumonie interstitielle. Le profilage du génome du cancer a été effectué pour rechercher des stratégies de traitement correspondant au génome dans la pratique clinique quotidienne de la médecine de précision contre le cancer. Elle a été référée à nous pour un conseil génétique et l'interprétation de la variante d'épissage RAD51D, qui a été détectée à l'origine dans l'analyse du génome de la tumeur. Elle n'avait pas d'antécédents familiaux de cancers liés à RAD51 ou d'autres types de tumeurs malignes, y compris le sarcome. Dans les études immunohistochimiques réalisées à l'hôpital Mita en complément du système de classement des sarcomes de la Fédération internationale des centres de cancérologie (FNCLCC), les cellules tumorales se sont révélées faiblement positives pour α-smooth muscle actin et desmin. Ces résultats sont compatibles avec un diagnostic de léiomyosarcome, équivalent au grade histologique 1 selon le système de classement des sarcomes de la Fédération internationale des centres de cancérologie (FNCLCC) []. Grâce à l'analyse du profil génomique des 324 gènes désignés des échantillons de tumeurs de la patiente en utilisant le panel oncologique FoundationOne CDx® (Foundation Medicine Inc., MA, USA), deux variantes pathogènes dans RAD51D (variante de l'épissage) et TP53 (variante missense) et des amplifications intermédiaires de quatre gènes ont été détectées. Sur la base des recommandations du panel d'experts, qui est un comité de tumeurs fournissant des interprétations et des suggestions d'ordre moléculaire et clinique pour les résultats des tests du panel oncologique, la patiente a reçu des conseils génétiques et a ensuite subi une analyse de la lignée germinale pour RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. La même variante de l'épissage de RAD51D a été détectée dans l'analyse de l'ADN extrait des lymphocytes par séquençage direct de l'ADN utilisant l'électrophorèse capillaire et la détection de fluorescence (technique de séquençage de Sanger et application), qui a été réalisée dans un laboratoire certifié par le Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA). Après un conseil génétique approfondi basé sur les résultats obtenus des tests de la lignée germinale, ses deux filles, présentées comme IV-1 et IV-2, ont également subi des tests génétiques prédictifs, et ont toutes deux été trouvées positives pour la variante, NetGene2, Splice Site Prediction by Neural Network (NNSplice), et Alternative Splice Site Predictor (ASSP) pour analyser les effets potentiels de la variante RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Les quatre outils ont prédit que la variante RAD51D atténuait l'épissage normal et produisait une forme plus courte de la protéine RAD51D. En outre, l'analyse cBROCA, une analyse expérimentale de l'ARN, comme l'a montré Casadei et al. [], a également prédit que cette modification affaiblirait le site d'épissage accepteur natif et créerait ou renforcerait de nouveaux sites d'épissage accepteurs, entraînant la production de formes plus courtes de la protéine RAD51D. Ensemble, ces analyses informatiques suggèrent qu'une modification d'un seul nucléotide dans l'intron 9 de RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] atténue l'épissage normal de l'ARNm de RAD51D, entraînant la production d'une forme plus courte de la protéine RAD51D (un produit représentant le tronc est montré à la figure c et d). Bien qu'il n'y ait pas de domaines de consensus spécifiques dans l'exon 10, qui est tronqué par épissage atténué, les phénotypes agressivement malins observés dans ce cas seraient la preuve que la variante RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] est une nouvelle variante de perte de fonction impliquée dans la formation et/ou la progression de tumeurs malignes. Selon la base de données ClinVar (Variation ID: 472631) (accès en août 2021), la signification clinique de RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] est probablement pathogène ou incertaine, ce qui signifie que sa signification clinique n'a pas encore été déterminée et fait l'objet d'un débat d'interprétation. Les fréquences alléliques de RAD51D c.904-2A > T (NM_002878) dans la population générale étaient de 6,60 × 10− 4 (ToMMo 8.3KJPN) et de 4,13 × 10− 4 (HGVD ver2.3, dbSNP rsID: 1403784434) chez les Japonais et de 3,98 × 10− 6 dans la population mondiale, ce qui suggère que la variante de l'épissage RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] était extrêmement rare dans la population mondiale ainsi qu'au Japon, ce qui peut potentiellement indiquer qu'il s'agit d'une variante pathogène.