Es va ingressar un home de 79 anys al departament de cardiologia del nostre hospital, que es queixava d'un historial de set dies de febre, amb una temperatura de fins a 39,5℃. Negava tenir tos, flegmes, obstrucció nasal, faringàlgia, dolor toràcic, marejos o mal de cap. Cinc dies abans de l'ingrés, se li va diagnosticar una infecció pulmonar mitjançant una radiografia de tòrax i se li va donar tractament antibiòtic en un hospital local, però els símptomes no van remetre. El pacient havia estat diagnosticat amb diabetis mellitus dos mesos abans i bevia 2.000-3.000 ml d'aigua al dia. Fa uns 20 dies, va començar a presentar opressió al pit i dificultat per respirar després de l'activitat física. A més, el pacient tenia un historial d'hipertensió arterial de més de 20 anys. En el moment de l'admissió (dia 0), l'examen físic va mostrar un estat conscient, temperatura de 36.5 ℃, freqüència cardíaca de 78/min, freqüència respiratòria de 20/min, pressió arterial de 120/62 mmHg, i crepitacions en l'auscultació pulmonar. El pacient va informar una pèrdua de pes de 10 kg en els últims sis mesos. Les investigacions de laboratori van mostrar un recompte de glòbuls blancs de 7.77 × 109/L (amb 90.1% neutròfils, 2.5% monòcits, i 7.2% limfòcits), procalcitonina de 3.24 ng/ml, velocitat de sedimentació eritrocítica de 52 mm/h, hemoglobina A1c de 9.5%, i sucre en sang en dejú de 8.26 mmol/L. Una tomografia computada (CT) del tòrax va mostrar múltiples nòduls i infiltració irregular en ambdós pulmons, que no va excloure la possibilitat de tuberculosi. El diagnòstic preliminar va ser infecció pulmonar, i es va donar tractament antibiòtic empíric amb piperacilina/tazobactam intravenós (4.5 g, q12h) i moxifloxacina (2 g, q12h). Es va usar insulina intravenosa (4 U, qd) i miglitol oral (50 mg, q12h) per controlar el nivell de glucosa en sang. Després de l'admissió, el pacient va desenvolupar febre contínua i la temperatura diària va superar els 38,5℃. El dia 1, va desenvolupar una insuficiència respiratòria i va rebre tractament amb oxigen. L'anàlisi de gasos en sang arterial va mostrar un PH de 7,50, PaO2 de 57,7 mmHg, PaCO2 de 31,9 mmHg, i SaO2 de 90,2%. Les proves serològiques per a la grip A IgM, grip B IgM, virus parainfluença IgM, adenovirus IgM, virus sincitial respiratori IgM, Mycoplasma pneumoniae IgM, i Chlamydia pneumoniae IgM van ser negatives. La prova d'immunitat a la tuberculosi va ser positiva. El dia 2, el pacient va presentar poliúria i polidípsia, i el seu símptoma de taquipnea no es va alleujar durant el tractament amb oxigen. Després va ser traslladat a la unitat de cures intensives (UCI) i se li va donar ventilació mecànica. El dia 3, el pacient va tenir una puntuació PASS de -1, i va rebre analgèsia i sedació amb propofol i alfentanil. La broncoscòpia va trobar inflamació de la mucosa bronquial i producció d'esput purulent, i es va obtenir fluid de rentat broncoalveolar (BALF) per a una detecció posterior. El dia 5, el pacient va experimentar una disminució de l'índex d'oxigenació (155) en comparació amb abans. No es van trobar anomalies en la seva hemocultura. El galactomanà en sèrum (1,74 ng/ml) i l'1,3-ß-d-glucan (424,50 ng/L) van ser positius. La tinció àcida i el cultiu de BALF van ser negatius. La detecció d'ADN de M. tuberculosis de BALF va ser positiva. La mostra de BALF també es va enviar per a la seqüenciació metagenòmica de la pròxima generació (Genskey, Pequín, Xina). Es van generar un total de 86.398.947 lectures en brut i es van obtenir 60.161.047 lectures d'alta qualitat després d'eliminar les lectures de baixa qualitat. Entre les lectures d'alta qualitat, 47.232.566 es van aliniar amb el genoma de referència humà (HG38) i 12.928.481 es van utilitzar per a l'anàlisi posterior. El mNGS de BALF va reportar el complex M. tuberculosis (7.453.374 lectures), A. lentulus (37.868 lectures), i diversos microorganismes colonitzadors orals. Les dades metagenòmiques estan disponibles ara a l'NCBI a la base de dades Sequence Read Archive (SRA) amb l'accés PRJNA917778. Basant-se en aquestes troballes, es va diagnosticar al pacient una coinfecció de M. tuberculosis i A. lentulus. El tractament antibiòtic oral es va canviar a isoniazida (0,3 g, qd), rifapentina (0,45 g, qd) per a la tuberculosi i caspofungina intravenosa (50 mg, qd) per a la micosi. El dia 6, l'estat del pacient va empitjorar de nou. Va desenvolupar una disfunció multiorgànica i va entrar en un estat de coma lleu. La seva família va decidir abandonar el tractament a causa de problemes financers i un pronòstic greu. La respiració artificial es va aturar posteriorment i el pacient va morir 1,5 hores després.