En 14-måneders dreng blev henvist til afdelingen for udviklingsmæssig adfærdspædiatri på Liuzhou Maternity and Child Healthcare Hospital i Guangxi-provinsen på grund af udviklingsmæssig forsinkelse, Achilles-senekontraktion, hypertoni, nystagmus og synsproblemer. Drengen blev født ved fuld sigt efter en begivenhedsløs graviditet af ikke-beslægtede forældre af kinesisk afstamning. Hverken forældrene eller deres slægtninge havde nogen relaterede symptomer. Drengen havde normal fødselslængde og -vægt (52 cm og 3,3 kg) og er nu 80 cm og 10,8 kg (opdateret den 17. april 2019). Forældrene beskrev drengen som ikke i stand til at følge efter lys eller objekter, og nystagmus blev bemærket fra fødslen. En oftalmologisk undersøgelse afslørede ingen øjenbevægelser, vandret tremor i begge øjne, exotropi og gennemsigtighed i hornhinden. Der blev fundet medfødte grå stær hos patienten. Der blev ikke fundet abnormiteter i de oftalmologiske evalueringer af probandens far. Udviklingsmæssige milepæle var tydelig forsinket. Han kunne ikke rulle over før 12 måneder, eller komme i en siddende stilling uden hjælp før 18 måneder. Drengen har haft hypertoni og Achilles senekontraktion siden fødslen. Den Gesell udviklingsmæssige test blev udført og drengen blev vurderet som havende en alvorlig udviklingsmæssig forsinkelse af tilpasningsevne og finmotoriske færdigheder, moderat udviklingsmæssig forsinkelse af store motoriske færdigheder og mild udviklingsmæssig forsinkelse af sprogudvikling og personlig-sociale interaktioner. Magnetisk resonans afslørede forsinket myelinering af hjernen og dannelsen af den femte ventrikel i overensstemmelse med producentens protokol. Målrettet sekvensering af næste generation af proband-only ved hjælp af et panel for arvelige sygdomme (herunder 2742 sygdomsfremkaldende gener, kat nr. 5190-7519, Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA) blev udført som beskrevet tidligere []. Oprindelige sekvenseringsdata blev vurderet ved hjælp af Fast QC (version 0.11.2) til kvalitetskontrol. Burrows-Wheeler Alignment-værktøjet (version 0.2.10) blev anvendt til at justere sekvenseringsdata til Human Reference Genome (NCBI build 37, hg 19). Varianter af enkelt nukleotid og små indels blev identificeret ved hjælp af Genome Analysis Toolkit. Alle varianter blev gemt i Variant Call Format og uploadet til Ingenuity Variant Analysis (Ingenuity Systems, Redwood City, CA, USA) og TGex (Translational Genomics Expert) platforme til biologisk analyse og fortolkning. Varianter opdaget ved sekvensering af næste generation blev bekræftet ved Sanger-sekvensering hos patienten og hans forældre. Kopieringsnummervarianter (CNV) blev identificeret ved hjælp af CNVkit open source software, et værktøj til at udlede og visualisere kopieringsnumre fra målrettet DNA-sekvenseringsdata. Alignerede data efter Burrows-Wheeler Alignment-processen blev brugt som input. Normale referencedata brugt til CNV-identifikation blev konstrueret ved hjælp af sekvenseringsdata fra 10 normale mænd og 10 normale kvinder, der tidligere var valideret uden patogene CNV'er af en kromosomal mikromatrixplatform. CNVkit-standardindstillinger blev brugt til CNV-identifikation. CNV'er opdaget gennem bioinformatikanalyse er yderligere valideret ved kromosomal array-analyse ved hjælp af CytoScan 750 k Suite (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). En homozygot variant i OPA1 (NM_015560: c.2189 T > C p.Leu730Ser) blev identificeret hos patienten. Varianten er fraværende i alle aktuelt tilgængelige databaser, herunder Genome Aggregation Database. Flere linjer af computervidenskabelig dokumentation indikerer en skadelig virkning af denne mutation (tabel). Sanger-sekventering blev anvendt til at validere varianten i slægten og afslørede, at patientens far bar den samme heterozygote variant, og hans mor var vildtype. CNV-analyse, baseret på read-depth information fra probanden, indikerede en heterozygote sletning på den korte arm af kromosom 3. Kromosomal mikroarray-analyse bekræftede denne sletning som arr[GRCh37] 3q28q29(191921285_195896838)× 1. Således arvede probanden en heterozygote variant i OPA1-genet fra sin far og udviklede en de novo 3975 kb mikrodeletion på kromosom 3, som afslørede den heterozygote variant som en hemizygot form.