Ein 14 Monate alter Junge wurde wegen Entwicklungsverzögerung, Achillessehnenkontraktion, Hypertonie, Nystagmus und Sehfehlern an die Abteilung für Entwicklungspädiatrie des Liuzhou Maternity and Child Healthcare Hospital in der Provinz Guangxi überwiesen. Der Junge wurde nach einer unauffälligen Schwangerschaft von nicht blutsverwandten Eltern chinesischer Abstammung zur Welt gebracht. Weder die Eltern noch ihre Verwandten hatten ähnliche Symptome. Der Junge hatte normale Geburtslänge und -gewicht (52 cm und 3,3 kg) und ist jetzt 80 cm und 10,8 kg (Aktualisierung vom 17.4.2019). Die Eltern beschrieben, dass der Junge nicht auf Licht oder Objekte reagierte und Nystagmus seit der Geburt vorhanden war. Die ophthalmologische Untersuchung ergab kein Augenfolgebeobachten, horizontalen Tremor beider Augen, Exotropie und Hornhautdurchlässigkeit. Kongenitale Katarakte wurden bei dem Patienten gefunden. Bei der ophthalmologischen Untersuchung des Vaters des Probanden wurden keine Auffälligkeiten festgestellt. Die Entwicklungsschritte waren offensichtlich verzögert. Er konnte erst mit 12 Monaten umdrehen oder erst mit 18 Monaten ohne Hilfe in eine sitzende Position gelangen. Der Junge hatte seit der Geburt eine Hypertonie und Achillessehnenkontraktion. Der Gesell-Entwicklungstest wurde durchgeführt und der Junge wurde als mit einer schweren Entwicklungsverzögerung bei der Anpassungsfähigkeit und Feinmotorik, einer moderaten Entwicklungsverzögerung bei der Grobmotorik und einer leichten Entwicklungsverzögerung bei der Sprachentwicklung und den persönlich-sozialen Interaktionen beurteilt. Die MRT ergab eine verzögerte Myelinisierung des Gehirns und die Bildung des fünften Ventrikels. Die Karyotyp-Untersuchung ergab einen normalen 46, XY-Karyotyp. Die Massenspektrometrie wurde angewendet, um mögliche erbliche Stoffwechselerkrankungen des Probanden zu erkennen, aber mit negativen Ergebnissen.Genetische Untersuchung und Datenanalyse. Genom-DNA wurde aus peripheren Blutproben des Patienten und seiner Eltern mit dem GentraPuregene Blood Kit (Qiagen, Hilden, Deutschland) gemäß dem Protokoll des Herstellers extrahiert. Die gezielte Sequenzierung der nächsten Generation, die nur den Probanden betrifft, wurde mit einem Panel für vererbte Krankheiten (einschließlich 2742 krankheitsverursachende Gene, Kat.-Nr. 5190-7519, Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA) durchgeführt, wie zuvor beschrieben []. Die ursprünglichen Sequenzierungsdaten wurden mit dem Fast QC (Version 0.11.2) zur Qualitätskontrolle bewertet. Das Burrows-Wheeler-Alignment-Werkzeug (Version 0.2.10) wurde für die Ausrichtung der Sequenzierungsdaten am Human Reference Genome (NCBI-Build 37, hg 19) verwendet. Einzelne Nukleotid-Varianten und kleine Indels wurden mit dem Genome Analysis Toolkit erkannt. Alle Varianten wurden im Variant Call Format gespeichert und auf die Plattformen Ingenuity Variant Analysis (Ingenuity Systems, Redwood City, CA, USA) und TGex (Translational Genomics Expert) hochgeladen, um biologische Analysen und Interpretationen durchzuführen. Varianten, die durch die Sequenzierung der nächsten Generation erkannt wurden, wurden durch Sanger-Sequenzierung beim Patienten und seinen Eltern bestätigt. Kopie-Nummer-Varianten (CNV) wurden mit der Open-Source-Software CNVkit identifiziert, einem Toolkit, das aus zielgerichteten DNA-Sequenzdaten Kopie-Nummern ableitet und visualisiert. Als Eingabe wurden ausgerichtete Daten nach dem Burrows-Wheeler-Ausrichtungsprozess verwendet. Normale Referenz-Daten, die für die CNV-Identifizierung verwendet wurden, wurden mit Sequenzdaten von 10 normalen Männern und 10 normalen Frauen erstellt, die zuvor ohne pathogene CNV durch eine Chromosomen-Microarray-Plattform validiert wurden. Für die CNV-Identifizierung wurden die Standard-CNVkit-Einstellungen verwendet. CNV, die durch bioinformatische Analyse erkannt wurden, werden durch Chromosomen-Array-Analyse mit der CytoScan 750 k Suite (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA) weiter validiert. Eine homozygote Variante in OPA1 (NM_015560: c.2189 T > C p.Leu730Ser) wurde bei dem Patienten festgestellt. Die Variante fehlt in allen derzeit verfügbaren Datenbanken, einschließlich der Genome Aggregation Database. Mehrere Zeilen von rechnerischen Beweisen weisen auf eine schädliche Wirkung dieser Mutation hin (Tabelle). Die Sanger-Sequenzierung wurde angewendet, um die Variante im Stammbaum zu validieren, und ergab, dass der Vater des Patienten die gleiche heterozygote Variante und seine Mutter den Wildtyp aufwies (Abb. a). Die CNV-Analyse, die auf der Lesedichte des Probanden basiert, deutete auf eine heterozygote Deletion am kurzen Arm von Chromosom 3 hin (Abb. b). Die Chromosomen-Microarray-Analyse bestätigte diese Deletion als arr[GRCh37] 3q28q29(191921285_195896838)× 1 (Abb. c). Der Proband ererbte also eine heterozygote Variante im OPA1-Gen von seinem Vater und entwickelte eine de novo 3975-kb-Microdeletion am Chromosom 3, die die heterozygote Variante in eine hemizygotische Form enthüllte.