Report NA12878

Technischer Report zur bioinformatischen Analyse

Probe: NA12878_03 (ex1)

Geschlecht: weiblich
Prozessierungssystem: HaloPlex HSP v2
Prozessierungssystem-Typ: Panel Haloplex
Sequenziersystem: MiSeq
Datum des Sequenzierlaufs: 18.03.2025
Readlänge: 158+8+158
Referenzgenom: GRCh37
Datum: 19.02.2021
Analysepipeline: megSAP 0.2-486-gc928f885
Auswertungssoftware: cppNGSD-TEST

Phänotyp

Zielregion
Die Zielregion umfasst mindestens die CCDS ("consensus coding sequence") unten genannter Gene ±20 Basen flankierender intronischer Sequenz, kann aber auch zusätzliche Exons und/oder flankierende Basen beinhalten.
Name: panel
Ausgewertete Gene: 3 (siehe Abdeckungsstatistik)

Filterkriterien
- Allele frequency ≤ 1.00%

Gefundene SNVs/InDels in Zielregion gesamt: 135
Anzahl SNVs/InDels ausgewählt für Report: 2
Anzahl CNVs/SVs/REs ausgewählt für Report: 6

Sofern vorhanden, werden in den nachfolgenden Tabellen erfasst: pathogene Varianten (Klasse 5)^* und wahrscheinlich pathogene Varianten (Klasse 4)^*, bei denen jeweils ein Zusammenhang mit der klinischen Fragestellung anzunehmen ist, sowie Varianten unklarer klinischer Signifikanz (Klasse 3)^* für welche in Zusammenschau von Literatur und Klinik des Patienten ein Beitrag zur Symptomatik denkbar ist und für die gegebenenfalls eine weitere Einordnung der klinischen Relevanz durch Folgeuntersuchungen sinnvoll erscheint. Teilweise können - in Abhängigkeit von der Art der genetischen Veränderung, der Familienanamnese und der Klinik der Patientin/des Patienten - weiterführende Untersuchungen eine Änderung der Klassifizierung bewirken.
Eine (unkommentierte) Liste aller detektierten Varianten kann bei Bedarf angefordert werden.
Bei konkreten differentialdiagnostischen Hinweisen auf eine konkrete Erkrankung können ggf. weiterführende genetische Untersuchungen bzw. Untersuchungsmethoden indiziert sein.
^* Für Informationen zur Klassifizierung von Varianten, siehe allgemeine Zusatzinformationen.

Einzelbasenveränderungen (SNVs) und Insertionen/Deletionen (InDels) nach klinischer Interpretation im Kontext der Fragestellung

Variante	Genotyp	Gen(e)	Details	Klasse	Erbgang	gnomAD Allelfrequenz (Kontrollkohorte)	RNA
chr13:40793233 T > A	hom (comp-het)	SLC25A15	SLC25A15:ENST00000338625.1/NM_014252:c.7T>A:p.Ser3Thr	3	n/a	n/a	Splicing-Effekt mit RNA-Daten validiert
OMIM ID: 603861 Details: GENE=SLC25A15 PHENOS=Hyperornithinemia-hyperammonemia-homocitrullinemia syndrome,238970,Autosomal recessive
chr16:89531961 G > A	het (de-novo) (mosaic)	SPG7	SPG7:ENST00000268704.1:c.1045G>A:p.Gly349Ser	5	n/a	0,080%	n/a
OMIM ID: 602783 Details: GENE=SPG7 PHENOS=Spastic paraplegia 7,autosomal recessive,607259,Autosomal recessive,Autosomal dominant

Kopienzahlveränderungen (CNV) und/oder Strukturveränderungen (SV) nach klinischer Interpretation im Kontext der Fragestellung

CNV/SV/RE	Position	Größe	Kopienzahl/Genotyp	Gen(e)	Klasse	Erbgang	RNA
Deletion	chr21:10541092-10649856	108,765 kb / 22 Regionen	1 (comp-het)	IGHV1OR21-1, TPTE	n/a	n/a	kein Splicing-Effekt in RNA-Daten gefunden
Deletion	chr21:26799369-26991734	192,366 kb / 13 Regionen	0 (comp-het)		n/a	n/a	kein Splicing-Effekt in RNA-Daten gefunden
Insertion	chr1:934143-934144		hom	HES4	n/a	n/a	RNA-Daten nicht nutzbar
Translokation	chr1:1584540-1584550 <-> chr19:2301860-2301870		hom		n/a	n/a	n/a
Deletion	chr1:1598413-1598580	0,168 kb	hom	SLC35E2B	n/a	n/a	n/a
Repeat-Expansion	chr1:57367043-57367118		expandiert	DAB1		n/a

Variantentyp	Regionen	Gen(e)	Erbgang	Kommentar
nicht-detektierte CNV	chr2:123456-789012	EPRS	AR	This is a comment! And it has multiple lines!

Klassifikation von Varianten:
Die Klassifikation der Varianten erfolgt in Anlehnung an die Publikation von Plon et al. (Hum Mutat 2008)
Klasse 5: Eindeutig pathogene Veränderung / Mutation: Veränderung, die bereits in der Fachliteratur mit ausreichender Evidenz als krankheitsverursachend bezogen auf das vorliegende Krankheitsbild beschrieben wurde sowie als pathogen zu wertende Mutationstypen (i.d.R. Frameshift- bzw. Stoppmutationen).
Klasse 4: Wahrscheinlich pathogene Veränderung: DNA-Veränderung, die aufgrund ihrer Eigenschaften als sehr wahrscheinlich krankheitsverursachend zu werten ist.
Klasse 3: Variante unklarer Signifikanz (VUS) - Unklare Pathogenität: Variante, bei der es unklar ist, ob eine krankheitsverursachende Wirkung besteht. Diese Varianten werden tabellarisch im technischen Report mitgeteilt.
Klasse 2: Sehr wahrscheinlich benigne Veränderungen: Aufgrund der Häufigkeit in der Allgemeinbevölkerung oder der Lokalisation bzw. aufgrund von Angaben in der Literatur sehr wahrscheinlich benigne. Werden nicht mitgeteilt, können aber erfragt werden.
Klasse 1: Benigne Veränderungen: Werden nicht mitgeteilt, können aber erfragt werden.

