Un homme de 79 ans a été admis au service de cardiologie de notre hôpital, se plaignant d'une fièvre de 7 jours, avec une température allant jusqu'à 39,5℃. Il niait avoir toussé, avoir craché du mucus, avoir eu une obstruction nasale, une pharyngalgie, des douleurs thoraciques, des vertiges ou des maux de tête. Cinq jours avant son admission, il a été diagnostiqué comme ayant une infection pulmonaire par une radiographie thoracique et a reçu une antibiothérapie dans un hôpital local, mais ses symptômes ne se sont pas améliorés. Le patient a été diagnostiqué comme ayant un diabète sucré il y a deux mois et a bu 2000-3000 ml d'eau par jour. Il y a environ 20 jours, il a commencé à présenter une oppression thoracique et un essoufflement après une activité physique. En outre, le patient avait des antécédents d'hypertension artérielle depuis plus de 20 ans. L'examen physique à l'admission (jour 0) a révélé un état conscient, une température de 36,5 °C, une fréquence cardiaque de 78/min, une fréquence respiratoire de 20/min, une tension artérielle de 120/62 mmHg et des crépitations à l'auscultation pulmonaire. La patiente a déclaré avoir perdu 10 kg au cours des six derniers mois. Les examens de laboratoire ont révélé un taux de globules blancs de 7,77 × 109/L (90,1 % de neutrophiles, 2,5 % de monocytes et 7,2 % de lymphocytes), une procalcitonine de 3,24 ng/ml, une vitesse de sédimentation des érythrocytes de 52 mm/h, un taux d'hémoglobine A1c de 9,5 % et une glycémie à jeun de 8,26 mmol/L. Une tomographie par ordinateur (CT) thoracique a révélé de multiples nodules et une infiltration inégale dans les deux poumons, ce qui n'a pas exclu la possibilité d'une tuberculose. Le diagnostic préliminaire était une infection pulmonaire et un traitement antibiotique empirique avec de la pipéraquine/tazobactam intraveineuse (4,5 g, q12h) et du moxifloxacine (2 g, q12h) a été administré. L'insuline intraveineuse (4 U, qd) et le miglitol oral (50 mg, q12h) ont été utilisés pour contrôler le taux de glycémie. Après admission, le patient a développé une fièvre continue et une température quotidienne maximale a dépassé 38,5 ℃. Le jour 1, il a développé une insuffisance respiratoire et a reçu un traitement à l'oxygène. L'analyse des gaz du sang artériel a montré un PH 7,50, une PaO2 de 57,7 mmHg, une PaCO2 de 31,9 mmHg et une SaO2 de 90,2%. Les tests sérologiques pour la grippe A IgM, la grippe B IgM, le virus parainfluenza IgM, l'adénovirus IgM, le virus respiratoire syncytial IgM, Mycoplasma pneumoniae IgM et Chlamydia pneumoniae IgM se sont révélés négatifs. Le test immunologique de la tuberculose a été positif. Le jour 2, le patient a présenté une polyurie et une polydipsie, et son symptôme de tachypnée n'a pas été soulagé pendant le traitement à l'oxygène. Il a ensuite été transféré à l'unité de soins intensifs (USI) et a reçu une ventilation mécanique. Le jour 3, le patient a obtenu un score PASS de - 1 et a reçu une analgésie et une sédation avec du propofol et de l'alfentanil. La bronchoscopie a révélé une inflammation de la muqueuse bronchique et la production de crachats purulents, et un lavage bronchoalvéolaire (BALF) a été obtenu pour une détection ultérieure. Le cinquième jour, l'oxygénation du patient a diminué (155) par rapport à la valeur précédente. Sa culture sanguine ne présentait aucune anomalie. Le taux de galactomannane sérique (1,74 ng/ml) et de 1,3-β-d-glucane (424,50 ng/L) était positif. La coloration acide rapide et la culture du LBA étaient négatives. La détection de l'ADN de M. tuberculosis à partir du LBA était positive. L'échantillon de LBA a également été envoyé pour séquençage métagénomique de nouvelle génération (Genskey, Pékin, Chine). Au total, 86 398 947 lectures brutes ont été générées et 60 161 047 lectures de haute qualité ont été obtenues après suppression des lectures de faible qualité. Parmi les lectures de haute qualité, 47 232 566 ont été alignées sur le génome de référence humain (HG38) et 12 928 481 ont été utilisées pour l'analyse en aval. La métagénomique de LBA a rapporté le complexe M. tuberculosis (7 453 374 lectures), A. lentulus (37 868 lectures) et plusieurs microorganismes colonisant la bouche. Les données métagénomiques sont désormais disponibles sur le NCBI dans la base de données Sequence Read Archive (SRA) sous le numéro d'accès PRJNA917778. Sur la base de ces résultats, le patient a été diagnostiqué comme étant coinfecté par M. tuberculosis et A. lentulus. Le traitement antibiotique initial a été changé en isoniazide oral (0,3 g, qd), rifapentine (0,45 g, qd) pour la lutte antituberculeuse et caspofungine intraveineuse (50 mg, qd) pour la lutte antifongique. Le jour 6, l'état du patient s'aggrava de nouveau. Il développa une dysfonction multi-organe et tomba dans un état de coma léger. Sa famille décida d'abandonner le traitement en raison de problèmes financiers et d'un pronostic grave. La respiration artificielle fut arrêtée par la suite et le patient expira 1,5 heure plus tard.