En 79-årig mand blev indlagt på kardiologisk afdeling på vores hospital og klagede over en 7-dages historie med feber med en temperatur op til 39,5 ℃. Han nægtede at have hoste, slim, næseblokering, pharyngalgia, brystsmerter, svimmelhed eller hovedpine. Fem dage før indlæggelsen blev han diagnosticeret med lungeinfektion ved en røntgenundersøgelse af brystet og fik antibiotikabehandling på et lokalt hospital, men hans symptomer blev ikke bedre. Patienten blev diagnosticeret med diabetes mellitus for to måneder siden og drak 2000-3000 ml vand om dagen. For omkring 20 dage siden begyndte han at opleve trykken for brystet og åndenød efter fysisk aktivitet. Desuden havde patienten en historie med højt blodtryk i mere end 20 år. Ved optagelse (dag 0) viste fysisk undersøgelse, at patienten var ved bevidsthed, havde en temperatur på 36,5 ℃, en puls på 78/min, en respirationsfrekvens på 20/min, et blodtryk på 120/62 mmHg og en knitrende lyd ved lungeauscultation. Patienten rapporterede et vægttab på 10 kg i de seneste seks måneder. Laboratorieundersøgelser viste et antal hvide blodlegemer på 7,77 × 109/L (med 90,1 % neutrofiler, 2,5 % monocytter og 7,2 % lymfocytter), procalcitonin på 3,24 ng/ml, en erythrocyt-sedimentationshastighed på 52 mm/h, et hæmoglobin A1c på 9,5 % og et fastende blodsukker på 8,26 mmol/L. En computertomografi (CT) af brystet viste flere knuder og pletvis infiltration i begge lunger, hvilket ikke udelukkede muligheden for tuberkulose. Den foreløbige diagnose var lungeinfektion, og empirisk antibiotisk behandling med intravenøs piperacillin/tazobactam (4,5 g, q12h) og moxifloxacin (2 g, q12h) blev givet. Intravenøs insulin (4 U, qd) og oral miglitol (50 mg, q12h) blev brugt til at kontrollere blodglukoseniveauet. Efter optagelse udviklede patienten vedvarende feber og daglig temperatur toppede over 38,5 ℃. På dag 1 udviklede han respirationssvigt og modtog oxygenbehandling. Analyse af arteriel blodgas viste PH 7,50, PaO2 på 57,7 mmHg, PaCO2 på 31,9 mmHg og SaO2 på 90,2%. Serologiske tests for influenza A IgM, influenza B IgM, parainfluenza virus IgM, adenovirus IgM, respiratorisk syncytial virus IgM, Mycoplasma pneumoniae IgM og Chlamydia pneumoniae IgM viste sig negative. Tuberkulose immun spot test var positiv. På dag 2, præsenterede patienten polyuri og polydipsi, og hans symptom på takypnø blev ikke afhjælpet under oxygenbehandling. Så blev han overført til intensivafdelingen (ICU) og fik mekanisk ventilation. På dag 3, havde patienten en PASS score på - 1, og modtog analgesi og sedation med propofol og alfentanil. Bronkoskopi fandt bronchiale slimhinde inflammation og produktion af purulent sputum, og bronchoalveolar lavage væske (BALF) blev opnået til yderligere detektion. På dag 5 havde patienten et nedsat oxygeneringsindeks (155) sammenlignet med før. Der blev ikke fundet abnormiteter i hans blodkultur. Serum galactomannan (1,74 ng/ml) og 1,3-β-d-glucan (424,50 ng/L) var positive. Syrefast farvning og dyrkning af BALF var negativ. M. tuberculosis DNA-detektion fra BALF var positiv. BALF-prøven blev også sendt til metagenomisk næste generations sekventering (Genskey, Beijing, Kina). I alt blev der genereret 86.398.947 rålæsninger, og 60.161.047 højkvalitetslæsninger blev opnået efter fjernelse af lavkvalitetslæsninger. Blandt højkvalitetslæsningerne blev 47.232.566 afstemt med det humane referencegenom (HG38), og 12.928.481 blev brugt til downstream analyse. MNGS af BALF rapporterede M. tuberculosis kompleks (7.453.374 læsninger), A. lentulus (37.868 læsninger) og flere orale koloniserende mikroorganismer. Metagenomdata er nu tilgængelige på NCBI under Sequence Read Archive (SRA) database med adgangsnummer PRJNA917778. Baseret på disse fund blev patienten diagnosticeret som coinfektion af M. tuberculosis og A. lentulus. Den indledende antibiotiske behandling blev ændret til oral isoniazid (0,3 g, qd), rifapentin (0,45 g, qd) til anti-tuberkulose og intravenøs caspofungin (50 mg, qd) til anti-svampe. På dag 6 forværredes patientens tilstand igen. Han udviklede flere organsvigt og faldt i en let koma. Hans familie besluttede sig for at opgive behandlingen på grund af økonomiske problemer og en alvorlig prognose. Den kunstige respiration blev efterfølgende stoppet, og patienten døde 1,5 time senere.