Μια Γιαπωνέζα ηλικίας περίπου 50 ετών υποβλήθηκε σε χειρουργική εκτομή για έναν όγκο που προέκυψε στο αριστερό οπισθοπεριτόναιο. Η προεγχειρητική υπολογιστική τομογραφία (CT) και η τομογραφία εκπομπής ποζιτρονίων (PET)-CT, καθώς και τα ενδοεγχειρητικά ευρήματα δεν έδειξαν απομακρυσμένη μετάσταση, καμία προφανή περιτοναϊκή εξάπλωση και καμία εισβολή στη μήτρα ή στις ωοθήκες (Συμπληρωματικές Πληροφορίες). Ιστολογικά, ο όγκος αναγνωρίστηκε ως λειομυοσάρκωμα μεγέθους 12 cm × 11 cm. Υποβλήθηκε σε μετεγχειρητική χημειοθεραπεία με 6 κύκλους δοξορουβικίνης, ακολουθούμενη από χημειοθεραπεία με παζοναμπί για 8 μήνες. Κατά την περίοδο παρακολούθησης, οι μελέτες απεικόνισης έδειξαν περιτοναϊκή υποτροπή. Ενώ η χημειοθεραπεία με παζοναμπί επανεκκινήθηκε αμέσως, η μάζα του όγκου τελικά μεγάλωσε σε έναν προφανή όγκο στο περιτόναιο. Υποβλήθηκε σε χειρουργική επέμβαση εκτομής δύο φορές για περιτονατικούς όγκους, αλλά οι όγκοι υποτροπίασαν. Έλαβε χημειοθεραπεία με γεμσιταβίνη και ντοσεταξέλη, η οποία διακόπηκε λόγω της εμφάνισης διάμεσης πνευμονίας. Διεξήχθη ανάλυση του προφίλ του γονιδιώματος του καρκίνου για την αναζήτηση στρατηγικών θεραπείας που ταιριάζουν με το γονιδίωμα στην καθημερινή κλινική πρακτική της ιατρικής ακριβείας για τον καρκίνο. Μας παραπέμφθηκε για γενετική συμβουλευτική και ερμηνεία της παραλλαγής ραπτίδωσης RAD51D, η οποία αρχικά ανιχνεύθηκε στην ανάλυση του γονιδιώματος του όγκου. Δεν υπήρχε οικογενειακό ιστορικό καρκίνων που να σχετίζονται με το RAD51 ή άλλων τύπων κακοηθειών, συμπεριλαμβανομένου του σαρκώματος (Εικ. Σε ιστολογικές εκτιμήσεις, ο όγκος έδειξε φασιcular πολλαπλασιασμό των κυττάρων άξονα με εωσινόφιλο κυτταρόπλασμα. Οι πυρήνες έδειξαν μέτρια ατυπία, και κάποια κύτταρα όγκου είχαν προεξέχοντα πυρηνίδια. Παρατηρήθηκαν επίσης περιστασιακές μιτωτικές μορφές. Δεν παρατηρήθηκε νέκρωση του όγκου (α). Σε ανοσοϊστοχημικές μελέτες που πραγματοποιήθηκαν στο νοσοκομείο Mita, συμπληρωματικά προς το Διεθνές Πανεπιστήμιο Υγείας και Πρόνοιας της Ιαπωνίας, τα κύτταρα όγκου αποδείχθηκαν ασθενώς θετικά για α-ομαλή μυϊκή ακτίνη και δεσμίνη. Τα ευρήματα αυτά είναι σύμφωνα με τη διάγνωση του λειομυοσαρκώματος, που ισοδυναμεί με ιστολογικό βαθμό 1 σύμφωνα με το σύστημα βαθμολόγησης για το σάρκωμα της Γαλλικής Ομοσπονδίας Κέντρων Καρκίνου (FNCLCC) []. Μέσω της ανάλυσης του γονιδιακού προφίλ των 324 γονιδίων του δείγματος του όγκου της ασθενούς με τη χρήση του ογκολογικού πάνελ FoundationOne CDx® (Foundation Medicine Inc., MA, USA), εντοπίστηκαν δύο παθογονικές παραλλαγές στο RAD51D (παραλλαγή splicing) και στο TP53 (παραλλαγή missense) και ενδιάμεσες amplifications τεσσάρων γονιδίων (Πίνακας). Με βάση τις συστάσεις της ομάδας ειδικών, η οποία αποτελεί ογκολογική επιτροπή που παρέχει μοριακές και κλινικές ερμηνείες και προτάσεις για τα αποτελέσματα των ογκολογικών εξετάσεων, η ασθενής έλαβε γενετική συμβουλευτική και στη συνέχεια υποβλήθηκε σε ανάλυση της γραμμής των γεννητικών κυττάρων για το RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Η ίδια παραλλαγή splicing του RAD51D εντοπίστηκε στην ανάλυση του DNA που ελήφθη από τα λεμφοκύτταρα με άμεση αλληλούχιση του DNA με χρήση