Ο ασθενής ήταν ένα 8χρονο αγόρι, το οποίο παρουσίασε σταδιακά προοδευτική μονομερή πτώση στην ηλικία των 6 ετών, η οποία εξελίχθηκε σε διμερή πτώση στην ηλικία των 8 ετών και 4 μηνών. Ο ασθενής ήταν ένα 8χρονο αγόρι με διμερή πτώση. Στο τέλος του Δεκεμβρίου του 2017, ο ασθενής ανέπτυξε πυρετό άγνωστης προέλευσης, με τη θερμοκρασία του σώματος του να φτάνει τους 38,5 °C. Ανάρρωσε μετά τη χορήγηση αντιπυρετικών από το στόμα. Μία εβδομάδα μετά τον πυρετό, ο ασθενής έπαθε εγκεφαλικό επεισόδιο με δυσκινησία και κρατούσε το κεφάλι του γερμένο προς τα αριστερά (αυχενική δυσκινησία), ένα φαινόμενο που συνοδευόταν από διαταραχές της κίνησης των ματιών. Ο ασθενής ήταν το πρώτο παιδί που γεννήθηκε από γονείς που δεν είχαν συγγένεια εξ αίματος και δεν υπάρχουν άλλα μέλη της οικογένειας που να έχουν επηρεαστεί με παρόμοιο τρόπο. Παρόλο που είχε «ιστορικό συγγενούς καρδιακής νόσου», η μετέπειτα καρδιακή εξέταση με έγχρωμο υπερηχογράφημα Doppler αποκάλυψε φυσιολογικά αποτελέσματα. Ο ασθενής δεν είχε καθυστερήσεις σε ορόσημα της ανάπτυξης. Η φυσική εξέταση αποκάλυψε ότι είχε πτώση του άνω βλεφάρου και στις δύο πλευρές (50% των μαθητών καλύπτονταν). Επιπλέον, είχε περιορισμένη απαγωγή στο δεξί μάτι, δυστονία του αυχένα και ελαφρά μειωμένη (βαθμός 5-) μυϊκή δύναμη στα δύο κάτω άκρα, ενώ τα αντανακλαστικά στα γόνατά του είχαν εξαφανιστεί. Επίσης, είχε κρυψορχία στη δεξιά πλευρά και μικρό πέος. Δεν μπορούσε ούτε να καθίσει οκλαδόν ούτε να πηδήξει με το ένα πόδι. Οι εξετάσεις αίματος έδειξαν ασημαντά αποτελέσματα. Συγκεκριμένα, είχε επίπεδο αντισωμάτων υποδοχέα ακετυλοχολίνης στο αίμα 0,82 nmol/L, ενώ οι εξετάσεις IgG για αντισώματα MuSK, αντισώματα τιτίνης και πρωτεΐνη 4 που σχετίζεται με υποδοχέα λιποπρωτεΐνης χαμηλής πυκνότητας ήταν αρνητικές. Η μαγνητική τομογραφία του εγκεφάλου αποκάλυψε διάχυτα σήματα στην ινιακή, βρεγματική και παρεγκεφαλίδα (Σχήμα). Η πτώση του δεξιού βλεφάρου του βελτιώθηκε, αν και δεν εξαφανίστηκε μετά από θεραπεία με πρεδνιζόνη, νεοστιγμίνη και ομεπραζόλη από τον Ιανουάριο του 2018 έως τον Οκτώβριο του 2019. Η πτώση του βλεφάρου του επαναεμφανίστηκε τον Μάρτιο του 2020 και έγινε διμερής. Τον Αύγουστο του 2019, νοσηλεύτηκε λόγω επαναλαμβανόμενου πονοκεφάλου και δεν ανταποκρίθηκε στη μαννιτόλη και την καρβαμαζεπίνη. Ο ασθενής ήταν στην πρώτη τάξη του δημοτικού σχολείου με μέτριους βαθμούς. Ολόκληρες βιβλιοθήκες εξόμων προετοιμάστηκαν χρησιμοποιώντας το xGen Exome Research Panel v1.0 (IDT, Αϊόβα, Ηνωμένες Πολιτείες) και αναλύθηκαν στην πλατφόρμα Novaseq 6000 (Illumina, Σαν Ντιέγκο, Καλιφόρνια, Ηνωμένες Πολιτείες). Τα ακατέργαστα δεδομένα καθαρίστηκαν χρησιμοποιώντας το πακέτο λογισμικού fastp. Στη συνέχεια, οι αναγνώσεις διπλής άκρης εκτελέστηκαν χρησιμοποιώντας τον Burrows-Wheeler Aligner στο γονιδίωμα αναφοράς Ensemble GRCh37/hg19. Οι συνώνυμες και οι σύντομες κλήσεις indel εκτελέστηκαν χρησιμοποιώντας το