flowchart TB
    subgraph " "
    v0["samplesheet"]
    v8["Channel.fromPath"]
    v9["Channel.fromPath"]
    v11["Channel.fromPath"]
    v14["Channel.fromPath"]
    v17["Channel.fromPath"]
    v18["Channel.fromPath"]
    v19["Channel.fromPath"]
    v20["Channel.fromPath"]
    v43["effective_genome_size"]
    v54[" "]
    v56[" "]
    v63["Channel.of"]
    v64[" "]
    v68[" "]
    v73["Channel.fromPath"]
    v75["Channel.fromPath"]
    v105["Channel.of"]
    v119[" "]
    v124["Channel.of"]
    v154["Channel.fromPath"]
    v204["bioc_txdb"]
    v205["bioc_annot"]
    v215["de_novo"]
    v216["motif_db"]
    v223["multiqc_conf"]
    v224["custom_logo"]
    end
    subgraph CHIPSEQ
    subgraph INPUT_CHECK
    v1([SAMPLESHEET_CHECK])
    v3(( ))
    end
    v5([CUTADAPT])
    subgraph FILTER_BLACKLIST
    v22([BWA_MEM])
    v23([SAMTOOLS_FILTERALIGNED])
    v24([PICARD_SAMTOFASTQ])
    v27([CUSTOM_COUNTFASTQ])
    v12(( ))
    v28(( ))
    end
    subgraph ALIGN_GENOME
    v30([BWA_MEM])
    v31([SAMTOOLS_FLAGSTAT_ALIGN])
    v32([FILTER_QUALITY])
    v33([SAMTOOLS_SORT])
    v36([SAMTOOLS_FLAGSTAT_FILTER])
    v15(( ))
    v39(( ))
    v41(( ))
    end
    subgraph DEDUPLICATE
    v45([MACS2_DEDUP])
    v46([INDEX_SINGLE])
    v47([PICARD_DEDUP])
    v50([INDEX_PAIRED])
    v51(( ))
    v53(( ))
    end
    v59([PHANTOM_PEAKS])
    v62([PPQT_PROCESS])
    subgraph QC
    v66([FASTQC_RAW])
    v70([FASTQC_TRIMMED])
    v77([FASTQ_SCREEN])
    v79([PRESEQ])
    v83([HANDLE_PRESEQ_ERROR])
    v84([PARSE_PRESEQ_LOG])
    v93([QC_STATS])
    v95([QC_TABLE])
    subgraph DEEPTOOLS
    v101([BAM_COVERAGE])
    v104([BIGWIG_SUM])
    v107([PLOT_CORRELATION])
    v108([PLOT_PCA])
    v112([NORMALIZE_INPUT])
    v114([BED_PROTEIN_CODING])
    v126([COMPUTE_MATRIX])
    v127([PLOT_HEATMAP])
    v129([PLOT_PROFILE])
    v137([PLOT_FINGERPRINT])
    v102(( ))
    v106(( ))
    v110(( ))
    end
    v81(( ))
    v94(( ))
    end
    subgraph CALL_PEAKS
    v141([CALC_GENOME_FRAC])
    v148([BAM_TO_BED])
    v160([MACS_BROAD])
    v164([MACS_NARROW])
    v168([SICER])
    v170([CONVERT_SICER])
    v173([GEM])
    v176([FILTER_GEM])
    v182([FRACTION_IN_PEAKS])
    v184([CONCAT_FRIPS])
    v185([PLOT_FRIP])
    v189([JACCARD_INDEX])
    v191([CONCAT_JACCARD])
    v192([PLOT_JACCARD])
    v193([GET_PEAK_META])
    v195([CONCAT_PEAK_META])
    v196([PLOT_PEAK_WIDTHS])
    v203([CONSENSUS_PEAKS])
    v206([CHIPSEEKER_PEAKPLOT])
    v208([CHIPSEEKER_ANNOTATE])
    v212([CHIPSEEKER_PLOTLIST])
    v217([HOMER_MOTIFS])
    v219([MEME_AME])
    v175(( ))
    v183(( ))
    v190(( ))
    v194(( ))
    v211(( ))
    v214(( ))
    end
    v225([MULTIQC])
    v69(( ))
    v74(( ))
    end
    subgraph " "
    v2["versions"]
    v6[" "]
    v7[" "]
    v10["ch_genes_gtf"]
    v25[" "]
    v26[" "]
    v29["versions"]
    v34[" "]
    v35[" "]
    v37[" "]
    v40["versions"]
    v48[" "]
    v49[" "]
    v60[" "]
    v61[" "]
    v67[" "]
    v71[" "]
    v80[" "]
    v109[" "]
    v128[" "]
    v130[" "]
    v138[" "]
    v161[" "]
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    v174[" "]
    v207[" "]
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    v210[" "]
    v218[" "]
    v220[" "]
    v226[" "]
    end
    v0 --> v1
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