Abdeckungsstatistik Zielregion
Durchschnittliche Sequenziertiefe: 125,47
Durchschnittliche Sequenziertiefe (chrMT): 0.00

Lückenreport Zielregion
Basen: 271536
Basen mit Tiefe <20: 15449
Prozent Lücken: 5,69%
Komplett abgedeckte Gene:
Unvollständig abgedeckte Gene (fehlende Basen in bp): CYP7B1 (243), SLC25A15 (129), SPG7 (126)

Details Regionen mit Tiefe <20:

Gen	Basen	Chromosom	Koordinaten (hg38)
CYP7B1	243	chr8	64615713-64615740, 64616216-64616218, 64624393-64624515, 64798456-64798544
SLC25A15	129	chr13	40799186-40799314
SPG7	126	chr16	89524046-89524104, 89554476-89554542
kein Überlappung mit Gen	14951	-	-

Lücken die mit Sanger-Sequenzierung geschlossen wurden:

Gen	Basen	Chromosom	Koordinaten (hg38)
SPG7	59	chr16	89524046-89524104

Basen gesamt:59

Lücken die mit visueller Inspektion der Rohdaten überprüft wurden:

Gen	Basen	Chromosom	Koordinaten (hg38)
CYP7B1	28	chr8	64615713-64615740
CYP7B1	3	chr8	64616216-64616218

Basen gesamt:31

Verbleibende Lücken nach Lückenschluss

Gen	Basen	Chromosom	Koordinaten (hg38)
CYP7B1	212	chr8	64624393-64624515, 64798456-64798544
SLC25A15	129	chr13	40799186-40799314
SPG7	67	chr16	89554476-89554542
kein Überlappung mit Gen	14951	-	-

Basen mit Tiefe <20 nach Lückenschluss: 15359
Prozent Lücken nach Lückenschluss: 5,66%

Lückenreport basierend auf Exons der Zielregion ± 20 Basen
Basen: 5975
Basen mit Tiefe <20: 528
Prozent Lücken: 8,84%
Komplett abgedeckte Gene:
Unvollständig abgedeckte Gene (fehlende Basen in bp): CYP7B1 (263), SLC25A15 (129), SPG7 (136)

Details Regionen mit Tiefe <20:

Gen	Basen	Chromosom	Koordinaten (hg38)
CYP7B1	263	chr8	64615713-64615740, 64616216-64616218, 64624383-64624515, 64798446-64798544
SLC25A15	129	chr13	40799186-40799314
SPG7	136	chr16	89524046-89524104, 89554466-89554542

Lücken die mit Sanger-Sequenzierung geschlossen wurden:

Gen	Basen	Chromosom	Koordinaten (hg38)
SPG7	59	chr16	89524046-89524104

Basen gesamt:59

Lücken die mit visueller Inspektion der Rohdaten überprüft wurden:

Gen	Basen	Chromosom	Koordinaten (hg38)
CYP7B1	28	chr8	64615713-64615740
CYP7B1	3	chr8	64616216-64616218

Basen gesamt:31

Verbleibende Lücken nach Lückenschluss

Gen	Basen	Chromosom	Koordinaten (hg38)
CYP7B1	232	chr8	64624383-64624515, 64798446-64798544
SLC25A15	129	chr13	40799186-40799314
SPG7	77	chr16	89554466-89554542

Basen mit Tiefe <20 nach Lückenschluss: 438
Prozent Lücken nach Lückenschluss: 7,33%

Abdeckungsstatistik der RNA-Probe
Anzahl der Reads: 10,99 Mio
Durchschnittliche Sequenziertiefe: 15.85
Durchschnittliche Sequenziertiefe der Housekeeping-Gene: 263.87
Abgedeckte Gene: 136985

OMIM Gene und Phenotypen

Gen	HGNC ID	Gen MIM	Phenotyp MIM	Phenotyp	Hauptphenotyp
CYP7B1	HGNC:2652	603711	270800	Spastic paraplegia 5A, autosomal recessive, 270800 (3)	ja
SLC25A15	HGNC:10985	603861	238970	Hyperornithinemia-hyperammonemia-homocitrullinemia syndrome, 238970 (3)	nein
SPG7	HGNC:11237	602783	607259	Spastic paraplegia 7, autosomal recessive, 607259 (3)	nein

Polygener Risiko-Score (PRS)

Erkrankung	PRS	Publikation	Score	Z-Score	Population (geschätzt aus NGS)
Breast Cancer	PGS000004	Mavaddat N et al. Am J Hum Genet (2018). doi:10.1016/j.ajhg.2018.11.002	-0.2773	0,240	European

Die Einschätzung der klinischen Bedeutung eines PRS ist nur unter Verwendung eines entsprechenden validierten Risiko-Kalkulations-Programms und unter Berücksichtigung der ethnischen Zugehörigkeit möglich (z.B. CanRisk.org für Brustkrebs).