Pacientem byl 8letý chlapec, který se v 6 letech věku začal postupně vyvíjet jednostranný ptóza, která se v 8 letech a 4 měsících vyvinula na oboustrannou ptózu. Pacient byl 8letý chlapec s oboustranným ptózou. Koncem prosince 2017 pacient vyvinul horečku neznámého původu, přičemž teplota jeho těla dosahovala až 38,5 °C. Po podání perorálních antipyretik se zotavil. Týden po horečce měl pacient záchvat dyskineze a neustále nakláněl hlavu doleva (cervální dyskineze), což byl jev, který byl doprovázen poruchami očních pohybů. Pacient byl prvním dítětem narozeným rodičům, kteří nebyli příbuzní, a nejsou zde žádní podobně postižení rodinní příslušníci. Ačkoli měl „anamnézu vrozených srdečních vad“, následná srdeční barevná dopplerovská ultrazvuková vyšetření odhalila normální výsledky. Pacient neměl žádné vývojové milníky zpožděné. Fyzické vyšetření odhalilo, že má oboustranné poklesy horních víček (50 % žáků bylo zakrytých). Dále měl omezený abdukční pohyb pravého oka, dystonii krku a mírně sníženou (stupeň 5-) svalovou sílu v obou dolních končetinách, zatímco jeho bilaterální kolenní reflexy zmizely. Vykazoval také pravou kryptorchidii a malý penis. Nemohl se ani dřepět, ani skákat na jedné noze. Krevní testy ukázaly nezávažné výsledky. Zejména měl hladinu protilátek acetylcholinového receptoru v krvi 0,82 nmol/l, zatímco testy IgG na protilátky anti-MuSK, anti-Titin a na protein 4 související s receptorem pro nízkomolekulární lipoprotein byly negativní. Magnetická rezonance mozku odhalila difúzní signály v týlní, parietální kůře a bazálních gangliích (obrázek). Jeho pravá ptóza byla lepší, ačkoli po léčbě prednisonem, neostigminem a omeprazolem od ledna 2018 do října 2019 nezmizela. Jeho pokles víčka se znovu objevil v březnu 2020 a postupně se rozšířil na obě oči. V srpnu 2019 byl hospitalizován kvůli opakujícím se bolestem hlavy a nereagoval na mannitol a karbamazepin. Pacient byl v současné době v první třídě základní školy se středními známkami. Celé knihovny exomů byly připraveny pomocí xGen Exome Research Panel v1.0 (IDT, Iowa, Spojené státy) a sekvenovány na platformě Novaseq 6000 (Illumina, San Diego, CA, Spojené státy). Surová data byla vyčištěna pomocí softwarového balíčku fastp. Následně byly provedeny párované konce pomocí Burrows-Wheeler Aligner na referenční genom Ensemble GRCh37/hg19. Synonymní a krátké volání indel bylo provedeno pomocí softwarového balíčku GATK následovaného anotací ANNOVAR. Předpověď byla provedena pomocí softwarových balíčků Provean, Sift, Polypen2_hdiv, Polypen2_hvar, Mutationtaster, M-Cap a Revel. Patogenita všech variant byla interpretována podle pokynů Americké vysoké školy lékařské genetiky a genomiky. U pacienta jsme provedli sekvenování CNV[] – metodu detekce CNV založenou na vysoce výkonném sekvenování. Stručně řečeno, genomová DNA byla nejprve rozřezána na fragmenty o velikosti 200–300 bp pomocí ultrazvuku, poté byla podrobena kontrole kvality pomocí elektroforézy. Konce fragmentů DNA byly opatřeny náplastmi pomocí systému enzymů pro opravu DNA, aby se vytvořily tupé konce, poté byl na 3’ konec přidán jediný adeninový nukleotid, aby se vytvořil převislý A-konec. Následně byl genom amplifikován pomocí PCR zprostředkované ligací po 4–6 cyklech. Stejnou sekvenovací platformu a protokoly pro čištění dat jsme použili k detekci CNV o délce 100 kB a více pomocí softwarových balíků vyvinutých nezávisle společností Chigene. Poté jsme pro anotaci použili Decipher, ClinVar, OMIM, DGV a ClinGen. Od pacienta bylo odebráno nejméně 2 ml periferní krve a mitochondriální DNA byla extrahována pomocí extrakčního kitu pro mitochondriální DNA. Byla amplifikována a purifikována pomocí PCR, pomocí vysoce spolehlivé DNA polymerázy a vizualizována pomocí agarózové gelové elektroforézy. Na sekvenčním systému Novaseq6000 bylo provedeno sekvenování 150 bp. Se sekvenovanými daty bylo provedeno zarovnání s referenční sekvencí NC_012920 (kompletní mitochondriální genom člověka 16569 bp kruhová DNA) pomocí softwaru Burrows-Wheeler Aligner. Varianty byly poté mapovány do databáze MITOMAP, zatímco patogenita byla provedena podle MITOtip. Výsledky sekvenování celého exomu neprokázaly žádné podezřelé varianty způsobující onemocnění. Dále jsme použili metodu analýzy CNV (vyvinutou společností Chigene) na datech sekvenování celého exomu a zjistili jsme, že se jedná o dvě delece sousední oblasti chromozomu 16: 15 125 591-16326688 (přibližně 1,20 Mb) a 9857005-14989502 (přibližně 5,13 Mb). Sekvenování CNV odhalilo de novo heterozygotní deleci chromozomu 16: 9699585-16928372 (přibližně 7,23 Mb) (obrázek). Dále jsme porovnali tuto oblast a fenotyp centrální nervové soustavy s pacienty z databáze Decipher, kteří byli dříve dokumentováni (obrázek). Geny související s poruchami podle OMIM jsou uvedeny v tabulce. Sekvenování mitochondriální DNA odhalilo negativní výsledky.