πακέτο λογισμικού GATK ακολουθούμενο από την αντωνυμία ANNOVAR. Η πρόβλεψη εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας τα πακέτα λογισμικού Provean, Sift, Polypen2_hdiv, Polypen2_hvar, Mutationtaster, M-Cap και Revel. Η παθογένεια όλων των παραλλαγών ερμηνεύτηκε σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές του Αμερικανικού Κολεγίου Ιατρικής Γενετικής και Γονιδιωματικής. Εφαρμόσαμε την αλληλουχία CNV[] σε έναν ασθενή, μια μέθοδο ανίχνευσης CNV που βασίζεται σε αλληλουχία υψηλής απόδοσης. Εν συντομία, το γονιδιακό DNA πρώτα κόπηκε σε θραύσματα 200-300 bp μέσω υπερήχησης και έπειτα υποβλήθηκε σε έλεγχο ποιότητας μέσω ηλεκτροφόρησης. Τα άκρα των θραυσμάτων DNA επιδιορθώθηκαν με τη χρήση ενός συστήματος ενζύμων επιδιόρθωσης DNA για να δημιουργηθούν αμβλύ άκρα και έπειτα προστέθηκε ένα μοναδικό νουκλεοτίδιο αδενίνης στο άκρο 3' για να σχηματιστεί μια προεξοχή Α-ουράς. Στη συνέχεια, το γονιδίωμα ενισχύθηκε με PCR που μεσολαβεί από σύνδεση για 4-6 κύκλους. Χρησιμοποιήσαμε την ίδια πλατφόρμα αλληλουχίας και πρωτόκολλα καθαρισμού δεδομένων για να ανιχνεύσουμε CNV με μήκος 100 kB και άνω χρησιμοποιώντας ανεξάρτητα πακέτα λογισμικού που ανέπτυξε η Chigene. Μετά από αυτό, χρησιμοποιήσαμε τα Decipher, ClinVar, OMIM, DGV και ClinGen για σχολιασμό. Συλλέχθηκε τουλάχιστον 2 ml περιφερικού αίματος από τον ασθενή και το μιτοχονδριακό DNA εκχυλίστηκε χρησιμοποιώντας το κιτ εκχύλισης μιτοχονδριακού DNA. Το πλήρες μιτοχονδριακό DNA ενισχύθηκε και καθαρίστηκε μέσω PCR, χρησιμοποιώντας την υψηλής πιστότητας DNA πολυμεράση και απεικονίστηκε μέσω ηλεκτροφόρησης σε πηκτή αγαρόζης. Διπλής άκρης αλληλούχιση 150 bp πραγματοποιήθηκε στο σύστημα αλληλούχισης Novaseq6000. Τα αλληλούχιση δεδομένα ευθυγραμμίστηκαν με την αναφορά αλληλούχισης του NC_012920 (πλήρες μιτοχονδριακό γονιδίωμα ανθρώπου 16569 bp κυκλικού DNA) χρησιμοποιώντας το λογισμικό Burrows-Wheeler Aligner. Οι παραλλαγές χαρτογραφήθηκαν στη βάση δεδομένων MITOMAP, ενώ η παθογένεια πραγματοποιήθηκε σύμφωνα με το MITOtip. Τα αποτελέσματα της αλληλούχισης ολόκληρου του εξωώματος δεν αποκάλυψαν ύποπτες μεταλλάξεις που προκαλούν ασθένειες. Στη συνέχεια, εφαρμόσαμε τη μέθοδο ανάλυσης CNV (που αναπτύχθηκε από την Chigene) σε δεδομένα αλληλούχισης ολόκληρου του εξωώματος και διαπιστώσαμε ότι υπήρχαν δύο διαγραφές στην γειτονική περιοχή του χρωμοσώματος 16:15,125,591-16326688 (περίπου 1,20 Mb) και 9857005-14989502 (περίπου 5,13 Mb). Τα δεδομένα αλληλούχισης CNV αποκάλυψαν νέα ετεροζυγωτική διαγραφή του χρωμοσώματος 16:9699585-16928372 (περίπου 7,23 Mb) (Σχήμα). Στη συνέχεια, συγκρίναμε αυτήν την περιοχή και τον φαινότυπο του κεντρικού νευρικού συστήματος με ασθενείς που είχαν καταγραφεί προηγουμένως από το Decipher (Σχήμα). Οι γονίδια που σχετίζονται με διαταραχές του OMIM παρατίθενται στον Πίνακα. Η αλληλούχιση του μιτοχονδριακού DNA αποκάλυψε αρνητικά αποτελέσματα.