Japonská žena ve věku kolem 50 let podstoupila chirurgickou resekci nádoru vznikajícího v levém retroperitoneu. Předoperační počítačová tomografie (CT) a pozitronová emisní tomografie (PET)-CT stejně jako intraoperační nálezy neprokázaly vzdálené metastázy, žádnou zjevnou peritoneální diseminaci a žádné napadení dělohy nebo vaječníků (Doplňující informace). Histologicky byl nádor identifikován jako leiomyosarkom o velikosti 12 cm × 11 cm. Byla léčena pooperační chemoterapií s 6 cykly doxorubicinu, následovanou chemoterapií s pazopanibem po dobu 8 měsíců. Během období pozorování po sledování zobrazovací studie naznačily peritoneální recidivu. Zatímco chemoterapie s pazopanibem byla okamžitě znovu zahájena, nádorová hmota nakonec vyrostla na zjevný nádor v peritoneu. Podstoupila dvakrát debulkingovou operaci pro peritoneální nádory, ale nádory se opakovaly. Byla léčena chemoterapií s gemcitabinem a docetaxelem, která byla přerušena kvůli nástupu intersticiální pneumonie. Profilování genomu rakoviny bylo provedeno za účelem vyhledání léčebných strategií odpovídajících genomu v každodenní klinické praxi v precizní medicíně proti rakovině. Byla nám doporučena genetická konzultace a interpretace varianty splicingu RAD51D, která byla původně zjištěna v analýze genomu nádoru. Neměla žádnou rodinnou anamnézu nádorů souvisejících s RAD51 nebo jiných typů zhoubných nádorů, včetně sarkomu (obrázek). Histologické hodnocení ukázalo, že nádor vykazuje fascikulární proliferaci vřeténekých buněk s eozinofilní cytoplazmou. Jádra vykazovala střední atypii a některé nádorové buňky měly výrazné nukleoly. Byly také pozorovány ojedinělé mitotické útvary. Nekróza nádorů nebyla zaznamenána (obr. a). V imunohistochemických studiích provedených v nemocnici Mita, která je součástí Mezinárodní univerzity pro zdraví a sociální péči v Japonsku, bylo prokázáno, že nádorové buňky vykazují slabou pozitivitu na a-hladké svalové aktin a desmin. Tato zjištění odpovídají diagnóze leiomyosarkomu, který je podle systému klasifikace sarkomu Francouzské federace center pro léčbu rakoviny (FNCLCC) ekvivalentní histologickému stupni 1 []. Analýzou genomického profilu 324 genů z nádorových vzorků pacientky pomocí onkologického panelu FoundationOne CDx® (Foundation Medicine Inc., MA, USA) byly zjištěny dvě patogenní varianty v RAD51D (splicovací varianta) a TP53 (missense varianta) a střední amplifikace čtyř genů (tabulka). Na základě doporučení odborného panelu, který je onkologickou komisí, jež poskytuje molekulární a klinické interpretace a návrhy na výsledky testování onkologického panelu, pacientka obdržela genetické poradenství a následně podstoupila analýzu zárodečné linie pro RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Stejná splicovací varianta RAD51D byla zjištěna při analýze DNA extrahované z lymfocytů přímým sekvenováním DNA pomocí kapilární gelové elektroforézy a fluorescenční detekce (Sangerova technika sekvenování a její aplikace), která byla provedena v laboratoři certifikované podle Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA). Po rozsáhlém genetickém poradenství založeném na výsledcích získaných z testování zárodečné linie podstoupily její dvě dcery, zobrazené jako IV-1 a IV-2, rovněž prediktivní genetické testování a obě byly shledány pozitivními na tuto variantu (obrázek). K vyhodnocení potenciálních účinků varianty koření způsobené jednonukleotidovou alterací na 3′ konci intronu 9, jehož schematická struktura a umístění jsou znázorněny na obrázku b, jsme použili čtyři nástroje pro výpočetní predikci, Max Entropy Scan (MES), NetGene2, Splice Site Prediction by Neural Network (NNSplice) a Alternative Splice Site Predictor (ASSP), abychom analyzovali potenciální účinky RAD51D c.904-2A > T [NM_002878]. Všechny čtyři nástroje předpověděly, že varianta RAD51D oslabila normální splicing a vytvořila kratší formu proteinu RAD51D (tabulka a). Dále analýza cBROCA, experimentální analýza RNA, jak je znázorněna v práci Casadei et al. [], také předpověděla, že tato alterace oslabí přirozený splicing akceptoru a vytvoří nebo posílí alternativní nové splicingové akceptory, což povede ke vzniku kratších forem proteinových produktů RAD51D. Tyto výpočetní analýzy společně naznačují, že jednonukleotidová alterace v intronu 9 RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] oslabí normální splicing mRNA RAD51D, což povede k tvorbě kratší formy proteinu RAD51D (reprezentativní zkrácený produkt je znázorněn na obrázcích c a d). Ačkoli v exonu 10, který je zkrácený v důsledku oslabeného splicingu, nejsou žádné specifické konsensuální domény, agresivně maligní fenotypy pozorované v tomto případě by byly důkazem, že varianta RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] je novou ztrátovou funkční variantou zapojenou do tvorby a/nebo progrese zhoubných nádorů. Podle databáze ClinVar (Variation ID: 472631) (přístup v srpnu 2021) je klinický význam RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] pravděpodobně patogenní nebo nejistý, což znamená, že jeho klinický význam nebyl dosud stanoven a je předmětem diskuse při interpretaci. Frekvence alel RAD51D c.904-2A > T (NM_002878) v obecné populaci byly 6,60 × 10− 4 (ToMMo 8.3KJPN) a 4,13 × 10− 4 (HGVD ver2.3, dbSNP rsID: 1403784434) u japonských lidí a 3,98 × 10− 6 v globální populaci, což naznačuje, že splicovací varianta RAD51D c.904-2A > T [NM_002878] byla extrémně vzácná v globální populaci i v Japonsku, což může potenciálně naznačovat, že je to patogenní varianta (Tabulka).