Eine japanische Frau in den Fünfzigern wurde wegen eines Tumors im linken Retroperitoneum operiert. Die präoperative Computertomographie (CT) und Positronenemissionstomographie (PET)-CT sowie die intraoperativen Befunde zeigten keine Fernmetastasen, keine offensichtliche peritoneale Ausbreitung und keine Invasion des Uterus oder der Eierstöcke (Supplementary Information). Histologisch wurde der Tumor als Leiomyosarkom mit einer Größe von 12 cm × 11 cm erkannt. Sie wurde mit einer postoperativen Chemotherapie mit 6 Zyklen Doxorubicin und anschließend mit einer Chemotherapie mit Pazopanib über 8 Monate behandelt. Während der Beobachtungs-Follow-Up-Periode deuteten die bildgebenden Untersuchungen auf ein peritoneales Rezidiv hin. Obwohl die Chemotherapie mit Pazopanib umgehend wieder aufgenommen wurde, wuchs die Tumormasse schließlich zu einem offensichtlichen Tumor im Peritoneum. Sie wurde zweimal wegen peritonealer Tumoren debulkt, aber die Tumore kehrten zurück. Sie erhielt eine Chemotherapie mit Gemcitabin und Docetaxel, die aufgrund des Auftretens einer interstitiellen Pneumonie abgebrochen wurde. Das Profil des Krebsgenoms wurde erstellt, um in der täglichen klinischen Praxis in der Präzisionsmedizin für Krebserkrankungen nach genombezogenen Behandlungsstrategien zu suchen. Sie wurde von uns zur genetischen Beratung und Interpretation der RAD51D-Spleißvariante, die ursprünglich bei der Analyse des Tumorgenoms erkannt wurde, überwiesen. Sie hatte keine familiäre Vorgeschichte von RAD51-bezogenen Krebserkrankungen oder anderen Arten von Malignomen, einschließlich Sarkom. In histologischen Untersuchungen zeigte der Tumor faszikuläre Proliferation von Spindelzellen mit eosinophilem Zytoplasma. Die Kerne zeigten moderate Atypie, und einige Tumorzellen hatten prominente Nuclei. Gelegentlich wurden auch mitotische Figuren beobachtet. Tumornekrosen wurden nicht beobachtet. In immunhistologischen Untersuchungen, die im Mita Hospital in Zusammenarbeit mit der International University of Health and Welfare in Japan durchgeführt wurden, erwiesen sich die Tumorzellen als schwach positiv für α-Glattenmuskel-Actin und Desmin. Diese Befunde sind mit einer Diagnose von Leiomyosarkom vereinbar, das dem histologischen Grad 1 gemäß dem Gradsystem für Sarkome der französischen Föderation der Krebszentren (FNCLCC) entspricht. Durch die Analyse des genomischen Profils der 324 Gene der Tumormuster der Patientin mit dem Onkologie-Panel FoundationOne CDx® (Foundation Medicine Inc., MA, USA) wurden zwei pathogene Varianten in RAD51D (Spleiß-Variante) und TP53 (Missense-Variante) sowie intermediäre Amplifikationen von vier Genen entdeckt (Tabelle). Auf der Grundlage der Empfehlungen des Expertengremiums, das aus einem Tumorboard besteht, das molekulare und klinische Interpretationen und Vorschläge für die Ergebnisse der Onkologie-Panel-Tests bereitstellt, erhielt die Patientin eine genetische Beratung und unterzog sich anschließend einer Keimbahnanalyse für RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Die gleiche Spleiß-Variante von RAD51D wurde bei der Analyse von DNA, die aus Lymphozyten extrahiert wurde, durch direkte DNA-Sequenzierung mit Kapillar-Gel-Elektrophorese und Fluoreszenz-Detektion (Sanger-Sequenzierungstechnik und -Anwendung) entdeckt, die in einem CLIA-zertifizierten Labor durchgeführt wurde. Nach einer umfassenden genetischen Beratung auf der Grundlage der Ergebnisse aus der Keimbahn-Analyse, wurden ihre beiden Töchter, IV-1 und IV-2, ebenfalls einer prädiktiven genetischen Untersuchung unterzogen, und beide erwiesen sich als positiv für die Variante Um die potenziellen Auswirkungen der Spezifikationsvariante aufgrund einer Single-Nucleotide-Alteration am 3'-Ende des Introns 9 zu bewerten, dessen schematische Struktur und Position in Abbildung b gezeigt sind, verwendeten wir vier computergestützte Vorhersagewerkzeuge, nämlich Max Entropy Scan (MES), NetGene2, Splice Site Prediction by Neural Network (NNSplice) und Alternative Splice Site Predictor (ASSP), um die potenziellen Auswirkungen der RAD51D-Variante c.904-2A > T [NM_002878] zu bewerten. Alle vier Werkzeuge prognostizierten, dass die RAD51D-Variante das normale Spleißen von RAD51D-mRNA abschwächt und eine kürzere Form des RAD51D-Proteins ergibt (Tabelle und). Außerdem prognostizierte die cBROCA-Analyse, eine experimentelle Analyse für RNA, wie sie von Casadei et al. [] gezeigt wurde, dass diese Alteration den nativen Spleiß-Akzeptorort schwächen und alternative neue Spleiß-Akzeptororte erzeugen oder stärken würde, was zu kürzeren Formen der RAD51D-Proteinprodukte führt. Zusammengenommen legen diese computergestützten Analysen nahe, dass eine Single-Nucleotide-Alteration im Intron 9 von RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] das normale Spleißen von RAD51D-mRNA abschwächt, was zur Produktion einer kürzeren Form von RAD51D-Protein führt (ein repräsen-tatives verkürztes Produkt ist in Abbildung c und d gezeigt). Obwohl es im Exon 10, das durch das abgeschwächte Spleißen verkürzt wird, keine spezifischen Konsensdomänen gibt, würden die aggressiv malignen Phänotypen, die in diesem Fall beobachtet wurden, als neue Funktionsverlust-Variante, die an der Bildung und/oder Progression von malignen Tumoren beteiligt ist, betrachtet. Gemäß der ClinVar-Datenbank (Variation ID: 472631) (Zugriff im August 2021) ist die klinische Bedeutung von RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] wahrscheinlich pathogen oder ungewiss, was bedeutet, dass seine klinische Bedeutung noch nicht bestimmt wurde und Gegenstand der Interpretation ist. Die Allelfrequenzen von RAD51D c.904-2A > T (NM_002878) in der allgemeinen Bevölkerung waren 6,60 × 10− 4 (ToMMo 8.3KJPN) und 4,13 × 10− 4 (HGVD ver2.3, dbSNP rsID: 1403784434) in Japanern und 3,98 × 10− 6 in der globalen Bevölkerung, was darauf hindeutet, dass die Spleiß-Variante RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] in der globalen Bevölkerung sowie in Japan extrem selten ist, was möglicherweise darauf hindeutet, dass es sich um eine pathogene Variante handelt (Tabelle).