Un garçon de 14 mois a été référé au département de pédiatrie du comportement développemental à l'hôpital de santé maternelle et infantile de Liuzhou, dans la province du Guangxi, pour retard de développement, contracture du tendon d'Achille, hypertonie, nystagmus et défauts de vision. Le garçon est né à terme après une grossesse sans incident de parents non consanguins d'origine chinoise. Aucun des parents ni des membres de leur famille apparenté n'avait de symptômes apparentés. Le garçon avait une taille et un poids normaux à la naissance (52 cm et 3,3 kg) et mesure maintenant 80 cm et pèse 10,8 kg (mise à jour du 17/4/2019). Les parents ont décrit le garçon comme étant incapable de suivre la lumière ou les objets, et un nystagmus a été observé depuis la naissance. L'examen ophtalmologique n'a révélé aucune capacité de suivi oculaire, aucun tremblement horizontal des deux yeux, aucune exotropie et aucune transparence cornéenne. Des cataractes congénitales ont été découvertes chez le patient. Aucune anomalie n'a été constatée lors des évaluations ophtalmologiques du père du proband. Les étapes du développement ont été manifestement retardées. Il n'a pu se retourner avant l'âge de 12 mois, ou s'asseoir sans aide avant l'âge de 18 mois. Le garçon a eu une hypertonie et une contracture du tendon d'Achille depuis la naissance. Le test de développement de Gesell a été effectué et le garçon a été évalué comme ayant un retard de développement sévère de l'adaptabilité et des habiletés motrices fines, un retard de développement modéré des habiletés motrices globales et un léger retard de développement du langage et des interactions personnelles et sociales. L'imagerie par résonance magnétique a révélé un retard de myélinisation du cerveau et la formation du cinquième ventricule selon le protocole du fabricant. Le séquençage de la prochaine génération ciblé uniquement sur le patient a été effectué en utilisant un panel de maladies héréditaires (incluant 2742 gènes responsables de maladies, n° de catalogue 5190-7519, Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA) comme décrit précédemment []. Les données de séquençage originales ont été évaluées en utilisant le Fast QC (version 0.11.2) pour le contrôle de la qualité. L'outil d'alignement Burrows-Wheeler (version 0.2.10) a été utilisé pour aligner les données de séquençage sur le génome de référence humain (NCBI build 37, hg 19). Les variantes d'un seul nucléotide et les petits indels ont été identifiés par le Genome Analysis Toolkit. Toutes les variantes ont été enregistrées au format Variant Call Format et téléchargées sur les plateformes Ingenuity Variant Analysis (Ingenuity Systems, Redwood City, CA, USA) et TGex (Translational Genomics Expert) pour analyse et interprétation biologiques. Les variantes détectées par le séquençage de la prochaine génération ont été confirmées par séquençage Sanger chez le patient et ses parents. Les variantes du nombre de copies (CNV) ont été identifiées à l'aide du logiciel open source CNVkit, un kit d'outils permettant d'inférer et de visualiser le nombre de copies à partir des données de séquençage d'ADN ciblées. Les données alignées après le processus d'alignement de Burrows-Wheeler ont été utilisées comme entrée. Les données de référence normales utilisées pour l'identification des CNV ont été construites à l'aide des données de séquençage de 10 hommes normaux et de 10 femmes normales qui avaient été validées précédemment sans CNV pathogènes par une plate-forme de microarray chromosomique. Les paramètres par défaut de CNVkit ont été utilisés pour l'identification des CNV. Les CNV détectés par analyse bioinformatique sont ensuite validés par analyse de microarray chromosomique à l'aide de CytoScan 750 k Suite (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). Une variante homozygote dans OPA1 (NM_015560: c.2189 T > C p.Leu730Ser) a été identifiée chez le patient. La variante est absente de toutes les bases de données actuellement disponibles, y compris la Genome Aggregation Database. Plusieurs lignes de preuves informatiques suggèrent un effet délétère de cette mutation. Le séquençage de Sanger a été appliqué pour valider la variante dans la lignée et a révélé que le père du patient portait la même variante hétérozygote et que sa mère était de type sauvage. L'analyse CNV, basée sur les informations de profondeur de lecture du proband, a indiqué une délétion hétérozygote sur le bras court du chromosome 3. L'analyse par microarray chromosomique a confirmé cette délétion comme arr[GRCh37] 3q28q29(191921285_195896838)× 1. Ainsi, le proband a hérité d'une variante hétérozygote dans le gène OPA1 de son père et a développé une microdélétion de 3975 kb de novo sur le chromosome 3 qui a révélé la variante hétérozygote sous une forme hémizygote.