Un hombre de 79 años fue admitido en el departamento de cardiología de nuestro hospital, quejándose de un historial de 7 días de fiebre, con una temperatura de hasta 39.5 ℃. Negó tos, flema, obstrucción nasal, faringalgia, dolor torácico, mareos o dolor de cabeza. Cinco días antes de la admisión, se le diagnosticó una infección pulmonar mediante una radiografía de tórax y se le dio una terapia antibiótica en un hospital local, pero sus síntomas no se aliviaron. El paciente fue diagnosticado con diabetes mellitus hace dos meses y bebió 2000-3000 ml de agua al día. Hace unos 20 días, comenzó a presentar opresión en el pecho y falta de aire después de la actividad física. Además, el paciente tenía un historial de presión arterial alta durante más de 20 años. En el ingreso (día 0), el examen físico mostró un estado consciente, temperatura de 36.5 ℃, frecuencia cardiaca de 78/min, frecuencia respiratoria de 20/min, presión arterial de 120/62 mmHg, y crepitaciones en la auscultación pulmonar. El paciente informó una pérdida de peso de 10 kg en los últimos seis meses. Las investigaciones de laboratorio mostraron un recuento de glóbulos blancos de 7.77 × 109/L (con 90.1% neutrófilos, 2.5% monocitos, y 7.2% linfocitos), procalcitonina de 3.24 ng/ml, velocidad de sedimentación de eritrocitos de 52 mm/h, hemoglobina A1c de 9.5%, y azúcar en sangre en ayunas de 8.26 mmol/L. Una tomografía computarizada (TC) de tórax mostró múltiples nódulos e infiltración irregular en ambos pulmones, lo que no excluyó la posibilidad de tuberculosis. El diagnóstico preliminar fue infección pulmonar, y se dio tratamiento antibiótico empírico con piperacilina/tazobactam intravenoso (4.5 g, q12h) y moxifloxacina (2 g, q12h). Se usó insulina intravenosa (4 U, qd) y miglitol oral (50 mg, q12h) para controlar el nivel de glucosa en sangre. Tras la admisión, el paciente desarrolló fiebre continua y la temperatura diaria alcanzó los 38,5 ℃. El día 1, desarrolló insuficiencia respiratoria y recibió tratamiento con oxígeno. El análisis de gases en sangre arterial mostró un pH de 7,50, PaO2 de 57,7 mmHg, PaCO2 de 31,9 mmHg y SaO2 de 90,2%. Las pruebas serológicas para influenza A IgM, influenza B IgM, virus parainfluenza IgM, adenovirus IgM, virus sincitial respiratorio IgM, Mycoplasma pneumoniae IgM y Chlamydia pneumoniae IgM resultaron negativas. La prueba de tuberculina fue positiva. El día 2, el paciente presentó poliuria y polidipsia, y su síntoma de taquipnea no se alivió durante el tratamiento con oxígeno. Entonces fue trasladado a la unidad de cuidados intensivos (UCI) y se le dio ventilación mecánica. El día 3, el paciente tuvo una puntuación PASS de -1 y recibió analgesia y sedación con propofol y alfentanil. La broncoscopia encontró inflamación de la mucosa bronquial y producción de esputo purulento, y se obtuvo líquido de lavado broncoalveolar (BALF) para su posterior detección. En el día 5, el paciente presentó un índice de oxigenación disminuido (155) en comparación con antes. No se encontraron anomalías en su cultivo de sangre. El galactomanano sérico (1,74 ng/ml) y el 1,3-ß-d-glucano (424,50 ng/L) fueron positivos. La tinción ácida rápida y el cultivo de BALF fueron negativos. La detección de ADN de M. tuberculosis a partir de BALF fue positiva. La muestra de BALF también se envió para secuenciación metagenómica de próxima generación (Genskey, Pekín, China). Se generaron un total de 86 398 947 lecturas sin procesar y se obtuvieron 60 161 047 lecturas de alta calidad después de eliminar las lecturas de baja calidad. Entre las lecturas de alta calidad, 47 232 566 se alinearon con el genoma de referencia humano (HG38) y 12 928 481 se usaron para análisis posteriores. El mNGS de BALF informó un complejo de M. tuberculosis (7 453 374 lecturas), A. lentulus (37 868 lecturas) y varios microorganismos colonizadores orales. Los datos metagenómicos están ahora disponibles en el NCBI en la base de datos Sequence Read Archive (SRA) con el número de acceso PRJNA917778. En base a estos hallazgos, se diagnosticó al paciente como una coinfección de M. tuberculosis y A. lentulus. El tratamiento antibiótico inicial se cambió a isoniazida oral (0,3 g, qd), rifapentina (0,45 g, qd) para anti-tuberculosis, y caspofungina intravenosa (50 mg, qd) para antifúngico. El día 6, la condición del paciente empeoró nuevamente. Desarrolló una disfunción orgánica múltiple y cayó en un estado de coma leve. Su familia decidió abandonar el tratamiento debido a problemas financieros y un pronóstico grave. La respiración artificial se detuvo posteriormente y el paciente falleció 1,5 horas después.