Un homme danois de 76 ans s'est présenté au service des urgences de l'hôpital universitaire d'Aalborg (Aalborg, Danemark) en mai 2017, avec une otalgie du côté droit datant de la semaine précédente, et une fièvre et une confusion qui avaient débuté dans les 24 heures précédentes. À son admission, le patient était en bonne santé, et il ne prenait pas de médicaments quotidiens. Cinquante-trois jours avant son admission, le patient était revenu d'un séjour de 16 jours sur la côte est de la péninsule malaisienne. Avant le voyage, il avait été revacciné contre la diphtérie, le tétanos et l'hépatite A. Il n'avait pas utilisé de prophylaxie antipaludique pendant ses vacances. Lors de l'examen, le patient avait un état mental altéré avec un score de Glasgow de 6, une raideur du cou et de la fièvre (40,0 °C). Conformément aux directives nationales sur la prise en charge des cas suspects de méningite bactérienne, le patient a subi une ponction lombaire et a été traité par des doses élevées de pénicilline benzylique intraveineuse (1,8 g toutes les 4 h), de céfotaxime (3 g toutes les 6 h) et de dexaméthasone (10 mg toutes les 6 h). Une ponction lombaire du patient a été réalisée, après un scanner du cerveau, qui s'est avéré normal. Les tests de laboratoire ont montré un taux de protéine C-réactive de 273 mg l−1, de procalcitonine de 10,8 µg l−1 et de globules blancs de 19,9 × 109 l−1. L'analyse du liquide céphalorachidien (LCR) a révélé une pléocytose avec des globules blancs de 741 × 106 l−1 (636 polynucléaires et 105 mononucléaires), un rapport glucose/sérum légèrement diminué de 0,38, un taux de protéines de 1,34 g l−1 et un lactate de 7,3 mmol l−1, et le patient a été transféré à l'unité de soins intensifs (USI). L'examen du LCR du patient a révélé la présence de rods Gram négatif, non mobiles, oxydase et catalase positives. En outre, une culture sanguine simultanée positive (BD BACTEC; Becton Dickinson) a donné des résultats similaires. La MALDI-TOF MS (matrix-associated laser desorption ionization-time of flight MS) (MALDI Biotyper 3.1, Bruker Daltonics Microflex LT, MBT 6903 MSP Library) n'a pas permis de distinguer les colonies entre E. meningoseptica (score 2,215) ou E. miricola (score 2,101), tandis qu'E. anophelis n'était pas présente dans la bibliothèque MALDI. API 20 E v5.0 (bioMérieux) a donné une identification d'E. meningoseptica avec un score de 71,6 % d'identité (profil numérique: 0042004). L'isolate était multirésistante et positive à la métallo-β-lactamase en utilisant le kit MBL Confirm (Rosco Diagnostica). Les tests de susceptibilité antimicrobienne (AST) ont été effectués en utilisant les Etests (bioMérieux) selon les directives du Comité européen de test de susceptibilité antimicrobienne (). Nous avons utilisé les seuils de pharmacocinétique/pharmacodynamique (non spécifiques à l'espèce) à l'exception du trimethoprim/sulfamethoxazole, dans lequel les seuils de Stenotrophomonas maltophilia ont été utilisés, et pour la gentamicine et la colistine, nous avons utilisé les seuils de Pseudomonas species, comme l'a fait Eriksen et al. []. L'isolate était sensible à la moxifloxacine (MIC 0,125 mg l−1) et au trimethoprim/sulfamethoxazole (MIC 0,25 mg l−1); intermédiaire sensible à l'amoxicilline/acide clavulanique (MIC 6 mg l−1); et résistante à la ciprofloxacine (MIC 0,75 mg l−1) et à tous les autres médicaments testés, y compris: l'ampicilline, la cefuroxime, la ceftazidime, le meropenem, la gentamicine, la colistine et la tigécycline. Un Etest pour la vancomycine a montré une MIC de 12 mg l−1, mais nous n'avons pas fait d'interprétation de sensible ou résistante. Les Etests n'étaient pas disponibles pour la pipéracilline/tazobactam et la rifampicine, mais la zone de diffusion de la disc diffusion (Neo-Sensitabs; Rosco Diagnostica) pour la pipéracilline/tazobactam était de 19 mm et pour la rifampicine