Un home danès de 76 anys es va presentar al servei d'urgències de l'Hospital Universitari d'Aalborg (Aalborg, Dinamarca) el maig de 2017 amb una otalgia al costat dret durant la setmana anterior, i l'inici de febre i confusió en les 24 hores anteriors. En el moment de l'admissió, el pacient estava sa, i no prenia cap medicació diària. Cinquanta-tres dies abans de l'admissió, el pacient va tornar d'unes vacances de 16 dies a la costa est de la península de Malàisia. Abans del viatge, es va tornar a vacunar contra la diftèria, el tètanus i l'hepatitis A. No va prendre cap profilaxi contra la malària durant les vacances. En l'examen, el pacient tenia un estat mental alterat amb una puntuació de Glasgow de coma de 6, rigidesa del coll i febre (40.0 °C). D'acord amb les directrius nacionals sobre el tractament de la sospita de meningitis bacteriana, el pacient va rebre cultius de sang i va començar un tractament intravenós (iv) d'altes dosis de bencilpenicil·lina (1.8 g cada 4 h), cefotaxima (3 g cada 6 h) i dexametasona (10 mg cada 6 h). Es va fer una punció lumbar del pacient després d'una tomografia computada del cervell, que va resultar normal. Les proves de laboratori van mostrar un nivell de proteïna C reactiva de 273 mg l−1, procalcitonina de 10.8 µg l−1 i glòbuls blancs de 19.9×109 l−1. L'anàlisi del líquid cefaloraquidi (LCR) va revelar una pleocitosi amb glòbuls blancs de 741×106 l−1 (636 polinuclears i 105 mononuclears), una relació glucosa lleugerament disminuïda (LCR: sèrum) de 0.38, un nivell de proteïnes elevat de 1.34 g l−1 i lactat de 7.3 mmol l−1, i el pacient va ser traslladat a la Unitat de Cures Intensives (UCI). La cultura del LCR del pacient durant la nit va donar Gram negatiu, no mòbil, oxidasa positiva i catalasa positiva. A més, una cultura sanguínia positiva simultània (BD BACTEC; Becton Dickinson) va tenir troballes similars. La MALDI-TOF MS (matrix-associated laser desorption ionization-time of flight MS) (MALDI Biotyper 3.1, Bruker Daltonics Microflex LT, MBT 6903 MSP Library) no va poder distingir les colònies entre E. meningoseptica (puntuació 2.215) o E. miricola (puntuació 2.101), mentre que E. anophelis no era present a la biblioteca MALDI. API 20 E v5.0 (bioMérieux) va donar una identificació d'E. meningoseptica amb una puntuació de 71.6 % d'identitat (perfil numèric: 0042004). L'aïllat era resistent a múltiples fàrmacs i positiu per a metalo-β-lactamase usant el kit MBL Confirm (Rosco Diagnostica). Es va realitzar un assaig de susceptibilitat antimicrobiana (AST) usant Etests (bioMérieux) segons les directrius del Comitè Europeu per a l'Assaig de Susceptibilitat Antimicrobiana (). Es van usar els punts de tall farmacocinètics/farmacodinàmics (no específics) excepte per a trimetoprim/sulfametoxazol, en el qual es van usar els punts de tall de Stenotrophomonas maltophilia, i per a gentamicina i colistina es van usar els punts de tall de Pseudomonas species, com va fer Eriksen et al. []. L'aïllat era susceptible a moxifloxacina (MIC 0.125 mg l−1) i trimetoprim/sulfametoxazol (MIC 0.25 mg l−1); intermedi a amoxicilina/àcid clavulànic (MIC 6 mg l−1); i resistent a ciprofloxacina (MIC 0.75 mg l−1) i tots els altres fàrmacs provats incloent: ampicilina, cefuroxima, ceftazidima, meropenem, gentamicina, colistina i tigeciclina. Un Etest per a vancomicina va mostrar una MIC de 12 mg l−1, però no vam fer una interpretació de susceptible o resistent. Els Etests no estaven disponibles per a piperacilina/tazobactam i rifampicina, però la zona de difusió de disc (Neo-Sensitabs; Rosco Diagnostica) per a piperacilina/tazobactam era de 19 mm i per a rifampicina era de 24 mm, però com per a vancomicina no vam fer una