Une femme de 47 ans (poids: 62 kg) a été diagnostiquée en 1996 avec une hépatite B chronique active HBeAg-positive. Les paramètres viraux tels que HBeAg, anti-HBe IgG et la charge virale plasmatique HBV à partir d'échantillons congelés ont été simultanément mesurés par un opérateur unique pour réduire les variations intra et inter-essai. HBeAg et anti-HBe ont été déterminés par électrochimioluminescence (ELECSYS 2010, Roche Diagnostic). Les niveaux de charge virale HBV ont été déterminés par PCR en temps réel (COBAS TaqMan Roche Molecular Systems, plage dynamique de 30 IU/ml à 110 000 000 IU/ml) []. L'inflammation du foie a été mesurée par les niveaux d'alanine aminotransférase sérique (ALT). Pour l'analyse de séquence, les gènes pol et préC-core du VHB ont été séquencés successivement avec des amorces comme décrit précédemment []. L'analyse a été réalisée à l'aide d'un instrument ABI3100 (Applied Biosystems), et les séquences introduites dans ce travail ainsi que celles obtenues à partir de la base de données GenBank ont été alignées avec ClustalX v1.83 [] et éditées avec Bioedit v7.0.9.0 [] Le génotype du VHB a été évalué par inférence phylogénétique en utilisant l'algorithme Neighbor-joining avec le modèle Kimura à deux paramètres de l'évolution moléculaire dans le logiciel MEGA v3.1 [] Des séquences de ces deux gènes ont été obtenues à différents moments de la thérapie antivirale. Une analyse clonale plus détaillée du gène pol du VHB a été réalisée sur sept isolats viraux sélectionnés à partir d'échantillons de sérum prélevés au cours de séquences thérapeutiques. Chaque produit PCR sélectionné du gène pol a été cloné dans le vecteur pGEM-T Easy selon les instructions du fabricant (Promega, Wisconsin, États-Unis) et au moins 15 clones ont été analysés par séquençage. Cela a permis d'analyser l'évolution des quasi-espèces virales sous les pressions antivirales successives sur la base de l'analyse du gène pol. Les interventions de traitement anti-HBV accompagnées de la charge virale HBV et de la cinétique du taux ALT sont représentées dans la figure. Le traitement a été initié lorsque la charge virale HBV a atteint 6,5 × 106 IU/ml. En 1998, lorsque le patient a été traité avec IFN-alpha 5 MU trois fois par semaine pendant 30 semaines, le taux ADN HBV était inférieur à la limite de détection. Ce traitement a été interrompu et remplacé en 1999 par la lamivudine (150 mg une fois par jour). Après 2 ans de traitement continu, le taux ADN HBV était détectable (15,5 × 106 IU/ml). HBeAg est resté négatif avec des anti-HBe détectables pendant cette période de traitement. En 2001, après une interruption de 6 mois, le taux ADN HBV a montré une poussée post-traitement (1 × 108 IU/ml). À la fin de 2003, la thérapie par la lamivudine a été réintroduite (150 mg une fois par jour). Elle a été accompagnée d'un événement rare de réversion vers un profil HBeAg positif/anti-HBe négatif, qui est resté détectable pendant deux ans. La charge virale a atteint 3,1 × 106 IU/ml à ce moment. Dix mois plus tard, en 2006, le régime de lamivudine a été remplacé par une monothérapie à l'adéfovir (10 mg/jour). Initialement, les taux de charge virale étaient faibles (8,5 × 104 IU/ml) mais après 48 semaines de traitement, ces taux ont atteint 7,15 × 106 IU/ml. Les taux d'ALT étaient normaux pendant cette période. La réactivation de la réplication du VHB a été présumée en raison de la détection simultanée de HBeAg/anti-HBe [] et de la réplication élevée détectée. La coexistence de HBeAg et d'anti-HBe ne semble pas être rare chez les patients naïfs de traitement antiviral, mais sa prévalence chez les patients ayant déjà suivi un traitement antiviral est inconnue. Ce schéma sérologique a été associé à des dommages hépatocytaires étendus et à des lésions hépatiques immuno-médiées sévères et à un dysfonctionnement consécutif []. Six mois plus tard, le taux d'ALT a légèrement augmenté (1,5 × limite supérieure de la normale - LSN -) et une monothérapie à l'entecavir a été instaurée (1 mg par jour). Après 5 mois de monothérapie par l'entécavir, le ténofovir (300 mg une fois par jour) a été ajouté au traitement pour une double thérapie. L'ADN du VHB a diminué à 1 × 105 IU/ml pendant quatre mois, mais trois mois plus tard, la charge virale a atteint > 1,1 × 108 IU/ml. En outre, une augmentation du taux d'ALT (20 × UNL) a indiqué une inflammation du foie. Au cours des 48 semaines suivantes, la réplication virale a légèrement diminué à 6,1 × 106 IU/ml, mais a rebondi d'abord à 3,6 × 107 IU/ml et plus tard à > 1,1 × 108 IU/ml. Plus récemment (deuxième semestre 2010), les taux d'ADN du VHB ont fluctué entre 4,3 × 104 IU/ml et 4,9 × 107 IU/ml. À la fin du suivi de l'étude, nous avons pu mesurer la concentration de ténofovir dans le plasma par chromatographie liquide haute performance dans trois échantillons consécutifs 20 heures après l'administration, atteignant 71,6 ng/ml ± 47,6 (moyenne ± SD). Les taux ALT-AST sont restés légèrement élevés (2× UNL) pendant les deux dernières années de suivi. Les isolats de HBV du patient ont été attribués au génotype A2 sur la base de la parenté phylogénétique entre les séquences génomiques partielles du HBV des gènes pol et preC-C. Une analyse génotypique longitudinale supplémentaire, incluant la composition des quasi-espèces des souches de HBV isolées du patient, a révélé la présence de mutations de résistance sur la base des séquences génomiques du pol. Au début du traitement par la lamivudine, le HBV était de type sauvage dans tous les clones. Après 2 ans sous une telle thérapie, cette population virale a été complètement remplacée par la mutation rtM204I - présentant de manière homogène une résistance à la lamivudine. Lorsque cette thérapie a été interrompue pendant 6 mois, la composition des quasi-espèces était presque exclusivement constituée de séquences nucléotidiques pol sauvages, à l'exception d'une contribution mineure (< 10 %) présentant la mutation I233V associée à la résistance à l'adéfovir. Une fois la thérapie par la lamivudine réintroduite, et jusqu'à ce que l'entecavir plus le tenofovir aient été administrés, les mutations doubles associées à la résistance à la lamivudine rtL180M et rtM204I ont été invariablement détectées. Dans le cadre de ce dernier schéma thérapeutique, seules les mutations ephémères et mineures (< 5 %) associées à la résistance à l'adéfovir et à la lamivudine ont été détectées, respectivement, les mutations A181T et T184L. En outre, deux autres variantes ont été détectées dans le domaine catalytique de la transcriptase inverse au moment de la résistance à la lamivudine. Ces variantes rtA200V et rtI253V sont restées présentes pendant le traitement par l'entécavir et ont également été détectées dans les échantillons séquencés après la percée pendant le traitement par l'entécavir. La caractérisation génomique du VHB au niveau préC-C a montré la présence de la double mutation A1762T et G1764A qui a été détectée tôt lorsque le patient n'était pas traité, restant dans cette condition pendant toute la période de suivi. La mutation T1753C a également été détectée de manière cohérente. La présence de ces mutations du promoteur principal est également liée au profil concurrent HBeAg-antiHBe susmentionné trouvé chez ce patient, comme cela a été rapporté récemment [].