était de 24 mm, mais comme pour la vancomycine, nous n'avons pas fait d'interprétation de sensible ou résistante. Pour déterminer l'identité de l'isolate au niveau de l'espèce, nous avons effectué un séquençage avec l'instrument Illumina MiSeq produisant des lectures de 2 × 300 pb en paires de fins en utilisant un kit de préparation de bibliothèque Nextera XT (Illumina). Les lectures ont été assemblées en utilisant CLC Genomics Workbench (version 11) (QIAGEN Bioinformatics) en 105 contigs, N50 (497, 160), longueur totale de la séquence 4 047 726 pb, avec un contenu en G+C de 35,6 mol %. L'analyse du gène 16S rRNA, ainsi que la mesure de la distance basée sur un k-mer, comparée aux souches d'E. meningoseptica et d'E. miricola disponibles publiquement, a montré une identification claire de l'isolate comme E. anophelis (données non présentées). Breurec et al. [] et Perrin et al. [] ont rapporté une division claire d'E. anophelis en 15 sous-lignées, dont 1 associée à la grande épidémie d'infections par E. anophelis survenue dans le Wisconsin (États-Unis) en 2015-2016. Pour sous-typer notre souche et définir sa sous-lignée, nous avons utilisé la stratégie de typage de séquence multilocus (cgMLST) du génome central, en utilisant le sous-ensemble de 1546 familles de gènes qui sont fortement conservées au sein d'E. anopheles []. Le profil cgMLST de notre isolate a été comparé à ceux disponibles publiquement dans la base de données Elizabethkingia cgMLST sur le serveur de l'Institut Pasteur (). L'analyse par cluster basée sur les profils cgMLST, voir, a montré que l'isolate appartenait à la sous-lignée 11, qui a été définie avec la souche CIP 60-59 (CDC 3375; ATCC 13255; NCTC 10586; CCUG 4321; LMG 12873) comme référence. La souche CIP 60-59 a été isolée du LCR d'un nourrisson prématuré décédé []; toutefois, les deux souches de la sous-lignée 11 ont des allèles différents à 299 loci sur 1513 loci appelés dans les deux souches. Ce résultat montre clairement que AAUH 98722 (notre isolate) et CIP 60-59 sont génétiquement distincts. Les assemblages ont été soumis à ResFinder 3.0 () pour analyse de la présence de gènes de résistance aux antimicrobiens []. L'isolate s'est révélée positive pour deux gènes de β-lactamase, à savoir blaGOB-3 (situé sur le contig 69; longueur de la séquence 756; 100 % ID; accession no. AF189291), et blaB-3 (situé sur le contig 21; longueur de la séquence 750; 100 % ID; accession no. AF189299), ainsi qu'un gène β-lactamase à spectre étendu, blaCME-1, (situé sur le contig 41; longueur de la séquence 784; 100 % ID; accession no. AJ006275). Ceci est cohérent avec la conservation connue des gènes de carbapénémase et β-lactamase au sein d'E. anopheles []. Après l'identification préliminaire de l'espèce Elizabethkingia, le traitement antimicrobien a été changé en vancomycine IV associée à la rifampicine IV, 600 mg deux fois par jour. Cependant, comme les valeurs de la CMI étaient disponibles le jour suivant, le traitement définitif a été changé en moxifloxacine IV, 400 mg une fois par jour, associée à la rifampicine IV 600 mg deux fois par jour pour une durée totale de 14 jours. Le patient s'est amélioré et après 10 jours en soins intensifs, il a été transféré dans le service des maladies infectieuses pour un traitement et une rééducation ultérieurs, et il a finalement été renvoyé à la maison après 3 semaines d'hospitalisation. La seule séquelle était une perte auditive partielle. En raison de la gravité de l'infection, le patient a été examiné pour une immunodéficience en ambulatoire et a présenté un taux élevé et soutenu d'IgM d'environ 14 g l−1 (intervalle normal 0,39−2,1 g l−1) au cours des mois suivants. Sept mois après l'épisode de méningite, sa moelle osseuse a été examinée plus en détail, et il a finalement été diagnostiqué avec un lymphome lymphoplasmocytaire (macroglobulinémie de Waldenström).