interpretació de susceptible o resistent. Per determinar la identitat de l'aïllat a nivell d'espècie, vam fer una seqüenciació amb l'instrument Illumina MiSeq que va produir 2x300 bp de lectures de parells de bases usant un kit de preparació de la biblioteca Nextera XT (Illumina). Les lectures es van acoblar usant CLC Genomics Workbench (versió 11) (QIAGEN Bioinformatics) en 105 contigs, N50 (497, 160), longitud total de la seqüència 4.047.726 bp, amb un contingut de G+C de 35,6 mol %. L'anàlisi del gen 16S rRNA, així com una mesura de distància basada en k-mer, en comparació amb les soques disponibles públicament d'E. meningoseptica i E. miricola, va mostrar una clara identificació de la soca com E. anophelis (dades no mostrades). Breurec et al. [] i Perrin et al. [] van informar d'una clara divisió d'E. anophelis en 15 subllinatges, inclòs 1 associat amb el gran brot d'infeccions d'E. anophelis que es va produir a Wisconsin (EUA) el 2015-2016. Per a subtipar la nostra soca i definir-ne el subllinatge, vam fer servir l'estratègia de tipatge de seqüència multilocus (cgMLST) del nucli del genoma, utilitzant el subconjunt de 1546 famílies de gens que estan molt conservades dins d'E. anopheles []. El perfil cgMLST de la nostra soca es va comparar amb els disponibles públicament a la base de dades Elizabethkingia cgMLST al servidor de l'Institut Pasteur (). L'anàlisi d'agrupament basada en els perfils cgMLST, vegeu, va mostrar que la soca pertanyia al subllinatge 11, que es va definir amb la soca CIP 60-59 (CDC 3375; ATCC 13255; NCTC 10586; CCUG 4321; LMG 12873) com a referència. La soca CIP 60-59 es va aïllar del LCR d'un infant prematur que va morir []; tanmateix, les dues soques del subllinatge 11 tenen diferents al·lels en 299 loci dels 1513 loci anomenats en ambdues soques. Aquest resultat mostra clarament que AAUH 98722 (la nostra soca) i CIP 60-59 són genèticament diferents. Les assemblies es van enviar a ResFinder 3.0 () per a analitzar-ne la presència de gens de resistència als antimicrobians [] La soca va resultar positiva per a dos gens de metalo-β-lactamase, blaGOB-3 (localitzat al contig 69; longitud de la coincidència 756; 100 % ID; accés núm. AF189291), i blaB-3 (localitzat al contig 21; longitud de la coincidència 750; 100 % ID; accés núm. AF189299), així com un gen de β-lactamase d'ampli espectre que codifica blaCME-1 (localitzat al contig 41; longitud de la coincidència 784; 100 % ID; accés núm. AJ006275). Això és coherent amb la conservació coneguda de gens de carbapenemase i β-lactamase dins d'E. anophelis [] Després de la identificació preliminar de l'espècie Elizabethkingia, es va canviar la teràpia antimicrobiana a vancomicina IV combinada amb rifampicina IV, 600 mg dues vegades al dia. No obstant això, com els valors de CIM estaven disponibles l'endemà, es va canviar el tractament definitiu a moxifloxacina IV, 400 mg una vegada al dia, combinada amb rifampicina IV 600 mg dues vegades al dia durant un total de 14 dies. El pacient va millorar i després de 10 dies a la UCI va ser traslladat a la sala de malalties infeccioses per a un tractament i rehabilitació addicionals, i va ser donat d'alta després de 3 setmanes d'hospitalització. L'única seqüela va ser una pèrdua d'audició parcial. A causa de la gravetat de la infecció, es va examinar el pacient per immunodeficiència en un entorn ambulatori i es va trobar que tenia un nivell sostingut i elevat d'IgM d'aproximadament 14 g l−1 (rang normal 0,39−2,1 g l−1) durant els següents mesos. Set mesos després de l'episodi de meningitis, es va investigar més la seva medul·la òssia, i finalment es va diagnosticar un limfoma limfoplasmocític (macroglobulinèmia de Waldenström).