ηλεκτροφόρησης σε τριχοειδές και ανίχνευση φθορισμού (τεχνική και εφαρμογή αλληλούχισης Sanger), η οποία πραγματοποιήθηκε σε εργαστήριο που διαθέτει πιστοποίηση Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA). Μετά από εκτεταμένη γενετική συμβουλευτική με βάση τα αποτελέσματα που ελήφθησαν από τις εξετάσεις της γραμμής των γεννητικών κυττάρων, οι δύο κόρες της, που παρουσιάζονται ως IV-1 και IV-2, υποβλήθηκαν επίσης σε προγνωστικές γενετικές εξετάσεις και διαπιστώθηκε ότι και οι δύο ήταν θετικές για την παραλλαγή (Εικ. Για να αξιολογήσουμε τις πιθανές επιπτώσεις της παραλλαγής του καρυκεύματος λόγω μιας μετατόπισης ενός νουκλεοτιδίου στο 3′-τέλος του ιντρονίου 9, του οποίου η σχηματική δομή και η θέση παρουσιάζονται στο σχήμα β, χρησιμοποιήσαμε τέσσερα εργαλεία υπολογισμού πρόβλεψης, το Max Entropy Scan (MES), το NetGene2, το Splice Site Prediction by Neural Network (NNSplice) και το Alternative Splice Site Predictor (ASSP) για να αναλύσουμε τις πιθανές επιπτώσεις της παραλλαγής RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Και τα τέσσερα εργαλεία πρόβλεψης προέβλεψαν ότι η παραλλαγή RAD51D εξασθένησε την κανονική συναρμολόγηση και οδήγησε σε μια μικρότερη μορφή της πρωτεΐνης RAD51D (πίνακας και). Επιπλέον, η ανάλυση cBROCA, μια πειραματική ανάλυση για το RNA όπως παρουσιάζεται από τους Casadei et al. [], προέβλεψαν επίσης ότι αυτή η μετατροπή θα εξασθένιζε τον φυσικό συναρμολογητή και θα δημιουργούσε ή θα ενίσχυε νέους συναρμολογητές, με αποτέλεσμα την παραγωγή μιας μικρότερης μορφής της πρωτεΐνης RAD51D. Όλες αυτές οι υπολογιστικές αναλύσεις υποδεικνύουν ότι μια μετατόπιση ενός νουκλεοτιδίου στο ιντρόνιο 9 του RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] εξασθενεί την κανονική συναρμολόγηση του mRNA του RAD51D, με αποτέλεσμα την παραγωγή μιας μικρότερης μορφής της πρωτεΐνης RAD51D (ένα αντιπροσωπευτικό κολοσσιαίο προϊόν παρουσιάζεται στα σχήματα γ και δ). Παρόλο που δεν υπάρχουν συγκεκριμένες περιοχές συναρμολόγησης στο εξόνιο 10, το οποίο είναι κολοσσιαίο λόγω της εξασθένησης της συναρμολόγησης, τα επιθετικά κακοήθη φαινόμενα που παρατηρήθηκαν σε αυτή την περίπτωση θα ήταν απόδειξη ότι η παραλλαγή RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] είναι μια νέα παραλλαγή απώλειας λειτουργίας που εμπλέκεται στο σχηματισμό και/ή την εξέλιξη κακοήθων όγκων. Σύμφωνα με τη βάση δεδομένων ClinVar (Variation ID: 472631) (, πρόσβαση τον Αύγουστο του 2021), η κλινική σημασία του RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] είναι πιθανώς παθογόνος ή αβέβαιη, που σημαίνει ότι η κλινική σημασία του δεν έχει ακόμη προσδιοριστεί και αποτελεί αντικείμενο συζήτησης στην ερμηνεία. Οι συχνότητες των αλληλομόρφων του RAD51D c.904-2A > T (NM_002878) στον γενικό πληθυσμό ήταν 6,60 × 10− 4 (ToMMo 8.3KJPN) και 4,13 × 10− 4 (HGVD ver2.3, dbSNP rsID: 1403784434) στους Ιάπωνες και 3,98 × 10− 6 στον παγκόσμιο πληθυσμό, γεγονός που υποδηλώνει ότι η παραλλαγή RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] ήταν εξαιρετικά σπάνια στον παγκόσμιο πληθυσμό καθώς και στην Ιαπωνία, γεγονός που μπορεί να υποδεικνύει ότι είναι παθογόνος παραλλαγή (Πίνακας).