Es va derivar un nen de 14 mesos al Departament de Pediatria del Comportament del Desenvolupament de l'Hospital de Maternitat i Atenció Infantil de Liuzhou, a la província de Guangxi, per retard en el desenvolupament, contractura del tendó d'Aquil·les, hipertonia, nistagme i defectes de visió. El nen va néixer a terme després d'un embaràs sense complicacions de pares no consanguinis d'ascendència xinesa. Cap dels pares ni els seus familiars no van tenir símptomes relacionats. El nen tenia una longitud i pes normal en néixer (52 cm i 3,3 kg) i ara fa 80 cm i pesa 10,8 kg (actualització 17/4/2019). Els pares van descriure que el nen no seguia la llum ni els objectes, i es va observar nistagme des del naixement. L'examen oftalmològic no va revelar seguiment ocular, tremolor horitzontal d'ambdós ulls, exotropia i transparència corneal. Es van trobar cataractes congènites en el pacient. No es van trobar anormalitats en les avaluacions oftalmològiques del pare del proband. Les fites del desenvolupament es van retardar òbviament. No va poder girar-se fins als 12 mesos, o arribar a una posició asseguda sense assistència fins als 18 mesos. El nen ha tingut hipertonia i contractura del tendó d'Aquil·les des del naixement. Es va realitzar la prova de desenvolupament de Gesell i es va avaluar al nen amb un retard sever en el desenvolupament de l'adaptabilitat i les habilitats motrius fines, retard moderat en el desenvolupament de les habilitats motrius grans, i retard lleu en el desenvolupament del llenguatge i les interaccions personals-socials. La ressonància magnètica va revelar una mielinització retardada del cervell i la formació del cinquè ventricle segons el protocol del fabricant. Es va fer una seqüenciació dirigida de pròxima generació només del pacient utilitzant un panell de malalties hereditàries (que inclou 2.742 gens causants de malalties, núm. cat. 5190-7519, Agilent Technologies, Santa Clara, CA, EUA) tal com s'ha descrit anteriorment []. Les dades de seqüenciació originals es van avaluar utilitzant Fast QC (versió 0.11.2) per al control de qualitat. Es va fer servir l'eina d'alineació Burrows-Wheeler (versió 0.2.10) per a aliniar les dades de seqüenciació amb el genoma de referència humà (NCBI build 37, hg 19). Es van identificar variants d'un sol nucleòtid i petits indels mitjançant el Genome Analysis Toolkit. Es van desar totes les variants en el format Variant Call Format i es van pujar a les plataformes Ingenuity Variant Analysis (Ingenuity Systems, Redwood City, CA, EUA) i TGex (Translational Genomics Expert) per a l'anàlisi i la interpretació biològics. Es van confirmar les variants detectades per seqüenciació de Sanger en el pacient i els seus pares. Es van identificar variants del nombre de còpies (CNV) utilitzant el programari de codi obert CNVkit, un conjunt d'eines per a inferir i visualitzar el nombre de còpies a partir de dades de seqüenciació d'ADN dirigides. Es van utilitzar dades alineades després del procés d'alineació de Burrows-Wheeler com a entrada. Es van construir dades de referència normals utilitzades per a la identificació de CNV utilitzant dades de seqüenciació de 10 homes normals i 10 dones normals que s'havien validat prèviament sense CNV patogèniques mitjançant una plataforma de microarranjament cromosòmic. Es van utilitzar els valors per defecte de CNVkit per a la identificació de CNV. Les CNV detectades mitjançant anàlisi bioinformàtica es validen addicionalment mitjançant anàlisi d'arranjament cromosòmic utilitzant CytoScan 750 k Suite (Thermo Scientific, Waltham, MA, EUA). Es va identificar una variant homozigòtica a OPA1 (NM_015560: c.2189 T > C p.Leu730Ser) en el pacient. La variant està absent de totes les bases de dades disponibles actualment, inclosa la Genome Aggregation Database. Múltiples línies d'evidència computacional suggereixen un efecte perjudicial d'aquesta mutació (Taula). Es va aplicar seqüenciació Sanger per validar la variant en el pedigrí i es va revelar que el pare del pacient duia la mateixa variant heterozigòtica i la seva mare era de tipus salvatge. L'anàlisi CNV, basada en la informació de profunditat de lectura del proband, va indicar una deleció heterozigòtica al braç curt del cromosoma 3. L'anàlisi de microarrays cromosòmic va confirmar aquesta deleció com arr[GRCh37] 3q28q29(191921285_195896838)× 1. Així, el proband va heretar una variant heterozigòtica en el gen OPA1 del seu pare i va desenvolupar una microdeleció de 3975 kb de novo en el cromosoma 3 que va desemmascarar la variant heterozigòtica en una forma hemizigòtica.