14měsíční chlapec byl odeslán na oddělení pediatrie vývojového chování v mateřské a dětské nemocnici Liuzhou v provincii Guangxi kvůli opožděnému vývoji, kontrakturám Achillovy šlachy, hypertonii, nystagmu a zrakovým vadám. Chlapec se narodil v termínu po bezproblémovém těhotenství rodičům čínského původu, kteří nebyli příbuzní. Ani jeden z rodičů ani jejich příbuzní neměli žádné příbuzné symptomy. Chlapec měl normální porodní délku a hmotnost (52 cm a 3,3 kg) a nyní měří 80 cm a váží 10,8 kg (aktualizace 17. dubna 2019). Rodiče popsali, že chlapec nedokáže sledovat světlo nebo předměty a od narození byl zaznamenán nystagmus. Oftalmologické vyšetření neprokázalo žádné sledování očí, horizontální třes obou očí, exotropie a průhlednost rohovky. U pacienta byly nalezeny vrozené katarakty. Při oftalmologických vyšetřeních otce probanda nebyly nalezeny žádné abnormality. Vývojové milníky byly zjevně opožděné. Dokud mu nebylo 12 měsíců, nedokázal se převalit a bez pomoci se posadil až ve 18 měsících. Chlapec měl od narození hypertonii a kontraktury Achillovy šlachy. Byl proveden vývojový test podle Gesella a chlapec byl hodnocen jako s vážným vývojovým opožděním adaptability a jemných motorických dovedností, středním vývojovým opožděním velkých motorických dovedností a mírným vývojovým opožděním jazykového vývoje a osobnostně-sociálních interakcí. Magnetická rezonance odhalila opožděnou myelinizaci mozku a tvorbu páté komory (obrázek). Karyotyp ukázal normální 46, XY. K odhalení možných dědičných metabolických onemocnění byl pro probanda použit tandemový hmotnostní spektrometr, ale s negativními výsledky.Genetické testování a analýza dat. Genomická DNA byla extrahována z periferních krevních vzorků pacienta a jeho rodičů pomocí GentraPuregene Blood Kit (Qiagen, Hilden, Německo) podle protokolu výrobce. Cílené sekvenování příští generace pouze u probanda s použitím panelu pro dědičné choroby (včetně 2742 genů způsobujících choroby, kat č. 5190–7519, Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA) bylo provedeno tak, jak bylo popsáno dříve []. Původní sekvenční data byla vyhodnocena pomocí nástroje Fast QC (verze 0.11.2) pro kontrolu kvality. Pro zarovnání sekvenčních dat s lidským referenčním genomem (NCBI build 37, hg 19) byl použit nástroj Burrows-Wheeler Alignment (verze 0.2.10). Jednotlivé nukleotidové varianty a malé indely byly identifikovány pomocí nástroje Genome Analysis Toolkit. Všechny varianty byly uloženy ve formátu Variant Call Format a nahrány na platformy Ingenuity Variant Analysis (Ingenuity Systems, Redwood City, CA, USA) a TGex (Translational Genomics Expert) pro biologickou analýzu a interpretaci. Varianty detekované pomocí sekvenování příští generace byly potvrzeny pomocí Sangerova sekvenování u pacienta a jeho rodičů. Varianty počtu kopií (CNV) byly identifikovány pomocí open source softwaru CNVkit, který je nástrojem pro odvozování a vizualizaci počtu kopií z cílených sekvenčních dat DNA. Jako vstupní data byla použita zarovnaná data po procesu zarovnání Burrows-Wheeler. Normální referenční data použitá pro identifikaci CNV byla vytvořena pomocí sekvenčních dat od 10 normálních mužů a 10 normálních žen, která byla dříve validována bez patogenních CNV pomocí platformy chromozomálních mikročipů. Pro identifikaci CNV byly použity výchozí nastavení CNVkit. CNV detekované pomocí bioinformatické analýzy jsou dále validovány pomocí analýzy chromozomálních mikročipů pomocí CytoScan 750 k Suite (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA). U pacienta byla identifikována homozygotní varianta v OPA1 (NM_015560: c.2189 T > C p.Leu730Ser). Tato varianta chybí ve všech aktuálně dostupných databázích včetně Genome Aggregation Database. Několik linií výpočetních důkazů naznačuje škodlivý účinek této mutace (Tabulka). Sangerova sekvence byla použita k ověření varianty v rodokmenu a odhalila, že otec pacienta nesl stejnou heterozygotní variantu a jeho matka byla divoký typ (Obr. a). Analýza CNV založená na hloubce čtení informace probanda naznačila heterozygotní delecí na krátkém rameni chromosomu 3 (Obr. b). Analýza chromozomálních mikročipů tuto delecí potvrdila jako arr[GRCh37] 3q28q29(191921285_195896838)× 1 (Obr. c). Pro probanda tak byla v gene OPA1 zděděna heterozygotní varianta od otce a vyvinula se de novo 3975 kb mikrodelecce na chromosomu 3, která odhalila heterozygotní variantu do hemizygotní formy.